6月15日會後，蔡元培雖經眾人勸阻暫時打消辭意，但胡適卻一直未能釋懷，21日再次給蔡元培寫信詢問是否已同意自己辭去大學委員會委員之事。他還在信中勸慰蔡元培在此「時勢之下，一動不如一靜」，既然已經打定主意要「與此複雜的社會相周旋」，就「不可不有一番通盤籌劃」，並建議選擇「性之所近而力之所能勉者」，「集中於幾件道地的教育事業，用全力做去」，切實做法，才能不辜負「一個做事的機會」。[108]在大學委員會中，隻有胡適始終站在蔡元培一邊。對此，蔡元培回信說：「承規勸之言，甚佩，當銘諸座右。」他還提到「有一事可奉告者，亮疇（即王寵惠——引者注）即將回國，司法部之交還，一月後必可實現，目前無法擺脫」，[109]儼然對辭職之事已經有所計劃。胡適還在21日的信末感慨道：「暑夜獨坐，靜念十年來朋友聚散離合之跡，悲哀之懷不能自已，想念及先生，提筆草此書，略寫一時的感想，先生不見罪就夠了，不敢百忙中賜答也。」[110]蔡、胡二人亦師亦友，蔡元培當然不會見怪，而胡適的感慨也頗能代表不少北大舊人失落、沮喪之心態。
從6月中開始至8月中正式提出辭職，蔡元培對北大之事多以安撫方式處理，並未做出任何切實的許諾。他曾致電北大表示待大學院事告一段落後即行北上，[111]但大學院此時正處於存亡關頭，恐怕很難等到「院事完畢」之時。雖曾不時傳出蔡要親自接收國立九校的消息，但最終其均未能成行。[112]此段時間蔡元培忙著出席國民政府委員會議、國民黨中央常務會議，處理中央研究院院務，根本無暇顧及北大。待到國民黨二屆五中全會之後，大學院改教育部已成定局，大學委員會又於8月16日通過設立北平大學區決議。翌日，蔡元培便向國民黨中央執行委員會政治會議、國民政府提請辭職。[113]其辭呈中有「老病之身，不宜再妨賢路，且積勞之後，俾可小息」等語，引發不少兩係相爭的猜測。[114]另「據知其底細者」稱，蔡氏辭職「實有二因：一係職務紛繁，勞苦太甚；一係趁五次會後，政府改組將有變更，可以及時引辭」，並不是因反對大學區製而辭職。[115]
蔡元培是攜眷出京後才遞交辭呈的，且選擇了先到各地遊覽再回滬的路線，以避遊說。[116]8月21日的國府會議發布指令慰留，還派宋子文親往當麵表示懇切挽留。[117]但蔡元培並不為所動，在回復於右任、宋子文、李烈鈞等人來函時有「自知輇材，難膺煩劇，去誌早決，萬無反顧」等語，辭意堅決。[118]他致函譚延闓表示，「初以北京未下，後因全會將開，突有表示，易招妄測，忍隱未發，忽又逾月。茲全會告竣，正澄清吏治，登進賢能之機會，自維溺職，不去何待」[119]，也可印證前文對胡適所言靜待時機之語並非虛言。此後，國民黨中央政治會議還派孔祥熙親往退還辭呈。雖然蔡元培去誌甚堅，但連日勸說也起到了一定作用，他致函胡漢民、蔣介石、譚延闓，申明「監察院院長決不擔任，大學院院長決不復職」，同時還表示：「此後願以中央監察委員資格盡力於黨務，以政治會議委員之資格盡力於政務……以中央研究院院長之資格盡力於教育學術。」[120]最終大學院改教育部後，由蔣夢麟代替其職位，而監察院院長推卻不過，隻得應允暫居名義。
