他的計劃是，除了繼續文字學著作外，在兩三年內準備研究撰寫以下論著：《古代的中國》《現代中國》《道家概論》《孔子與儒家》《耶穌與基督教》《我的回憶錄》。從這個計劃就可看到，陳獨秀的確是博學多才，又通曉多種外國語；對歷史、哲學、文學、教育、文字學等，都能做精深研究，並有獨到的見解。但他從不恃才傲物，故步自封。他懂得天才在於勤奮、學無止境的道理。所以，他緊緊圍繞自己所研究的課題，有計劃地博覽群書。根據當時他向胡適、汪原放索要書的信，他在獄中所讀的書有以下幾類。
政治理論：《列寧的組織論》《倫理與唯物史觀》《馬克思主義方法論》。這三本都是日文版的。英文版的有亞當·斯密的《原富》、李嘉圖的《經濟與賦稅之原理》。此外還有馬克思、恩格斯的著作，如《反杜林論》《經濟學批判》《價值、價格及利潤》，還有《盧森堡致考茨基書信》，托洛茨基的《中國革命問題》及何禮著的幾本主張共和國政治的小冊子。
這個書單說明中國革命者的一個特殊現象：革命失敗以後再學習和反思馬克思主義理論。由於中國的共產主義革命者，隻有少數人有短期的理論準備，而且由於版本的缺少，各種錯誤思想的幹擾，他們對馬克思主義理論的理解也並不準確。而建黨後就投入了複雜緊張激烈的革命鬥爭實踐。這與西歐各國黨一般都經過幾十年的理論準備（學習）和爭論再參加到革命高潮中去是不一樣的。再加上大革命中處處被莫斯科牽著走，陳獨秀希望在馬克思主義理論的源頭上弄清十幾年來革命失敗的原因。
歷史與傳記：《古代社會》、《殷虛書契》、《東方遊記》、《中亞細亞遊記》、《廿四史》、《廿五史》以及《第一國際史》、《中國革命史》、《馬克斯傳》、《達爾文傳》和托洛茨基自傳《我的生平》等。
文字學：《殷虛書契》（它既是記載中國遠古時代的歷史書，又是研究中國文字最早起源的甲骨文的教科書）、《漢晉西陲木簡彙編》、《說文》等中國歷代重要的文字音韻學著作。他在這方麵興趣廣泛，竟然還要日本出版的亞洲地區的一些小語種小叢書，如蒙古語、西藏語、緬甸語、暹羅語、朝鮮語、安南語、馬來西亞語、土耳其語等。此外，為學習馬恩原版書需要，他還要學德語，托人購買《英德字典》《德英字典》和《德語文法教程》。
當然，由於經濟條件的限製，這些也並不是都買得起。如羅振玉的《殷墟書契》，他很需要，但每部要232元。他說：「如此之貴，當然不能買……隻得設法托人借一部來看看。」有的如《漢晉西陲木簡彙編》，書「太重，郵費太貴，不合算」，也隻得放棄，或「托便人帶來」。[39]可見陳獨秀當時的窮困和意誌的堅定。
從以上不完全的書單已經可以看到，陳獨秀這次在獄中的確做了長期研究的準備。若能持之以恆，他必能成為中國近代著名的學問家。所以，胡適和陳的學生、後來成為著名學者的傅孟真、王森然都為他把過多的精力放在政治上而惋惜。1934年，王森然在獄中探望陳獨秀，看到他在獄中刻苦讀書，潛心著述時十分激動地評論說：「先生書無不讀，又精通日文、法文。故其學，求無不精；其文理無不透；雄辯滔滔，長於言才。無論任何問題，研究之，均能深入；解決之，計劃周詳；苟能專門致力於理論及學術，當代名家，實無其匹。」
王森然更從陳的個性上加以論述：「其個性過強，凡事均以大無畏不顧一切之精神處理之。無論任何學說，必參己意以研究之，無迷信崇拜之意。故每當大會討論之際，其意見迭出，精詳過人，常使滿座震驚奇絕，或拍掌稱快，或呆目無言，誠為一代之驕子，當代之怪傑也。」
