對於陳獨秀任北大文科學長，此後人們一般都習慣於把聘任陳獨秀看作蔡元培「兼容」新派教員的明證，但如果從陳的黯然辭職來看，蔡氏的「兼容」顯然有不少變數在內，落實於現實的「兼容並包」多少都會打些折扣。[59]到了1919年4月，這位新文化運動的「闖將」（梁漱溟語）還是在壓力之下被迫去職，其原因正是陳作為進德會評議員私德不儉，違反會約，以致遭受社會輿論及同事的攻擊。關於陳獨秀的去職，曾有傳聞說是因其「言論思想多有過於激烈浮躁者，於學界前途大有影響」，所以被辭退。[60]對此，蔡元培曾專門致函報導此事「最詳細的」《神州日報》，為陳獨秀「辭職」等事闢謠，稱「陳學長並無辭職之事」，「文理合併，不設學舉長，而設一教務長以統轄教務。曾由學長及教授會、主任會議定（陳學長亦在座），經評議會通過，定於暑假後實行」，非「下學期之說」。[61]但不管蔡元培如何為陳獨秀辯解，陳不再擔任北大文科學長之事已是定局。事後多年，由胡適與湯爾和的通信可以窺見，陳的去職並非僅是學校內部職位變動那麽簡單，人事糾葛恐怕是更為決定性的因素。胡適回憶說：「蔡先生頗不願於那時去獨秀，先生（指湯爾和——引者注）力言其私德太壞，彼時蔡先生還是進德會的提倡者，故頗為尊議所動。」[62]蔡元培作為一校之長不得已的苦衷，不易被人理解。就連與蔡氏私交甚好的胡適也怪罪蔡元培「因『頭巾見解』和『小報流言』而放逐一個有主張的『不羈之才』」，認為蔡元培是被沈尹默「幾個反覆小人」利用，才會「造成一個攻擊獨秀的局麵」。[63]被胡適稱為「反覆小人」的沈尹默對此倒也坦白，承認「蔡先生的書生氣很重，一生受人包圍，……北大初期受我們包圍（我們，包括馬幼漁、叔平兄弟，周樹人、作人兄弟，沈尹默、兼士兄弟，錢玄同、劉半農等，亦即魯迅先生作品中引所謂正人君子口中的某籍某係）」。[64]可見，蔡元培所倡的「兼容並包」真正可「兼容」的範圍遠非人們想像的那樣廣闊，人事上的爭鬥有時往往成為蔡元培推行改革中不可逾越的鴻溝。
1919年3月18日，《公言報》刊登了《請看北京學界思潮變遷之近狀》，描述了北京大學的基本思想狀況：
國立北京大學，自蔡孑民任校長後，氣象為之一變，尤以文科為甚。文科學長陳獨秀氏，以新派首領自居，平昔主張新文學甚力。教員中與陳氏沆瀣一氣者，有胡適、錢玄同、劉半農、沈尹默等。……顧同時與之對峙者，有舊文學一派。舊派中以劉師培氏為之首，其他如黃侃、馬敘倫等，則與劉氏結合，互為聲援者也。加以國史館之耆老先生，如屠敬山、張相文之流，亦復而深表同情於劉、黃。……頃者劉、黃諸氏以陳、胡等與學生結合，有種種印刷物發行也，乃亦組織一種雜誌，曰《國故》。組織之名義，出於學生，而主筆政之健將，教員實居其多數。蓋學生中固亦分舊新兩派，而各主其師說者也。二派雜誌，旗鼓相當，互相爭辯，當然有裨於文化；第不言忘其辯論之範圍，純任意氣，各以惡聲相報復耳。[65]
若暫不考慮此文的政治背景，其以「新」「舊」為標準劃分北大文科雖過於絕對，但也足以說明北大內部學術派別的爭鬥早已是不爭的事實。直到1921年，入北大不久的吳虞，觀察到的仍是「北大學生中主選派及申叔、季剛一派者居多數，其主桐城派者亦有，然不盛也。大別北大黨派則為新舊二派，細別之，則多矣」。[66]1924年，剛剛在柏林大學獲得博士學位的陳翰笙應蔡元培之邀，回北大歷史係教授歐美通史和史學史。他很快發現：「北大的教師當時分為兩派，一派是英、美、德留學生，以胡適為首；另一派是日、法留學生，領頭的是李石曾。這兩派明爭暗鬥，互不相容。」[67]此後不久，由「女師大事件」而引發的「語絲派」與「現代評論派」的論戰，也正是因為「北大內部欲借女師大學潮為黨爭之具」[68]。這雖是後話，但可以肯定的是，在蔡元培長校的1920年代初期前後，北京大學的黨派之爭不可能無聲無息。曾經在政界學海浮沉多年的蔡元培自然也不可能沒有絲毫察覺。但行事未脫書生本色的蔡元培，判斷教員優劣的標準仍盡量控製在「以學詣為主」，即使是「偶有過激之論，苟於校課無涉」都在「兼容」之列。[69]
