他們原計劃把修道院院長的桌子將放在餐廳的另一端（那裏也有其他壁畫），這樣桌子就能麵對耶穌和使徒們，壁畫下麵是供修道士進入餐廳的通道。他們的長餐桌從餐廳的一端一直延伸到另一端，似乎在和畫中人共同進餐。桌子的一邊是耶穌，另一邊是院長。
然而不幸的是，列昂納多並沒有把這當成一次單純的壁畫創作，而是試驗了一些頗具風險的技術，在潮濕的石膏牆上使用了蛋彩顏料。他按照自己的喜好把顏料與蛋清、油或是清漆在幹的灰泥牆上調合。這是一種非傳統的混合方法，不能被牆吸收。因此，他的整幅壁畫隻有薄薄的一層和牆粘在一起，沒過多久就因為潮氣析出的鹽分而片片剝落。就畫本身而言，它可能是一幅傑作，但從壁畫保存角度來說卻是一場災難，這是列昂納多為數不多的失誤。如最近藝術史學家利奧·斯坦伯格所言，“列昂納多·達·芬奇的《最後的晚餐》是藝術史上最偉大的傑作，但從來就沒有真正存在過”.
早在1540年，這幅作品就已經被形容為“隻剩下一半了”.1560年的記錄顯示，它的大部分顏料已經消失。在斑駁的殘留物中，未上顏料前的草圖清楚地顯露出來。1568年，歷史學家保羅·羅納佐曾寫道：“這幅壁畫已經完全毀了”.十年後，參觀了修道院的喬爾喬·瓦薩裏痛心地說：“除了一堆汙點，這裏什麽都沒有了”.在接下來的幾個世紀裏，情況越來越糟。共有19個畫家企圖復繪列昂納多的傑作，厚厚的顏料和膠粘劑讓原作完全不見天日。
1624年，這幅壁畫幾乎被視為無物。因此，修士們才會毫無顧慮地在牆上開了一個大大的門洞方便通行。此舉不但砍掉了耶穌和兩側門徒的雙腳，榔頭的重擊還震掉了更多顏料.
現在要保存這種上色不牢的早期壁畫是很容易的事情。但在那個年代，如果壁畫是在一麵析水的牆上，人們就對此毫無辦法，隻能聽任鹽分讓畫和牆麵分離。1726年，修道士們決定修複壁畫，然而這個決定卻他們敲響了這幅傑作的喪鍾。他們找來了一個叫米開朗基羅·貝羅蒂的二流畫家，此人稱自己有一個秘方能讓壁畫重放光彩。在得到修道士同意後，他用床單和帆布把工作的地方遮擋起來，然後就消失在布簾後麵，開始變魔術。時間一周周地流逝，沒有人敢到布簾後麵看一眼，因為他警告過千萬不能偷看。
終於有一天，貝羅蒂拉開了布簾，向他們展示了一幅煥然一新的壁畫。修道士們都大吃一驚，他們做夢都沒有想到壁畫的色彩會變得如此輝煌。歡欣鼓舞的修道士們付給貝羅蒂一大筆錢作為報酬。實際上，他隻不過是在列昂納多的壁畫上畫了一幅自己的畫。
沒過多久，貝羅蒂粗糙的顏料就因為窗外透進的陽光而褪色，壁畫開始瘋狂地脫落。後來有不少人試圖將脫落的畫粘回去，但收效甚微。1770年，修道士們決定進行另一次大修復。朱塞佩·瑪紮竟然帶著一幅撲克牌來了！他的辦法是用撲克牌把表麵將要脫落的顏料和泥灰全部刮掉，然後將牆上坑窪不平的洞補上，再塗上新顏料，隻要遠處看是一幅完整的畫就行了。
1796年，拿破崙·波拿巴的大軍到達此處。在看到這間大餐廳後，他們認為拿來當糧草彈藥庫簡直再合適不過了。法國傳記和遊記作家亨利·司湯達曾在書中寫道：騎兵們取樂的方法竟然是向壁畫擲磚頭，誰能打中使徒們的腦袋誰就贏了.這幅壁畫遭受的苦難至此還遠未結束！
