整理編訂蔡元培遺著、組織編寫蔡元培傳記，輯錄時人悼念文章，都是記錄和傳達歷史記憶的一種表達方式。學術界對蔡元培生平的書寫，一直是圍繞著蔡元培出長北大、創建中央研究院的經歷展開。具體的行文除了肯定蔡元培的創設之功外，更多關注的是蔡元培在北大革新中表現出來的品德和聚攏新舊各派人才的氣度，而正是在此種方式的不斷敘說中，蔡元培道德與學問楷模的形象逐漸流傳於世。
二 國民黨的紀念：「忠實黨員」
1940年3月，陳獨秀在《中央日報》悼念特刊中發表了《蔡孑民先生逝世後感言》一文。在文章的最後，他說道：「五四運動，是中國現代社會發展之必然的產物，無論是功是罪，都不應該歸到那幾個人；可是蔡先生，適之和我，乃是當時在思想言論上負主要責任的人，關於重大問題時論既有疑義，適之不在國內，後死的我，不得不在此短文中順便申說一下，以告天下後世，以為蔡先生紀念！」[89]這段文字一般被用來證明蔡、陳、胡三人在五四新文化運動中所起到的特殊作用，卻常常有意取頭去尾，往往忽視了關鍵的「關於重大問題時論既有疑義」一句。如果能與1940年之後政治社會語境互為參看，或許更易理解陳氏所謂「疑義」之說。
自1939年1月國民黨五屆五中全會召開之後，國民黨開始貫徹「溶共、防共、限共、反共」的方針政策。隨著現實政治中意識形態鬥爭逐漸加劇，國共兩黨紛紛展開對「五四運動」形成與發展的思想淵源、行動邏輯、意義等問題的重新解讀。[90]蔡元培雖被尊奉為國民黨「元老」，但就其一生的政治立場而言，他更傾向於自由主義。[91]不過，思想上想要處於一種超然的位置是一事，麵對現實政治時能夠最終成為何種利益的代表則是另一事。蔡元培與國民黨素有的歷史淵源和晚年高調從政的經歷，皆成為國民黨可堪利用的思想資源。
1940年3月24日，重慶《中央日報》針對當日各界追悼蔡元培大會發表的社論，其論證過程中處處可見欲借蔡元培而發抒國民黨政治傾向的論調。社論先是肯定地表示，即便是在「萬感交集的今天」，也要「猛憶著一個事實」，即是「在抗戰緊張的時節追念蔡先生，在國家民族最危急的關頭悼思蔡先生」。「在今天的環境中，蔡先生的精神就是國家民族生存奮鬥中一盞明燈」。那麽，蔡元培的精神是什麽呢？就是「蔡先生生前表現的道義勇氣」。文章至此話鋒一變，轉而說道：
革命黨整個的動作，就是一個道義的勇敢，本黨從前的推翻滿清，打到北洋軍閥，今日的抗戰建國，就是一個道義的勇敢行為，道義的勇敢是根據信仰發生的。蔡先生一生奮鬥前進，蔡先生是一個有信仰的人，蔡先生的勇敢是跟著他的信仰而來的，今天追悼蔡先生，要效法蔡先生畢生表現之道義的勇氣。隻要是根據道義的，我們要向前進攻向前奮鬥。[92]
社論最後更是直接拿蔡元培國民黨黨員的身份做起文章，說道：
蔡先生是鼓舞我們這種勇氣的榜樣，我們須學蔡先生的勇氣，同時我們還須學蔡先生的信仰。蔡先生是數十年來本黨一個忠實黨員，三民主義一個信徒。探本窮源，蔡先生的精神是發源在此，蔡先生事業的發揚亦在此。追悼蔡先生要攀繞著蔡先生的精神，追溯蔡先生的精神，要提倡信仰，信仰救世的三民主義，信仰救國的中國國民黨！
整篇社論的邏輯論證理路是：由蔡元培具有道義勇氣的精神，到抗戰建國的革命也是道義勇敢的行為，再到蔡元培是信仰革命、信仰三民主義的。由此便直接得出結論：悼念蔡元培的最好方式便是像他那樣信仰國民黨領導的三民主義革命。這樣的邏輯推演，每段論據看似皆出自事實，並無太大漏洞，而問題正是出在對論據的選擇上，即抽離於歷史情景的解讀愈深入，恐怕離歷史真實愈遠。
與上述社論中相對生硬地論述蔡元培與國民黨的關係比起來，國民黨對蔡元培的紀念和重塑更多是通過對「五四運動」的紀念而關聯到一起的。1919～1949年，國民黨一直在不斷調整對「五四運動」定位的論證，最主要的就是盡力將「五四運動」納入其發動的反帝國主義反軍閥的國民革命序列。[93]在此過程中，作為五四時期北大校長的蔡元培亦隨之被屢屢提及。1940年5月4日，《中央日報》在紀念「五四運動」的社論中，特意強調了「五四運動」的發生是「在民國八年，亦即新近逝世的蔡孑民先生到『北大』任校長後的第三年，依歷史的眼光來分析，那時候之所以會有『五四運動』，與『五四運動』之所以能夠成功，直接間接，都可說是受著本黨革命精神所領導」。[94]1942年，王星拱在《「五四」的回憶》一文中的表述則更為直接。他說：
辛亥革命，雖告成功，然而國民黨的力量和意識始終沒有跨進北京城一步。……自從蔡孑民先生做了北京大學校長，於是有若幹國民黨人，以及趨向與同情於國民黨者，才能活動於這個汙濁頹朽的大圈子中的一個清明奮發的小圈子裏。他們對於北洋軍閥政府，處處都採取對敵和革命的態度。至於破除廣被朝野的迷信、詆毀剩餘不合時代性的禮製，都是向這一個目標進攻的連帶方法。風聲所樹，傳播極廣，所以五四運動發動之後，不出旬日之間，自北京而傳至全國，自學生而傳至各界，有如古人所謂撓萬物者莫疾乎風，是誠為歷史上不曾多見之事例也。[95]
