然而一波未平，一波又起。萬曆三十一年(1603年)十一月十一日早晨，自朝房至勛戚大臣門口，都被放上匿名書一帙，封麵題名“國本枚關”四字，而第一頁第一行上赫然寫著“續憂危竑議”五個大字。自稱“續憂危竑議”，就是在表明此文是續“憂危竑議”而來。書中託名鄭福成為問答，“鄭福成”的含義，乃是指鄭貴妃之福王(朱常詢)將成為太子。
與《憂危竑議》相比。《續憂危竑議》的言辭更加激烈。《續憂危竑議》抓住皇太子岌岌可危的處境大做文章，指責鄭貴妃企圖廢太子，冊立自己的兒子為太子。書中稱，神宗冊立朱常洛為太子乃是出於迫不得已，但太子居住的東宮規製都不具備，因此儲位未妥，國本未固，他日必將改封。而一旦改封，因為母愛者子貴，以鄭貴妃之得寵，必然是福王朱常詢成為太子。文中又稱，神宗之所以任用朱賡為內閣大學士，是因為“賡”與“更”同音，暗含他日變更朱家太子之意，還列舉了依附朱賡的九個文武大臣的名字，稱他們為“十亂”，聲稱在“十亂”的活動之下，不知什麽時候太子就會被廢掉。此外，書中還指責首輔沈一貫為人“陰賊”，“欲右鄭而左王(指太子朱常洛)”。
一夜之間，《續憂危竑議》傳遍京城，上至宮門，下至街巷，到處都有，輿論隨之譁然。人們看到《續憂危竑議》竟指名道姓地議論當時朝政中最敏感的話題，個個大驚失色。朱賡一大清早在家門口發現了“妖書”，一看內容，竟是誣陷自己為“動搖國本”、他日更換太子的禍首，驚怒之下立即入宮，將《續憂危竑議》進呈神宗。此時，提督東廠司禮監太監陳矩也已經將此事報告神宗。神宗看完《續憂危竑議》勃然大怒，命令陳矩“大索，必得造妖書者”。
東廠、錦衣衛為了偵破妖書案，在京城掀起了一場大逮捕，一時間搞得京城內外人人自危，先後被捕入獄的有錦衣都督周嘉慶、僧人達觀、醫生沈令譽、四川渠縣訓導阮明卿、禮部右侍郎郭正域的僕人毛尚文等。其中周嘉慶和阮明卿等很快被釋放，而其他人則捲入了朝中激烈的派係鬥爭。
妖書案發生之初，首輔沈一貫、次輔朱賡因為都被《續憂危竑議》指名道姓地認定是鄭貴妃的幫凶，為避嫌疑，都閉門不出，內閣僅剩下沈鯉一人主持日常工作。與沈鯉原本不和的沈一貫當然不願將權力拱手讓給沈鯉，便想方設法將沈鯉拖入妖書案中，沈鯉的門生、禮部右侍郎郭正域便成為他的突破口。沈一貫先是指使他的親信、刑科給事中錢夢皋上疏誣陷郭正域、沈鯉與妖書有牽連，要求嚴查到底。震怒之中的神宗遂授權沈一貫徹查此事，並下令郭正域“還籍聽勘”，同時命令“急嚴訊諸所捕者”。有了明神宗的授權，沈一貫便放開手腳開始陷害沈鯉和郭正域。京營巡捕陳汝忠受沈一貫之命，先後逮捕了僧人達觀、醫生沈令譽、僕人毛尚文，這些人都與郭正域有某種聯繫，逮捕他們就是想從這些人口中引出郭正域。然而，僧人達觀被拷打至死，沈令譽受刑後奄奄一息，都未招認郭正域。毛尚文雖然在利誘之下同意指認郭正域，但由於供詞漏洞百出，沒有能達到誣陷郭正域的目的。情急之下，三法司的官員又把郭正域的同鄉胡化抓來，要他誣陷郭正域、沈鯉，也遭到胡化的嚴辭拒絕。
為了達到誣陷郭正域的目的，沈一貫等人在東廠、錦衣衛和三法司會審時，竟然要沈令譽家奶媽的十歲女兒出庭作證。司禮監太監兼提督東廠太監陳矩問小女孩：“你看到印刷妖書的印版一共有幾塊?”小女孩根本不懂，便胡亂回答：“滿滿一屋子。”陳矩聽了大笑，說：“妖書隻有兩三張紙，印版怎麽可能有一屋子呢?”陳矩又問另一個嫌犯：“沈令譽告訴你刊印妖書是哪一天?”那人也是信口開河，回答道：“十一月十六日。”參與會審的兵部尚書王世揚說：“妖書於十一月初十日已經查獲，怎麽可能在十一月十六日才刊印呢?”最高司法當局的會審，搞成了一場鬧劇，連對沈令譽的指控都無法成立，對郭正域的誣陷當然難以成立。心有不甘的沈一貫派人到沈鯉家中搜查了三天，結果一無所獲，便又發兵包圍由京返鄉的郭正域的坐船，企圖迫使郭正域自殺，又遭郭正域的堅決拒絕。
