風潮因講義收費而起，但風潮起後，作為校長的蔡元培卻認為「廢置講義費之事甚小，而破壞學校紀律之事實大」。[44]他在10月25日風潮平定後的師生大會上說：
我這一回的辭職，有多數的人都說我「小題大做」。但是我對於十八日的暴舉，實在看得很重大。第一，此等蔑視他人人格，即放棄自己人格的舉動，雖極無知識的人，猶所羞為，今竟出於大學的學生。第二，爾日所要求的事，甚為微末，很有從容商量的餘地，為什要用這種蠻橫的手段，顯係借端生事，意圖破壞。第三，二千幾百人中，偶然有幾個神經異常的人，不算奇怪，但是最少數人有這種異常的計畫，為什麽竟有一部分的人肯盲從？為什麽其他大多數的人都像隔岸觀火？事前既不加糾正，臨時又毫無製裁；數千人的社會，其中分子，彼此不相關切如此；將來土崩瓦解的狀況，可以預推了。
雖然事後蔡元培也承認對第三條猜測「不免有神經過敏的地方」，但他仍忍不住反問學生：「我回校以後，就能保證本校不破壞麽？我一個人有多大能力？本校現正在最困難的地位，不是全校同人齊心協力來維持他，怕的終不免有破壞的一日嗬！」[45]語氣中似怒氣未消，也多少表露了一些心態上的悲觀失望。在風潮發生前一周，蔡元培在《北京大學日刊》上發起組織「北大同學會」，希望能以此聯絡感情，相互提攜事業，以求改進校務，更好地服務於社會。[46]當蔡元培滿懷希望開始嚐試改變北大精神渙散、形同散沙的麵貌時，這突發的講義費風潮無異於「起於內部」的「精神方麵」的破壞，對他來說應是不小的刺激。
蔡元培承認，五四風潮之後，他就已經抱了「必退的決心」，但因為「不願為一人的緣故，牽動學校」，遂加緊評議會等各項製度建設，希望不會再「因校長問題發生什麽危險」。當一切已經布置妥當之後，「本來隨時可以告退，不過為校中同人感情的牽扯，預備到學期假中設法脫離」。所以，此時蔡元培仍抱有一線希望，雖早已有了「退」的念頭，卻還未付諸行動。蔡元培在《關於不合作宣言》裏還提到，「我那時候覺得北京住不得了，我的要退的意思，已經很急迫了。但是那時候這個案已交法庭，隻要法庭依法辦理，他們的倒閣目的已達，不再有幹涉司法的舉動，……可以格外昭明一點，不妨看他一看」。[47]羅文幹案交與法庭時間在1922年11月下旬，也就是說，蔡元培大約用了兩個月的時間來計劃退出。對此，胡適的回憶也可佐證：「蔡先生自去年十月講義風潮以來，即有去誌。他來勸我告假時，曾說自己也要走了，因為不願在曹錕之下討生活。……蔡先生去誌既決，故於廿五周年開學紀念，大舉慶祝，頗有願在歌舞昇平的喊聲裏離去大學之意。紀念已過去了，反動的政治更逼人而來。」[48]
讓蔡元培下定決心的是彭允彝提議對羅文幹案再審。蔡元培在向大總統黎元洪遞交的辭職啟事中表示：
元培目擊時艱，痛心於政治清明之無望，不忍為同流合汙之苟安；尤不忍於此種教育當局之下，支持教育殘局，以招國人與天良之譴責。惟有奉身而退，以謝教育界及國人。[49]
他在《不合作宣言》中詳細解釋了辭職的原因。文中開頭便說「近年來有許多糾紛的事情，都是由不知退的小人釀成的」，所以「退的舉動，並不但是消極的免些糾紛，間接的還有積極的努力」。他說道：
