萬曆三十二年(1604年)四月，刑部尚書蕭大亨把三法司擬定皦生光“論斬”的結論上報神宗，神宗以為定刑太輕，要求從重擬罪。蕭大亨心知此案證據不足，“論斬”已經有些過重，不願再另擬重刑，便請神宗定奪。神宗急於結案，便親自定罪，以“生光捏造妖書，離間天性，謀危社稷”的罪名，下令將皦生光淩遲處死，再裊首示眾。
皦生光被淩遲處死，妖書案也終於結案，但有關妖書案的爭論卻並沒有結束。皦生光是否真是案犯在朝野引起了極大的爭議。
有人指出，妖書案的最終定案有如兒戲。據《先撥誌始》記載，參加審訊的禦史餘懋衡向眾官員宣布，他定罪的依據是：“昨夢觀音大士說：‘妖書係生光造的。’”在場的人聽了莫不匿笑。此話傳到宮中，神宗也哭笑不得。
沈一貫、朱賡對“妖書”出於皦生光之手表示懷疑。他們曾就此案向神宗皇帝表示，有關皦生光的證據“空洞繁言，無足推求事實”，“含糊難明”。當然，沈一貫等人的目的是要找出所謂幕後的黑手，也就是郭正域、沈鯉。史載沈一貫的心腹錢夢皋和康丕揚對皦生光嚴刑逼供，希望他指證郭正域，皦生光卻對著他們大罵：“死則死耳，奈何教我迎相公(指沈一貫)指，妄引郭侍郎乎!”刑部尚書蕭大亨想討好神宗，再三誘使生光說出“同謀主使之人”，生光拒不服從，抗言道：“我自為之，誰為主使?”在會審時，蕭大亨甚至把寫好的紙條塞入刑部主事王述古袖中。紙條上寫著：“脫生光而歸罪(郭)正域。”王述古正色拒絕：“獄情不出囚口，出袖中乎?”
還有人說，“妖書”出於武英殿中書舍人趙士禎之手。趙士禎一向慷慨有膽略，“妖書案”發後，杜門不出。據說，皦生光淩遲處死後，趙士禎精神錯亂，屢次夢見皦生光索命，一病不起。相傳臨死前，他透露了這一秘密。又傳聞，趙士禎臨死時，“肉碎落如碟”。所謂“肉碎落如碟”雲雲，當然是民間關於因果報應的街談巷議，姑妄聽之。不過，由此也折射出輿論的導向：皦生光死得冤枉。但誰是妖書真正的作者呢?至今依然是個千古之謎。
同室操戈毛文龍被殺之謎
崇禎二年(1629年)，袁崇煥給明思宗上了一道洋洋數千言的奏疏——《薊遼督師袁崇煥題本》，在這份奏疏中，袁崇煥稱自己“戰懼惶悚之至”，表示要“席槁待罪”。思宗看完奏疏後，“意殊駭”。是什麽事情讓統領遼東大軍的袁督師如此惶恐，令崇禎皇帝如何震驚呢
？原來，在奏疏中，袁崇煥向思宗報告了他剛做的一件大事，就是誅殺了東江總兵毛文龍!毛文龍是怎樣一個人？袁崇煥為什麽要殺他呢？
毛文龍，浙江杭州人，天啟元年(1621年)在遼東巡撫王化貞手下任遊擊，後金攻陷遼陽後，占據鴨綠江邊的鎮江堡，升任副總兵，後率部駐守皮島。皮島又稱東江，位於遼東、朝鮮、山東登萊二州之間，戰略位置極其重要，對牽製後金軍隊的進攻有重要作用，因此朝廷在皮島建立東江鎮，晉升毛文龍為東江總兵。天啟三年(1623年)，毛文龍率部攻占遼東要地金州，天啟皇帝聞訊大喜，晉升毛文龍為左都督，掛將軍印，賜尚方寶劍，並在諭旨中對毛文龍大加讚揚。由於毛文龍的東江鎮對後金腹地形成極大威脅，後金視毛文龍為眼中釘，為了除掉毛文龍，曾幾次興兵討伐，卻都無功而返。
