在為《最後的晚餐》做準備時，列昂納多寫了大量筆記並畫了一些草圖。他將要畫的使徒分成4組，每組3人，以耶穌為中心，6個使徒分別在他兩邊。在做準備工作時，他把每個人物的動作表情都記錄在筆記上，例如：
正在喝酒的人把杯子放在桌上，轉頭看向說話者。另一個使徒則把手指絞在一起，向同伴皺著眉……還有一個使徒在鄰座的耳旁細語，聽者把身體靠向他，在聽他說話的同時，手中還拿著一把匕首。
他詳細構思了使徒們當時的表情和狀態。在表現年輕的人物時（例如雅各和約翰兄弟），為了讓他們和皮膚黝黑、蓄著鬍鬚的年長者有所區別，列昂納多寫道：
長發隨著風在年輕人的臉龐周圍飄動著，瀑布似的捲髮使他們看上去更美.
盡管《新約》中並沒有把雅各、約翰和腓力描述得特別年輕，但繪畫的慣例是把他們畫得比其他人年輕一些。約翰在很多版本的《最後的晚餐》中都顯得很年輕，有時甚至被描繪成一個小男孩。列昂納多也不例外。他畫中的約翰很年輕，而且符合他筆記中的形容。列昂納多的素描《腓力》（見圖22）加圖22，《使徒腓力》——習作
和水彩畫《耶穌》（見圖26）
加圖26《救世主耶穌》——習作
中的年輕人就是很好的例證。另一幅雅各的習作也大致相同。在圖27中我們可以看到修復後的《最後的晚餐》中的約翰。加圖27，約翰（復原後）——《最後的晚餐》
再回到《達·芬奇密碼》，我們在小說中還看到了另一個人物，聖杯執著的研究者雷·提彬爵士，就是他告訴索菲·奈芙畫中的約翰其實是瑪利亞·抹大拉.他還讓她注意彼得（坐在旁邊的人）把手像刀刃一樣橫在瑪利亞的脖子上。
在藝術界，有很多關於《最後的晚餐》的作品都取材於福音書.列昂納多選擇了《約翰福音》的第13章第21節那個場景：耶穌宣布其中的一個使徒將會背叛他。《約翰福音》中寫道：“門徒彼此對看，猜不透所說的是誰”.它還提到彼得在和另一個使徒商議（通常的看法是約翰），“點頭對他說，你告訴我們，主是指著誰說的。”
列昂納多的作品表現了彼得正在詢問的場景。他和鄰座的人之間並不存在任何敵意。那個使徒正在往他懷裏靠，聽他說話。在1994年壁畫修復之前，彼得的手也許擺成了刀刃的樣子，但現在我們能清楚地看到，他隻是把手輕鬆地搭在另一個使徒肩上（見圖24）。許多其他畫家也是這樣描繪這個場景的，例如漢斯·荷爾拜（見圖25）。畫中的約翰同樣非常年輕，頭髮比彼得的長，也更有魅力。加圖24-25《最後的晚餐》——局部
“《最後的晚餐》（1495年）局部細節圖，取自馬庫·奧焦諾1524年的臨摹畫，圖中彼得的左手放在約翰的肩膀上，右手藏著一把小刀”
接下來在《達·芬奇密碼》中，也提到了一隻“握著匕首”的“無名”之手.那隻手出現在安德烈和猶大之間。在1999年這幅壁畫被修復完成之前，從畫麵上的確很難判斷這隻手是屬於誰的。然而，我們現在可以確認它的主人就是彼得，而且他手中拿的並不是一把匕首，而是一把小刀。更幸運的是，在列昂納多的傑作損毀之前，也就是在它麵世30年間，列昂納多的很多學生都臨摹了這幅壁畫。在每幅臨摹畫中，彼得的右手都被表現得很清楚。當他從猶大身後靠近約翰說話時，他的右手別扭地彎著。後來當耶穌在客西馬尼被捕時，是彼得抽出劍削掉了馬勒古的耳朵（《約翰福音》）。當時的情景是，彼得在詢問約翰是誰出賣了耶穌時，同時在身後藏了一把小刀。而諷刺的是，坐在他們中間聽他們說話的人正是猶大。
