不過，並不是所有人都認為毛文龍該殺。崇禎皇帝應該是其中一個，從他“意殊駭”的反應看，他是完全沒想到袁崇煥竟會殺毛文龍，也不認同袁崇煥的做法。隻是想到毛文龍已經死了，自己還要靠袁崇煥收復遼東，隻得下旨嘉獎他一番，以安其心。即使崇禎皇帝公開表態支持袁崇煥，還下詔公布毛文龍的罪名，但當時還是有不少人為毛文龍被殺喊冤。有人寫了一部四十回的小說《遼海丹忠錄》，大講毛文龍的功績。《明季北略》甚至把袁崇煥以十二條罪狀誅殺毛文龍與秦檜以十二道金牌害死嶽飛相提並論。
那麽，袁崇煥宣布的毛文龍十二條當斬之罪是什麽內容呢？我們不妨看一下：一、九年以來兵馬錢糧不受經略巡撫管核；二、全無戰功，卻報首功；三、剛愎撒潑，無人臣禮；四、侵盜邊海錢糧；五、自開馬市，私通外夷；六、褻朝廷名器，樹自己爪牙；七、劫贓無算，躬為盜賊；八、好色誨淫；九、拘錮難民，草菅民命；十、交結近侍；十一、掩敗為功；十二、開鎮八年，不能復遼東寸土。
平心而論，即便袁崇禎所說的都是事實，十二條中大多都是明軍中的常見現象，真正夠得上罪狀的並不很多，更不用說是當斬之罪了。而且，所列的十二條罪狀中，有些實在是比較牽強的。比如說糧晌問題，其實朝中大臣早就有人指責毛文龍靡費軍晌，戶部還曾打算前往皮島核查兵員，目的就是想裁減毛文龍的軍晌，然而崇禎皇帝並沒有同意戶部的做法。在給毛文龍奏疏的批覆中，崇禎皇帝承認毛文龍的軍隊孤懸海外有自己的特殊性，隻要奮勇報國，軍晌可以比其他部隊稍許寬鬆些。皇帝已經如此表態，袁崇煥再把軍晌問題作為毛文龍的罪狀未免有些說不過去，更何況冒領軍晌的情況在明軍中完全是普遍存在的，如果這也算當斬之罪，明軍大概剩不了幾個將領了。
再如說毛文龍全無戰功，卻報首功等等，多少也顯得有失公允。毛文龍能夠官至總兵，主持一方軍事大政，靠的正是戰功，單說他將皮島建成軍事重鎮，己經可說是個大功勞了。事實上，在袁崇煥取得寧遠大捷之前，毛文龍是明軍中惟一能與後金相抗衡的將領。工科給事中楊所修就曾指出：東方自逆奴狂逞以來，惟一毛文龍孤撐海上，日從奴酋肘腋間撩動而牽製之；奴未出老巢則不時攻掠，以阻其來；奴離窺關則乘機搗襲，以斷其後。董其昌更是在奏疏中聲稱：如得兩個毛文龍，則努爾哈赤可擒，遼東可復。此話雖然誇張些，但也可看出毛文龍在當時抵抗後金戰爭中的重要地位。
至於說毛文龍開鎮八年，不能復遼東寸土，則顯得有些吹毛求疵。毛文龍駐守皮島的意義在於牽製後金，使其不能全力南下。對於這一點，兵部早有清醒的認識：毛文龍滅奴不足，牽奴則有餘。而在牽製後金這一點上，毛文龍無疑做得相當不錯，天啟皇帝曾多次在諭旨中稱讚他：多方牽製，使奴狼狽而不敢兩麵顧。可見天啟皇帝對毛文龍還是相當滿意的。而要求毛文龍以一鎮兵力與後金全麵對抗，隻能說是袁崇煥的苛求。退一步講，在遼東戰場喪師失地的情況下，毛文龍至少還堅守住了自己的防區，如果這也要殺，那些打了敗仗的將領是不是要全部殺頭呢？
還有就是說毛文龍結交近侍，這倒是實情，這個近侍說出來想必大家都知道，他便是魏忠賢。毛文龍曾給魏忠賢送禮，還在皮島上建魏忠賢塑像，這在與東林黨關係密切、自己還曾遭魏忠賢陷害的袁崇煥看來，自然夠得上一條罪狀。但是，天啟年間，全國的文武官員給魏忠賢送過禮的人恐怕是難以計數，而為魏忠賢立塑像也不是什麽特別的事，當年全國各地為魏忠賢建的生祠何止千百。袁崇煥把這個拿出來當成誅殺毛文龍的理由，多少有些黨派相爭的意味，夾雜了個人感情。
