前幾個波次的以色列飛行員集中力量摧毀停在地麵的能量很大的圖-16和伊爾-28轟炸機，以消除埃及對以色列城市和機場進行報復的能力。米格-21截擊機也是要首先予以突擊的目標，因為它們能與以色列爭奪空中優勢。次要的攻擊目標為米格-17、米格-19、蘇-7b戰鬥轟炸機、運輸機和直升機。
執行任務的飛行員發現，埃及空軍的大部分飛機疏散較好，許多機場都有假飛機。幾批正在滑行中的米格-21戰鬥機在第一波次攻擊中在地麵被擊中。以空軍用30毫米航炮掃射，擊毀了大部分飛機，他們還用500磅和1,000磅的常規炸彈破壞跑道，不讓飛機逃往其他機場。
專門研製的混凝土穿破炸彈是使許多跑道遭到嚴重毀壞的最有效的武器之一。這種炸彈被投下以後，一頂降落傘就張開，使其穩定垂直下降；然後助推火箭使堅硬的彈頭紮進跑道深處，這樣它爆炸所形成的彈坑比一般炸彈留下的大得多。
盡管遭到突然攻擊，埃及的8架米格-21還是設法起飛了，因為這個基地沒有受到攻擊。這批米格飛機快速向北飛往蘇伊士運河附近的埃及主要機場，結果發現那些機場遭到攻擊，這些飛機不是被以色列飛機擊落就是因燃油耗盡而迫降。
在運河邊的阿布蘇韋爾機場上空的一係列空戰中，有一次一名姓喬拉的中尉飛行員(以色列安全防衛當局不允許公布飛行員全名)駕駛“幻影3”在25,000英尺的高度上巡邏時與他的小隊長一起發現一架米格-21正在起飛。小隊長將這架米格-21擊毀後，喬拉在空中又發現了一架米格-21。當時的情況如他後來與《航空周刊》雜誌的記者說的那樣：“他發現了我，於是我們便開始格鬥。大概十分鍾後，我咬住了他的尾部，我在350米的距離上開火，持續了一秒鍾。他的尾部起火，飛機進入螺旋，隨即墜毀。”
擊落這架飛機後，喬拉飛回阿布蘇韋爾機場上空，他看見兩架以色列“幻影3”飛機在向地麵的伊爾-28轟炸機掃射。喬拉發現有2架米格-21正從後麵接近“幻影3”，於是他打開加力進行攻擊。“我打的是右麵一架，而1號機(小隊長)打的是左麵一架。在300米距離上，敵機發現了我，並開始左右擺動試圖逃脫。半分鍾後，我把距離縮短到180米，並打了個點射。飛機爆炸墜毀了。”燃油不多了，喬拉和他的小隊長飛返自己的機場。
為了對以色列攻擊埃及進行報復，約旦向以色列發動攻擊。上午11點剛過，約旦的“獵人”式飛機突擊了以色列內坦亞基地。約旦自稱其“獵人”式飛機消滅了4架敵機，但以色列官員承認隻損失1架諾拉特拉斯運輸機。
半小時後，12架敘利亞的米格-21和米格-17突擊了海法煉油廠，並掃射了梅吉多機場上的假飛機。2架米格-17在機場上空被擊落，另一架在塔瓦菲克上空被擊落。與此同時，4批“神秘”式飛機襲擊了敘利亞的大馬士革、馬濟裏阿、t-4和斯艾克爾等機場。機場跑道遭嚴重破壞，許多飛機被炮火擊毀。
中午12時15分，以色列開始攻擊約旦，他們突擊了馬弗拉克和安曼機場，並摧毀了艾倫山雷達站。20分鍾內，海珊國王就損失了他的大部分飛機。戰鬥中有一架以機被地麵炮火擊落，飛行員跳傘後落到加利利海上，據說被一艘以色列巡邏艇救起。
