當時日本施行鎖國政策、“三四十年不留一唐人”。日本學者安東守約經已在日定居的陳明德介紹，以手書向朱之瑜問學，執弟子禮。朱之瑜為安東守約“執禮過謙”的恭敬、“見解超卓”的學問所動，覆信安東守約。信中，朱氏悲喜交集，悲則國破家亡，故國“學術之不明、師道之廢壞亦已久矣”；喜則“豈孔顏之獨在中華，而堯舜之不絕於異域”，表達了他有意將聖賢踐履之學傳於這位異國弟子的心情。
正如梁啓超所說，此“為先生講學之發軔”。安東守約等人為其在日定居奔走。最後得日本政府批準，破40年來日本幕府之國禁，讓他在長崎租屋定居下來，朱之瑜就此結束了十多年的海上漂泊生活。
朱之瑜定居日本時曾反覆強調自己並非想倡明儒學於異域，僅是為了蹈海全節。康熙四年（1665年），他在長崎正準備購地躬耕之際，日本國副將軍（大將軍德川家綱之叔父）、水戶侯德川光國欲興庠序之教（庠序，舊稱，古代指地方學校），派儒臣小宅生順到長崎禮聘朱氏為國師，要朱到江戶（今東京）去講學。
但是，當他聽安東守約等人介紹“上公好賢嗜學，宜勿辜其意”之後，答應了德川光國的要求，表示“至若招仆，仆不論祿而論禮”。翌年六月，朱之瑜抵江戶。
德川光國親執弟子禮，竭誠盡敬。德川光國認為朱之瑜年高德重，不敢直接稱名稱字，要他取一名號以稱呼。朱之瑜就以故鄉“舜水”為號，意為“舜水者敝邑之水名也”，以示不忘故國故土之情。“舜水先生”之稱始於此時。
德川光國欲為建新居，以“恥逆虜之末滅，痛祭祀之有闕，若豐屋而安居，非我誌”四次力辭。在德川光國影響下，日本學者、達貴也紛紛詣門求教，或執弟子禮，或聽其講學。
從此，朱之瑜往來於江戶、水戶兩地，公開講學。他曾去信遠在柳川的安東守約介紹講學的盛況。
屢敗屢戰 九十四章泉州之衰
鑑於在倭國華人不多，而且在倭國期間，張之瑜幾次感覺到地震，感覺這個地方實在沒有安全感，也就取消了移民倭國的念頭。
坐著回程的船出長崎趁上南下的洋流，朝福州駛去。可是因為洋流速度有變化，在閩江口又有水流，所以船看到離泉州較近了，福州估計清廷水師稽查的緊，決定停靠泉州。
泉州的情形非常糟糕，張之瑜仔細考察，才知道，泉州不僅兵禍連結，而且遭受了明末著名的兩次強地震，幾乎完全毀掉了這個城市。
1604年12月29日（明萬曆三十二年十月九日），泉州以東海域發生8級地震。泉州地震是我國東南沿海最大的一次地震，古城泉州及鄰區遭受嚴重破壞。
據史料記載，主震前一天即發生前震，29日夜發生大震，山石海水皆動；泉州城內外樓房店鋪全都傾倒；開元寺東塔頂蓋南部的椽石有兩條毀壞，東南角有8條毀壞；洛陽橋被破壞；多處出現地裂縫；在清源山，裂開的地縫中還湧出砂、水，氣若硫磺。
泉州沿海覆舟甚多。蒲田城牆崩塌數處，城中高大建築多傾塌，鄉間房屋傾倒無數。田地皆裂，並冒黑砂還帶硫磺臭味，池水亦因地裂而幹涸。漳浦南門外的田陷一穴，寬五丈餘，深約二丈，水湧出，中有黑砂泥。
南安民居墜壞甚多。同安廬舍多有傾頹者。安溪山川崩裂。福寧大震時聽到如雷的響聲等等。由於地震發生在傍晚，所以閩南沿海大部分地區都有人畜傷亡。福建、江西、浙江3省22個縣（市）記載了不同程度的震害。
此次地震破壞較重，分布範圍廣，最遠距震中達220公裏；有感範圍最遠達1000公裏，安徽、江蘇、上海、湖北、湖南、廣東和廣西等省區的124個縣均有記載。
盡管地震猛烈，災情嚴重，仍有許多寺、廟、塔等古建築經受住了大地震的考驗，留存至今。泉州著名的開元寺就是基本完好地保留下來的古建築之一，開元寺建於唐朝垂拱二年（686年），屋架採用鬥拱結構，猶如樑柱之間加斜撐，號稱"飛天樂伎"，既保證了結構的整體性，又增添了建築物的美觀，帶有閩南藝術特色，今存開元寺為清代重修。
此外，閩南留存至今的大量明代民房建築，不僅頂住了1604年大地震的搖撼，經過三百多年的風風雨雨，亦未受到損毀，這些建築物具有整體性好、連接牢、重心低等特點，牆壁一般都用磚、石交錯砌築，牆壁中的木柱或石柱均與屋樑緊密相加斜撐，十分穩定牢固。
為了考證這次強震的震級與烈度之強，並同1604年那次大地震區別開來，我們特不厭其煩將能夠搜集到的資料，分別全部開列於下：（一）關於1607年強震的綜合性史料記載1.“（萬曆）三十五年正月，泉州地震。八月二十八日颶風壞府儀門、府學欞星門及東嶽神殿、石坊、北門城樓自東北抵西南，雉堞窩鋪傾圮殆盡。洛陽橋樑折”（《府誌》卷七十三《祥異》）。
