事實上，在教皇國長達將近兩個半世紀的鼎盛期之中，神權政治擴張的影響的確是無所不在的，而教皇英諾森三世使這一影響合法化，不僅與他本人的政治活動有關，而且直接促成了十字軍由外戰轉向內戰的嚴重後果，對異端教派的基督教信徒舉起了帶血的屠刀，進而形成對於神學思想異端進行迫害的熱潮。所謂"異端"，在希臘語中的本意不過是"選擇"的意思，隻是用來描述思想派別的詞語，並無貶義，後來，根據《聖經·新約》，異端演變為與正統相對的宗教思想，意指對於《聖經》的錯誤闡釋。在基督教發展初期，異端被教會用來專指教義錯誤，以便於同故意分裂教會的所謂裂教、同背叛基督教信仰的所謂叛教，以及有意宣揚其他宗教的所謂異教這些概念相區別。
然而，在教皇權力的膨脹之中，異端的概念也隨之擴張，不僅包括了裂教、叛教、異教這些內涵，而且還從宗教向政治滲透：在堅持君權神授的政治信條之下，英諾森三世對西歐各國國王施行加冕禮並擁有廢黜權，甚至動用十字軍進行討伐，以達到控製各國內政的目的。公元1215年，英吉利國王被迫在限製王權、保障臣民權利的《自由大憲章》上簽字，當英諾森三世了解到這一情況以後，便立即以教皇的名義宣布《自由大憲章》無效，否則從國王到臣民將一律受到開除教籍的懲罰，這是因為："主交給彼得治理的不僅是整個教會，而且是整個世界！"9.43 在信仰的天平上
即使是在教皇國的鼎盛時期，即使是如此具有魄力的教皇英諾森三世，也不可能做到既治理整個教會，又治理整個世界。這是因為其所麵對的宗教是如此之多，世界是如此之大，實際上，就其有可能治理的基督教教會與西歐各國而言，除了東正教與天主教無法真正統一以外，西歐的國王們也不是個個都接受這一治理的。所以，這個關於治理的權力夢，甚至在收復聖地耶路撒冷上也不能實現，隻好實現在對於天主教異端進行懲罰上了，這就是為什麽十字軍的長矛要對準異端分子的最大緣故。
1208年，英諾森三世決定對居住在義大利北部與法國南部富裕地區，以法國阿爾比城為中心的阿爾比派進行治理，因為阿爾比派隻承認上帝，而把基督耶穌當做最高受造之物，聖靈做為受造之物是眾靈之首，拒絕一切教階與聖事，自認是"純潔的"教會。於是，英諾森三世到法國北部煽動當地貧窮的貴族與騎士組成十字軍，宣布凡是參加討伐異端的十字軍成員一律不受國家法律的約束，並且教會赦免他們的一切罪行，還免付債務的所有利息，實際上即鼓勵十字軍對阿爾比教派大開殺戒，大肆搶劫，以此來對異端進行懲罰。
當十字軍開進阿爾比教派地區的時候，由於該派信徒眾多，難以迅速地將天主教教徒從當地居民之中一一加以分辨，使懲罰異端的行動一時間不便展開。這時候，隨軍的教皇代表下令："隻管把他們通通殺光，讓上帝去分辨誰是他的人民！"血腥的大屠殺開始了，於是發生了駭人聽聞的屠城事件：
比埃塞給攻陷，我們的人對城中的居民不管其身份、年齡、性別，一律不饒，死於刀下的約有2 人。大量的敵人被殺死，整個城市被燒毀，這是上帝懲罰的最好說明。
然而，對於阿爾比教派進行如此滅絕性的鎮壓，反而激起了對方的頑強鬥誌，十字軍的討伐行動屢屢受阻，雙方僵持不下，使這一次的十字軍聖戰一直延續到20年以後。在1229年，由於法蘭西國王派出大量的精銳軍隊加入十字軍的行列，才使得這一場聖戰宣告結束。可以說，聖戰的終於完結使羅馬教皇意識到動用十字軍來討伐異端付出的代價實在太大，一方麵是對基督教教徒使用武力進行鎮壓所造成的巨大生命損失將有害於天主教的聲譽；一方麵是必須將所有可能出現的異端思想與個人迅速地加以製裁，以免形成異端教派以後難於消除，從而直接促成了以所謂宗教法庭的形式來對異端行為進行懲罰。於是，以製造宗教恐怖而聞名的異端裁判所也就應運而生。
隨後，正是在這阿爾比教派慘遭鎮壓的1229年，羅馬教皇舉行了土魯斯會議，專門就十字軍討伐阿爾比教派的聖戰進行經驗總結：首先是鑑於阿爾比教派很善於運用對於《聖經》的文本闡釋，以上帝的教義與羅馬教皇相抗衡，並且攻擊天主教，於是決定禁止任何平民信徒，也就是沒有擔任聖職的一般教徒購置《聖經》，同時，除非教皇允許，禁止使用民族語言譯本的《聖經》；其次是成立異端裁判所，代表教皇對異端進行審判，任何人凡是知道異端分子活動以及發現違反教規行為，應該向地方主教報告，而地方主教必須上報異端裁判所，以便及時進行審判與懲罰，防止異端的出現。
