此段時間，北大內部各派學生意見分歧更加擴大。北大學生會議決派出李辛之、趙子懋為代表赴京請願，堅決要求保存北大完整。與之對立的上課促成委員會則仍以即日開課為根本目標，要求援照女子大學前例，另賃校舍以便開課。他們不承認學生會派出的代表，曾致電中央各機關，稱李、趙二人是「假竊公名」，別有企圖。[192]李、趙二人在南京、上海等地頗為活躍，曾謁見蔡元培、蔣夢麟、陳大齊等，堅持要求取消北平大學區。[193]蔡元培對此表示，「李（石曾）先生辦學主張，與餘相同，其在北平大學主持教育，與餘無異。餘與李數十年患難至交，反李即是反餘」。[194]此段表態或許並非蔡之原話，但從其對此次事件的冷淡態度來看，所言應該大致不差。
在吳稚暉的調停下，南下代表接受「北大學院」的稱謂，並同意對文、理、法三科進行改組以保存北大之完整。盡管學生對此辦法仍有不少分歧，但對復校之事「均趨於主張從速解決之一途」。[195]此前已宣告結束的讀書運動會再發宣言，仍主張盡快開課。宣言中提到：我們以為是張三來也好，是李四來也好，隻求他是有誠意來辦學，倒不妨在學術上來詳細商量。若是我們隻認定某人就配長北大，除某人外他人就不配長北大，那麽北京大學便成了世襲萬世一家一姓之學校了。[196]這份宣言有156人簽名的上課宣言，參與人數占到當時在校生人數的半數以上。[197]復校一事對於大多數北大學生來說，已經不堪其苦，無論是否改名，不管何人長校，但求早日開學。北大教職員及學生大多建議「趁機收束」，趙子懋等人也感到「努力無方」。1月底，學生會最終經投票議決，同意以北平大學北大學院為校名，並以陳大齊為院長，仍照北大原有預算75000元為最高預算。[198]至此，北大復校運動暫時畫上了句號。
可惜這種平靜並未持續得太久。1929年6月25日，行政院第27次會議議決於當年暑假內即行停止浙江大學區及北平大學區，年底前結束中央大學區。[199]消息傳出之後，北大復校之聲再次響起。北大學生會議決宣布恢復北京大學校名，改懸掛新校牌，並聯絡學校當局及教職員致電蔡元培，歡迎其回校主持一切，同時還致電國府及教育部請求任命蔡元培為校長。[200]北平大學校長李石曾此時也向國府遞交辭呈，請蔡元培回校。[201]
對於北大方麵的盛情邀請，蔡元培的回應仍算不上積極。他對寧漢衝突升級之後的政局更為失望，離京赴滬，繼續以「沉默對之」。[202]6月初，他再次明確提出辭去監察院院長一職，並於同日上呈國民黨中央執委會及國民政府，正式遞交辭呈。[203]自1928年8月辭去大學院院長之後，蔡元培對政治大勢的判斷一直頗為消極，此時他已將絕大部分精力投入中央研究院的建設，希望可以在其中有所作為。而他雖然不可能完全隔絕與教育界的聯繫，但對北平教育界諸多事情，非必要時並不會介入。[204]
6月29日，蔡元培帶病出席在天津召開的中華教育文化基金董事會。[205]得知此消息後，北大教職工會及學生會均派代表趕赴天津，請其回校主持一切。蔡元培以體弱為由並沒有答應去平，隻是勸慰學生要以鎮靜態度對待覆校，希望以法律途徑表示訴求。[206]此後，北大教職員工會、學生會、南京北大同學會等迭次致電國府及教育部，請求明令蔡元培為北大校長，後又派出代表南下迎接蔡返校。[207]北大學生之所以堅決要求蔡元培回校，也有現實考慮。他們希望藉助蔡元培的號召力聯絡北大，把已離校的舊教授盡數召回，且最好能將北大校務理出頭緒。[208]對此，傅斯年也有清醒的判斷，在給蔡元培的信中寫道：
北大學生之歡迎先生，非高陽相國（指李石曾——引者注）部下所喜也，亦非現在北大之教職員（無論以前與先生有無交情）所喜也。然學生之歡迎則出於真誠，其故有三：一、北大之傳訓固與先生不可折而為二，願先生重來以為精神上之光寵。二、願先生來能以寬博之態度拉回若幹好的舊教員，增加若幹好的新教員。三、願先生來北大隆高其社會上之地位。然此三事，除第三稍須與名相幹外，其他皆實事，非可以掛名之法滿足人意者。故若於下列各事無充分之成績，則此日北大學生熱烈歡迎先生來校之忱為之散消。[209]
出身北大的傅斯年恐怕最能了解北大內部眾人的心態。作為旁觀者，傅斯年或許還能冷靜分析，而處於旋渦之中的蔡元培顧慮就更多。或是感於北大學生熱情邀請，或是不願見北大校務一蹶不振，蔡元培最終允諾九個月後「若無特殊阻力」便回北大。[210]9月10日，行政院第三十七次會議議決任命蔡元培為國立北京大學校長，未到任前由陳大齊代理。[211]