以空軍在整個下午和晚上繼續突擊埃及的機場。他們投擲的定時炸彈使修復跑道的工作無法進行。以戰鬥機還集中突擊了雷達設施。到第一天結束時，他們共摧毀了配置在西奈沙漠裏的16個雷達陣地，以及配置在尼羅河三角洲和蘇伊士運河區域的大部分雷達陣地。
當以軍裝甲縱隊向前推進時，“教師”式飛機多次出動，突擊集結在埃及和約旦的阿拉伯軍隊。以色列的“神秘”式飛機使伊拉克的一個旅遭受了重大傷亡，一個巴勒斯坦營在開往約旦前線途中受阻。
戰爭的第一天結束時，約旦空軍全部被消滅，埃及空軍也遭重大損失，而敘利亞空軍則被打得不知所措，總共有25個阿拉伯空軍營地受到攻擊；以色列飛行員聲稱消滅了300多架飛機，而他們自己隻損失了19架飛機(4架“超神秘”式，4架“神秘”4，4架“暴風”，4架“教師”，2架“幻影”和1架“兀鷹”)。擊落的19名飛行員中有8人陣亡，11人失蹤。首次突襲過後，埃及防空兵器組織起了猛烈的火力，以色列損失的大部分飛機都是被防空炮火打落的。
據戰後以色列發布的戰報，第一天，以空軍同埃及戰鬥機交戰18次，擊落埃機26架；與其他阿拉伯國家的戰鬥機空戰16次，以空軍又擊落12架敵機；至少有兩架以色列戰鬥機被埃及飛機擊落。
以色列人士透露，他們的飛機在戰爭第一天出動了約1,000架次。其中大約有750架次是突擊埃及的機場、雷達陣地和進行空中戰鬥巡邏，其餘用來對付其他阿拉伯國家的目標和用於保衛以色列領空。
第二天：六月六日6月6日拂曉，1架伊拉克圖-16轟炸了以色列的內坦亞城，造成重大傷亡。當這個單獨入侵者飛到伊茨雷埃勒穀地地麵部隊駐地上空時，被防空兵器擊落。
上午九時許，以色列的北方鄰國黎巴嫩宣戰，派出兩架“獵人”飛機侵入加利利海北部的以色列領空。“獵人”式立即遭到以色列戰鬥機攔截，其中一架被以機擊落。
執行任務的飛行員發現，埃及空軍的大部分飛機疏散較好，許多機場都有假飛機。幾批正在滑行中的米格-21戰鬥機在第一波次攻擊中在地麵被擊中。以空軍用30毫米航炮掃射，擊毀了大部分飛機，他們還用500磅和1,000磅的常規炸彈破壞跑道，不讓飛機逃往其他機場。
專門研製的混凝土穿破炸彈是使許多跑道遭到嚴重毀壞的最有效的武器之一。這種炸彈被投下以後，一頂降落傘就張開，使其穩定垂直下降；然後助推火箭使堅硬的彈頭紮進跑道深處，這樣它爆炸所形成的彈坑比一般炸彈留下的大得多。
盡管遭到突然攻擊，埃及的8架米格-21還是設法起飛了，因為這個基地沒有受到攻擊。這批米格飛機快速向北飛往蘇伊士運河附近的埃及主要機場，結果發現那些機場遭到攻擊，這些飛機不是被以色列飛機擊落就是因燃油耗盡而迫降。
在運河邊的阿布蘇韋爾機場上空的一係列空戰中，有一次一名姓喬拉的中尉飛行員(以色列安全防衛當局不允許公布飛行員全名)駕駛“幻影3”在25,000英尺的高度上巡邏時與他的小隊長一起發現一架米格-21正在起飛。小隊長將這架米格-21擊毀後，喬拉在空中又發現了一架米格-21。當時的情況如他後來與《航空周刊》雜誌的記者說的那樣：“他發現了我，於是我們便開始格鬥。大概十分鍾後，我咬住了他的尾部，我在350米的距離上開火，持續了一秒鍾。他的尾部起火，飛機進入螺旋，隨即墜毀。”