2.“（萬曆）三十五年正月地震，門戶動搖有聲。八月二十八日颶風大作，府儀門、府學欞星門頹。東嶽帝殿壞。北門城樓半圮，城自東北抵西南，雉堞窩鋪傾圮殆盡。洛陽橋樑折。城中石坊驅倒六座”（《縣誌》卷十五《雜誌》）。
正如梁啓超所說，此“為先生講學之發軔”。安東守約等人為其在日定居奔走。最後得日本政府批準，破40年來日本幕府之國禁，讓他在長崎租屋定居下來，朱之瑜就此結束了十多年的海上漂泊生活。
朱之瑜定居日本時曾反覆強調自己並非想倡明儒學於異域，僅是為了蹈海全節。康熙四年（1665年），他在長崎正準備購地躬耕之際，日本國副將軍（大將軍德川家綱之叔父）、水戶侯德川光國欲興庠序之教（庠序，舊稱，古代指地方學校），派儒臣小宅生順到長崎禮聘朱氏為國師，要朱到江戶（今東京）去講學。
但是，當他聽安東守約等人介紹“上公好賢嗜學，宜勿辜其意”之後，答應了德川光國的要求，表示“至若招仆，仆不論祿而論禮”。翌年六月，朱之瑜抵江戶。
德川光國親執弟子禮，竭誠盡敬。德川光國認為朱之瑜年高德重，不敢直接稱名稱字，要他取一名號以稱呼。朱之瑜就以故鄉“舜水”為號，意為“舜水者敝邑之水名也”，以示不忘故國故土之情。“舜水先生”之稱始於此時。
德川光國欲為建新居，以“恥逆虜之末滅，痛祭祀之有闕，若豐屋而安居，非我誌”四次力辭。在德川光國影響下，日本學者、達貴也紛紛詣門求教，或執弟子禮，或聽其講學。
從此，朱之瑜往來於江戶、水戶兩地，公開講學。他曾去信遠在柳川的安東守約介紹講學的盛況。
屢敗屢戰 九十四章泉州之衰
鑑於在倭國華人不多，而且在倭國期間，張之瑜幾次感覺到地震，感覺這個地方實在沒有安全感，也就取消了移民倭國的念頭。
坐著回程的船出長崎趁上南下的洋流，朝福州駛去。可是因為洋流速度有變化，在閩江口又有水流，所以船看到離泉州較近了，福州估計清廷水師稽查的緊，決定停靠泉州。
泉州的情形非常糟糕，張之瑜仔細考察，才知道，泉州不僅兵禍連結，而且遭受了明末著名的兩次強地震，幾乎完全毀掉了這個城市。
1604年12月29日（明萬曆三十二年十月九日），泉州以東海域發生8級地震。泉州地震是我國東南沿海最大的一次地震，古城泉州及鄰區遭受嚴重破壞。
據史料記載，主震前一天即發生前震，29日夜發生大震，山石海水皆動；泉州城內外樓房店鋪全都傾倒；開元寺東塔頂蓋南部的椽石有兩條毀壞，東南角有8條毀壞；洛陽橋被破壞；多處出現地裂縫；在清源山，裂開的地縫中還湧出砂、水，氣若硫磺。
泉州沿海覆舟甚多。蒲田城牆崩塌數處，城中高大建築多傾塌，鄉間房屋傾倒無數。田地皆裂，並冒黑砂還帶硫磺臭味，池水亦因地裂而幹涸。漳浦南門外的田陷一穴，寬五丈餘，深約二丈，水湧出，中有黑砂泥。
南安民居墜壞甚多。同安廬舍多有傾頹者。安溪山川崩裂。福寧大震時聽到如雷的響聲等等。由於地震發生在傍晚，所以閩南沿海大部分地區都有人畜傷亡。福建、江西、浙江3省22個縣（市）記載了不同程度的震害。
此次地震破壞較重，分布範圍廣，最遠距震中達220公裏；有感範圍最遠達1000公裏，安徽、江蘇、上海、湖北、湖南、廣東和廣西等省區的124個縣均有記載。
盡管地震猛烈，災情嚴重，仍有許多寺、廟、塔等古建築經受住了大地震的考驗，留存至今。泉州著名的開元寺就是基本完好地保留下來的古建築之一，開元寺建於唐朝垂拱二年（686年），屋架採用鬥拱結構，猶如樑柱之間加斜撐，號稱"飛天樂伎"，既保證了結構的整體性，又增添了建築物的美觀，帶有閩南藝術特色，今存開元寺為清代重修。
此外，閩南留存至今的大量明代民房建築，不僅頂住了1604年大地震的搖撼，經過三百多年的風風雨雨，亦未受到損毀，這些建築物具有整體性好、連接牢、重心低等特點，牆壁一般都用磚、石交錯砌築，牆壁中的木柱或石柱均與屋樑緊密相加斜撐，十分穩定牢固。
為了考證這次強震的震級與烈度之強，並同1604年那次大地震區別開來，我們特不厭其煩將能夠搜集到的資料，分別全部開列於下：（一）關於1607年強震的綜合性史料記載1.“（萬曆）三十五年正月，泉州地震。八月二十八日颶風壞府儀門、府學欞星門及東嶽神殿、石坊、北門城樓自東北抵西南，雉堞窩鋪傾圮殆盡。洛陽橋樑折”（《府誌》卷七十三《祥異》）。
2.“（萬曆）三十五年正月地震，門戶動搖有聲。八月二十八日颶風大作，府儀門、府學欞星門頹。東嶽帝殿壞。北門城樓半圮，城自東北抵西南，雉堞窩鋪傾圮殆盡。洛陽橋樑折。城中石坊驅倒六座”（《縣誌》卷十五《雜誌》）。