1800年，這幅壁畫下的大門終於被封上了，這也是我們現在看到的模樣。但是沒過多久，房子就被水淹了，整個餐廳浸泡在水裏，使壁畫更加鬆動。1807年，聖瑪利亞感恩修道院被徵用為兵營，人們這時才對餐廳通風、清潔並且重新粉刷。《最後的晚餐》的情況雖然沒有好轉，但至少終於有人精心保護它了。1821年，史蒂芬諾·貝拉茲計劃將整幅壁畫從牆上挪下來以便保護，但他很快就放棄了，因為在剛開始處理時就毀掉了一大塊桌布。
壁畫家路易吉·卡維納奇於1906到1908年對它進行了大範圍修復。但由於壁畫顏料本身的特點，他隻修復了損毀的部分，讓脫落和復繪的地方保持了原狀。在他之後，修復師奧雷斯特·西爾維斯特裏於1924年用淡黑色灰泥將畫的邊沿封住。1943年8月15日，戰爭的炮火幾乎將餐廳毀滅。幸運的是，由於之前北麵的牆已經用沙袋保護起來，所以《最後的晚餐》還是完好無缺。但是隨著戰事的繼續，沙袋中的沙子變得潮濕起來。在一年多的時間裏，這幅壁畫所處的環境極其惡劣。
後來重建餐廳的時候，馬羅·佩裏西奧裏將壁畫徹底清潔了一番，將上麵的黴變去除，在所有可能的地方用蟲膠固定。這項工作一直持續到1954年，他固定了整幅壁畫，畫麵的顏色也恢復了以前的光彩，但他並沒有把後來復繪的部分去掉。攝影師將修復完的《最後的晚餐》拍了下來，這就是我們在20世紀後期看到的和《蒙娜麗莎》一樣廣為人知的經典傑作。然而很少有人知道，照片上的所有部分幾乎都不是出自列昂納多·達·芬奇之手。從瓦薩裏在1560年寫下“一堆汙點”時，列昂納多的原作就幾乎不復存在。在目前滿是粘合劑和復繪的作品之下，隻有不到1/5是原作，而這1/5仍在繼續消失。
然而不幸的是，列昂納多並沒有把這當成一次單純的壁畫創作，而是試驗了一些頗具風險的技術，在潮濕的石膏牆上使用了蛋彩顏料。他按照自己的喜好把顏料與蛋清、油或是清漆在幹的灰泥牆上調合。這是一種非傳統的混合方法，不能被牆吸收。因此，他的整幅壁畫隻有薄薄的一層和牆粘在一起，沒過多久就因為潮氣析出的鹽分而片片剝落。就畫本身而言，它可能是一幅傑作，但從壁畫保存角度來說卻是一場災難，這是列昂納多為數不多的失誤。如最近藝術史學家利奧·斯坦伯格所言，“列昂納多·達·芬奇的《最後的晚餐》是藝術史上最偉大的傑作，但從來就沒有真正存在過”.
早在1540年，這幅作品就已經被形容為“隻剩下一半了”.1560年的記錄顯示，它的大部分顏料已經消失。在斑駁的殘留物中，未上顏料前的草圖清楚地顯露出來。1568年，歷史學家保羅·羅納佐曾寫道：“這幅壁畫已經完全毀了”.十年後，參觀了修道院的喬爾喬·瓦薩裏痛心地說：“除了一堆汙點，這裏什麽都沒有了”.在接下來的幾個世紀裏，情況越來越糟。共有19個畫家企圖復繪列昂納多的傑作，厚厚的顏料和膠粘劑讓原作完全不見天日。
1624年，這幅壁畫幾乎被視為無物。因此，修士們才會毫無顧慮地在牆上開了一個大大的門洞方便通行。此舉不但砍掉了耶穌和兩側門徒的雙腳，榔頭的重擊還震掉了更多顏料.