擊落這架飛機後，喬拉飛回阿布蘇韋爾機場上空，他看見兩架以色列“幻影3”飛機在向地麵的伊爾-28轟炸機掃射。喬拉發現有2架米格-21正從後麵接近“幻影3”，於是他打開加力進行攻擊。“我打的是右麵一架，而1號機(小隊長)打的是左麵一架。在300米距離上，敵機發現了我，並開始左右擺動試圖逃脫。半分鍾後，我把距離縮短到180米，並打了個點射。飛機爆炸墜毀了。”燃油不多了，喬拉和他的小隊長飛返自己的機場。
為了對以色列攻擊埃及進行報復，約旦向以色列發動攻擊。上午11點剛過，約旦的“獵人”式飛機突擊了以色列內坦亞基地。約旦自稱其“獵人”式飛機消滅了4架敵機，但以色列官員承認隻損失1架諾拉特拉斯運輸機。
半小時後，12架敘利亞的米格-21和米格-17突擊了海法煉油廠，並掃射了梅吉多機場上的假飛機。2架米格-17在機場上空被擊落，另一架在塔瓦菲克上空被擊落。與此同時，4批“神秘”式飛機襲擊了敘利亞的大馬士革、馬濟裏阿、t-4和斯艾克爾等機場。機場跑道遭嚴重破壞，許多飛機被炮火擊毀。
中午12時15分，以色列開始攻擊約旦，他們突擊了馬弗拉克和安曼機場，並摧毀了艾倫山雷達站。20分鍾內，海珊國王就損失了他的大部分飛機。戰鬥中有一架以機被地麵炮火擊落，飛行員跳傘後落到加利利海上，據說被一艘以色列巡邏艇救起。
以空軍在整個下午和晚上繼續突擊埃及的機場。他們投擲的定時炸彈使修復跑道的工作無法進行。以戰鬥機還集中突擊了雷達設施。到第一天結束時，他們共摧毀了配置在西奈沙漠裏的16個雷達陣地，以及配置在尼羅河三角洲和蘇伊士運河區域的大部分雷達陣地。
當以軍裝甲縱隊向前推進時，“教師”式飛機多次出動，突擊集結在埃及和約旦的阿拉伯軍隊。以色列的“神秘”式飛機使伊拉克的一個旅遭受了重大傷亡，一個巴勒斯坦營在開往約旦前線途中受阻。
戰爭的第一天結束時，約旦空軍全部被消滅，埃及空軍也遭重大損失，而敘利亞空軍則被打得不知所措，總共有25個阿拉伯空軍營地受到攻擊；以色列飛行員聲稱消滅了300多架飛機，而他們自己隻損失了19架飛機(4架“超神秘”式，4架“神秘”4，4架“暴風”，4架“教師”，2架“幻影”和1架“兀鷹”)。擊落的19名飛行員中有8人陣亡，11人失蹤。首次突襲過後，埃及防空兵器組織起了猛烈的火力，以色列損失的大部分飛機都是被防空炮火打落的。
據戰後以色列發布的戰報，第一天，以空軍同埃及戰鬥機交戰18次，擊落埃機26架；與其他阿拉伯國家的戰鬥機空戰16次，以空軍又擊落12架敵機；至少有兩架以色列戰鬥機被埃及飛機擊落。
以色列人士透露，他們的飛機在戰爭第一天出動了約1,000架次。其中大約有750架次是突擊埃及的機場、雷達陣地和進行空中戰鬥巡邏，其餘用來對付其他阿拉伯國家的目標和用於保衛以色列領空。
第二天：六月六日6月6日拂曉，1架伊拉克圖-16轟炸了以色列的內坦亞城，造成重大傷亡。當這個單獨入侵者飛到伊茨雷埃勒穀地地麵部隊駐地上空時，被防空兵器擊落。
上午九時許，以色列的北方鄰國黎巴嫩宣戰，派出兩架“獵人”飛機侵入加利利海北部的以色列領空。“獵人”式立即遭到以色列戰鬥機攔截，其中一架被以機擊落。