蔡元培首次明確把「兼容並包」與北大改革相聯繫，可追溯至1918年11月10日的《〈北京大學月刊〉發刊詞》。《北京大學月刊》創刊的目的之一即為「釋校外學者之懷疑」，以《北京大學月刊》「宣布各方麵之意見，則校外讀者，當亦能知吾校兼容並收之主義，而不至以一道同風之舊見相繩矣」。此處，蔡元培提出大學是「囊括大典，網羅眾家」之學府，並引用《禮記·中庸》中「萬物並育而不相害，道並行而不相悖」一句來形容。[73]次年3月，在與林紓的論戰中，蔡元培再次解釋了「兼容並包」，即「對於學說，仿世界各大學通例，循『思想自由』原則，取兼容並包主義」，「無論為何種學派，苟其言之成理，持之有故，尚不達自然淘汰之運命者，雖彼此相反，而悉聽其自由發展」。[74]在晚年的回憶錄中，蔡元培也曾表示：「我素信學術上的派別是相對的，不是絕對的；所以每一種學科的教員，即使主張不同，若都是『言之成理、持之有故』的，就讓他們並存，令學生有自由選擇的餘地。最明白的是胡適之君與錢玄同君等絕對的提倡白話文學，而劉申叔、黃季剛諸君仍極端維護文言的文學；那時候就讓他們並存。」[75]從中不難發現，蔡元培對「兼容並包」的理解是基於「兼收並蓄」的本義。此後他對大學的體認也是由此而來。他認為，「大學教員所發表之思想，不但不受任何宗教或政黨之拘束，亦不受任何著名學者之牽掣。苟其確有所見，而言之成理，則雖在一校中，兩相反對之學說，不妨同時並行，而一任學生之比較而選擇，此大學之所以為大也。大學自然為教授、學生而設，然演講既深，已成為教員與學生共同研究之機關。所以一種講義，聽者或數百人以至千餘人；而別有一種講義，聽者或僅數人。在學術上之價值，初不以是為軒輊也。如講座及研究所之設備，既已成立，則雖無一學生，而教員自行研究，以其所得，貢獻於世界，不必以學生之有無為作輟也」。[76]從上述蔡元培的種種詮釋可知，「兼容並包」的重點在於通過容納不同學術派別對高深學問的追求來營造北大學風，由此帶給北大學術自由爭鳴的學院氛圍。
梁漱溟後來回憶說：「關於蔡先生兼容並包之量，時下論者多能言之，但我願指出說明的：蔡先生除了他意識到辦大學需要如此之外，更要緊的乃在他天性上具有多方麵的愛好，極廣博的興趣。意識到此一需要，而後兼容並包，不免是人為的（偽的）；天性上喜歡如此，方是自然的（真的）。有意的兼容並包是可學的，出於性情之自然是不可學的。有意兼容並包，不一定兼容並包的了；唯出於真愛好，而後人家乃樂於為他所包容，而後盡管複雜卻維繫得住。——這方是真器局、真度量。」[77]論者對蔡元培「兼容並包」的理解，可謂汗牛充棟，但梁漱溟能從性格入手，以「天性上喜歡如此」作為「兼容並包」的註腳可以說抓住了根本。蔡元培自認「性近於學術而不宜於政治」，「是一個比較的還可以研究學問的人，我的興趣也完全在這一方麵」，[78]盡管他一生亦學亦政，最終也未能真正如願以償，歸於學術，但學術無疑仍是他心靈的最終歸宿。
不過，蔡元培有此等學術氣度和修養，固然可以做到接納不同學術偏好的教師，但並不表示在北大的實際運行中教師聘任問題沒有受到任何質疑。1917年8月13日的《晨鍾報》就以《蔡元培辭職之內幕》為題，公開談論北大的教師聘任問題。報導說：
北京大學校長蔡元培君自客歲任事以來與該校學生感情頗欠融洽，加以主張變更校製，同校管教各員除由蔡援引者外，亦多不以蔡為然。因此校中反對蔡氏之暗潮無時或已近乃愈鬧愈大。探聞前日該校學生暨反對蔡氏之諸職員聯名上書於段總理，歷敘蔡不克勝任並喜任用私人多方弊端，請另簡賢員以重校務等語。段總理接稟後即請蔡到，將原稟交閱。蔡閱畢向段總理雲，外間既謂我任用私人，我隻好辭職不幹，由我敦請之職員亦當隨我而去，雲雲。段總理當下未置可否，聞已有允意，曾托人邀嚴範孫出而擔任。嚴辭不就。以故繼任人物刻下政治物色中，大約物色定後蔡當去職。惟聞蔡虧欠該校款項有三萬元之多，將來不知何以了結也。[79]
事件緣起於8月1日蔡元培在《新青年》上發表的《大學改製之事實及理由》。據8月17日、22日《申報》接連刊登的《北京大學改製與蔡元培》一文稱，北大師生對改製的具體方案頗為不滿。蔡元培遂將議案提交教育部，經部批準照辦。但是「學生反對蔡之聲浪乃愈高」，且以全體名義在院部兩處控訴蔡元培。段祺瑞不得不將學生呈文交予教育部處理。所以，外間才會傳出蔡元培意欲辭職的謠言。[80]不過，這期間確有被裁汰之失職人員廣為聯絡尚未定資格之職員，鼓動起反對蔡元培的風潮。若再聯想到此前蔡元培曾因辭退不合格的教員，與外籍教習對簿公堂之事，[81]《晨鍾報》的報導本身不妨視為「虛中有實」，即報導描述的具體事件可能存在不實之處，但是事件背後所反映出的學校內外對蔡元培用人的質疑卻是一直都存在的。此段報導提供的可說是蔡元培北大改革社會語境之一麵。