再退一步講，就算毛文龍有死罪，但十二條罪狀中並沒有什麽需要袁崇煥臨機決斷，當場處死的緊急情況，完全可以將毛文龍逮捕後送交京城，由崇禎皇帝決定如何發落。畢竟毛文龍是一鎮總兵，而且還有先帝所賜尚方寶劍。說起來，袁崇煥的尚方寶劍還是兒子輩的呢。從這一角度講，袁崇煥誅殺毛文龍多少顯得有些莽撞，也難怪崇禎皇帝會感到“意殊駭”。
那麽，袁崇煥為什麽會誅殺毛文龍呢？
有人認為，袁崇煥殺毛文龍隻是一個偶發事件，袁崇煥本來並沒有決定要殺毛文龍，他登島的目的是想勸說毛文龍聽從節製，或者讓毛文龍交出兵權，隻是在毛文龍拒絕合作後才決定臨陣誅殺毛文龍。其根據是，袁崇煥上島後並沒有馬上誅殺毛文龍，而是與毛文龍連續三天舉行密談，由於毛文龍並不聽命，無奈之下才決定誅殺他。
也有學者指出，袁崇煥殺毛文龍其實早就有預謀，登島的真正目的就是以商量東西夾擊的軍事計劃為名，尋機誅殺毛文龍。理由是袁崇煥在離京之前與內閣大學士錢龍錫談及平遼事宜時，明確表示平定遼東“先從東江做起”，而所謂的“從東江做起”，其實就是要誅殺毛文龍，這一點，在袁崇煥事後給祟禎皇帝的奏疏中有明確的表述：“自去年(祟禎元年)十二月，臣安排已定，(毛)文龍有死無生矣。”其欲殺毛文龍的態度表露無遺。這是一個讓人感到奇怪的想法，平定遼東的首要任務，竟然不是打擊後金，收復失地，而是要對付平遼戰場上的另一位重要將領。帶著這種想法，袁崇禎上任伊始就下令海禁，切斷了毛文龍海上貿易的命脈，毛文龍在給崇禎皇帝的奏疏中，把袁崇煥的這一做法稱為是“攔喉切我一刀”。雖然隻是一介武夫，毛文龍還是意識到袁崇煥將要對自己下手，因此在奏疏中大發感嘆：諸臣獨計除臣，不計除奴，將江山而快私忿，操戈矛於同室。對袁崇煥已生殺毛之心還蒙在鼓裏的祟禎皇帝想到答應過袁崇煥為實現五年復遼大計可以便宜從事，自己不便出麵幹涉，隻得好言安慰毛文龍：軍中一切事宜，當從長商榷。崇禎皇帝沒有想到的是，毛文龍已經沒有機會從長商榷了。時隔不久，袁崇煥就已經完成了他五年復遼大計中的第一個計劃——誅殺毛文龍。讓人感到可悲的是，這似乎是袁崇煥五年復遼大計中惟一真正實現的計劃。
那麽，袁崇煥宣布的毛文龍十二條當斬之罪是什麽內容呢？我們不妨看一下：一、九年以來兵馬錢糧不受經略巡撫管核；二、全無戰功，卻報首功；三、剛愎撒潑，無人臣禮；四、侵盜邊海錢糧；五、自開馬市，私通外夷；六、褻朝廷名器，樹自己爪牙；七、劫贓無算，躬為盜賊；八、好色誨淫；九、拘錮難民，草菅民命；十、交結近侍；十一、掩敗為功；十二、開鎮八年，不能復遼東寸土。
平心而論，即便袁崇禎所說的都是事實，十二條中大多都是明軍中的常見現象，真正夠得上罪狀的並不很多，更不用說是當斬之罪了。而且，所列的十二條罪狀中，有些實在是比較牽強的。比如說糧晌問題，其實朝中大臣早就有人指責毛文龍靡費軍晌，戶部還曾打算前往皮島核查兵員，目的就是想裁減毛文龍的軍晌，然而崇禎皇帝並沒有同意戶部的做法。在給毛文龍奏疏的批覆中，崇禎皇帝承認毛文龍的軍隊孤懸海外有自己的特殊性，隻要奮勇報國，軍晌可以比其他部隊稍許寬鬆些。皇帝已經如此表態，袁崇煥再把軍晌問題作為毛文龍的罪狀未免有些說不過去，更何況冒領軍晌的情況在明軍中完全是普遍存在的，如果這也算當斬之罪，明軍大概剩不了幾個將領了。
再如說毛文龍全無戰功，卻報首功等等，多少也顯得有失公允。毛文龍能夠官至總兵，主持一方軍事大政，靠的正是戰功，單說他將皮島建成軍事重鎮，己經可說是個大功勞了。事實上，在袁崇煥取得寧遠大捷之前，毛文龍是明軍中惟一能與後金相抗衡的將領。工科給事中楊所修就曾指出：東方自逆奴狂逞以來，惟一毛文龍孤撐海上，日從奴酋肘腋間撩動而牽製之；奴未出老巢則不時攻掠，以阻其來；奴離窺關則乘機搗襲，以斷其後。董其昌更是在奏疏中聲稱：如得兩個毛文龍，則努爾哈赤可擒，遼東可復。此話雖然誇張些，但也可看出毛文龍在當時抵抗後金戰爭中的重要地位。
