當時就有雜誌評論說：「北京教育界的中心是在北大，所以我們要改良北京的高等教育，必須先研究北大的歷史。北大本是京師大學堂的化身，在前清時代已經是全國的最高學府。」[71]正如此段所述，在不少時人的觀念中，作為表率的北大，已有了輝煌的歷史，也理應成為改革的先鋒。而隻不過現實總能出乎意想，學校的歷史和傳統，既可以凝聚為無形之力，也可以讓任何「風吹草動」變得草木皆兵。從1928年6月京師大學各校獨立，北京大學改名中華大學，再改北平大學，又改北大學院，直至1929年7月大學區正式撤銷，改回北京大學，這一時期是北大校史上變動最頻繁的時期。其間各方利益糾葛難辨，為便於後續分析，先對此過程做一簡單梳理。
1928年6月8日，國民革命軍正式接管北京，京師大學校亦隨之宣布終結。是日，國民政府召開第七十次會議。會上蔡元培以大學院名義呈文國民政府：「北京大學在教育過程中有悠久之歷史，上年北京教育部併入師範、農、工、醫、法、政、藝術等科及女子師範大學、女子大學，名曰京師大學。現在國府定都南京，北方京師之名，絕對不能沿用，擬請明令京師大學堂改為北京大學，並請任命校長，以專責成。其內部組織，統由新校長擬具辦法，呈由職院核定，借謀整頓，而促進行。」[72]對此，經亨頤提議將北大改為中華大學，得到多數人贊同。至於校長人選問題，易培基已在會前同吳稚暉、張靜江達成協議，一致推舉李石曾為校長；蔡元培雖有意自兼，卻不方便提出，而會上隻有孔祥熙一人提議蔡可自兼校長，但並不能左右結果。會議最終決定北大改名為中華大學，蔡元培任校長，未到任前由李石曾代理。[73]蔡元培執掌大學院，雖然不太可能北上到任，但李石曾此時也未在國內，參會眾人意將北大付與何人已然明了。
6月15日，大學委員會舉行會議，討論中央大學及中華大學校長人選等問題。按照《大學院組織法》第三條之規定，大學院下設大學委員會，負責「議決全國學術上教育上一切重要問題」。1928年5月國民政府公布了《大學院大學委員會組織條例》，更明確列出「大學院長及各國立大學校長之人選」是大學委員會議決之事項。[74]此次會議上，蔡元培提出辭去中華大學校長，改推李石曾為校長。蔡元培雖仍有意自兼，且曾於會前托楊杏佛向易培基轉達代為提名之意，卻得知其與吳稚暉、張靜江已商定推李，蔡隻好主動提出不再任校長一職。在此次會議上，胡適還與吳稚暉發生衝突，甚至被指責為「反革命」。[75]6月19日，國民政府第七十三次會議照準大學委員會商議之結果。[76]蔡元培對15日大學委員會的結果甚為失望，一時激憤，準備辭去大學院院長，後經勸解打消此意。此後，他繼續奔波於各地，在各種職務角色間頻繁轉換，對北大方麵的一切邀請，皆以手中事忙無法北上為由拒絕。
8月16日，大學委員會開會討論設立北平大學分區案。李書華提出《北平大學區組織大綱》，並「謂此為李石曾先生之主張」，「眾即漠然」，唯有朱家驊「略有表示」。此提案就此通過。蔡元培雖為主席，卻於會場中「未贊一詞」，翌日更是向國民政府提出辭職，攜眷離寧。[77]從1927年6月大學區製開始試驗已是一年有餘，危機重重。[78]相對於其他大學區，平津、河北等地各校歷史與境況千差萬別，對大學區製改革的訴求更是各不相同。[79]劉哲時代隻針對北京各校合併就已風潮迭起，更何況是範圍更大的北平大學區改革。因此時國民政府尚未正式通過和公布《北平大學區組織大綱》，到底如何操作並不明朗，北平各校又忙於為即將到來的開學籌措經費，而北大復校運動委員會則在集中全力抗議大學院對北大的接收，此消息一經公布並未立即引起軒然大波。