於是，二大精神和陳獨秀的思想在當時就被一些人誤解，以為他主張在民主革命中放棄革命領導權。第一個起來批評陳獨秀的是剛剛被陳獨秀從莫斯科帶回來的瞿秋白。在陳參加莫斯科共產國際四大期間，由於劉仁靜主譯英語，更加需要的、精於俄語的瞿秋白就成為中共代表團的主要翻譯。他一直隨同陳獨秀口譯會議講話和筆譯文件、大會簡報等。瞿當時在莫斯科東方大學執教，多次見過列寧，還是1922年參加遠東勞動人民代表會議中國代表團的成員。由於他所處的環境、他的學養和勤奮，他對馬克思、恩格斯、列寧的原著有較深的研究，可以說在當時成員不多的中國共產黨人眼中理論水平是最高的。陳獨秀與瞿秋白朝夕相處，見他是自己的同誌，又熟悉馬克思列寧主義和俄國革命，認識蘇共領袖人物，也熟悉共產國際方麵的事務，所以對他產生很好的印象。劉仁靜說：「在共產國際四大上，他和陳獨秀談得很投機，和我關係也不錯。」再加上當時幹部奇缺，所以，陳獨秀就動員他一起回國工作。瞿秋白欣然同意。其實，他這次也不是初識陳獨秀，並早有敬仰之情。五四運動期間，他與鄭振鐸、郭紹虞、許地山等辦新文化刊物《新社會》時，曾與鄭振鐸等一起拜訪過「青年運動的領袖」陳獨秀。瞿秋白還把這件事，寫進了《革新的時機到了》一文中，發表在《新社會》第3期上。這次回國工作，直接為祖國服務，也是他的願望。他說：在蘇聯「研究社會哲學的理論如此之久，而現實的社會生活隻有俄國歷史及現今的環境，中國社會呢？不僅中國書籍沒有，不用說現代的不能研究，就是歷史的都不成。於是決定回國一次。」[52]
回國時，瞿秋白與陳獨秀原本同行，但見此時的東北王張作霖竭力反對「赤化」，殘酷鎮壓共產黨，陳、瞿同行目標太大，於是，在到達臨近滿洲裏的一個小站時，瞿秋白先下車，沒有與陳獨秀一起直達滿洲裏。然後，二人先後到達北京——當時中共中央所在地。為了就近領導北方的工人運動，中共中央是在1922年10月遷到北京的。但是，不久發生吳佩孚血腥屠殺京漢鐵路工人的「二七慘案」，北方工人運動轉入低潮。中共中央又不得不遷回上海。李大釗原本準備為瞿秋白在北京大學謀一教授職位，執教俄國文學史，但北大的聘書遲遲發不下來。陳獨秀黨中央就委託他籌辦已經在1922年7月出滿九卷休刊的《新青年》（季刊），著重發表理論探索的文章，所以這是中共中央理論刊物。瞿秋白任主編，同時，他又主編中共中央另一機關刊物《前鋒》，並參加編輯政治機關報《嚮導》，這都是陳獨秀因才而用，充分發揮瞿秋白在理論方麵的特長。他不僅編輯這些刊物，還親自撰寫重頭文章。他抽空還為《民國日報》《東方雜誌》等刊物寫文章。據不完全統計，從1923年1月到1927年7月，他所寫的政治理論著述200多篇，100多萬字，大多發表在上述報刊上。這是他的政治理論著述豐富而輝煌的時期。
最重要的是，由於中國共產黨初創時期理論準備不足，瞿秋白運用他深厚的理論功底，以馬克思主義的基本原理分析中國國情，考察中國社會狀況，提出了一係列較新鮮的觀點，如中國革命的性質、任務、對象、動力，以及革命的戰略和策略等，盡管不免有很多教條主義的成分，但是在當時馬克思主義理論匱乏的中共黨人中，無疑是傑出的馬克思主義理論家和宣傳家。
但是，一個人的優點，往往也就是他的弱點。1921年、1922年，瞿秋白在俄國兩年，在馬克思主義第一個勝利實驗地——列寧主義的故鄉，得以係統地學習、研究馬克思列寧主義，使他具有了與同時代中國共產黨人相比高得多的理論修養，但是，也因此付出了代價，即長時期地脫離中國現實鬥爭的實際。一方麵他能從理論和原則高度，敏感發現其他同誌不易發現的黨內和革命中發生的非馬克思主義的錯誤傾向；另一方麵，他的主張往往在現實鬥爭中難以實行，他本人有時也不得不屈從潮流或「潔身自愛」作壁上觀，當革命因此而遭受挫折時，他會走向另一極端——「左」傾和教條。這種風格與陳獨秀的由於理論上的薄弱而往往遷就現實、善於變化、講究策略以致被認為「右」傾的狀況，適成鮮明對照。於是，二人很快發生思想衝突。
