蔡元培後來回憶五四後突然提出辭職，是因為被拘的學生雖已保釋，但「學生尚抱再接再厲的決心，政府亦且持不做不休的態度。都中宣傳政府將明令免我職而以馬其昶君任北大校長，我恐若因此增加學生對於政府的糾紛，我個人且將有運動學生保持地位的嫌疑，不可以不速去。乃一麵呈政府，引咎辭職，一麵秘密出京，時為五月九日」。[170]蔡元培這次出走多少有些出乎意料，因為8日晚他仍有「安慰學生之演說」。且「當時有人向之言，恐不免有人設計危及先生」，他也隻以「一笑答之」，「並雲如危及身體而保全大學亦無所不可」。而蔡元培「出走之事竟不與人謀」，且連「平日最親信之人事前亦不與聞」，無怪乎當時輿論皆懷疑他是因「最大暗潮所逼迫而行」。[171]9日上午，蔡元培的留箋「已由北大油印傳遍學界」[172]。這則用典古奧的啟事，立即引起了各方的懷疑和猜測。為此，北大文科教授程演生特意逐字逐句做出解釋，才漸漸平息事端。[173]不過，即便是能夠解釋清楚字麵含義，也並不妨礙人們猜測啟事的「言外之意」。《申報》有「雜評」就讀出了蔡元培出走的「內幕」，認為「大學內部尚有難言之隱」，而且將蔡元培的留書出走與此前蔡林論戰引發的「新舊之爭」聯繫到一起，認為「暗潮之鼓盪，本非一日。不幸此次學生事件，會逢其適」，所以，蔡元培是以一人之力「當內外交謫之沖，又焉得而不走」。[174]
13日，《晨報》曾刊出未具名之《蔡元培辭去校長之真因》的文章，實為蔡元培手筆。查蔡元培5月12日日記，有「晨，幼軒去，攜去辭職真因一函」[175]的記錄。當時各方情勢未定，他不便出來說話，此文當是其以另一種方式發表的聲明。文中除詳述蔡元培出走前的內幕外，還提及了五四後政府已有更換北大校長的決定，辭職是欲「一麵保全學生，一麵又不令政府為難，如此始可以保全大學，在我可謂心安理得矣」。[176]蔡元培本意或許隻是為突然出走向學界做一非正式交代，但文中屢次提及的政府「有焚毀大學暗殺校長之計劃」「更換北京大學校長」等語，卻正好坐實了蔡元培被迫辭職出走的傳言。
蔡元培辭職的第二天，馬敘倫、李大釗、馬寅初等人就代表北大教職員到教育部請願，表示如果蔡元培不留任，北大教職員「即一致總辭職」。11日，北大教職員會發起組織了北京中等以上學校教職員會聯合會，「再聯成一氣」，一致認為「蔡之能挽回與否，非校長之去留問題，與教育及外交前途均有關係」，「如至無法轉圜之時則亦唯有罷課之一法。倘政府以學生罷課為不足惜，則即自行全體解散，各校決取一致行動」，誓與北大同進退。[177]同日，天津學界聯合會成立，宣布與北京學生一致行動。[178]12日，新成立的上海學聯亦致電北京教育部，稱：「蔡先生學界泰鬥，自長大學，全國交慶得人，今犯何罪，欲加撤換？務望毅力主持，毋使奸人得逞，否則全國青年將起為大學學生後盾。」[179]接著，上海學聯又發表宣言，再次詳述反對撤換蔡元培的理由：「方今國中惡劣之空氣充滿四隅，惟賴青年學者除舊布新，發聾振聵，以期進與世界之新文明攜手。蔡先生文章道德中外推崇，自長大學，全國學界始有發皇振厲之氣。乃一二頑冥奸佞之徒，竟不容思想界有一線生機，竟不容世界潮流有一分輸入。夫蔡先生去，則大學雖存猶死；大學死，則從此中國之學術界思想盡入一二有權威者掌握之中，而學界前途遂墮於萬劫不復之境。豈惟蔡先生一人、北京大學一校之關係，中華將來之文明，實將於此決其運命。學生等一息猶存，不能坐視學術之日即淪亡而不救。」[180]江蘇省教育會、浙江省教育會、全國和平聯合會等組織機構接連致電國務院、教育部，請求挽留蔡元培。[181]在時人眼中，挽留蔡元培已不再是北大一校之事，而是全國青年、全國學界的大事；蔡元培能否出長北大也被視為學界與思想界生死存亡的關鍵。
