看來，莫斯科原來是想以「瞿秋白方式」——軟禁，訓練，認錯，返回中國，或是「開除前的托洛茨基方式」——認錯，不在群眾中造成影響，留在黨內——對待陳獨秀。但是，這時的陳獨秀已經不是大革命時期違心默認的陳獨秀，也不是打掉牙往肚裏咽的瞿秋白，也不是被開除前違心認錯的托洛茨基。陳獨秀既不怕沒有錢，更不怕「白色恐怖」和「紅色恐怖」的打擊，堅決要成立一個「反對派」，進行反對共產國際的活動。對此這是共產國際與中共中央都不願意看到的。
從解密的莫斯科檔案看到，他們在為什麽要開除陳獨秀和如何開除陳獨秀的問題上，發生了分歧，衝突十分激烈，主要表現在共產國際遠東局想仿照聯共中央對托洛茨基處理方法，給予盡量多的機會和時間，要求陳獨秀承認錯誤，希望他繼續保留在黨內；最後同意開除，主要是因為陳在中東路事件上否定了「保衛蘇聯」的立場，不能容忍。把保衛蘇聯的現實利益放在首位，這是聯共中央和共產國際一貫的做法。而中共中央政治局則更看重於陳轉向托派對本國革命和共產黨的影響，即他反對中共六大路線並成立小組織分裂黨。因此一開始就認為他不可救藥，急於把他開除出黨。
1929年10月、11月，從醞釀到執行開除陳獨秀黨籍時，共產國際與中共中央似乎沒有分歧。11月15日中共中央政治局做出開除陳獨秀黨籍以後，共產國際遠東局向莫斯科表示：「我們認為這是正確的，並請求給以批準。」[59]
但是，12月6日，中共中央政治局在討論共產國際執委會第十次全會決議時，雙方的分歧就暴露出來了。
李立三說：決議（指上述遠東局的關於共產國際第十次全會的決議的決議）涉及陳獨秀的最後一節，證明遠東局還是對他抱有幻想。陳獨秀及其一夥實行取消主義路線，而且成立了叛徒集團。遠東局的同誌同陳獨秀談過一次話，結果很失望。但是現在遠東局寄希望於陳獨秀回到黨的正確路線上來。這隻是證明遠東局一貫堅持「右傾」方針。
周恩來說：在遠東局的決議中和在我們以前同他們所進行的辯論中，他們始終表露出了對中國問題的調和主義思想……遠東局不把中共反對右傾的鬥爭作為前提，所以常常指出中央在一些問題上反映出了「右的」錯誤，而遠東局自己隻指出機會主義者，甚至期待陳獨秀回到黨內。
溫裕成：始終對陳獨秀沒有堅定的立場。這證明，遠東局是布哈林第二，是調和派。他們不僅不能幫助中共反對取消派，而且相反，充當調和派。[60]
對此，雷利斯基（即奧斯藤）駁斥道：李立三同誌說，代表團（指遠東局——編者）說過，這個問題不具有重要意義。另一些同誌也說我們在中國不反對右傾錯誤。但同誌們，你們怎麽能同我們，同支持你們黨內右派的代表團工作9個月呢？……你們在陳獨秀問題上的說法是在反對共產國際，而不是反對我們。這一點，我們可以用信來向你們證明。你們在黨內進行反對機會主義的鬥爭嗎？是的，你們進行這種鬥爭，但我們認為，畢竟你們進行得不是很好。你們隻是開除黨員。但是，你們在《布爾什維克》上刊登的文章多嗎？做出反右傾決議的支部多嗎？你們撰寫的關於陳獨秀的小冊子多嗎？你們看一看蘇聯、德國和共產國際的其他黨。共產國際的所有黨在許多年間都撰寫文章、小冊子等，這以後才把這些違反黨紀者趕出黨的隊伍。我們希望你們進行這樣的反右傾機會主義的鬥爭，並想在這方麵幫助你們。開除黨員隻應在被開除者已經沒有希望的時候進行。我們隻是要求進行這場運動要同保衛蘇聯這個重要問題結合起來。[61]
12月14日，中共中央政治局採取嚴重步驟，直接向莫斯科最高當局控告，在給遠東局並送聯共中央總書記史達林和政治局委員莫洛托夫等人信中，再次批評遠東局的關於國際執委員第十次全會的決議：「這不過是在減輕陳獨秀及其追隨者的右傾錯誤」，對陳獨秀們仍然抱有幻想，是「在客觀上否定中央把他們開除出黨的決定」，隻能是調和主義。[62]
17日，在上海舉行的遠東局與中共中央政治局第三次聯席會議上，遠東局成員對中共中央的指責進行了反擊。
羅伯特（時任共產國際執委會駐華代表——引者）說：看來，李立三和政治局在力求駁斥我們的批評時，在某種程度上變成了陳獨秀的犧牲品，因為帝國主義列強之間存在明顯分歧而忽略了資本主義世界和蘇維埃世界之間的主要矛盾。由於我們在決議中指出，陳獨秀的主要錯誤是他對保衛蘇聯的態度問題，所以李立三同誌攻擊我們的決議，這個情況也是他忽略革命和反革命之間的主要矛盾有關。就因為我們談到這個主要問題，即對遭到進攻的蘇聯的態度問題，就使我們的決議具有了調和主義性質。我們曾同他（李立三——引者）詳細地談到如何在黨內從思想上和組織上開展反對陳獨秀的運動，他開了個輕浮的玩笑，說我們對陳獨秀抱有幻想。
