古古山人不和其他明遺民一樣，他愛國主義旗幟鮮明，立場堅定。他不僅抵製住了清廷高官厚祿的引誘，並且頂著抄家滅九族的惡浪，毅然參加山東榆園軍，再次舉起反清復明的大旗。
1647年，山東榆園軍的謀士，古古山人的好友葉潤山來訪，專邀古古山人加入。山人毫不猶豫，削髮明誌，自稱蹈東和尚，參加榆園義軍，反清復明。古古山人以河南嵩山少林寺為中心，奔走蘇魯豫皖，聯絡四方豪傑，並邀請少林武僧訓練榆園軍武功，大大增強了義軍的戰鬥力。他們以茂密的榆樹林做為掩護，發展軍事力量，一時間舉兵數萬。義軍攻打夏鎮、徐州、陷府縣。成為了清廷的心腹大患。
1648年，清廷派任命張存仁、馬光輝為統帥，引兵十萬攻打榆園軍，並引黃河水湮滅義軍地道，使榆園軍失去戰鬥屏障，榆園軍兵敗。義軍首領李名讓、張學允、李化鯨、李洪基等戰死，葉潤山就義於山東東昌，古古山人於淮陰被捕。弟弟爾羹，侄兒禦九於沛縣被捕。當時情景有詩為證：“板蕩非天地，鄉人聚眾看。一時賢父老，俱著白衣冠。申子空悲楚，留候未報韓。幾多慚愧在，不為死生難。”清軍官吏楊方興以八縣兵擁古古山人北上大明府，山人騎毛驢，身披鐵索，神態自若，慷慨悲歌：“千裏嚴兵護，尚書畏孝廉。黃河棄東海，白日走西奄。禍以知名取，行匆假樹占。窮途還自喜，仗策入秋簾。”
1648年12月7日，古古山人被從大名府押至濟南。15日馬光輝特疏參之，下濟南獄。沈文奎親自審問，山人張目上視，拒不跪拜。沈知古古山人誌不可屈，諷刺譏笑古古山人：“古古如是何苦，難道要做文天祥那樣的人嗎？”山人反譏道：“難道文丞相有什麽不好嗎？”繼而高吟於刑堂之上：“泗上歌風士，雲何擬宋人？死將為厲鬼，生切作頑民。絕粒尚持缽，披裘獨負薪。文山當大仕，微賤豈其倫。”“忠孝平常事，捐軀亦等閑。天如存趙祀，誰可殺文山。”在古古山人看來，所有降清者，均為精神的階下囚，是不能與之比肩的，傲視一切的凜然大義讓沈文魁膽寒。古古山人入獄後好友單臣素多方求人活動，在陳名夏、褚德培等人幫助下案情得以緩解，1653年古古山人從濟南監獄被移解寬候所。古古山人在獄中寫道：“他鄉無數河山淚，倔強樽前不忍揮。”“蹈海頑民囊無劍，歸林壯士馬無鞍。”“莫借長絲來續命，餘生原不乞平安。”堅定不移意誌永不褪色。
寬候所之首敬佩古古山人的氣節品質，對其人身自由不予限製，山人期間得遊濟南名勝，乘機脫逃返沛。山東司李三提審古古山人不得，乃會同徐州僉事以兵來捕，古古山人好友單臣素、李玉韜聞信，冒雨來告，商討應對措施。不料8月19日夜清兵已圍南莊居宅，妻妾張氏、樊氏自縊烈死，山人在眾友人的幫助下，攜8歲次子西走河南虞城，藏匿大沙河畔張十六、薑再渭處。後托子與張十六，古古山人更名為翁藏若，從此自身亡命江湖。
“一自國亡後，故人誰有家。江湖結恩義，饑渴忍年華。”山人浪跡江湖，仍未放棄反清復明之大業，遊歷豫、皖、晉、甘、陝、川、鄂、贛、蜀九省，結識反清誌士，先後結識了傅山、顧炎武、等人。留下“一驢亡三千路，死海為家十二年。”“清風滿地難容我，明月何時再照人。”等名句。
1662年康熙主政清朝，清廷加大對漢人的懷柔政策，沛縣人們自發聯保古古山人，古古山人得到清朝赦免。古古不得聞信，該年十二月山人漂泊江湖十幾年後感到反清復明沒有了希望，自己已經年邁60，在絕望中回到了自己的家鄉沛縣。未幾，因其詩作大量涉及反清復明，又為過去斬殺的降清首令家人所攀，反清文字獄案又發。古古山人再次出亡，時年61歲。