在當時北大內外交困的情況下，一麵是政府消極敷衍的態度，一麵是全國學界積極有力的支持，北大全體師生更是因此而激盪起抗爭的決心，13日晚，北大評議會與教授主任會召開聯席會議，商量維持大學之法。會議一致認為，「蔡校長此時雖不在校，而蔡校長之精神猶在，蔡校長年來所苦心創建之種種組織猶在」，誓要「竭力維持蔡校長年來所苦心經營之大學」。[182]
但是，北京政府對全國教育界呼籲的態度並不明朗，14日晚，仍是將挽留蔡元培命令與挽留曹汝霖、陸宗輿的命令一併發表。[183]同時，又為五四學生事連下兩道命令，指責學生「名為愛國，適以誤國」，要求教育部及各省省長、教育廳廳長對學生切實加以約束，「毋得幹務政治」，「其有不率訓誡，糾相滋事者，查明斥退」。[184]這不得不讓人懷疑，北京政府有「於八麵求圓之中而寓以袒護國賊之意，政府挽留蔡之誠意果安在哉」。[185]
5月15日，教育總長傅增湘受安福係攻擊而正式辭職，由次長袁希濤代理部務。[186]錢能訓內閣又出於與安福係政治交易的目的，決定提議安福係的田應璜為教育總長。[187]但田純係政客，且「品卑學陋」，政府亦遲遲未敢公布發表。[188]安福係這一提議，立即引發學生們強烈反響。19日，北京十八所專門以上學校正式罷課。早在5月16日，《申報》「雜評」欄就發表評論，承認學生即將採取的罷課行為「實出於情不獲已」，但同時也表示了擔憂：「然吾人之所顧慮者，以一無顧惜之當局，對此情不獲已之請求，苟不視為可憐而視為要挾，一任學生之罷課與否，則學生又將奈何？」[189]17日，《申報》又以《可以出矣》為題，勸說蔡元培復職，認為「蔡氏之出，此其時矣」，「不然而罷課之舉成，非特益陷全國教育於紛擾，且適以快彼日夜謀摧殘者之心。蔡氏其忍乎？今後之教育，誠難維持矣。然明知其不可而為之，又非擔當大任者所應爾乎？」[190]時人已將目光聚焦於蔡元培一人。蔡元培復職或辭職已被視作能否收拾此局麵的焦點。
13日，《晨報》曾刊出未具名之《蔡元培辭去校長之真因》的文章，實為蔡元培手筆。查蔡元培5月12日日記，有「晨，幼軒去，攜去辭職真因一函」[175]的記錄。當時各方情勢未定，他不便出來說話，此文當是其以另一種方式發表的聲明。文中除詳述蔡元培出走前的內幕外，還提及了五四後政府已有更換北大校長的決定，辭職是欲「一麵保全學生，一麵又不令政府為難，如此始可以保全大學，在我可謂心安理得矣」。[176]蔡元培本意或許隻是為突然出走向學界做一非正式交代，但文中屢次提及的政府「有焚毀大學暗殺校長之計劃」「更換北京大學校長」等語，卻正好坐實了蔡元培被迫辭職出走的傳言。