現在要保存這種上色不牢的早期壁畫是很容易的事情。但在那個年代，如果壁畫是在一麵析水的牆上，人們就對此毫無辦法，隻能聽任鹽分讓畫和牆麵分離。1726年，修道士們決定修複壁畫，然而這個決定卻他們敲響了這幅傑作的喪鍾。他們找來了一個叫米開朗基羅·貝羅蒂的二流畫家，此人稱自己有一個秘方能讓壁畫重放光彩。在得到修道士同意後，他用床單和帆布把工作的地方遮擋起來，然後就消失在布簾後麵，開始變魔術。時間一周周地流逝，沒有人敢到布簾後麵看一眼，因為他警告過千萬不能偷看。
終於有一天，貝羅蒂拉開了布簾，向他們展示了一幅煥然一新的壁畫。修道士們都大吃一驚，他們做夢都沒有想到壁畫的色彩會變得如此輝煌。歡欣鼓舞的修道士們付給貝羅蒂一大筆錢作為報酬。實際上，他隻不過是在列昂納多的壁畫上畫了一幅自己的畫。
沒過多久，貝羅蒂粗糙的顏料就因為窗外透進的陽光而褪色，壁畫開始瘋狂地脫落。後來有不少人試圖將脫落的畫粘回去，但收效甚微。1770年，修道士們決定進行另一次大修復。朱塞佩·瑪紮竟然帶著一幅撲克牌來了！他的辦法是用撲克牌把表麵將要脫落的顏料和泥灰全部刮掉，然後將牆上坑窪不平的洞補上，再塗上新顏料，隻要遠處看是一幅完整的畫就行了。
1796年，拿破崙·波拿巴的大軍到達此處。在看到這間大餐廳後，他們認為拿來當糧草彈藥庫簡直再合適不過了。法國傳記和遊記作家亨利·司湯達曾在書中寫道：騎兵們取樂的方法竟然是向壁畫擲磚頭，誰能打中使徒們的腦袋誰就贏了.這幅壁畫遭受的苦難至此還遠未結束！
1800年，這幅壁畫下的大門終於被封上了，這也是我們現在看到的模樣。但是沒過多久，房子就被水淹了，整個餐廳浸泡在水裏，使壁畫更加鬆動。1807年，聖瑪利亞感恩修道院被徵用為兵營，人們這時才對餐廳通風、清潔並且重新粉刷。《最後的晚餐》的情況雖然沒有好轉，但至少終於有人精心保護它了。1821年，史蒂芬諾·貝拉茲計劃將整幅壁畫從牆上挪下來以便保護，但他很快就放棄了，因為在剛開始處理時就毀掉了一大塊桌布。
壁畫家路易吉·卡維納奇於1906到1908年對它進行了大範圍修復。但由於壁畫顏料本身的特點，他隻修復了損毀的部分，讓脫落和復繪的地方保持了原狀。在他之後，修復師奧雷斯特·西爾維斯特裏於1924年用淡黑色灰泥將畫的邊沿封住。1943年8月15日，戰爭的炮火幾乎將餐廳毀滅。幸運的是，由於之前北麵的牆已經用沙袋保護起來，所以《最後的晚餐》還是完好無缺。但是隨著戰事的繼續，沙袋中的沙子變得潮濕起來。在一年多的時間裏，這幅壁畫所處的環境極其惡劣。
後來重建餐廳的時候，馬羅·佩裏西奧裏將壁畫徹底清潔了一番，將上麵的黴變去除，在所有可能的地方用蟲膠固定。這項工作一直持續到1954年，他固定了整幅壁畫，畫麵的顏色也恢復了以前的光彩，但他並沒有把後來復繪的部分去掉。攝影師將修復完的《最後的晚餐》拍了下來，這就是我們在20世紀後期看到的和《蒙娜麗莎》一樣廣為人知的經典傑作。然而很少有人知道，照片上的所有部分幾乎都不是出自列昂納多·達·芬奇之手。從瓦薩裏在1560年寫下“一堆汙點”時，列昂納多的原作就幾乎不復存在。在目前滿是粘合劑和復繪的作品之下，隻有不到1/5是原作，而這1/5仍在繼續消失。