在早期的臨摹品中（1520年左右）同樣表現出了彼得的左手輕鬆地搭在約翰的肩上，同時還畫出了耶穌的酒具。《達·芬奇密碼》中提到耶穌應該像《聖經》中所說的那樣，有一個裝酒的聖餐杯.事實上《聖經》裏並沒有這個說法。三篇《對觀福音書》提到的酒具是一個普通杯子，而在《約翰福音》（列昂納多所參照的）中根本沒有提到象徵鮮血的酒。
《達·芬奇密碼》的不合宜之處在於，在所有推論和這幅畫扯上關係的時候，它都應用了一個廢棄過時的假定。在提及畫作《最後的晚餐》在1954年被馬羅·佩裏西奧裏修復後，提彬說：“……許多藝術書籍上的照片都是1954年之前拍的，那時這些細微之處被層層的汙垢掩蓋著，而且大量的修復工作都是由一些笨拙的工匠完成的……至少，現在這幅壁畫終於被清理的跟原作一模一樣了”.然而，事實上佩裏西奧裏並沒有將原來的復繪清除掉。在他簡單的清理之後，顯現出來的仍然不是列昂納多的原作，隻有1979至1999年的修復工程做到了這一點。但《達·芬奇密碼》卻對此不加理會，它那抹大拉永存於畫作中的舊理論最終被巴西龍博士的工作顛覆了。
根據嚴格的歷史記錄，耶穌和使徒們最後的晚餐並非我們通常認為的逾越節餐會。在餐會上耶穌也沒有舉行血酒儀式。按照《死海古卷》中的《會規手則》，最後的晚餐應該是救世主宴會（即主的宴會）。而且和耶路撒冷逾越節慶祝活動相比，同時進行的救世主宴會有著完全不同的重大意義。宴會的主要主持人是大祭司和以色列的救世主.宗團的信徒則由12名使徒作為代表，他們被稱為宗運公會。《會規手則》（最古老的艾賽尼文獻之一）列出了所有人的座位次序，並詳細記錄了宴會中要舉行的儀式。其中寫道：
正在喝酒的人把杯子放在桌上，轉頭看向說話者。另一個使徒則把手指絞在一起，向同伴皺著眉……還有一個使徒在鄰座的耳旁細語，聽者把身體靠向他，在聽他說話的同時，手中還拿著一把匕首。
他詳細構思了使徒們當時的表情和狀態。在表現年輕的人物時（例如雅各和約翰兄弟），為了讓他們和皮膚黝黑、蓄著鬍鬚的年長者有所區別，列昂納多寫道：
長發隨著風在年輕人的臉龐周圍飄動著，瀑布似的捲髮使他們看上去更美.
盡管《新約》中並沒有把雅各、約翰和腓力描述得特別年輕，但繪畫的慣例是把他們畫得比其他人年輕一些。約翰在很多版本的《最後的晚餐》中都顯得很年輕，有時甚至被描繪成一個小男孩。列昂納多也不例外。他畫中的約翰很年輕，而且符合他筆記中的形容。列昂納多的素描《腓力》（見圖22）加圖22，《使徒腓力》——習作
和水彩畫《耶穌》（見圖26）
加圖26《救世主耶穌》——習作
中的年輕人就是很好的例證。另一幅雅各的習作也大致相同。在圖27中我們可以看到修復後的《最後的晚餐》中的約翰。加圖27，約翰（復原後）——《最後的晚餐》
再回到《達·芬奇密碼》，我們在小說中還看到了另一個人物，聖杯執著的研究者雷·提彬爵士，就是他告訴索菲·奈芙畫中的約翰其實是瑪利亞·抹大拉.他還讓她注意彼得（坐在旁邊的人）把手像刀刃一樣橫在瑪利亞的脖子上。