蔡元培曾言：「一種思想之產生，一種學說之成立，斷非偶然之奇蹟。吾人如能基於純正研究學術之立場，則無論為符合或反對，但於此種思想、學說，都應切實研究，唯研究乃能附和，亦惟研究乃能反對，蓋真理惟研究乃能愈益接近也。」[70]他一向頗為大度，這與他對學問持有的開放態度是一致的。在傳統讀書人的觀念裏，學問與生活並不是完全割裂，講求的是學問與人生的互相滋養，對學問的一絲不苟，貫穿於日常生活的方方麵麵，成為一種人生態度；同樣，日常待人接物處事方式也正是學問內在涵養之表象。蔡元培曾表示素來信仰學術上的派別都是相對而非絕對，[71]也更多是出於學術上而非隻從人事上的考量，所以才會有「兼容」。正如毛子水指出，有人誤解蔡元培的「兼容並包」隻是「勉強混合」，其實，他是經過了「是非的擇別」。「譬如，他請劉申叔講六朝文學，決不會允許他提倡『帝製』；他請辜湯生教英詩，決不會允許他提倡『復辟』。」[72]
1919年3月18日，《公言報》刊登了《請看北京學界思潮變遷之近狀》，描述了北京大學的基本思想狀況：
國立北京大學，自蔡孑民任校長後，氣象為之一變，尤以文科為甚。文科學長陳獨秀氏，以新派首領自居，平昔主張新文學甚力。教員中與陳氏沆瀣一氣者，有胡適、錢玄同、劉半農、沈尹默等。……顧同時與之對峙者，有舊文學一派。舊派中以劉師培氏為之首，其他如黃侃、馬敘倫等，則與劉氏結合，互為聲援者也。加以國史館之耆老先生，如屠敬山、張相文之流，亦復而深表同情於劉、黃。……頃者劉、黃諸氏以陳、胡等與學生結合，有種種印刷物發行也，乃亦組織一種雜誌，曰《國故》。組織之名義，出於學生，而主筆政之健將，教員實居其多數。蓋學生中固亦分舊新兩派，而各主其師說者也。二派雜誌，旗鼓相當，互相爭辯，當然有裨於文化；第不言忘其辯論之範圍，純任意氣，各以惡聲相報復耳。[65]
若暫不考慮此文的政治背景，其以「新」「舊」為標準劃分北大文科雖過於絕對，但也足以說明北大內部學術派別的爭鬥早已是不爭的事實。直到1921年，入北大不久的吳虞，觀察到的仍是「北大學生中主選派及申叔、季剛一派者居多數，其主桐城派者亦有，然不盛也。大別北大黨派則為新舊二派，細別之，則多矣」。[66]1924年，剛剛在柏林大學獲得博士學位的陳翰笙應蔡元培之邀，回北大歷史係教授歐美通史和史學史。他很快發現：「北大的教師當時分為兩派，一派是英、美、德留學生，以胡適為首；另一派是日、法留學生，領頭的是李石曾。這兩派明爭暗鬥，互不相容。」[67]此後不久，由「女師大事件」而引發的「語絲派」與「現代評論派」的論戰，也正是因為「北大內部欲借女師大學潮為黨爭之具」[68]。這雖是後話，但可以肯定的是，在蔡元培長校的1920年代初期前後，北京大學的黨派之爭不可能無聲無息。曾經在政界學海浮沉多年的蔡元培自然也不可能沒有絲毫察覺。但行事未脫書生本色的蔡元培，判斷教員優劣的標準仍盡量控製在「以學詣為主」，即使是「偶有過激之論，苟於校課無涉」都在「兼容」之列。[69]
蔡元培曾言：「一種思想之產生，一種學說之成立，斷非偶然之奇蹟。吾人如能基於純正研究學術之立場，則無論為符合或反對，但於此種思想、學說，都應切實研究，唯研究乃能附和，亦惟研究乃能反對，蓋真理惟研究乃能愈益接近也。」[70]他一向頗為大度，這與他對學問持有的開放態度是一致的。在傳統讀書人的觀念裏，學問與生活並不是完全割裂，講求的是學問與人生的互相滋養，對學問的一絲不苟，貫穿於日常生活的方方麵麵，成為一種人生態度；同樣，日常待人接物處事方式也正是學問內在涵養之表象。蔡元培曾表示素來信仰學術上的派別都是相對而非絕對，[71]也更多是出於學術上而非隻從人事上的考量，所以才會有「兼容」。正如毛子水指出，有人誤解蔡元培的「兼容並包」隻是「勉強混合」，其實，他是經過了「是非的擇別」。「譬如，他請劉申叔講六朝文學，決不會允許他提倡『帝製』；他請辜湯生教英詩，決不會允許他提倡『復辟』。」[72]