我是一個比較的還可以研究學問的人，我的興趣也完全在這一方麵。自從任了半官式的國立大學校長以後，不知道一天要見多少不願意見的人，說多少不願意說的話，看多少不願意看的信。想每天騰出一兩點鍾讀讀書，竟做不到，實在苦痛極了。而這個職務，又適在北京，是最高立法機關行政機關所在的地方。止見他們一天一天的墮落：議員的投票，看津貼有無；閣員的位置，稟軍閥意旨；法律是舞文的工具；選舉是金錢的決賽；不計是非，止計利害；不要人格，止要權利。這種惡濁的空氣，一天一天的濃厚起來，我實在不能再受了。我們的責任在指導青年，在這種惡濁氣裏麵，要替這幾千青年保險，叫他們不致受外界的傳染，我自忖實在沒有這種能力。所以早早想脫離關係，讓別個能力較大的人來擔任這個保險的任務。[50]
以其人生閱歷和經驗而言，理應對此舉所引發政局之動盪有所預見。蔡元培想要以隱退的方式間接做積極的努力，且早有此意，彭允彝事件是觸發其實施辭職的導火索。
據深知內情的胡適回憶，最初是邵飄萍將羅文幹再次入獄的消息相告的，蔡元培聽後「很憤激」，便與湯爾和、胡適及蔣夢麟商議，不願在彭允彝之下辦教育，決定以辭職為抗議。在湯爾和的建議下，蔡擬定了辭職啟事，並即日出京。[51]
蔡元培辭職本有藉機對抗軍閥政治的目的，邵飄萍也將辭職事件定位為「非蔡校長一人之進退問題，乃北京教育界奮起而與人格破產者戰」，不僅關乎北京教育界之榮枯問題，實乃「中華民國全國教育界之存亡問題」。[52]但胡適認為最終結果「殊使人失望」。因為他的本意是極力想把抗議之事放大成「注重政治大題目」，但啟事「專以彭允彝為主題」，外間也隻注意到彭蔡之爭，而「反動勢力之卑汙，真出人意外」，所以「不但不願與為伍，並且恥與為敵對」，再加上實際響應的人「真太少了」，更讓胡適不由得生出「飯碗的勢力可怕，政治知覺的缺乏更可怕」的感慨。[53]
我這一回的辭職，有多數的人都說我「小題大做」。但是我對於十八日的暴舉，實在看得很重大。第一，此等蔑視他人人格，即放棄自己人格的舉動，雖極無知識的人，猶所羞為，今竟出於大學的學生。第二，爾日所要求的事，甚為微末，很有從容商量的餘地，為什要用這種蠻橫的手段，顯係借端生事，意圖破壞。第三，二千幾百人中，偶然有幾個神經異常的人，不算奇怪，但是最少數人有這種異常的計畫，為什麽竟有一部分的人肯盲從？為什麽其他大多數的人都像隔岸觀火？事前既不加糾正，臨時又毫無製裁；數千人的社會，其中分子，彼此不相關切如此；將來土崩瓦解的狀況，可以預推了。
雖然事後蔡元培也承認對第三條猜測「不免有神經過敏的地方」，但他仍忍不住反問學生：「我回校以後，就能保證本校不破壞麽？我一個人有多大能力？本校現正在最困難的地位，不是全校同人齊心協力來維持他，怕的終不免有破壞的一日嗬！」[45]語氣中似怒氣未消，也多少表露了一些心態上的悲觀失望。在風潮發生前一周，蔡元培在《北京大學日刊》上發起組織「北大同學會」，希望能以此聯絡感情，相互提攜事業，以求改進校務，更好地服務於社會。[46]當蔡元培滿懷希望開始嚐試改變北大精神渙散、形同散沙的麵貌時，這突發的講義費風潮無異於「起於內部」的「精神方麵」的破壞，對他來說應是不小的刺激。