在藝術界，有很多關於《最後的晚餐》的作品都取材於福音書.列昂納多選擇了《約翰福音》的第13章第21節那個場景：耶穌宣布其中的一個使徒將會背叛他。《約翰福音》中寫道：“門徒彼此對看，猜不透所說的是誰”.它還提到彼得在和另一個使徒商議（通常的看法是約翰），“點頭對他說，你告訴我們，主是指著誰說的。”
列昂納多的作品表現了彼得正在詢問的場景。他和鄰座的人之間並不存在任何敵意。那個使徒正在往他懷裏靠，聽他說話。在1994年壁畫修復之前，彼得的手也許擺成了刀刃的樣子，但現在我們能清楚地看到，他隻是把手輕鬆地搭在另一個使徒肩上（見圖24）。許多其他畫家也是這樣描繪這個場景的，例如漢斯·荷爾拜（見圖25）。畫中的約翰同樣非常年輕，頭髮比彼得的長，也更有魅力。加圖24-25《最後的晚餐》——局部
“《最後的晚餐》（1495年）局部細節圖，取自馬庫·奧焦諾1524年的臨摹畫，圖中彼得的左手放在約翰的肩膀上，右手藏著一把小刀”
接下來在《達·芬奇密碼》中，也提到了一隻“握著匕首”的“無名”之手.那隻手出現在安德烈和猶大之間。在1999年這幅壁畫被修復完成之前，從畫麵上的確很難判斷這隻手是屬於誰的。然而，我們現在可以確認它的主人就是彼得，而且他手中拿的並不是一把匕首，而是一把小刀。更幸運的是，在列昂納多的傑作損毀之前，也就是在它麵世30年間，列昂納多的很多學生都臨摹了這幅壁畫。在每幅臨摹畫中，彼得的右手都被表現得很清楚。當他從猶大身後靠近約翰說話時，他的右手別扭地彎著。後來當耶穌在客西馬尼被捕時，是彼得抽出劍削掉了馬勒古的耳朵（《約翰福音》）。當時的情景是，彼得在詢問約翰是誰出賣了耶穌時，同時在身後藏了一把小刀。而諷刺的是，坐在他們中間聽他們說話的人正是猶大。
在早期的臨摹品中（1520年左右）同樣表現出了彼得的左手輕鬆地搭在約翰的肩上，同時還畫出了耶穌的酒具。《達·芬奇密碼》中提到耶穌應該像《聖經》中所說的那樣，有一個裝酒的聖餐杯.事實上《聖經》裏並沒有這個說法。三篇《對觀福音書》提到的酒具是一個普通杯子，而在《約翰福音》（列昂納多所參照的）中根本沒有提到象徵鮮血的酒。
《達·芬奇密碼》的不合宜之處在於，在所有推論和這幅畫扯上關係的時候，它都應用了一個廢棄過時的假定。在提及畫作《最後的晚餐》在1954年被馬羅·佩裏西奧裏修復後，提彬說：“……許多藝術書籍上的照片都是1954年之前拍的，那時這些細微之處被層層的汙垢掩蓋著，而且大量的修復工作都是由一些笨拙的工匠完成的……至少，現在這幅壁畫終於被清理的跟原作一模一樣了”.然而，事實上佩裏西奧裏並沒有將原來的復繪清除掉。在他簡單的清理之後，顯現出來的仍然不是列昂納多的原作，隻有1979至1999年的修復工程做到了這一點。但《達·芬奇密碼》卻對此不加理會，它那抹大拉永存於畫作中的舊理論最終被巴西龍博士的工作顛覆了。
根據嚴格的歷史記錄，耶穌和使徒們最後的晚餐並非我們通常認為的逾越節餐會。在餐會上耶穌也沒有舉行血酒儀式。按照《死海古卷》中的《會規手則》，最後的晚餐應該是救世主宴會（即主的宴會）。而且和耶路撒冷逾越節慶祝活動相比，同時進行的救世主宴會有著完全不同的重大意義。宴會的主要主持人是大祭司和以色列的救世主.宗團的信徒則由12名使徒作為代表，他們被稱為宗運公會。《會規手則》（最古老的艾賽尼文獻之一）列出了所有人的座位次序，並詳細記錄了宴會中要舉行的儀式。其中寫道：