其實早在7月底就已經傳出消息，會請蔡元培出長北大。當時，因李石曾與李書華均表示堅決不就北大校長之職，教育部長蔣夢麟在與李石曾、蔡元培、易培基、吳稚暉等人會商之後做出決定。[212]這之後的一個月，遲遲未見正式命令發表，說明蔡元培自己也還在猶豫。早在7月，當傅斯年得知蔡元培有意長校時，就曾致電勸阻：「必於經費、人才辦法皆得解決，方孚眾望。若但掛名，由人盤踞把持，大損盛名，且事恐不可收拾。」[213]8月底，傅斯年再次致函蔡元培討論北大校長之事，說明蔡當時尚未下定決心。傅斯年在信中以「蔡先生不來，北大沒有辦法；蔡先生來，蔡先生沒有辦法」來概括當時的窘境，並細緻分析道：
在吳稚暉的調停下，南下代表接受「北大學院」的稱謂，並同意對文、理、法三科進行改組以保存北大之完整。盡管學生對此辦法仍有不少分歧，但對復校之事「均趨於主張從速解決之一途」。[195]此前已宣告結束的讀書運動會再發宣言，仍主張盡快開課。宣言中提到：我們以為是張三來也好，是李四來也好，隻求他是有誠意來辦學，倒不妨在學術上來詳細商量。若是我們隻認定某人就配長北大，除某人外他人就不配長北大，那麽北京大學便成了世襲萬世一家一姓之學校了。[196]這份宣言有156人簽名的上課宣言，參與人數占到當時在校生人數的半數以上。[197]復校一事對於大多數北大學生來說，已經不堪其苦，無論是否改名，不管何人長校，但求早日開學。北大教職員及學生大多建議「趁機收束」，趙子懋等人也感到「努力無方」。1月底，學生會最終經投票議決，同意以北平大學北大學院為校名，並以陳大齊為院長，仍照北大原有預算75000元為最高預算。[198]至此，北大復校運動暫時畫上了句號。
可惜這種平靜並未持續得太久。1929年6月25日，行政院第27次會議議決於當年暑假內即行停止浙江大學區及北平大學區，年底前結束中央大學區。[199]消息傳出之後，北大復校之聲再次響起。北大學生會議決宣布恢復北京大學校名，改懸掛新校牌，並聯絡學校當局及教職員致電蔡元培，歡迎其回校主持一切，同時還致電國府及教育部請求任命蔡元培為校長。[200]北平大學校長李石曾此時也向國府遞交辭呈，請蔡元培回校。[201]
對於北大方麵的盛情邀請，蔡元培的回應仍算不上積極。他對寧漢衝突升級之後的政局更為失望，離京赴滬，繼續以「沉默對之」。[202]6月初，他再次明確提出辭去監察院院長一職，並於同日上呈國民黨中央執委會及國民政府，正式遞交辭呈。[203]自1928年8月辭去大學院院長之後，蔡元培對政治大勢的判斷一直頗為消極，此時他已將絕大部分精力投入中央研究院的建設，希望可以在其中有所作為。而他雖然不可能完全隔絕與教育界的聯繫，但對北平教育界諸多事情，非必要時並不會介入。[204]
6月29日，蔡元培帶病出席在天津召開的中華教育文化基金董事會。[205]得知此消息後，北大教職工會及學生會均派代表趕赴天津，請其回校主持一切。蔡元培以體弱為由並沒有答應去平，隻是勸慰學生要以鎮靜態度對待覆校，希望以法律途徑表示訴求。[206]此後，北大教職員工會、學生會、南京北大同學會等迭次致電國府及教育部，請求明令蔡元培為北大校長，後又派出代表南下迎接蔡返校。[207]北大學生之所以堅決要求蔡元培回校，也有現實考慮。他們希望藉助蔡元培的號召力聯絡北大，把已離校的舊教授盡數召回，且最好能將北大校務理出頭緒。[208]對此，傅斯年也有清醒的判斷，在給蔡元培的信中寫道：
北大學生之歡迎先生，非高陽相國（指李石曾——引者注）部下所喜也，亦非現在北大之教職員（無論以前與先生有無交情）所喜也。然學生之歡迎則出於真誠，其故有三：一、北大之傳訓固與先生不可折而為二，願先生重來以為精神上之光寵。二、願先生來能以寬博之態度拉回若幹好的舊教員，增加若幹好的新教員。三、願先生來北大隆高其社會上之地位。然此三事，除第三稍須與名相幹外，其他皆實事，非可以掛名之法滿足人意者。故若於下列各事無充分之成績，則此日北大學生熱烈歡迎先生來校之忱為之散消。[209]
出身北大的傅斯年恐怕最能了解北大內部眾人的心態。作為旁觀者，傅斯年或許還能冷靜分析，而處於旋渦之中的蔡元培顧慮就更多。或是感於北大學生熱情邀請，或是不願見北大校務一蹶不振，蔡元培最終允諾九個月後「若無特殊阻力」便回北大。[210]9月10日，行政院第三十七次會議議決任命蔡元培為國立北京大學校長，未到任前由陳大齊代理。[211]
其實早在7月底就已經傳出消息，會請蔡元培出長北大。當時，因李石曾與李書華均表示堅決不就北大校長之職，教育部長蔣夢麟在與李石曾、蔡元培、易培基、吳稚暉等人會商之後做出決定。[212]這之後的一個月，遲遲未見正式命令發表，說明蔡元培自己也還在猶豫。早在7月，當傅斯年得知蔡元培有意長校時，就曾致電勸阻：「必於經費、人才辦法皆得解決，方孚眾望。若但掛名，由人盤踞把持，大損盛名，且事恐不可收拾。」[213]8月底，傅斯年再次致函蔡元培討論北大校長之事，說明蔡當時尚未下定決心。傅斯年在信中以「蔡先生不來，北大沒有辦法；蔡先生來，蔡先生沒有辦法」來概括當時的窘境，並細緻分析道：