而蔡元培的反應則有些「出人意料」：8月17日，蔡元培向國民黨中央政治會議及國民政府提出辭職，辭去中央政治會議委員、國府委員、大學院院長、代理司法部長等本兼各職，旋即攜眷離開南京。國民政府雖一再慰留，但蔡去誌堅決，義無反顧。10月3日，國民黨中央政治會議第一五七次會議批準了蔡元培的辭職，並改任蔣夢麟為大學院院長。蔡元培此次選擇辭職，和前幾次方式相似，但心境已然不同，此後他大多扮演「救火者」兼「和事佬」的角色，[80]平衡各方利益。風雨飄搖之際，北大師生迭發函電請其回校主事，卻從未得到實質性回應。其對北大之事看似即若即離，其實更多是有心無力。
9月21日，國民政府第九十六次會議正式通過了《北平大學區組織大綱》。大綱規定，以北平政治分會的管轄區（即北平、天津兩市和河北、熱河兩省）為北平大學區。高等教育由大學本部掌管，設校長一人，副校長一人，秘書長一人。具體來說，該計劃仍是遵循劉哲打造京師大學校的方式，將北京大學文、理、法三學院分別與他校合併重組：北京大學文學院與保定河北大學文科合併為「北平大學文學院」；北京大學理學院改為「北平大學理學院」；北京大學法學院與北京法政大學、河北大學法科、天津法政專門學校合併為「北平大學法學院」；北京大學預科則改為「北平大學文理預科」。[81]
在得知成立北平大學區消息後，除北大外，如天津的北洋大學、河北保定的河北大學等其他被併入的高校，也紛紛表示抗議。[82]因經費問題，此時北平國立各校學生雖已大半到校，但尚未正式開學，學生遂發起「讀書運動」，要求上課。11月1日，李書華到北平，著手組織北平大學。11月10日，大學委員會北平分會正式通過北平大學教育行政院規程，設立校長辦公處開始辦公，並正式開始施行改組合併計劃。[83]李石曾因病於11月底才到北平，[84]但為避免引發更激烈抗議並未立刻宣布就職，北平大學具體事務靠李書華維持。但李書華資歷、威望尚淺，各學院教授均不肯合作，北平大學校務仍然停滯不前。李書華、蕭瑜等人不惜暗中使出招數，被學生識破之後矛盾進一步激化。[85]
1928年6月8日，國民革命軍正式接管北京，京師大學校亦隨之宣布終結。是日，國民政府召開第七十次會議。會上蔡元培以大學院名義呈文國民政府：「北京大學在教育過程中有悠久之歷史，上年北京教育部併入師範、農、工、醫、法、政、藝術等科及女子師範大學、女子大學，名曰京師大學。現在國府定都南京，北方京師之名，絕對不能沿用，擬請明令京師大學堂改為北京大學，並請任命校長，以專責成。其內部組織，統由新校長擬具辦法，呈由職院核定，借謀整頓，而促進行。」[72]對此，經亨頤提議將北大改為中華大學，得到多數人贊同。至於校長人選問題，易培基已在會前同吳稚暉、張靜江達成協議，一致推舉李石曾為校長；蔡元培雖有意自兼，卻不方便提出，而會上隻有孔祥熙一人提議蔡可自兼校長，但並不能左右結果。會議最終決定北大改名為中華大學，蔡元培任校長，未到任前由李石曾代理。[73]蔡元培執掌大學院，雖然不太可能北上到任，但李石曾此時也未在國內，參會眾人意將北大付與何人已然明了。