至於說毛文龍開鎮八年，不能復遼東寸土，則顯得有些吹毛求疵。毛文龍駐守皮島的意義在於牽製後金，使其不能全力南下。對於這一點，兵部早有清醒的認識：毛文龍滅奴不足，牽奴則有餘。而在牽製後金這一點上，毛文龍無疑做得相當不錯，天啟皇帝曾多次在諭旨中稱讚他：多方牽製，使奴狼狽而不敢兩麵顧。可見天啟皇帝對毛文龍還是相當滿意的。而要求毛文龍以一鎮兵力與後金全麵對抗，隻能說是袁崇煥的苛求。退一步講，在遼東戰場喪師失地的情況下，毛文龍至少還堅守住了自己的防區，如果這也要殺，那些打了敗仗的將領是不是要全部殺頭呢？
還有就是說毛文龍結交近侍，這倒是實情，這個近侍說出來想必大家都知道，他便是魏忠賢。毛文龍曾給魏忠賢送禮，還在皮島上建魏忠賢塑像，這在與東林黨關係密切、自己還曾遭魏忠賢陷害的袁崇煥看來，自然夠得上一條罪狀。但是，天啟年間，全國的文武官員給魏忠賢送過禮的人恐怕是難以計數，而為魏忠賢立塑像也不是什麽特別的事，當年全國各地為魏忠賢建的生祠何止千百。袁崇煥把這個拿出來當成誅殺毛文龍的理由，多少有些黨派相爭的意味，夾雜了個人感情。
再退一步講，就算毛文龍有死罪，但十二條罪狀中並沒有什麽需要袁崇煥臨機決斷，當場處死的緊急情況，完全可以將毛文龍逮捕後送交京城，由崇禎皇帝決定如何發落。畢竟毛文龍是一鎮總兵，而且還有先帝所賜尚方寶劍。說起來，袁崇煥的尚方寶劍還是兒子輩的呢。從這一角度講，袁崇煥誅殺毛文龍多少顯得有些莽撞，也難怪崇禎皇帝會感到“意殊駭”。
那麽，袁崇煥為什麽會誅殺毛文龍呢？
有人認為，袁崇煥殺毛文龍隻是一個偶發事件，袁崇煥本來並沒有決定要殺毛文龍，他登島的目的是想勸說毛文龍聽從節製，或者讓毛文龍交出兵權，隻是在毛文龍拒絕合作後才決定臨陣誅殺毛文龍。其根據是，袁崇煥上島後並沒有馬上誅殺毛文龍，而是與毛文龍連續三天舉行密談，由於毛文龍並不聽命，無奈之下才決定誅殺他。
也有學者指出，袁崇煥殺毛文龍其實早就有預謀，登島的真正目的就是以商量東西夾擊的軍事計劃為名，尋機誅殺毛文龍。理由是袁崇煥在離京之前與內閣大學士錢龍錫談及平遼事宜時，明確表示平定遼東“先從東江做起”，而所謂的“從東江做起”，其實就是要誅殺毛文龍，這一點，在袁崇煥事後給祟禎皇帝的奏疏中有明確的表述：“自去年(祟禎元年)十二月，臣安排已定，(毛)文龍有死無生矣。”其欲殺毛文龍的態度表露無遺。這是一個讓人感到奇怪的想法，平定遼東的首要任務，竟然不是打擊後金，收復失地，而是要對付平遼戰場上的另一位重要將領。帶著這種想法，袁崇禎上任伊始就下令海禁，切斷了毛文龍海上貿易的命脈，毛文龍在給崇禎皇帝的奏疏中，把袁崇煥的這一做法稱為是“攔喉切我一刀”。雖然隻是一介武夫，毛文龍還是意識到袁崇煥將要對自己下手，因此在奏疏中大發感嘆：諸臣獨計除臣，不計除奴，將江山而快私忿，操戈矛於同室。對袁崇煥已生殺毛之心還蒙在鼓裏的祟禎皇帝想到答應過袁崇煥為實現五年復遼大計可以便宜從事，自己不便出麵幹涉，隻得好言安慰毛文龍：軍中一切事宜，當從長商榷。崇禎皇帝沒有想到的是，毛文龍已經沒有機會從長商榷了。時隔不久，袁崇煥就已經完成了他五年復遼大計中的第一個計劃——誅殺毛文龍。讓人感到可悲的是，這似乎是袁崇煥五年復遼大計中惟一真正實現的計劃。