天啟六年(1626年)，努爾哈赤率十幾萬大軍進攻寧遠這座孤城，原本以為唾手可得的勝利卻在袁崇煥率領的數千守軍麵前化為泡影，氣急敗壞的努爾哈赤親臨前線督戰，結果被紅夷大炮擊傷，一命嗚呼。第二年，一心為父報仇的皇太極又在寧遠、錦州城下損兵折將，連夜潰逃。寧遠、寧錦大捷的赫赫戰功，使袁崇煥成為威震遼東的抗金英雄。崇禎元年(1628年)，一心想求中興之治的明思宗為恢復遼東，提升袁崇煥為兵部尚書兼都察院右都禦史、督師薊遼兼登萊天津軍務，將遼東軍事大權一古腦兒交給了袁崇煥。麵對皇帝如此的知遇之恩，袁崇煥感激之餘，喊出了“五年復遼”的豪言壯語。然而，讓人疑惑不解的是，袁崇煥“五年復遼”大計的第一步竟然是誅殺大將毛文龍。沒想到，後金想做而做不到的事，袁崇煥卻幫他們做到了。身處皇宮，延頸企盼袁崇煥復遼喜訊的崇禎皇帝，大概做夢也沒想到，袁崇煥給他送來的卻是一份震驚。那麽，袁崇煥為什麽要殺毛文龍呢
？毛文龍到底該不該殺呢？
丹東大鹿島上的毛文龍碑
有學者認為，“袁崇煥斬所當斬，毛文龍死且有餘辜”。毛文龍的餘辜是什麽呢？想來是毛文龍死後不久，他的部將紛紛叛變。要知道，在清初四大降王中，除平西王吳三桂外，定南王孔有德、靖南王耿仲明、平南王尚可喜都是毛文龍的舊部。然而，在這些學者看來，這些人的降清與袁崇煥誅殺毛文龍並沒有因果關係，梁啓超先生在《袁崇煥傳》中甚至稱毛文龍不死，也許會成為最大的降王，支持袁崇煥誅殺毛文龍之情躍然紙上。在有些人看來，毛文龍該不該殺似乎根本就不是問題，原因非常簡單，因為殺他的是威名赫赫的袁崇煥。既然我們認同袁崇煥是大忠臣，被他誅殺的人自然是罪該萬死，死有餘辜了。
皦生光被淩遲處死，妖書案也終於結案，但有關妖書案的爭論卻並沒有結束。皦生光是否真是案犯在朝野引起了極大的爭議。
有人指出，妖書案的最終定案有如兒戲。據《先撥誌始》記載，參加審訊的禦史餘懋衡向眾官員宣布，他定罪的依據是：“昨夢觀音大士說：‘妖書係生光造的。’”在場的人聽了莫不匿笑。此話傳到宮中，神宗也哭笑不得。
沈一貫、朱賡對“妖書”出於皦生光之手表示懷疑。他們曾就此案向神宗皇帝表示，有關皦生光的證據“空洞繁言，無足推求事實”，“含糊難明”。當然，沈一貫等人的目的是要找出所謂幕後的黑手，也就是郭正域、沈鯉。史載沈一貫的心腹錢夢皋和康丕揚對皦生光嚴刑逼供，希望他指證郭正域，皦生光卻對著他們大罵：“死則死耳，奈何教我迎相公(指沈一貫)指，妄引郭侍郎乎!”刑部尚書蕭大亨想討好神宗，再三誘使生光說出“同謀主使之人”，生光拒不服從，抗言道：“我自為之，誰為主使?”在會審時，蕭大亨甚至把寫好的紙條塞入刑部主事王述古袖中。紙條上寫著：“脫生光而歸罪(郭)正域。”王述古正色拒絕：“獄情不出囚口，出袖中乎?”