6月15日，大學委員會舉行會議，討論中央大學及中華大學校長人選等問題。按照《大學院組織法》第三條之規定，大學院下設大學委員會，負責「議決全國學術上教育上一切重要問題」。1928年5月國民政府公布了《大學院大學委員會組織條例》，更明確列出「大學院長及各國立大學校長之人選」是大學委員會議決之事項。[74]此次會議上，蔡元培提出辭去中華大學校長，改推李石曾為校長。蔡元培雖仍有意自兼，且曾於會前托楊杏佛向易培基轉達代為提名之意，卻得知其與吳稚暉、張靜江已商定推李，蔡隻好主動提出不再任校長一職。在此次會議上，胡適還與吳稚暉發生衝突，甚至被指責為「反革命」。[75]6月19日，國民政府第七十三次會議照準大學委員會商議之結果。[76]蔡元培對15日大學委員會的結果甚為失望，一時激憤，準備辭去大學院院長，後經勸解打消此意。此後，他繼續奔波於各地，在各種職務角色間頻繁轉換，對北大方麵的一切邀請，皆以手中事忙無法北上為由拒絕。
8月16日，大學委員會開會討論設立北平大學分區案。李書華提出《北平大學區組織大綱》，並「謂此為李石曾先生之主張」，「眾即漠然」，唯有朱家驊「略有表示」。此提案就此通過。蔡元培雖為主席，卻於會場中「未贊一詞」，翌日更是向國民政府提出辭職，攜眷離寧。[77]從1927年6月大學區製開始試驗已是一年有餘，危機重重。[78]相對於其他大學區，平津、河北等地各校歷史與境況千差萬別，對大學區製改革的訴求更是各不相同。[79]劉哲時代隻針對北京各校合併就已風潮迭起，更何況是範圍更大的北平大學區改革。因此時國民政府尚未正式通過和公布《北平大學區組織大綱》，到底如何操作並不明朗，北平各校又忙於為即將到來的開學籌措經費，而北大復校運動委員會則在集中全力抗議大學院對北大的接收，此消息一經公布並未立即引起軒然大波。而蔡元培的反應則有些「出人意料」：8月17日，蔡元培向國民黨中央政治會議及國民政府提出辭職，辭去中央政治會議委員、國府委員、大學院院長、代理司法部長等本兼各職，旋即攜眷離開南京。國民政府雖一再慰留，但蔡去誌堅決，義無反顧。10月3日，國民黨中央政治會議第一五七次會議批準了蔡元培的辭職，並改任蔣夢麟為大學院院長。蔡元培此次選擇辭職，和前幾次方式相似，但心境已然不同，此後他大多扮演「救火者」兼「和事佬」的角色，[80]平衡各方利益。風雨飄搖之際，北大師生迭發函電請其回校主事，卻從未得到實質性回應。其對北大之事看似即若即離，其實更多是有心無力。
9月21日，國民政府第九十六次會議正式通過了《北平大學區組織大綱》。大綱規定，以北平政治分會的管轄區（即北平、天津兩市和河北、熱河兩省）為北平大學區。高等教育由大學本部掌管，設校長一人，副校長一人，秘書長一人。具體來說，該計劃仍是遵循劉哲打造京師大學校的方式，將北京大學文、理、法三學院分別與他校合併重組：北京大學文學院與保定河北大學文科合併為「北平大學文學院」；北京大學理學院改為「北平大學理學院」；北京大學法學院與北京法政大學、河北大學法科、天津法政專門學校合併為「北平大學法學院」；北京大學預科則改為「北平大學文理預科」。[81]
在得知成立北平大學區消息後，除北大外，如天津的北洋大學、河北保定的河北大學等其他被併入的高校，也紛紛表示抗議。[82]因經費問題，此時北平國立各校學生雖已大半到校，但尚未正式開學，學生遂發起「讀書運動」，要求上課。11月1日，李書華到北平，著手組織北平大學。11月10日，大學委員會北平分會正式通過北平大學教育行政院規程，設立校長辦公處開始辦公，並正式開始施行改組合併計劃。[83]李石曾因病於11月底才到北平，[84]但為避免引發更激烈抗議並未立刻宣布就職，北平大學具體事務靠李書華維持。但李書華資歷、威望尚淺，各學院教授均不肯合作，北平大學校務仍然停滯不前。李書華、蕭瑜等人不惜暗中使出招數，被學生識破之後矛盾進一步激化。[85]