不過，此事實際上牽涉政治格局走向、學界各方切身利益等，並不是蔡元培出來復職即能完全解決的問題。對於此點，有著豐富政治實踐經驗的蔡元培應該不難做出判斷。蔡元培於5月9日出京後並未立即南下，而是到16日才乘車南下，次日晚抵滬，並於第二天上午與蔣夢麟、黃炎培、沈恩孚等人會晤，「商發一電於總統、總理、教育總長」。[191]在江蘇省教育會眾人勸說下，蔡元培的辭意已不如先前堅決。20日，他即發出通電，稱：「政府果曲諒學生愛國愚誠，寬其既往，以慰輿情；元培亦何敢不勉任維持，共圖補救。」[192]「挽蔡」之事似有轉圜餘地。不過，北京各校學生因罷課一事與政府的衝突愈發升級，致使局勢又趨複雜。21日，時任總理的錢能訓答覆了各校學生罷課時提出的「切實挽留蔡校長」「教育總長不予更動」「準許學生自由集會」「懲辦曹、陸、章」等六項要求。但學生們對此並不滿意，一致決定「仍不上課」，且有組織講演團、國貨維持會、護魯義勇軍，發行《五七》日刊等為後續。[193]25日，教育部連續發布多項訓令，令各校學生「限三日內一律上課」。[194]但學生仍復以罷課相對抗，且時有與軍警發生衝突。[195]26日，蔡元培明確復電政府，表示「臥病故鄉，未能北上」，[196]但此前蔣夢麟描述蔡元培的精神狀態是「仍抱積極精神」。[197]所以，此時稱病，應有時局並未明朗，按兵不動的考慮。袁希濤曾有致黃炎培密電，稱「大學情形極複雜，日內孑老來，恐亦難以處理，爾和意見相同，適之赴津，俟回與商，如尚有辦法，當再電告」，並不贊同其此時復出。[198]蔡元培復職之事雖未有特別清晰的步驟、計劃，卻也是大勢所趨，但何日何時復出是頗費思量的。
6月3日，北京政府因武力鎮壓學生運動釀成了「六三」事件，事態急轉直下。[199]當日，湯爾和致函蔡元培稱，「來而不了，有損於公；來而即了，更增世忌」，勸其不可輕出復職。[200]5日，上海工商界亦予以響應，紛紛罷工、罷市，風潮漸行擴大。同日，教育次長袁希濤被免職，傅嶽棻被任命為教育次長並代理部務。[201]6日，大總統徐世昌宣布胡仁源署理北大校長，又引發學界新一輪「驅胡挽蔡」的鬥爭。7日，北大開全體教職員緊急大會，決議「不承認胡仁源為北京大學校長，並由大會用公函告之，以示決心」。[202]同時，北京中等以上學校教職員聯合會致函胡仁源，表明了立場：「現在學界公意認為欲回復教育原狀，非各校校長一律復職不可，欲各校校長一律復職，尤非北京大學蔡校長真能復職不可。是蔡校長復職與否，為北京學界全體問題，既非北京大學一校問題，尤非蔡校長個人問題。」[203]同日，北大學生也開大會，認為胡仁源「學問信望均不稱為大學校長」，表示一致反對。[204]6月15日，蔡元培發表了《不願再任北京大學校長的宣言》。此宣言是蔡元培「初出京時所草」，故語氣仍相當決絕。[205]蔡元培特意選擇此時發布，當是另有深意：一方麵，北京各校校長與各校學生對於蔡元培返校復職，仍相當堅持；另一方麵，新任教育次長傅嶽棻也十分清楚，「不覓蔡孑民返校，此事無從結束」，再加上胡仁源無論德性與學問都不可能與蔡元培相提並論，且有欲分裂學界團體、分裂大學的消息傳出，所以蔡元培才選擇了以退為進，以另一種方式向政府施壓，以求能盡快恢復五四前教育界狀況。
教育部迫於各方壓力，宣布將胡仁源調入部中辦事，並計劃派秘書徐鴻寶（前北大圖書館館長）偕同北大教職員代表及聯合會代表南下挽留。[206]6月17日、18日，國務院、教育部又分別致電蔡元培表示挽留。20日，蔡元培在復電中再次請辭北大校長職務。[207]教育部再做答覆。24日，蔡元培接馬敘倫、康寶忠函電，稱：「號電聞部已代復，仍堅挽留，勿再辭。」[208]馬敘倫亦致函湯爾和，請其催蔡元培發表通電，宣布回任。7月9日，蔡元培才正式致電教育部，表示同意復職。此消息即刻得到北京各校師生的熱烈回應。[209]
此前《申報》有消息稱：「外間多謂前此蔡孑民之秘密出京，必係得有危險消息者，此時尤未必肯來也。今日晤某要人謂此事不難解決，即蔡先生暫時未返，亦隻有胡仁源解職而由蔡先生指定一人，暫攝校務，維持目前，則危難悉解。」[210]雖然當時各方「尚在混沌之中」，但「某要人」的指點卻正好與後來最終事態的發展相合。7月23日，蔣夢麟以蔡元培個人代表的身份，代理蔡元培主持北大。[211]全國學生聯合會亦發表宣言終止罷課。[212]因五四運動而起的「挽蔡」鬥爭亦告一段落。