蔡元培的請辭也對李石曾北上的計劃產生了影響。[121]8月底，李石曾一麵派李書華來平與各方接洽一切，一麵卻提請辭去中華大學校長。[122]蔡元培得知此事後，立即「去電阻止」，私下評論說「太滑稽了」。[123]李石曾此舉頗有些以退為進之意，也可看出其為人處事之法。顧頡剛回憶說，當時李石曾是「蓄意打倒」蔡元培的，因為「五四運動以後，蔡先生聲望委實太高，在全國人的心目中成了一個教主，也許李氏為了這點而吃醋」。他還提到，李氏作為法日派領袖並不直接出麵，「而專是利用別人來替他幹」。[124]國民政府明令慰留李石曾後不久，李書華就被任命為中華大學副校長，也印證了顧氏的觀察大致不差。李石曾之侄李宗侗也是替其出頭之人，在接受記者採訪時他表示，李石曾的角色隻是「從旁贊助」，「因蔡先生為北大老校長，人地最相宜」，但國府既不能任蔡他去，亦不能任李辭職，李辭校長「當然作為罷論」，意在暗示李氏執掌北大是臨危授命。[125]
此外，正如前文所述，經費問題的確是當時國立九校最大的困擾，二李曾以校款無著為由，提出過辭職，[126]長時間不就職也算是事出有因。對此，蔡元培也對李石曾有所回護。[127]此事若從正麵看來，本無不妥；但若從了解李氏為人者看來，恐怕又會因此增加不少負麵評價。李對北方教育界表現得太過積極進取，甚至提請辭職之後，「仍願以個人名義，對於籌劃經費，極力贊助」，[128]不由得讓人懷疑其辭職隻是故作姿態。
其實，李石曾因籌款不能北上之說並非託詞，國立九校最終不致關門也的確與他努力奔走籌措款項分不開。[129]但北大復校運動遷延過久，再加上學校又因經費問題始終難以開學，學生情緒漸進失控。11月29日，連日抗議復校無果的北大學生，搗壞北平大學區辦公處，並徑直進入李石曾、李書華等人住宅實行破壞，釀成大風潮。得知此消息後，蔡元培即於12月1日致電二李表示慰問，[130]後又與蔣夢麟聯名以個人名義致電北大學生，規勸諸生不必「以一時之不察，起無謂之風波」。蔡元培盡力疏解諸生對大學區製的抵抗情緒，強調自己「實創其議」，還以自己早年在北大興革之事，採用的也是「有利則存，見害則徙」的原則，希望學生不要操之過急，靜待實驗結果。[131]麵對學生的越軌舉動，仍未正式就職的李石曾並未出麵處理鬧事學生，而是等待行政院及北平政分會命令再做行動。[132]12月4日，行政院會議決定，由教育部發電剴切曉諭，如不遵令即依法律製裁。[133]教育部遂於5日電諭北大學生，主要從北大傳統及應負責任入手，稱讚北大「循流競進，不主故常」，希望學生不要「封故抱殘，徒爭形式」，措辭極為溫和，應該與教育部長蔣夢麟的授意不無關係。[134]
從6月中開始至8月中正式提出辭職，蔡元培對北大之事多以安撫方式處理，並未做出任何切實的許諾。他曾致電北大表示待大學院事告一段落後即行北上，[111]但大學院此時正處於存亡關頭，恐怕很難等到「院事完畢」之時。雖曾不時傳出蔡要親自接收國立九校的消息，但最終其均未能成行。[112]此段時間蔡元培忙著出席國民政府委員會議、國民黨中央常務會議，處理中央研究院院務，根本無暇顧及北大。待到國民黨二屆五中全會之後，大學院改教育部已成定局，大學委員會又於8月16日通過設立北平大學區決議。翌日，蔡元培便向國民黨中央執行委員會政治會議、國民政府提請辭職。[113]其辭呈中有「老病之身，不宜再妨賢路，且積勞之後，俾可小息」等語，引發不少兩係相爭的猜測。[114]另「據知其底細者」稱，蔡氏辭職「實有二因：一係職務紛繁，勞苦太甚；一係趁五次會後，政府改組將有變更，可以及時引辭」，並不是因反對大學區製而辭職。[115]