但是，陳獨秀畢竟首先是一個政治家，救國救民時代的迫切性，使陳獨秀沒有成為王森然期望中的人物。於是，王又評述說：「惜仍以指揮行動之時多，精心研究學術之時少，雖有專一、有恆、自信之美德，致不能完成其哲學理論之中心，使先生終為政治不能成為革命理論家，可勝惜哉。」[40]
而監獄的生活迫使他安下心來，讀書與思考，研究一些問題和學問，對於他的一生來說，倒也不全是壞事。「出了研究室就入監獄，出了監獄就入研究室」，這是他對人生的承諾。可以說他從不虛度光陰。
由於1937年全麵抗戰的爆發，陳獨秀在獄中的研究工作實際隻做了三年，他的龐大的研究工作沒有按計劃完成，即使如此，他也取得了豐碩的成果，現就其實際取得的學術成果簡述如下。
對於孔子與儒學的研究，後來發表了《孔子與中國》一文。從內容看，可以看出歲月的積累，使他有了明顯的成熟和進步。由於封建統治者利用儒教打壓和摧殘人性激起的新文化運動派「打倒孔家店」的激情，五四新文化運動時期出現了較片麵地對待儒學，引起了學術界的另一種反彈。陳獨秀這次冷靜思索後，對孔子採取了比較全麵的、歷史的、客觀的分析態度，認為人們不應當「絕對的或相當的崇拜孔子」，應當用「現代知識」「對孔子重新評定價值」。
那麽，「孔子有沒有價值？我敢肯定的說有」。「孔子的第一價值是非宗教迷信的態度。」陳獨秀對孔子的這一價值評價相當高，說上古至東周、戰國諸子百家，充斥「宗教神話之傳說」，「孔子一概擯棄之」。接著以孔子的《論語》一書為證，進行了充分的論述，並對孔子之「言鬼神」和「天命」進行了正本清源的闡述，指出：「重人事而遠鬼神，此孔墨之同也，孔子之言鬼神，義在以祭享」；「孔子之言天命，乃懸擬一道德上至高無上之鵠的，以製躬行，至於天地之始萬物之母，則非所容心，此孔子之異於道家也。」但是，後來經過《中庸》、李斯、董仲舒、班固、許慎、賈逵、鄭玄等四次篡改，孔子遂「與陰陽家正式聯宗」，為迷信鬼神者大為利用了。
政治理論：《列寧的組織論》《倫理與唯物史觀》《馬克思主義方法論》。這三本都是日文版的。英文版的有亞當·斯密的《原富》、李嘉圖的《經濟與賦稅之原理》。此外還有馬克思、恩格斯的著作，如《反杜林論》《經濟學批判》《價值、價格及利潤》，還有《盧森堡致考茨基書信》，托洛茨基的《中國革命問題》及何禮著的幾本主張共和國政治的小冊子。
這個書單說明中國革命者的一個特殊現象：革命失敗以後再學習和反思馬克思主義理論。由於中國的共產主義革命者，隻有少數人有短期的理論準備，而且由於版本的缺少，各種錯誤思想的幹擾，他們對馬克思主義理論的理解也並不準確。而建黨後就投入了複雜緊張激烈的革命鬥爭實踐。這與西歐各國黨一般都經過幾十年的理論準備（學習）和爭論再參加到革命高潮中去是不一樣的。再加上大革命中處處被莫斯科牽著走，陳獨秀希望在馬克思主義理論的源頭上弄清十幾年來革命失敗的原因。
歷史與傳記：《古代社會》、《殷虛書契》、《東方遊記》、《中亞細亞遊記》、《廿四史》、《廿五史》以及《第一國際史》、《中國革命史》、《馬克斯傳》、《達爾文傳》和托洛茨基自傳《我的生平》等。
文字學：《殷虛書契》（它既是記載中國遠古時代的歷史書，又是研究中國文字最早起源的甲骨文的教科書）、《漢晉西陲木簡彙編》、《說文》等中國歷代重要的文字音韻學著作。他在這方麵興趣廣泛，竟然還要日本出版的亞洲地區的一些小語種小叢書，如蒙古語、西藏語、緬甸語、暹羅語、朝鮮語、安南語、馬來西亞語、土耳其語等。此外，為學習馬恩原版書需要，他還要學德語，托人購買《英德字典》《德英字典》和《德語文法教程》。
