但是，莫斯科再次否定了陳獨秀的這個要求和主張。
而且，正是基於這種退出國民黨的立場，陳獨秀才在這封信中說：「貴黨『黨務整理案』原本關及貴黨內部問題，無論如何決定，他黨均無權贊否。」可是，傳統黨史論著，均以此證明陳獨秀是接受「整理黨務整理案」的。這是多麽驚人的對歷史的曲解。
反對北伐風波
1913年第二次革命失敗後，孫中山多次依靠南方軍閥進行北伐，都未出師而夭折，成為他一生中最大的遺憾。所以，「革命尚未成功，同誌仍需努力」，成了他遺囑的中心思想。蔣介石掌握國民黨軍政大權後，自認是孫中山的第一繼承人，高唱「繼承總理遺誌」，無論是統一中國，還是實現他個人奪取中國最高權力的「拿破倫式」的理想——「北伐，打倒北洋政府」，自然是他夢寐以求的目標。對於中國共產黨來說，打倒北洋軍閥也是其實現民主革命綱領中「打倒封建主義」的具體目標，所以，早在1926年2月中共中央在北京舉行特別會議，專門討論了支持廣州國民政府北伐問題，並做出「我黨應從各方麵準備北伐」的決定。
陳獨秀雖因在上海患傷寒「失蹤」未參加會議，但事後對這個決定是擁護的。
3月14日，陳獨秀主持中共中央向全黨發出《中央通告第七十九號》，進一步表明支持北伐的態度：
黨在現時政治上主要的職任是從各方麵準備廣東政府的北伐；而北伐的納必須是以解決農民問題作主幹。廣東政府是中國國民革命唯一的根據地，隻有它的勢力之發展，可以推動全國民眾及接近民眾的武力更加爆發革命的火焰，而且廣東政府也隻有向外發展的北伐，煽動全國反帝國主義的暴動，才能增強自己的聲威，才能維持自己的存在，否則必為反對勢力所包圍而陷落。[49]
可以看出，這時的陳獨秀的思想，與鮑羅廷支持孫中山北上和在這次北伐問題上的思想是完全一致了；革命不能在廣州等死，必須向外發展。在經受了「中山艦事件」「黨務整理案」的打擊後，鮑和廣東區委以及陳獨秀中共中央，都迫切地期望如此。而鮑與陳的關係也越來越密切。特別是大革命後期，飽受莫斯科和國民黨雙重打擊後的陳獨秀情緒消極，隻得跟隨鮑羅廷走，簡直到了鮑唱陳隨、亦步亦趨的程度。
具有戲劇性意味的是，莫斯科這次對北伐的態度，出現了與鮑、陳相反的情況。他們遙控指導中國革命的方針，首先考慮的是自身狹隘的民族利益，為了推行所謂的「喘息政策」，它主張與帝國主義和北洋政府妥協。而如果國民黨北伐，一是必然引起各帝國主義攻擊與國民黨結盟的蘇聯；二是有可能在中山艦事件上使莫斯科大丟臉麵的蔣介石新右派集團在北伐中迅速壯大，使其在國民黨內的奪權行為合法化，越來越難以為莫斯科所駕馭；三是擔心北伐導致北方張作霖、吳佩孚進一步聯合進攻蘇聯支持的馮玉祥國民革命軍。為此，早在1925年12月3日的聯共中央政治局會議上，作為會議決議的史達林指示就說：「廣州人擬議中的北伐在目前時刻是不能容許的，建議廣州人將自己的精力集中在內部的鞏固上。」[50]
內容類似的決定還在1926年4月1日、15日的聯共中央政治局會議決定中一再重申，並指示中國。直到1926年5月6日的聯共中央政治會議得知由於蔣介石的堅持，北伐實際上已無法阻止，而且湖南唐生智由於受到吳佩孚的壓迫，請求廣東政府支援，否則廣州將失去湖南這個屏障。於是史達林為首的政治局在堅持原議的前提下做出一點鬆動：「（蘇共）中央過去認為、現在仍認為不能分散廣州的軍事力量」，「鑑於目前出現的情況，認為可以派遣一支規模不大的遠征軍去保衛通往廣州的要道——湖南省，但不能讓軍隊擴展到該省疆界之外」。但是，這月20日，史達林等人收到布勃諾夫關於中國情況的總報告後，又開政治局會議，再次擰緊了反對北伐的螺絲，「責成廣州同誌保證實行政治局不止一次重申的堅決譴責在目前進行北伐或準備北伐的指示」。[51]