蔡元培承認，五四風潮之後，他就已經抱了「必退的決心」，但因為「不願為一人的緣故，牽動學校」，遂加緊評議會等各項製度建設，希望不會再「因校長問題發生什麽危險」。當一切已經布置妥當之後，「本來隨時可以告退，不過為校中同人感情的牽扯，預備到學期假中設法脫離」。所以，此時蔡元培仍抱有一線希望，雖早已有了「退」的念頭，卻還未付諸行動。蔡元培在《關於不合作宣言》裏還提到，「我那時候覺得北京住不得了，我的要退的意思，已經很急迫了。但是那時候這個案已交法庭，隻要法庭依法辦理，他們的倒閣目的已達，不再有幹涉司法的舉動，……可以格外昭明一點，不妨看他一看」。[47]羅文幹案交與法庭時間在1922年11月下旬，也就是說，蔡元培大約用了兩個月的時間來計劃退出。對此，胡適的回憶也可佐證：「蔡先生自去年十月講義風潮以來，即有去誌。他來勸我告假時，曾說自己也要走了，因為不願在曹錕之下討生活。……蔡先生去誌既決，故於廿五周年開學紀念，大舉慶祝，頗有願在歌舞昇平的喊聲裏離去大學之意。紀念已過去了，反動的政治更逼人而來。」[48]
讓蔡元培下定決心的是彭允彝提議對羅文幹案再審。蔡元培在向大總統黎元洪遞交的辭職啟事中表示：
元培目擊時艱，痛心於政治清明之無望，不忍為同流合汙之苟安；尤不忍於此種教育當局之下，支持教育殘局，以招國人與天良之譴責。惟有奉身而退，以謝教育界及國人。[49]
他在《不合作宣言》中詳細解釋了辭職的原因。文中開頭便說「近年來有許多糾紛的事情，都是由不知退的小人釀成的」，所以「退的舉動，並不但是消極的免些糾紛，間接的還有積極的努力」。他說道：
我是一個比較的還可以研究學問的人，我的興趣也完全在這一方麵。自從任了半官式的國立大學校長以後，不知道一天要見多少不願意見的人，說多少不願意說的話，看多少不願意看的信。想每天騰出一兩點鍾讀讀書，竟做不到，實在苦痛極了。而這個職務，又適在北京，是最高立法機關行政機關所在的地方。止見他們一天一天的墮落：議員的投票，看津貼有無；閣員的位置，稟軍閥意旨；法律是舞文的工具；選舉是金錢的決賽；不計是非，止計利害；不要人格，止要權利。這種惡濁的空氣，一天一天的濃厚起來，我實在不能再受了。我們的責任在指導青年，在這種惡濁氣裏麵，要替這幾千青年保險，叫他們不致受外界的傳染，我自忖實在沒有這種能力。所以早早想脫離關係，讓別個能力較大的人來擔任這個保險的任務。[50]
以其人生閱歷和經驗而言，理應對此舉所引發政局之動盪有所預見。蔡元培想要以隱退的方式間接做積極的努力，且早有此意，彭允彝事件是觸發其實施辭職的導火索。
據深知內情的胡適回憶，最初是邵飄萍將羅文幹再次入獄的消息相告的，蔡元培聽後「很憤激」，便與湯爾和、胡適及蔣夢麟商議，不願在彭允彝之下辦教育，決定以辭職為抗議。在湯爾和的建議下，蔡擬定了辭職啟事，並即日出京。[51]
蔡元培辭職本有藉機對抗軍閥政治的目的，邵飄萍也將辭職事件定位為「非蔡校長一人之進退問題，乃北京教育界奮起而與人格破產者戰」，不僅關乎北京教育界之榮枯問題，實乃「中華民國全國教育界之存亡問題」。[52]但胡適認為最終結果「殊使人失望」。因為他的本意是極力想把抗議之事放大成「注重政治大題目」，但啟事「專以彭允彝為主題」，外間也隻注意到彭蔡之爭，而「反動勢力之卑汙，真出人意外」，所以「不但不願與為伍，並且恥與為敵對」，再加上實際響應的人「真太少了」，更讓胡適不由得生出「飯碗的勢力可怕，政治知覺的缺乏更可怕」的感慨。[53]