中共中央總書記向忠發辯解說：你們隻指出了陳獨秀在中東路問題上的口號，沒有指出他和他們反對黨和共產國際路線這樣重要的東西，沒有指出他和他的信徒組成了幾個小派別和破壞我們的組織係統的情況。你們沒有提及整個這個情況。我們不能接受你們的意見，而相反，應該反對你們的意見。我同意奧斯藤同誌的建議，將這個問題提交共產國際解決，因為在這裏，我們知道，我們無法解決這個問題。[63]
從解密的莫斯科檔案看到，他們在為什麽要開除陳獨秀和如何開除陳獨秀的問題上，發生了分歧，衝突十分激烈，主要表現在共產國際遠東局想仿照聯共中央對托洛茨基處理方法，給予盡量多的機會和時間，要求陳獨秀承認錯誤，希望他繼續保留在黨內；最後同意開除，主要是因為陳在中東路事件上否定了「保衛蘇聯」的立場，不能容忍。把保衛蘇聯的現實利益放在首位，這是聯共中央和共產國際一貫的做法。而中共中央政治局則更看重於陳轉向托派對本國革命和共產黨的影響，即他反對中共六大路線並成立小組織分裂黨。因此一開始就認為他不可救藥，急於把他開除出黨。
1929年10月、11月，從醞釀到執行開除陳獨秀黨籍時，共產國際與中共中央似乎沒有分歧。11月15日中共中央政治局做出開除陳獨秀黨籍以後，共產國際遠東局向莫斯科表示：「我們認為這是正確的，並請求給以批準。」[59]
但是，12月6日，中共中央政治局在討論共產國際執委會第十次全會決議時，雙方的分歧就暴露出來了。
李立三說：決議（指上述遠東局的關於共產國際第十次全會的決議的決議）涉及陳獨秀的最後一節，證明遠東局還是對他抱有幻想。陳獨秀及其一夥實行取消主義路線，而且成立了叛徒集團。遠東局的同誌同陳獨秀談過一次話，結果很失望。但是現在遠東局寄希望於陳獨秀回到黨的正確路線上來。這隻是證明遠東局一貫堅持「右傾」方針。
周恩來說：在遠東局的決議中和在我們以前同他們所進行的辯論中，他們始終表露出了對中國問題的調和主義思想……遠東局不把中共反對右傾的鬥爭作為前提，所以常常指出中央在一些問題上反映出了「右的」錯誤，而遠東局自己隻指出機會主義者，甚至期待陳獨秀回到黨內。
溫裕成：始終對陳獨秀沒有堅定的立場。這證明，遠東局是布哈林第二，是調和派。他們不僅不能幫助中共反對取消派，而且相反，充當調和派。[60]
對此，雷利斯基（即奧斯藤）駁斥道：李立三同誌說，代表團（指遠東局——編者）說過，這個問題不具有重要意義。另一些同誌也說我們在中國不反對右傾錯誤。但同誌們，你們怎麽能同我們，同支持你們黨內右派的代表團工作9個月呢？……你們在陳獨秀問題上的說法是在反對共產國際，而不是反對我們。這一點，我們可以用信來向你們證明。你們在黨內進行反對機會主義的鬥爭嗎？是的，你們進行這種鬥爭，但我們認為，畢竟你們進行得不是很好。你們隻是開除黨員。但是，你們在《布爾什維克》上刊登的文章多嗎？做出反右傾決議的支部多嗎？你們撰寫的關於陳獨秀的小冊子多嗎？你們看一看蘇聯、德國和共產國際的其他黨。共產國際的所有黨在許多年間都撰寫文章、小冊子等，這以後才把這些違反黨紀者趕出黨的隊伍。我們希望你們進行這樣的反右傾機會主義的鬥爭，並想在這方麵幫助你們。開除黨員隻應在被開除者已經沒有希望的時候進行。我們隻是要求進行這場運動要同保衛蘇聯這個重要問題結合起來。[61]
12月14日，中共中央政治局採取嚴重步驟，直接向莫斯科最高當局控告，在給遠東局並送聯共中央總書記史達林和政治局委員莫洛托夫等人信中，再次批評遠東局的關於國際執委員第十次全會的決議：「這不過是在減輕陳獨秀及其追隨者的右傾錯誤」，對陳獨秀們仍然抱有幻想，是「在客觀上否定中央把他們開除出黨的決定」，隻能是調和主義。[62]
17日，在上海舉行的遠東局與中共中央政治局第三次聯席會議上，遠東局成員對中共中央的指責進行了反擊。
羅伯特（時任共產國際執委會駐華代表——引者）說：看來，李立三和政治局在力求駁斥我們的批評時，在某種程度上變成了陳獨秀的犧牲品，因為帝國主義列強之間存在明顯分歧而忽略了資本主義世界和蘇維埃世界之間的主要矛盾。由於我們在決議中指出，陳獨秀的主要錯誤是他對保衛蘇聯的態度問題，所以李立三同誌攻擊我們的決議，這個情況也是他忽略革命和反革命之間的主要矛盾有關。就因為我們談到這個主要問題，即對遭到進攻的蘇聯的態度問題，就使我們的決議具有了調和主義性質。我們曾同他（李立三——引者）詳細地談到如何在黨內從思想上和組織上開展反對陳獨秀的運動，他開了個輕浮的玩笑，說我們對陳獨秀抱有幻想。
中共中央總書記向忠發辯解說：你們隻指出了陳獨秀在中東路問題上的口號，沒有指出他和他們反對黨和共產國際路線這樣重要的東西，沒有指出他和他的信徒組成了幾個小派別和破壞我們的組織係統的情況。你們沒有提及整個這個情況。我們不能接受你們的意見，而相反，應該反對你們的意見。我同意奧斯藤同誌的建議，將這個問題提交共產國際解決，因為在這裏，我們知道，我們無法解決這個問題。[63]