在以上長達半年的時間裏，莫斯科如此三令五申阻止北伐，但沒有成效。鮑羅廷顯然由於贊同北伐或感到中國的實際情況根本無法阻止北伐，對莫斯科的指示置若罔聞。於是，聯共政治局責令共產國際直接向中共中央施加影響。1926年6月，忠於職守，既認真執行莫斯科指示，又努力保護中國共產黨的維經斯基，趁奉命來華組建共產國際遠東局的機會，嚐試調解莫斯科與中共中央之間在北伐問題上的關係。他在這月11日報告莫斯科說：
關於北伐問題，盡管莫斯科作了各種指示，但在這裏這仍然是一個十分迫切的問題。我還不能確切地說，中央的情緒怎樣，但這裏的同誌們堅定不移地主張進行北伐。看來必須就此問題同中央認真地談一談。[52]
6月19日，共產國際遠東局在上海正式成立，把說服陳獨秀中共中央改變支持北伐的態度作為第一項任務。21日就做出決定認為：「在廣州內部業已形成的形勢下舉行北伐是有害的。」[53]
雖然從1920年建黨以來，維經斯基與陳獨秀情誼深厚，但前者很快發現，這次勸說陳改變對北伐的態度，遠比當初勸他建黨難。維的理由就是莫斯科歷次決定中反覆重申了的，但陳對此說進行了頑強的抵抗，而抵抗的理由也是之前的。在6月30日舉行的遠東局會議上，陳獨秀甚至這樣表示：以他自己的名義向共產國際執行委員會發一電報，說明中共中央內部一致主張進行北伐，以使廣州擺脫內外威脅。[54]以致維在第二天給莫斯科的電報中哀嘆說：中共中央委員會總的情緒是主張進行北伐，認為這是使廣州擺脫內外威脅的唯一出路。
而且，正是基於這種退出國民黨的立場，陳獨秀才在這封信中說：「貴黨『黨務整理案』原本關及貴黨內部問題，無論如何決定，他黨均無權贊否。」可是，傳統黨史論著，均以此證明陳獨秀是接受「整理黨務整理案」的。這是多麽驚人的對歷史的曲解。
反對北伐風波
1913年第二次革命失敗後，孫中山多次依靠南方軍閥進行北伐，都未出師而夭折，成為他一生中最大的遺憾。所以，「革命尚未成功，同誌仍需努力」，成了他遺囑的中心思想。蔣介石掌握國民黨軍政大權後，自認是孫中山的第一繼承人，高唱「繼承總理遺誌」，無論是統一中國，還是實現他個人奪取中國最高權力的「拿破倫式」的理想——「北伐，打倒北洋政府」，自然是他夢寐以求的目標。對於中國共產黨來說，打倒北洋軍閥也是其實現民主革命綱領中「打倒封建主義」的具體目標，所以，早在1926年2月中共中央在北京舉行特別會議，專門討論了支持廣州國民政府北伐問題，並做出「我黨應從各方麵準備北伐」的決定。
陳獨秀雖因在上海患傷寒「失蹤」未參加會議，但事後對這個決定是擁護的。
3月14日，陳獨秀主持中共中央向全黨發出《中央通告第七十九號》，進一步表明支持北伐的態度：
黨在現時政治上主要的職任是從各方麵準備廣東政府的北伐；而北伐的納必須是以解決農民問題作主幹。廣東政府是中國國民革命唯一的根據地，隻有它的勢力之發展，可以推動全國民眾及接近民眾的武力更加爆發革命的火焰，而且廣東政府也隻有向外發展的北伐，煽動全國反帝國主義的暴動，才能增強自己的聲威，才能維持自己的存在，否則必為反對勢力所包圍而陷落。[49]