二 國民黨的紀念：「忠實黨員」
1940年3月，陳獨秀在《中央日報》悼念特刊中發表了《蔡孑民先生逝世後感言》一文。在文章的最後，他說道：「五四運動，是中國現代社會發展之必然的產物，無論是功是罪，都不應該歸到那幾個人；可是蔡先生，適之和我，乃是當時在思想言論上負主要責任的人，關於重大問題時論既有疑義，適之不在國內，後死的我，不得不在此短文中順便申說一下，以告天下後世，以為蔡先生紀念！」[89]這段文字一般被用來證明蔡、陳、胡三人在五四新文化運動中所起到的特殊作用，卻常常有意取頭去尾，往往忽視了關鍵的「關於重大問題時論既有疑義」一句。如果能與1940年之後政治社會語境互為參看，或許更易理解陳氏所謂「疑義」之說。
自1939年1月國民黨五屆五中全會召開之後，國民黨開始貫徹「溶共、防共、限共、反共」的方針政策。隨著現實政治中意識形態鬥爭逐漸加劇，國共兩黨紛紛展開對「五四運動」形成與發展的思想淵源、行動邏輯、意義等問題的重新解讀。[90]蔡元培雖被尊奉為國民黨「元老」，但就其一生的政治立場而言，他更傾向於自由主義。[91]不過，思想上想要處於一種超然的位置是一事，麵對現實政治時能夠最終成為何種利益的代表則是另一事。蔡元培與國民黨素有的歷史淵源和晚年高調從政的經歷，皆成為國民黨可堪利用的思想資源。
1940年3月24日，重慶《中央日報》針對當日各界追悼蔡元培大會發表的社論，其論證過程中處處可見欲借蔡元培而發抒國民黨政治傾向的論調。社論先是肯定地表示，即便是在「萬感交集的今天」，也要「猛憶著一個事實」，即是「在抗戰緊張的時節追念蔡先生，在國家民族最危急的關頭悼思蔡先生」。「在今天的環境中，蔡先生的精神就是國家民族生存奮鬥中一盞明燈」。那麽，蔡元培的精神是什麽呢？就是「蔡先生生前表現的道義勇氣」。文章至此話鋒一變，轉而說道：
革命黨整個的動作，就是一個道義的勇敢，本黨從前的推翻滿清，打到北洋軍閥，今日的抗戰建國，就是一個道義的勇敢行為，道義的勇敢是根據信仰發生的。蔡先生一生奮鬥前進，蔡先生是一個有信仰的人，蔡先生的勇敢是跟著他的信仰而來的，今天追悼蔡先生，要效法蔡先生畢生表現之道義的勇氣。隻要是根據道義的，我們要向前進攻向前奮鬥。[92]
社論最後更是直接拿蔡元培國民黨黨員的身份做起文章，說道：
蔡先生是鼓舞我們這種勇氣的榜樣，我們須學蔡先生的勇氣，同時我們還須學蔡先生的信仰。蔡先生是數十年來本黨一個忠實黨員，三民主義一個信徒。探本窮源，蔡先生的精神是發源在此，蔡先生事業的發揚亦在此。追悼蔡先生要攀繞著蔡先生的精神，追溯蔡先生的精神，要提倡信仰，信仰救世的三民主義，信仰救國的中國國民黨！
整篇社論的邏輯論證理路是：由蔡元培具有道義勇氣的精神，到抗戰建國的革命也是道義勇敢的行為，再到蔡元培是信仰革命、信仰三民主義的。由此便直接得出結論：悼念蔡元培的最好方式便是像他那樣信仰國民黨領導的三民主義革命。這樣的邏輯推演，每段論據看似皆出自事實，並無太大漏洞，而問題正是出在對論據的選擇上，即抽離於歷史情景的解讀愈深入，恐怕離歷史真實愈遠。
與上述社論中相對生硬地論述蔡元培與國民黨的關係比起來，國民黨對蔡元培的紀念和重塑更多是通過對「五四運動」的紀念而關聯到一起的。1919～1949年，國民黨一直在不斷調整對「五四運動」定位的論證，最主要的就是盡力將「五四運動」納入其發動的反帝國主義反軍閥的國民革命序列。[93]在此過程中，作為五四時期北大校長的蔡元培亦隨之被屢屢提及。1940年5月4日，《中央日報》在紀念「五四運動」的社論中，特意強調了「五四運動」的發生是「在民國八年，亦即新近逝世的蔡孑民先生到『北大』任校長後的第三年，依歷史的眼光來分析，那時候之所以會有『五四運動』，與『五四運動』之所以能夠成功，直接間接，都可說是受著本黨革命精神所領導」。[94]1942年，王星拱在《「五四」的回憶》一文中的表述則更為直接。他說：
辛亥革命，雖告成功，然而國民黨的力量和意識始終沒有跨進北京城一步。……自從蔡孑民先生做了北京大學校長，於是有若幹國民黨人，以及趨向與同情於國民黨者，才能活動於這個汙濁頹朽的大圈子中的一個清明奮發的小圈子裏。他們對於北洋軍閥政府，處處都採取對敵和革命的態度。至於破除廣被朝野的迷信、詆毀剩餘不合時代性的禮製，都是向這一個目標進攻的連帶方法。風聲所樹，傳播極廣，所以五四運動發動之後，不出旬日之間，自北京而傳至全國，自學生而傳至各界，有如古人所謂撓萬物者莫疾乎風，是誠為歷史上不曾多見之事例也。[95]