1923年6月，瞿秋白來到廣州，與陳獨秀等一起參加了中共三大的籌備工作，並且主持起草黨綱黨章。在會上，他擁護馬林提出的全體共產黨員參加國民黨的方針，也聽到了馬林、陳獨秀等「一切工作歸國民黨」，此時「沒有階級鬥爭，隻有民族鬥爭」，「無產階級和共產黨的獨立性此時是鬼話」[53]等言論。對於三大通過的瞿秋白起草的《黨綱》，在會後付印前，陳獨秀又做了幾處修改，例如：
一、原文「此革命之中，隻有無產階級是唯一的、最現實的、最先進的最徹底的力量，因為其餘的階級……」一句，改為「無產階級卻是一種現實的最徹底的有力部分」，並在「其餘階級」下麵加了「一時不易免除妥協的傾向」。
二、原文「……不得農民參加革命不能成功」，改為「……也很難成功」。
三、原文「無產階級應竭力參加促進此民族革命……督促不徹底的資產階級……」改為「……督促苟且偷安的資產階級」。
回國時，瞿秋白與陳獨秀原本同行，但見此時的東北王張作霖竭力反對「赤化」，殘酷鎮壓共產黨，陳、瞿同行目標太大，於是，在到達臨近滿洲裏的一個小站時，瞿秋白先下車，沒有與陳獨秀一起直達滿洲裏。然後，二人先後到達北京——當時中共中央所在地。為了就近領導北方的工人運動，中共中央是在1922年10月遷到北京的。但是，不久發生吳佩孚血腥屠殺京漢鐵路工人的「二七慘案」，北方工人運動轉入低潮。中共中央又不得不遷回上海。李大釗原本準備為瞿秋白在北京大學謀一教授職位，執教俄國文學史，但北大的聘書遲遲發不下來。陳獨秀黨中央就委託他籌辦已經在1922年7月出滿九卷休刊的《新青年》（季刊），著重發表理論探索的文章，所以這是中共中央理論刊物。瞿秋白任主編，同時，他又主編中共中央另一機關刊物《前鋒》，並參加編輯政治機關報《嚮導》，這都是陳獨秀因才而用，充分發揮瞿秋白在理論方麵的特長。他不僅編輯這些刊物，還親自撰寫重頭文章。他抽空還為《民國日報》《東方雜誌》等刊物寫文章。據不完全統計，從1923年1月到1927年7月，他所寫的政治理論著述200多篇，100多萬字，大多發表在上述報刊上。這是他的政治理論著述豐富而輝煌的時期。
最重要的是，由於中國共產黨初創時期理論準備不足，瞿秋白運用他深厚的理論功底，以馬克思主義的基本原理分析中國國情，考察中國社會狀況，提出了一係列較新鮮的觀點，如中國革命的性質、任務、對象、動力，以及革命的戰略和策略等，盡管不免有很多教條主義的成分，但是在當時馬克思主義理論匱乏的中共黨人中，無疑是傑出的馬克思主義理論家和宣傳家。
但是，一個人的優點，往往也就是他的弱點。1921年、1922年，瞿秋白在俄國兩年，在馬克思主義第一個勝利實驗地——列寧主義的故鄉，得以係統地學習、研究馬克思列寧主義，使他具有了與同時代中國共產黨人相比高得多的理論修養，但是，也因此付出了代價，即長時期地脫離中國現實鬥爭的實際。一方麵他能從理論和原則高度，敏感發現其他同誌不易發現的黨內和革命中發生的非馬克思主義的錯誤傾向；另一方麵，他的主張往往在現實鬥爭中難以實行，他本人有時也不得不屈從潮流或「潔身自愛」作壁上觀，當革命因此而遭受挫折時，他會走向另一極端——「左」傾和教條。這種風格與陳獨秀的由於理論上的薄弱而往往遷就現實、善於變化、講究策略以致被認為「右」傾的狀況，適成鮮明對照。於是，二人很快發生思想衝突。
1923年6月，瞿秋白來到廣州，與陳獨秀等一起參加了中共三大的籌備工作，並且主持起草黨綱黨章。在會上，他擁護馬林提出的全體共產黨員參加國民黨的方針，也聽到了馬林、陳獨秀等「一切工作歸國民黨」，此時「沒有階級鬥爭，隻有民族鬥爭」，「無產階級和共產黨的獨立性此時是鬼話」[53]等言論。對於三大通過的瞿秋白起草的《黨綱》，在會後付印前，陳獨秀又做了幾處修改，例如：
一、原文「此革命之中，隻有無產階級是唯一的、最現實的、最先進的最徹底的力量，因為其餘的階級……」一句，改為「無產階級卻是一種現實的最徹底的有力部分」，並在「其餘階級」下麵加了「一時不易免除妥協的傾向」。
二、原文「……不得農民參加革命不能成功」，改為「……也很難成功」。
三、原文「無產階級應竭力參加促進此民族革命……督促不徹底的資產階級……」改為「……督促苟且偷安的資產階級」。