反清文字獄案，後得好友龔孝升等人的疏通，反案得解。山人卻未因此而歸沛，他利用自己人生剩餘的時間拜明祖陵以及為國陣亡的前明大臣將領墓地。最後決定遠走祖國邊疆實地考察，準備編寫一部邊防史，為今後祖國抵禦外來入侵者留下邊防資料。古古山人有詩表達這一決心：“老矣登臨壯，北風大漠來。”“休言心不死，縱死不能恢。”同時也有描寫考察邊疆艱辛並為之費盡心血的詩句留下：“山水西南盡，歸來更北遊。長城今日見，上穀主人留，路考三邊誌，時逢八月秋。談言微中處，不覺異鄉愁。”“往者心疑史漢書，匈奴列傳影茫如。空談異域情形杳，未遍名山老死虛。種落誰為光祿塞，將軍何用武剛車。秋高聚米長城下，河套西看幾步餘。”但因種種原因這部著作未能保留下來，或未能流傳下來，或不知在民間何方，真是一大憾事！
1673年，古古山人71歲歸沛，定居在沛縣閻集汧置草堂，以著書立說為樂。晚年再次拒絕友人為大清王朝編著明史之薦，常沉痛於明忘遺恨之中，醉酒罵座狂歌，在無比痛苦之中常撫琴高歌《蘇武牧羊曲》以寄託愛國情思。專心之時把自己封閉於杏花追：“楓樹”閣：“肇禋”堂，吟詩作畫統編自己一生詩文，共計詩集十卷文集兩卷。成詩萬餘首，後因清廷文字獄，幾經刪削，現存兩千餘首流傳於世。
1679年農曆11月26日，古古山人在彌留之際，夢崇禎皇帝讓坐談國事，潸然淚下，表示死不服清，但有來生，必東山再起。起而撫琴唱蘇武，絕詩悲壯：“但將漁蟹逢秋醉，休問山人不死心》古古山人飽含亡國讎民族恨與世長辭。卒後十年，葬於杏花村西祖陵父墓左側，墓無誌表。古古山人謝世前有遺訓留下：尊漢製依明俗死後築方墳。墓不立碑，有碑為臥，不用清之年號。後世隻讀書不仕清。
1647年，山東榆園軍的謀士，古古山人的好友葉潤山來訪，專邀古古山人加入。山人毫不猶豫，削髮明誌，自稱蹈東和尚，參加榆園義軍，反清復明。古古山人以河南嵩山少林寺為中心，奔走蘇魯豫皖，聯絡四方豪傑，並邀請少林武僧訓練榆園軍武功，大大增強了義軍的戰鬥力。他們以茂密的榆樹林做為掩護，發展軍事力量，一時間舉兵數萬。義軍攻打夏鎮、徐州、陷府縣。成為了清廷的心腹大患。
1648年，清廷派任命張存仁、馬光輝為統帥，引兵十萬攻打榆園軍，並引黃河水湮滅義軍地道，使榆園軍失去戰鬥屏障，榆園軍兵敗。義軍首領李名讓、張學允、李化鯨、李洪基等戰死，葉潤山就義於山東東昌，古古山人於淮陰被捕。弟弟爾羹，侄兒禦九於沛縣被捕。當時情景有詩為證：“板蕩非天地，鄉人聚眾看。一時賢父老，俱著白衣冠。申子空悲楚，留候未報韓。幾多慚愧在，不為死生難。”清軍官吏楊方興以八縣兵擁古古山人北上大明府，山人騎毛驢，身披鐵索，神態自若，慷慨悲歌：“千裏嚴兵護，尚書畏孝廉。黃河棄東海，白日走西奄。禍以知名取，行匆假樹占。窮途還自喜，仗策入秋簾。”
1648年12月7日，古古山人被從大名府押至濟南。15日馬光輝特疏參之，下濟南獄。沈文奎親自審問，山人張目上視，拒不跪拜。沈知古古山人誌不可屈，諷刺譏笑古古山人：“古古如是何苦，難道要做文天祥那樣的人嗎？”山人反譏道：“難道文丞相有什麽不好嗎？”繼而高吟於刑堂之上：“泗上歌風士，雲何擬宋人？死將為厲鬼，生切作頑民。絕粒尚持缽，披裘獨負薪。文山當大仕，微賤豈其倫。”“忠孝平常事，捐軀亦等閑。天如存趙祀，誰可殺文山。”在古古山人看來，所有降清者，均為精神的階下囚，是不能與之比肩的，傲視一切的凜然大義讓沈文魁膽寒。古古山人入獄後好友單臣素多方求人活動，在陳名夏、褚德培等人幫助下案情得以緩解，1653年古古山人從濟南監獄被移解寬候所。古古山人在獄中寫道：“他鄉無數河山淚，倔強樽前不忍揮。”“蹈海頑民囊無劍，歸林壯士馬無鞍。”“莫借長絲來續命，餘生原不乞平安。”堅定不移意誌永不褪色。