蔡元培後來曾不斷地提及「舊教員中如沈尹默、沈兼士、錢玄同諸君，本已啟革新的端緒；自陳獨秀君來任學長，胡適之、劉半農、周豫才、周豈明諸君來任教員，而文學革命、思想自由的風氣，遂大流行。理科自李仲揆、丁巽甫、王撫五、顏任光、李書華諸君來任教授後，內容始以漸充實」。[82]此段話一般被認為是蔡元培的自謙之詞，但若與當時社會環境的種種狀態相聯繫，不妨視作他對自己充分而深刻的體認，因為他深知北大的改革是不可能僅靠一己之力而可為的。所以，胡適認為，這正是蔡元培「做領袖的絕大本領」：「能充分信用他手下的人，每委人一事，他即付以全權，不再過問；遇有困難時，他卻挺身負其全責；若有成功，他每嘖嘖歸功於主任的人，然而外人每歸功於他老人家。因此，人每樂為之用，又樂為盡力。跡近於無為，而實則盡人之才。」[83]
梁漱溟後來回憶說：「關於蔡先生兼容並包之量，時下論者多能言之，但我願指出說明的：蔡先生除了他意識到辦大學需要如此之外，更要緊的乃在他天性上具有多方麵的愛好，極廣博的興趣。意識到此一需要，而後兼容並包，不免是人為的（偽的）；天性上喜歡如此，方是自然的（真的）。有意的兼容並包是可學的，出於性情之自然是不可學的。有意兼容並包，不一定兼容並包的了；唯出於真愛好，而後人家乃樂於為他所包容，而後盡管複雜卻維繫得住。——這方是真器局、真度量。」[77]論者對蔡元培「兼容並包」的理解，可謂汗牛充棟，但梁漱溟能從性格入手，以「天性上喜歡如此」作為「兼容並包」的註腳可以說抓住了根本。蔡元培自認「性近於學術而不宜於政治」，「是一個比較的還可以研究學問的人，我的興趣也完全在這一方麵」，[78]盡管他一生亦學亦政，最終也未能真正如願以償，歸於學術，但學術無疑仍是他心靈的最終歸宿。
不過，蔡元培有此等學術氣度和修養，固然可以做到接納不同學術偏好的教師，但並不表示在北大的實際運行中教師聘任問題沒有受到任何質疑。1917年8月13日的《晨鍾報》就以《蔡元培辭職之內幕》為題，公開談論北大的教師聘任問題。報導說：
北京大學校長蔡元培君自客歲任事以來與該校學生感情頗欠融洽，加以主張變更校製，同校管教各員除由蔡援引者外，亦多不以蔡為然。因此校中反對蔡氏之暗潮無時或已近乃愈鬧愈大。探聞前日該校學生暨反對蔡氏之諸職員聯名上書於段總理，歷敘蔡不克勝任並喜任用私人多方弊端，請另簡賢員以重校務等語。段總理接稟後即請蔡到，將原稟交閱。蔡閱畢向段總理雲，外間既謂我任用私人，我隻好辭職不幹，由我敦請之職員亦當隨我而去，雲雲。段總理當下未置可否，聞已有允意，曾托人邀嚴範孫出而擔任。嚴辭不就。以故繼任人物刻下政治物色中，大約物色定後蔡當去職。惟聞蔡虧欠該校款項有三萬元之多，將來不知何以了結也。[79]
事件緣起於8月1日蔡元培在《新青年》上發表的《大學改製之事實及理由》。據8月17日、22日《申報》接連刊登的《北京大學改製與蔡元培》一文稱，北大師生對改製的具體方案頗為不滿。蔡元培遂將議案提交教育部，經部批準照辦。但是「學生反對蔡之聲浪乃愈高」，且以全體名義在院部兩處控訴蔡元培。段祺瑞不得不將學生呈文交予教育部處理。所以，外間才會傳出蔡元培意欲辭職的謠言。[80]不過，這期間確有被裁汰之失職人員廣為聯絡尚未定資格之職員，鼓動起反對蔡元培的風潮。若再聯想到此前蔡元培曾因辭退不合格的教員，與外籍教習對簿公堂之事，[81]《晨鍾報》的報導本身不妨視為「虛中有實」，即報導描述的具體事件可能存在不實之處，但是事件背後所反映出的學校內外對蔡元培用人的質疑卻是一直都存在的。此段報導提供的可說是蔡元培北大改革社會語境之一麵。
蔡元培後來曾不斷地提及「舊教員中如沈尹默、沈兼士、錢玄同諸君，本已啟革新的端緒；自陳獨秀君來任學長，胡適之、劉半農、周豫才、周豈明諸君來任教員，而文學革命、思想自由的風氣，遂大流行。理科自李仲揆、丁巽甫、王撫五、顏任光、李書華諸君來任教授後，內容始以漸充實」。[82]此段話一般被認為是蔡元培的自謙之詞，但若與當時社會環境的種種狀態相聯繫，不妨視作他對自己充分而深刻的體認，因為他深知北大的改革是不可能僅靠一己之力而可為的。所以，胡適認為，這正是蔡元培「做領袖的絕大本領」：「能充分信用他手下的人，每委人一事，他即付以全權，不再過問；遇有困難時，他卻挺身負其全責；若有成功，他每嘖嘖歸功於主任的人，然而外人每歸功於他老人家。因此，人每樂為之用，又樂為盡力。跡近於無為，而實則盡人之才。」[83]