1917年1月15日，陳獨秀正式受聘為北大文科學長，並於當月進京任職。他主編的《新青年》雜誌也隨即由上海遷入北大。選擇陳獨秀擔任文科學長，正可體現蔡元培對道德與學問的雙重追求。蔡元培曾致函教育部，稱陳「品學兼優，堪勝斯任」。[46]馮友蘭回憶當時的情景說：「聘任陳獨秀為文科學長，這個布告一出來，在學生中引起了很大的震動，因為陳獨秀顯然不是一個準備做官的人。在陳獨秀身上，人們也逐漸了解文科是做什麽的了。」[47]這段回憶多少有些「後見之明」，不足以盡信。實際上，陳獨秀的學問當時曾遭到質疑，理由是他「隻會寫幾篇策論式的時文，並無真才實學；到北大任教，尚嫌不夠，更不要說出長文科了」。蔡元培卻認為，陳「精通訓詁音韻，學有專長，過去連太炎先生也把他視為畏友」。與此同時，另外一些熟悉陳獨秀的人也站出來講話，「說他在文學考據方麵有素養、有研究、有著作，高一涵先生甚至說，仲甫先生講文字學，不在太炎先生之下。這樣眾口一詞，才慢慢堵住了攻擊者的嘴」。[48]北大文科學長初為夏錫祺，但「頗不為學生所歡迎，故文科中常有風潮，因之益畏學生，偶有與教員齟齬者必兩麵敷衍之」。蔡元培任校長之後，夏氏「自知其位不固，遂辭去文科學長一席」。陳獨秀一入北大便有「調和新舊兩方麵之思想，使『古代為黃金時代』與『愈至後世愈近化』兩說並存」的主張，「頗不合於舊派文學者之心理」，遂在第一次文科教授會議上生出一些爭論，也因此引起外間不少猜測。但據「當時在坐（座）某君」的回憶，此次大學文科爭議，「反對最烈者為陳介石、黃季剛二教授」，但各方大部分是出於學術見解的差異，一直僵持不下，「遂不免言語之衝突」，絕非如外間所傳聞，「可斷為當然之爭議，且各出於良心之主張」。[49]後世論者有時不免誇大新舊兩派衝突的程度，其實「新」「舊」本是相對而言，若從另一角度觀察，因學術觀點和見解的差異而起的爭論，正可說明學長陳獨秀任職之後帶來的不同氣象。
之所以想到聘請陳獨秀擔任學長，是因為湯爾和曾給蔡元培看過「十餘本」《新青年》；而陳同意任職，也是因為蔡元培同意他可以在北大繼續辦雜誌。[50]有研究者分析，聘定陳獨秀首要考慮的與其說是其學術專長，不如說是其在當時思想界足以影響青年學子的特殊地位。[51]圍繞著陳獨秀主編的《新青年》雜誌，北大教授有了一個聚攏的平台和向公眾表達思想的媒介。馮友蘭後來回憶說：「蔡先生把當時全國的學術權威都盡可能地集中在北大，合大家的權威為北大的權威，於是北大就成為名副其實的最高學府，其權威就是全國最高的權威。在北大出現了百家爭鳴、百花齊放的局麵，全國也出現了這種局麵。」[52]此段追述雖摻雜了不少後來的觀念，不過也頗能證明當時北大在學術界的地位。從清末京師大學堂建立之初桐城派獨掌教鞭的盛況，到民國以後桐城派式微、太炎門生崛起，再到《新青年》集團進入北大，北大文科內部學術派別的更替，雖然不免摻雜人事糾葛，但從總體上看，北大所聚集的無疑都是當時學界的重量級人物。「一校一刊」的結合，更使《新青年》有了引領新思潮的可能；與此同時，北大也藉助了不少《新青年》引領學界新思潮的力量，重塑了大學的形象和地位。[53]胡適認為，文學革命的成功，有一個因素也不能忽視，那就是陳獨秀擔任北大文科學長後，其文學革命主張成了「全國的東西」，成了一個「嚴重的問題」。[54]盡管《新青年》第4卷第3號才聲明，「本誌自第四卷一號起，投稿章程，業已取消，所有撰譯，悉由編輯部同人，共同擔任，不另購稿」，[55]但此前各卷不少作者都與北大有著千絲萬縷的聯繫也是不爭的事實。1919年2月，《新青年》第6 卷第2 號刊出啟事，特意澄清自己與北大的種種關係。「啟事」稱：「近來外麵的人往往把《新青年》和北京大學混為一談，因此發生種種無謂的謠言。現在我們特別聲明：《新青年》編輯和做文章的人雖然有幾個在大學做教員，但是這個雜誌完全是私人的組織，我們的議論完全歸我們自己負責。和北京大學毫不相幹。」[56]這則啟事雖有針對保守派攻擊、保護北大的考慮，不過卻正好反證外間確有將《新青年》與北大相提並論的情況。