當然，由於經濟條件的限製，這些也並不是都買得起。如羅振玉的《殷墟書契》，他很需要，但每部要232元。他說：「如此之貴，當然不能買……隻得設法托人借一部來看看。」有的如《漢晉西陲木簡彙編》，書「太重，郵費太貴，不合算」，也隻得放棄，或「托便人帶來」。[39]可見陳獨秀當時的窮困和意誌的堅定。
從以上不完全的書單已經可以看到，陳獨秀這次在獄中的確做了長期研究的準備。若能持之以恆，他必能成為中國近代著名的學問家。所以，胡適和陳的學生、後來成為著名學者的傅孟真、王森然都為他把過多的精力放在政治上而惋惜。1934年，王森然在獄中探望陳獨秀，看到他在獄中刻苦讀書，潛心著述時十分激動地評論說：「先生書無不讀，又精通日文、法文。故其學，求無不精；其文理無不透；雄辯滔滔，長於言才。無論任何問題，研究之，均能深入；解決之，計劃周詳；苟能專門致力於理論及學術，當代名家，實無其匹。」
王森然更從陳的個性上加以論述：「其個性過強，凡事均以大無畏不顧一切之精神處理之。無論任何學說，必參己意以研究之，無迷信崇拜之意。故每當大會討論之際，其意見迭出，精詳過人，常使滿座震驚奇絕，或拍掌稱快，或呆目無言，誠為一代之驕子，當代之怪傑也。」
但是，陳獨秀畢竟首先是一個政治家，救國救民時代的迫切性，使陳獨秀沒有成為王森然期望中的人物。於是，王又評述說：「惜仍以指揮行動之時多，精心研究學術之時少，雖有專一、有恆、自信之美德，致不能完成其哲學理論之中心，使先生終為政治不能成為革命理論家，可勝惜哉。」[40]
而監獄的生活迫使他安下心來，讀書與思考，研究一些問題和學問，對於他的一生來說，倒也不全是壞事。「出了研究室就入監獄，出了監獄就入研究室」，這是他對人生的承諾。可以說他從不虛度光陰。
由於1937年全麵抗戰的爆發，陳獨秀在獄中的研究工作實際隻做了三年，他的龐大的研究工作沒有按計劃完成，即使如此，他也取得了豐碩的成果，現就其實際取得的學術成果簡述如下。
對於孔子與儒學的研究，後來發表了《孔子與中國》一文。從內容看，可以看出歲月的積累，使他有了明顯的成熟和進步。由於封建統治者利用儒教打壓和摧殘人性激起的新文化運動派「打倒孔家店」的激情，五四新文化運動時期出現了較片麵地對待儒學，引起了學術界的另一種反彈。陳獨秀這次冷靜思索後，對孔子採取了比較全麵的、歷史的、客觀的分析態度，認為人們不應當「絕對的或相當的崇拜孔子」，應當用「現代知識」「對孔子重新評定價值」。
那麽，「孔子有沒有價值？我敢肯定的說有」。「孔子的第一價值是非宗教迷信的態度。」陳獨秀對孔子的這一價值評價相當高，說上古至東周、戰國諸子百家，充斥「宗教神話之傳說」，「孔子一概擯棄之」。接著以孔子的《論語》一書為證，進行了充分的論述，並對孔子之「言鬼神」和「天命」進行了正本清源的闡述，指出：「重人事而遠鬼神，此孔墨之同也，孔子之言鬼神，義在以祭享」；「孔子之言天命，乃懸擬一道德上至高無上之鵠的，以製躬行，至於天地之始萬物之母，則非所容心，此孔子之異於道家也。」但是，後來經過《中庸》、李斯、董仲舒、班固、許慎、賈逵、鄭玄等四次篡改，孔子遂「與陰陽家正式聯宗」，為迷信鬼神者大為利用了。