還有人說，“妖書”出於武英殿中書舍人趙士禎之手。趙士禎一向慷慨有膽略，“妖書案”發後，杜門不出。據說，皦生光淩遲處死後，趙士禎精神錯亂，屢次夢見皦生光索命，一病不起。相傳臨死前，他透露了這一秘密。又傳聞，趙士禎臨死時，“肉碎落如碟”。所謂“肉碎落如碟”雲雲，當然是民間關於因果報應的街談巷議，姑妄聽之。不過，由此也折射出輿論的導向：皦生光死得冤枉。但誰是妖書真正的作者呢?至今依然是個千古之謎。
同室操戈毛文龍被殺之謎
崇禎二年(1629年)，袁崇煥給明思宗上了一道洋洋數千言的奏疏——《薊遼督師袁崇煥題本》，在這份奏疏中，袁崇煥稱自己“戰懼惶悚之至”，表示要“席槁待罪”。思宗看完奏疏後，“意殊駭”。是什麽事情讓統領遼東大軍的袁督師如此惶恐，令崇禎皇帝如何震驚呢
？原來，在奏疏中，袁崇煥向思宗報告了他剛做的一件大事，就是誅殺了東江總兵毛文龍!毛文龍是怎樣一個人？袁崇煥為什麽要殺他呢？
毛文龍，浙江杭州人，天啟元年(1621年)在遼東巡撫王化貞手下任遊擊，後金攻陷遼陽後，占據鴨綠江邊的鎮江堡，升任副總兵，後率部駐守皮島。皮島又稱東江，位於遼東、朝鮮、山東登萊二州之間，戰略位置極其重要，對牽製後金軍隊的進攻有重要作用，因此朝廷在皮島建立東江鎮，晉升毛文龍為東江總兵。天啟三年(1623年)，毛文龍率部攻占遼東要地金州，天啟皇帝聞訊大喜，晉升毛文龍為左都督，掛將軍印，賜尚方寶劍，並在諭旨中對毛文龍大加讚揚。由於毛文龍的東江鎮對後金腹地形成極大威脅，後金視毛文龍為眼中釘，為了除掉毛文龍，曾幾次興兵討伐，卻都無功而返。
天啟六年(1626年)，努爾哈赤率十幾萬大軍進攻寧遠這座孤城，原本以為唾手可得的勝利卻在袁崇煥率領的數千守軍麵前化為泡影，氣急敗壞的努爾哈赤親臨前線督戰，結果被紅夷大炮擊傷，一命嗚呼。第二年，一心為父報仇的皇太極又在寧遠、錦州城下損兵折將，連夜潰逃。寧遠、寧錦大捷的赫赫戰功，使袁崇煥成為威震遼東的抗金英雄。崇禎元年(1628年)，一心想求中興之治的明思宗為恢復遼東，提升袁崇煥為兵部尚書兼都察院右都禦史、督師薊遼兼登萊天津軍務，將遼東軍事大權一古腦兒交給了袁崇煥。麵對皇帝如此的知遇之恩，袁崇煥感激之餘，喊出了“五年復遼”的豪言壯語。然而，讓人疑惑不解的是，袁崇煥“五年復遼”大計的第一步竟然是誅殺大將毛文龍。沒想到，後金想做而做不到的事，袁崇煥卻幫他們做到了。身處皇宮，延頸企盼袁崇煥復遼喜訊的崇禎皇帝，大概做夢也沒想到，袁崇煥給他送來的卻是一份震驚。那麽，袁崇煥為什麽要殺毛文龍呢
？毛文龍到底該不該殺呢？
丹東大鹿島上的毛文龍碑
有學者認為，“袁崇煥斬所當斬，毛文龍死且有餘辜”。毛文龍的餘辜是什麽呢？想來是毛文龍死後不久，他的部將紛紛叛變。要知道，在清初四大降王中，除平西王吳三桂外，定南王孔有德、靖南王耿仲明、平南王尚可喜都是毛文龍的舊部。然而，在這些學者看來，這些人的降清與袁崇煥誅殺毛文龍並沒有因果關係，梁啓超先生在《袁崇煥傳》中甚至稱毛文龍不死，也許會成為最大的降王，支持袁崇煥誅殺毛文龍之情躍然紙上。在有些人看來，毛文龍該不該殺似乎根本就不是問題，原因非常簡單，因為殺他的是威名赫赫的袁崇煥。既然我們認同袁崇煥是大忠臣，被他誅殺的人自然是罪該萬死，死有餘辜了。