蔡元培是攜眷出京後才遞交辭呈的，且選擇了先到各地遊覽再回滬的路線，以避遊說。[116]8月21日的國府會議發布指令慰留，還派宋子文親往當麵表示懇切挽留。[117]但蔡元培並不為所動，在回復於右任、宋子文、李烈鈞等人來函時有「自知輇材，難膺煩劇，去誌早決，萬無反顧」等語，辭意堅決。[118]他致函譚延闓表示，「初以北京未下，後因全會將開，突有表示，易招妄測，忍隱未發，忽又逾月。茲全會告竣，正澄清吏治，登進賢能之機會，自維溺職，不去何待」[119]，也可印證前文對胡適所言靜待時機之語並非虛言。此後，國民黨中央政治會議還派孔祥熙親往退還辭呈。雖然蔡元培去誌甚堅，但連日勸說也起到了一定作用，他致函胡漢民、蔣介石、譚延闓，申明「監察院院長決不擔任，大學院院長決不復職」，同時還表示：「此後願以中央監察委員資格盡力於黨務，以政治會議委員之資格盡力於政務……以中央研究院院長之資格盡力於教育學術。」[120]最終大學院改教育部後，由蔣夢麟代替其職位，而監察院院長推卻不過，隻得應允暫居名義。
蔡元培的請辭也對李石曾北上的計劃產生了影響。[121]8月底，李石曾一麵派李書華來平與各方接洽一切，一麵卻提請辭去中華大學校長。[122]蔡元培得知此事後，立即「去電阻止」，私下評論說「太滑稽了」。[123]李石曾此舉頗有些以退為進之意，也可看出其為人處事之法。顧頡剛回憶說，當時李石曾是「蓄意打倒」蔡元培的，因為「五四運動以後，蔡先生聲望委實太高，在全國人的心目中成了一個教主，也許李氏為了這點而吃醋」。他還提到，李氏作為法日派領袖並不直接出麵，「而專是利用別人來替他幹」。[124]國民政府明令慰留李石曾後不久，李書華就被任命為中華大學副校長，也印證了顧氏的觀察大致不差。李石曾之侄李宗侗也是替其出頭之人，在接受記者採訪時他表示，李石曾的角色隻是「從旁贊助」，「因蔡先生為北大老校長，人地最相宜」，但國府既不能任蔡他去，亦不能任李辭職，李辭校長「當然作為罷論」，意在暗示李氏執掌北大是臨危授命。[125]
此外，正如前文所述，經費問題的確是當時國立九校最大的困擾，二李曾以校款無著為由，提出過辭職，[126]長時間不就職也算是事出有因。對此，蔡元培也對李石曾有所回護。[127]此事若從正麵看來，本無不妥；但若從了解李氏為人者看來，恐怕又會因此增加不少負麵評價。李對北方教育界表現得太過積極進取，甚至提請辭職之後，「仍願以個人名義，對於籌劃經費，極力贊助」，[128]不由得讓人懷疑其辭職隻是故作姿態。
其實，李石曾因籌款不能北上之說並非託詞，國立九校最終不致關門也的確與他努力奔走籌措款項分不開。[129]但北大復校運動遷延過久，再加上學校又因經費問題始終難以開學，學生情緒漸進失控。11月29日，連日抗議復校無果的北大學生，搗壞北平大學區辦公處，並徑直進入李石曾、李書華等人住宅實行破壞，釀成大風潮。得知此消息後，蔡元培即於12月1日致電二李表示慰問，[130]後又與蔣夢麟聯名以個人名義致電北大學生，規勸諸生不必「以一時之不察，起無謂之風波」。蔡元培盡力疏解諸生對大學區製的抵抗情緒，強調自己「實創其議」，還以自己早年在北大興革之事，採用的也是「有利則存，見害則徙」的原則，希望學生不要操之過急，靜待實驗結果。[131]麵對學生的越軌舉動，仍未正式就職的李石曾並未出麵處理鬧事學生，而是等待行政院及北平政分會命令再做行動。[132]12月4日，行政院會議決定，由教育部發電剴切曉諭，如不遵令即依法律製裁。[133]教育部遂於5日電諭北大學生，主要從北大傳統及應負責任入手，稱讚北大「循流競進，不主故常」，希望學生不要「封故抱殘，徒爭形式」，措辭極為溫和，應該與教育部長蔣夢麟的授意不無關係。[134]