9月12日，蔡元培回到北京，20日正式到校視事。[213]此前仍有蔣智由將長北大之傳聞，又為蔡氏復職增加迷霧。[214]對此，《申報》「雜評」撰文分析了個中利害，頗為深入：
慰留者欲用之意也，排斥者欲去之意也，然而當局之手段，則往往互用。表麵上欲勉從多數人之意，則不得不出於慰留，慰留又不便於己派。於是陰行排擠之，使不能自留而去。今又以此手段，施之於蔡校長矣。蔡方抵京，而即有種種攻擊之論，散播之謠，旁敲反擊，日出不已，能令人安然以居校長之席耶？然自蔡來而北大學生之心方定，且將開會歡迎，作學潮最後之一結束。若果迫使不得安居，則恐又將揚其餘波也。
6月3日，北京政府因武力鎮壓學生運動釀成了「六三」事件，事態急轉直下。[199]當日，湯爾和致函蔡元培稱，「來而不了，有損於公；來而即了，更增世忌」，勸其不可輕出復職。[200]5日，上海工商界亦予以響應，紛紛罷工、罷市，風潮漸行擴大。同日，教育次長袁希濤被免職，傅嶽棻被任命為教育次長並代理部務。[201]6日，大總統徐世昌宣布胡仁源署理北大校長，又引發學界新一輪「驅胡挽蔡」的鬥爭。7日，北大開全體教職員緊急大會，決議「不承認胡仁源為北京大學校長，並由大會用公函告之，以示決心」。[202]同時，北京中等以上學校教職員聯合會致函胡仁源，表明了立場：「現在學界公意認為欲回復教育原狀，非各校校長一律復職不可，欲各校校長一律復職，尤非北京大學蔡校長真能復職不可。是蔡校長復職與否，為北京學界全體問題，既非北京大學一校問題，尤非蔡校長個人問題。」[203]同日，北大學生也開大會，認為胡仁源「學問信望均不稱為大學校長」，表示一致反對。[204]6月15日，蔡元培發表了《不願再任北京大學校長的宣言》。此宣言是蔡元培「初出京時所草」，故語氣仍相當決絕。[205]蔡元培特意選擇此時發布，當是另有深意：一方麵，北京各校校長與各校學生對於蔡元培返校復職，仍相當堅持；另一方麵，新任教育次長傅嶽棻也十分清楚，「不覓蔡孑民返校，此事無從結束」，再加上胡仁源無論德性與學問都不可能與蔡元培相提並論，且有欲分裂學界團體、分裂大學的消息傳出，所以蔡元培才選擇了以退為進，以另一種方式向政府施壓，以求能盡快恢復五四前教育界狀況。
教育部迫於各方壓力，宣布將胡仁源調入部中辦事，並計劃派秘書徐鴻寶（前北大圖書館館長）偕同北大教職員代表及聯合會代表南下挽留。[206]6月17日、18日，國務院、教育部又分別致電蔡元培表示挽留。20日，蔡元培在復電中再次請辭北大校長職務。[207]教育部再做答覆。24日，蔡元培接馬敘倫、康寶忠函電，稱：「號電聞部已代復，仍堅挽留，勿再辭。」[208]馬敘倫亦致函湯爾和，請其催蔡元培發表通電，宣布回任。7月9日，蔡元培才正式致電教育部，表示同意復職。此消息即刻得到北京各校師生的熱烈回應。[209]
此前《申報》有消息稱：「外間多謂前此蔡孑民之秘密出京，必係得有危險消息者，此時尤未必肯來也。今日晤某要人謂此事不難解決，即蔡先生暫時未返，亦隻有胡仁源解職而由蔡先生指定一人，暫攝校務，維持目前，則危難悉解。」[210]雖然當時各方「尚在混沌之中」，但「某要人」的指點卻正好與後來最終事態的發展相合。7月23日，蔣夢麟以蔡元培個人代表的身份，代理蔡元培主持北大。[211]全國學生聯合會亦發表宣言終止罷課。[212]因五四運動而起的「挽蔡」鬥爭亦告一段落。
9月12日，蔡元培回到北京，20日正式到校視事。[213]此前仍有蔣智由將長北大之傳聞，又為蔡氏復職增加迷霧。[214]對此，《申報》「雜評」撰文分析了個中利害，頗為深入：
慰留者欲用之意也，排斥者欲去之意也，然而當局之手段，則往往互用。表麵上欲勉從多數人之意，則不得不出於慰留，慰留又不便於己派。於是陰行排擠之，使不能自留而去。今又以此手段，施之於蔡校長矣。蔡方抵京，而即有種種攻擊之論，散播之謠，旁敲反擊，日出不已，能令人安然以居校長之席耶？然自蔡來而北大學生之心方定，且將開會歡迎，作學潮最後之一結束。若果迫使不得安居，則恐又將揚其餘波也。