異端裁判所作為向教皇直接負責的宗教法庭，裁判官具有極大的權力，除了教皇以外，裁判官不受任何一級教會的控製與約束，有權解釋教會與國家的法規。如果被告在公布罪名的一個月內不自行認罪，裁判官將主要根據羅馬習慣法來進行秘密審訊，在對原告姓名保密的情況下，拒不認罪的被告會遭到嚴刑拷打，並且在被定罪以後，處以佩戴黃色十字架、沒收個人財產、監禁甚至處死的懲罰，因而挾私忿而告密的情況屢有發生，一時間使人人感到自危，特別是在教皇國處於鼎盛期的大半個世紀之中，西歐各國充斥著一派宗教恐怖的氣氛，從而為所謂中世紀的黑暗抹上了一筆濃重的陰影。
然而，在教皇權力的膨脹之中，異端的概念也隨之擴張，不僅包括了裂教、叛教、異教這些內涵，而且還從宗教向政治滲透：在堅持君權神授的政治信條之下，英諾森三世對西歐各國國王施行加冕禮並擁有廢黜權，甚至動用十字軍進行討伐，以達到控製各國內政的目的。公元1215年，英吉利國王被迫在限製王權、保障臣民權利的《自由大憲章》上簽字，當英諾森三世了解到這一情況以後，便立即以教皇的名義宣布《自由大憲章》無效，否則從國王到臣民將一律受到開除教籍的懲罰，這是因為："主交給彼得治理的不僅是整個教會，而且是整個世界！"9.43 在信仰的天平上
即使是在教皇國的鼎盛時期，即使是如此具有魄力的教皇英諾森三世，也不可能做到既治理整個教會，又治理整個世界。這是因為其所麵對的宗教是如此之多，世界是如此之大，實際上，就其有可能治理的基督教教會與西歐各國而言，除了東正教與天主教無法真正統一以外，西歐的國王們也不是個個都接受這一治理的。所以，這個關於治理的權力夢，甚至在收復聖地耶路撒冷上也不能實現，隻好實現在對於天主教異端進行懲罰上了，這就是為什麽十字軍的長矛要對準異端分子的最大緣故。
1208年，英諾森三世決定對居住在義大利北部與法國南部富裕地區，以法國阿爾比城為中心的阿爾比派進行治理，因為阿爾比派隻承認上帝，而把基督耶穌當做最高受造之物，聖靈做為受造之物是眾靈之首，拒絕一切教階與聖事，自認是"純潔的"教會。於是，英諾森三世到法國北部煽動當地貧窮的貴族與騎士組成十字軍，宣布凡是參加討伐異端的十字軍成員一律不受國家法律的約束，並且教會赦免他們的一切罪行，還免付債務的所有利息，實際上即鼓勵十字軍對阿爾比教派大開殺戒，大肆搶劫，以此來對異端進行懲罰。
當十字軍開進阿爾比教派地區的時候，由於該派信徒眾多，難以迅速地將天主教教徒從當地居民之中一一加以分辨，使懲罰異端的行動一時間不便展開。這時候，隨軍的教皇代表下令："隻管把他們通通殺光，讓上帝去分辨誰是他的人民！"血腥的大屠殺開始了，於是發生了駭人聽聞的屠城事件：
比埃塞給攻陷，我們的人對城中的居民不管其身份、年齡、性別，一律不饒，死於刀下的約有2 人。大量的敵人被殺死，整個城市被燒毀，這是上帝懲罰的最好說明。
然而，對於阿爾比教派進行如此滅絕性的鎮壓，反而激起了對方的頑強鬥誌，十字軍的討伐行動屢屢受阻，雙方僵持不下，使這一次的十字軍聖戰一直延續到20年以後。在1229年，由於法蘭西國王派出大量的精銳軍隊加入十字軍的行列，才使得這一場聖戰宣告結束。可以說，聖戰的終於完結使羅馬教皇意識到動用十字軍來討伐異端付出的代價實在太大，一方麵是對基督教教徒使用武力進行鎮壓所造成的巨大生命損失將有害於天主教的聲譽；一方麵是必須將所有可能出現的異端思想與個人迅速地加以製裁，以免形成異端教派以後難於消除，從而直接促成了以所謂宗教法庭的形式來對異端行為進行懲罰。於是，以製造宗教恐怖而聞名的異端裁判所也就應運而生。
隨後，正是在這阿爾比教派慘遭鎮壓的1229年，羅馬教皇舉行了土魯斯會議，專門就十字軍討伐阿爾比教派的聖戰進行經驗總結：首先是鑑於阿爾比教派很善於運用對於《聖經》的文本闡釋，以上帝的教義與羅馬教皇相抗衡，並且攻擊天主教，於是決定禁止任何平民信徒，也就是沒有擔任聖職的一般教徒購置《聖經》，同時，除非教皇允許，禁止使用民族語言譯本的《聖經》；其次是成立異端裁判所，代表教皇對異端進行審判，任何人凡是知道異端分子活動以及發現違反教規行為，應該向地方主教報告，而地方主教必須上報異端裁判所，以便及時進行審判與懲罰，防止異端的出現。
異端裁判所作為向教皇直接負責的宗教法庭，裁判官具有極大的權力，除了教皇以外，裁判官不受任何一級教會的控製與約束，有權解釋教會與國家的法規。如果被告在公布罪名的一個月內不自行認罪，裁判官將主要根據羅馬習慣法來進行秘密審訊，在對原告姓名保密的情況下，拒不認罪的被告會遭到嚴刑拷打，並且在被定罪以後，處以佩戴黃色十字架、沒收個人財產、監禁甚至處死的懲罰，因而挾私忿而告密的情況屢有發生，一時間使人人感到自危，特別是在教皇國處於鼎盛期的大半個世紀之中，西歐各國充斥著一派宗教恐怖的氣氛，從而為所謂中世紀的黑暗抹上了一筆濃重的陰影。