可以看出，這時的陳獨秀的思想，與鮑羅廷支持孫中山北上和在這次北伐問題上的思想是完全一致了；革命不能在廣州等死，必須向外發展。在經受了「中山艦事件」「黨務整理案」的打擊後，鮑和廣東區委以及陳獨秀中共中央，都迫切地期望如此。而鮑與陳的關係也越來越密切。特別是大革命後期，飽受莫斯科和國民黨雙重打擊後的陳獨秀情緒消極，隻得跟隨鮑羅廷走，簡直到了鮑唱陳隨、亦步亦趨的程度。
具有戲劇性意味的是，莫斯科這次對北伐的態度，出現了與鮑、陳相反的情況。他們遙控指導中國革命的方針，首先考慮的是自身狹隘的民族利益，為了推行所謂的「喘息政策」，它主張與帝國主義和北洋政府妥協。而如果國民黨北伐，一是必然引起各帝國主義攻擊與國民黨結盟的蘇聯；二是有可能在中山艦事件上使莫斯科大丟臉麵的蔣介石新右派集團在北伐中迅速壯大，使其在國民黨內的奪權行為合法化，越來越難以為莫斯科所駕馭；三是擔心北伐導致北方張作霖、吳佩孚進一步聯合進攻蘇聯支持的馮玉祥國民革命軍。為此，早在1925年12月3日的聯共中央政治局會議上，作為會議決議的史達林指示就說：「廣州人擬議中的北伐在目前時刻是不能容許的，建議廣州人將自己的精力集中在內部的鞏固上。」[50]
內容類似的決定還在1926年4月1日、15日的聯共中央政治局會議決定中一再重申，並指示中國。直到1926年5月6日的聯共中央政治會議得知由於蔣介石的堅持，北伐實際上已無法阻止，而且湖南唐生智由於受到吳佩孚的壓迫，請求廣東政府支援，否則廣州將失去湖南這個屏障。於是史達林為首的政治局在堅持原議的前提下做出一點鬆動：「（蘇共）中央過去認為、現在仍認為不能分散廣州的軍事力量」，「鑑於目前出現的情況，認為可以派遣一支規模不大的遠征軍去保衛通往廣州的要道——湖南省，但不能讓軍隊擴展到該省疆界之外」。但是，這月20日，史達林等人收到布勃諾夫關於中國情況的總報告後，又開政治局會議，再次擰緊了反對北伐的螺絲，「責成廣州同誌保證實行政治局不止一次重申的堅決譴責在目前進行北伐或準備北伐的指示」。[51]
在以上長達半年的時間裏，莫斯科如此三令五申阻止北伐，但沒有成效。鮑羅廷顯然由於贊同北伐或感到中國的實際情況根本無法阻止北伐，對莫斯科的指示置若罔聞。於是，聯共政治局責令共產國際直接向中共中央施加影響。1926年6月，忠於職守，既認真執行莫斯科指示，又努力保護中國共產黨的維經斯基，趁奉命來華組建共產國際遠東局的機會，嚐試調解莫斯科與中共中央之間在北伐問題上的關係。他在這月11日報告莫斯科說：
關於北伐問題，盡管莫斯科作了各種指示，但在這裏這仍然是一個十分迫切的問題。我還不能確切地說，中央的情緒怎樣，但這裏的同誌們堅定不移地主張進行北伐。看來必須就此問題同中央認真地談一談。[52]
6月19日，共產國際遠東局在上海正式成立，把說服陳獨秀中共中央改變支持北伐的態度作為第一項任務。21日就做出決定認為：「在廣州內部業已形成的形勢下舉行北伐是有害的。」[53]
雖然從1920年建黨以來，維經斯基與陳獨秀情誼深厚，但前者很快發現，這次勸說陳改變對北伐的態度，遠比當初勸他建黨難。維的理由就是莫斯科歷次決定中反覆重申了的，但陳對此說進行了頑強的抵抗，而抵抗的理由也是之前的。在6月30日舉行的遠東局會議上，陳獨秀甚至這樣表示：以他自己的名義向共產國際執行委員會發一電報，說明中共中央內部一致主張進行北伐，以使廣州擺脫內外威脅。[54]以致維在第二天給莫斯科的電報中哀嘆說：中共中央委員會總的情緒是主張進行北伐，認為這是使廣州擺脫內外威脅的唯一出路。