寬候所之首敬佩古古山人的氣節品質，對其人身自由不予限製，山人期間得遊濟南名勝，乘機脫逃返沛。山東司李三提審古古山人不得，乃會同徐州僉事以兵來捕，古古山人好友單臣素、李玉韜聞信，冒雨來告，商討應對措施。不料8月19日夜清兵已圍南莊居宅，妻妾張氏、樊氏自縊烈死，山人在眾友人的幫助下，攜8歲次子西走河南虞城，藏匿大沙河畔張十六、薑再渭處。後托子與張十六，古古山人更名為翁藏若，從此自身亡命江湖。
“一自國亡後，故人誰有家。江湖結恩義，饑渴忍年華。”山人浪跡江湖，仍未放棄反清復明之大業，遊歷豫、皖、晉、甘、陝、川、鄂、贛、蜀九省，結識反清誌士，先後結識了傅山、顧炎武、等人。留下“一驢亡三千路，死海為家十二年。”“清風滿地難容我，明月何時再照人。”等名句。
1662年康熙主政清朝，清廷加大對漢人的懷柔政策，沛縣人們自發聯保古古山人，古古山人得到清朝赦免。古古不得聞信，該年十二月山人漂泊江湖十幾年後感到反清復明沒有了希望，自己已經年邁60，在絕望中回到了自己的家鄉沛縣。未幾，因其詩作大量涉及反清復明，又為過去斬殺的降清首令家人所攀，反清文字獄案又發。古古山人再次出亡，時年61歲。
反清文字獄案，後得好友龔孝升等人的疏通，反案得解。山人卻未因此而歸沛，他利用自己人生剩餘的時間拜明祖陵以及為國陣亡的前明大臣將領墓地。最後決定遠走祖國邊疆實地考察，準備編寫一部邊防史，為今後祖國抵禦外來入侵者留下邊防資料。古古山人有詩表達這一決心：“老矣登臨壯，北風大漠來。”“休言心不死，縱死不能恢。”同時也有描寫考察邊疆艱辛並為之費盡心血的詩句留下：“山水西南盡，歸來更北遊。長城今日見，上穀主人留，路考三邊誌，時逢八月秋。談言微中處，不覺異鄉愁。”“往者心疑史漢書，匈奴列傳影茫如。空談異域情形杳，未遍名山老死虛。種落誰為光祿塞，將軍何用武剛車。秋高聚米長城下，河套西看幾步餘。”但因種種原因這部著作未能保留下來，或未能流傳下來，或不知在民間何方，真是一大憾事！
1673年，古古山人71歲歸沛，定居在沛縣閻集汧置草堂，以著書立說為樂。晚年再次拒絕友人為大清王朝編著明史之薦，常沉痛於明忘遺恨之中，醉酒罵座狂歌，在無比痛苦之中常撫琴高歌《蘇武牧羊曲》以寄託愛國情思。專心之時把自己封閉於杏花追：“楓樹”閣：“肇禋”堂，吟詩作畫統編自己一生詩文，共計詩集十卷文集兩卷。成詩萬餘首，後因清廷文字獄，幾經刪削，現存兩千餘首流傳於世。
1679年農曆11月26日，古古山人在彌留之際，夢崇禎皇帝讓坐談國事，潸然淚下，表示死不服清，但有來生，必東山再起。起而撫琴唱蘇武，絕詩悲壯：“但將漁蟹逢秋醉，休問山人不死心》古古山人飽含亡國讎民族恨與世長辭。卒後十年，葬於杏花村西祖陵父墓左側，墓無誌表。古古山人謝世前有遺訓留下：尊漢製依明俗死後築方墳。墓不立碑，有碑為臥，不用清之年號。後世隻讀書不仕清。