蔡元培辭職的第二天，馬敘倫、李大釗、馬寅初等人就代表北大教職員到教育部請願，表示如果蔡元培不留任，北大教職員「即一致總辭職」。11日，北大教職員會發起組織了北京中等以上學校教職員會聯合會，「再聯成一氣」，一致認為「蔡之能挽回與否，非校長之去留問題，與教育及外交前途均有關係」，「如至無法轉圜之時則亦唯有罷課之一法。倘政府以學生罷課為不足惜，則即自行全體解散，各校決取一致行動」，誓與北大同進退。[177]同日，天津學界聯合會成立，宣布與北京學生一致行動。[178]12日，新成立的上海學聯亦致電北京教育部，稱：「蔡先生學界泰鬥，自長大學，全國交慶得人，今犯何罪，欲加撤換？務望毅力主持，毋使奸人得逞，否則全國青年將起為大學學生後盾。」[179]接著，上海學聯又發表宣言，再次詳述反對撤換蔡元培的理由：「方今國中惡劣之空氣充滿四隅，惟賴青年學者除舊布新，發聾振聵，以期進與世界之新文明攜手。蔡先生文章道德中外推崇，自長大學，全國學界始有發皇振厲之氣。乃一二頑冥奸佞之徒，竟不容思想界有一線生機，竟不容世界潮流有一分輸入。夫蔡先生去，則大學雖存猶死；大學死，則從此中國之學術界思想盡入一二有權威者掌握之中，而學界前途遂墮於萬劫不復之境。豈惟蔡先生一人、北京大學一校之關係，中華將來之文明，實將於此決其運命。學生等一息猶存，不能坐視學術之日即淪亡而不救。」[180]江蘇省教育會、浙江省教育會、全國和平聯合會等組織機構接連致電國務院、教育部，請求挽留蔡元培。[181]在時人眼中，挽留蔡元培已不再是北大一校之事，而是全國青年、全國學界的大事；蔡元培能否出長北大也被視為學界與思想界生死存亡的關鍵。
在當時北大內外交困的情況下，一麵是政府消極敷衍的態度，一麵是全國學界積極有力的支持，北大全體師生更是因此而激盪起抗爭的決心，13日晚，北大評議會與教授主任會召開聯席會議，商量維持大學之法。會議一致認為，「蔡校長此時雖不在校，而蔡校長之精神猶在，蔡校長年來所苦心創建之種種組織猶在」，誓要「竭力維持蔡校長年來所苦心經營之大學」。[182]
但是，北京政府對全國教育界呼籲的態度並不明朗，14日晚，仍是將挽留蔡元培命令與挽留曹汝霖、陸宗輿的命令一併發表。[183]同時，又為五四學生事連下兩道命令，指責學生「名為愛國，適以誤國」，要求教育部及各省省長、教育廳廳長對學生切實加以約束，「毋得幹務政治」，「其有不率訓誡，糾相滋事者，查明斥退」。[184]這不得不讓人懷疑，北京政府有「於八麵求圓之中而寓以袒護國賊之意，政府挽留蔡之誠意果安在哉」。[185]
5月15日，教育總長傅增湘受安福係攻擊而正式辭職，由次長袁希濤代理部務。[186]錢能訓內閣又出於與安福係政治交易的目的，決定提議安福係的田應璜為教育總長。[187]但田純係政客，且「品卑學陋」，政府亦遲遲未敢公布發表。[188]安福係這一提議，立即引發學生們強烈反響。19日，北京十八所專門以上學校正式罷課。早在5月16日，《申報》「雜評」欄就發表評論，承認學生即將採取的罷課行為「實出於情不獲已」，但同時也表示了擔憂：「然吾人之所顧慮者，以一無顧惜之當局，對此情不獲已之請求，苟不視為可憐而視為要挾，一任學生之罷課與否，則學生又將奈何？」[189]17日，《申報》又以《可以出矣》為題，勸說蔡元培復職，認為「蔡氏之出，此其時矣」，「不然而罷課之舉成，非特益陷全國教育於紛擾，且適以快彼日夜謀摧殘者之心。蔡氏其忍乎？今後之教育，誠難維持矣。然明知其不可而為之，又非擔當大任者所應爾乎？」[190]時人已將目光聚焦於蔡元培一人。蔡元培復職或辭職已被視作能否收拾此局麵的焦點。