在北大任職期間，蔡元培隻在《新青年》上發表過屈指可數的文章，並沒有特別站出來為《新青年》說話。但在蔡元培心中，作為文科學長的陳獨秀和其主編的《新青年》一直都是頗有分量的。1933年4月，汪孟鄒為接濟入獄的陳獨秀，重印了《獨秀文存》，並請蔡元培作序。在序言中，蔡元培除了回顧陳當年出任北大學長的來龍去脈，還特別指出，這部文存收錄的都是陳獨秀在《新青年》上發表過的舊文，「大抵取推翻舊習慣、創造新生命的態度；而文筆廉悍，足藥拖遝含糊等病；即到今日，仍沒有失掉青年模範文的資格」。[57]陳獨秀此時已在獄中，蔡元培選擇以此種方式回溯歷史，有替其脫罪的考慮。不過，他特意再次強調陳獨秀「創造」的「態度」和犀利的文風一直都是青年的模範，足見陳獨秀在蔡元培心目中的重要地位。後來上海亞東圖書館和求益書社又聯合推出了重印本《新青年》。蔡元培亦為其題詞，稱《新青年》是「五四運動時代之急先鋒」，可看作研討「吾國人最近思想變遷」的依據。[58]
之所以想到聘請陳獨秀擔任學長，是因為湯爾和曾給蔡元培看過「十餘本」《新青年》；而陳同意任職，也是因為蔡元培同意他可以在北大繼續辦雜誌。[50]有研究者分析，聘定陳獨秀首要考慮的與其說是其學術專長，不如說是其在當時思想界足以影響青年學子的特殊地位。[51]圍繞著陳獨秀主編的《新青年》雜誌，北大教授有了一個聚攏的平台和向公眾表達思想的媒介。馮友蘭後來回憶說：「蔡先生把當時全國的學術權威都盡可能地集中在北大，合大家的權威為北大的權威，於是北大就成為名副其實的最高學府，其權威就是全國最高的權威。在北大出現了百家爭鳴、百花齊放的局麵，全國也出現了這種局麵。」[52]此段追述雖摻雜了不少後來的觀念，不過也頗能證明當時北大在學術界的地位。從清末京師大學堂建立之初桐城派獨掌教鞭的盛況，到民國以後桐城派式微、太炎門生崛起，再到《新青年》集團進入北大，北大文科內部學術派別的更替，雖然不免摻雜人事糾葛，但從總體上看，北大所聚集的無疑都是當時學界的重量級人物。「一校一刊」的結合，更使《新青年》有了引領新思潮的可能；與此同時，北大也藉助了不少《新青年》引領學界新思潮的力量，重塑了大學的形象和地位。[53]胡適認為，文學革命的成功，有一個因素也不能忽視，那就是陳獨秀擔任北大文科學長後，其文學革命主張成了「全國的東西」，成了一個「嚴重的問題」。[54]盡管《新青年》第4卷第3號才聲明，「本誌自第四卷一號起，投稿章程，業已取消，所有撰譯，悉由編輯部同人，共同擔任，不另購稿」，[55]但此前各卷不少作者都與北大有著千絲萬縷的聯繫也是不爭的事實。1919年2月，《新青年》第6 卷第2 號刊出啟事，特意澄清自己與北大的種種關係。「啟事」稱：「近來外麵的人往往把《新青年》和北京大學混為一談，因此發生種種無謂的謠言。現在我們特別聲明：《新青年》編輯和做文章的人雖然有幾個在大學做教員，但是這個雜誌完全是私人的組織，我們的議論完全歸我們自己負責。和北京大學毫不相幹。」[56]這則啟事雖有針對保守派攻擊、保護北大的考慮，不過卻正好反證外間確有將《新青年》與北大相提並論的情況。
在北大任職期間，蔡元培隻在《新青年》上發表過屈指可數的文章，並沒有特別站出來為《新青年》說話。但在蔡元培心中，作為文科學長的陳獨秀和其主編的《新青年》一直都是頗有分量的。1933年4月，汪孟鄒為接濟入獄的陳獨秀，重印了《獨秀文存》，並請蔡元培作序。在序言中，蔡元培除了回顧陳當年出任北大學長的來龍去脈，還特別指出，這部文存收錄的都是陳獨秀在《新青年》上發表過的舊文，「大抵取推翻舊習慣、創造新生命的態度；而文筆廉悍，足藥拖遝含糊等病；即到今日，仍沒有失掉青年模範文的資格」。[57]陳獨秀此時已在獄中，蔡元培選擇以此種方式回溯歷史，有替其脫罪的考慮。不過，他特意再次強調陳獨秀「創造」的「態度」和犀利的文風一直都是青年的模範，足見陳獨秀在蔡元培心目中的重要地位。後來上海亞東圖書館和求益書社又聯合推出了重印本《新青年》。蔡元培亦為其題詞，稱《新青年》是「五四運動時代之急先鋒」，可看作研討「吾國人最近思想變遷」的依據。[58]