正當沈一貫等人加緊誣陷郭正域的時候，皇太子朱常洛得知郭正域因“妖書案”受牽連，十分不安。由於郭正域曾經在朱常洛出閣講學時任過講官，與朱常洛關係很好，深知郭正域為人的朱常洛對有人陷害郭正域十分不滿，多次對身邊的官員說：“何為欲殺我好講官?”又傳話給提督東廠太監陳矩：“饒得我，即饒了郭先生吧!”陳矩見皇太子力保，加上確實無法證實郭正域與妖書案有關，便有意為郭正域開脫。也正是陳矩鼎力平反，郭正域才免遭陷害。
“妖書案”遲遲無法偵破，東廠、錦衣衛的壓力越來越重，便加緊對疑犯搜索。十一月二十一日，東廠緝獲一名可疑男子皦生彩，據他的供詞，其兄皦生光有重大嫌疑。錦衣衛立即逮捕了皦生光，並在他家中查獲羅紋箋寫的手稿等物證。皦生光原是順天府的秀才，不過卻不走正道，專門以“刊刻打詐”為生，曾經偽造鄭貴妃的伯父鄭承恩和富商包繼誌的詩，向他們脅詐金錢。雖然皦生光這些事情與“妖書”並無直接關係，辦案官員卻顧不得這許多，他們把為皦生光刻書的刻字匠徐承惠抓來作為證人，徐承惠招供曾為皦生光刻過《岸遊稿》十二張及“妖詩”一版。掌管錦衣衛的王之禎便據此認定，皦生光就是“妖書”的作者。然而，皦生光雖然受到酷刑審訊，卻始終不肯承認。陳矩知道皦生光的確不是妖書案的作者，但遲遲不能結案，神宗必然發怒，到時候受此牽連的人會越來越多，而瞰生光妖書案雖然冤枉，但他以前犯的事也已經是死罪，便有意讓皦生光頂罪。在他與會審官員的努力下，皦生光終於認罪。據《罪惟錄》記載，參與會審的禦史沈裕曾厲聲對皦生光說：“恐株連多人，無所歸獄。”聽了這樣的誘供，皦生光不得不自己“誣服”，以後也不再翻供。他嘆息道：“我為之，朝廷得我結案已矣，如一移口，諸臣何處乞生?”會審官員得到皦生光的口供，如獲至寶，急忙向神宗報告，聲稱“生光前作妖詩，繼播妖書，眾證甚確，自認無詞。”神宗於是下令三法司盡快定罪。
與《憂危竑議》相比。《續憂危竑議》的言辭更加激烈。《續憂危竑議》抓住皇太子岌岌可危的處境大做文章，指責鄭貴妃企圖廢太子，冊立自己的兒子為太子。書中稱，神宗冊立朱常洛為太子乃是出於迫不得已，但太子居住的東宮規製都不具備，因此儲位未妥，國本未固，他日必將改封。而一旦改封，因為母愛者子貴，以鄭貴妃之得寵，必然是福王朱常詢成為太子。文中又稱，神宗之所以任用朱賡為內閣大學士，是因為“賡”與“更”同音，暗含他日變更朱家太子之意，還列舉了依附朱賡的九個文武大臣的名字，稱他們為“十亂”，聲稱在“十亂”的活動之下，不知什麽時候太子就會被廢掉。此外，書中還指責首輔沈一貫為人“陰賊”，“欲右鄭而左王(指太子朱常洛)”。
一夜之間，《續憂危竑議》傳遍京城，上至宮門，下至街巷，到處都有，輿論隨之譁然。人們看到《續憂危竑議》竟指名道姓地議論當時朝政中最敏感的話題，個個大驚失色。朱賡一大清早在家門口發現了“妖書”，一看內容，竟是誣陷自己為“動搖國本”、他日更換太子的禍首，驚怒之下立即入宮，將《續憂危竑議》進呈神宗。此時，提督東廠司禮監太監陳矩也已經將此事報告神宗。神宗看完《續憂危竑議》勃然大怒，命令陳矩“大索，必得造妖書者”。
東廠、錦衣衛為了偵破妖書案，在京城掀起了一場大逮捕，一時間搞得京城內外人人自危，先後被捕入獄的有錦衣都督周嘉慶、僧人達觀、醫生沈令譽、四川渠縣訓導阮明卿、禮部右侍郎郭正域的僕人毛尚文等。其中周嘉慶和阮明卿等很快被釋放，而其他人則捲入了朝中激烈的派係鬥爭。
妖書案發生之初，首輔沈一貫、次輔朱賡因為都被《續憂危竑議》指名道姓地認定是鄭貴妃的幫凶，為避嫌疑，都閉門不出，內閣僅剩下沈鯉一人主持日常工作。與沈鯉原本不和的沈一貫當然不願將權力拱手讓給沈鯉，便想方設法將沈鯉拖入妖書案中，沈鯉的門生、禮部右侍郎郭正域便成為他的突破口。沈一貫先是指使他的親信、刑科給事中錢夢皋上疏誣陷郭正域、沈鯉與妖書有牽連，要求嚴查到底。震怒之中的神宗遂授權沈一貫徹查此事，並下令郭正域“還籍聽勘”，同時命令“急嚴訊諸所捕者”。有了明神宗的授權，沈一貫便放開手腳開始陷害沈鯉和郭正域。京營巡捕陳汝忠受沈一貫之命，先後逮捕了僧人達觀、醫生沈令譽、僕人毛尚文，這些人都與郭正域有某種聯繫，逮捕他們就是想從這些人口中引出郭正域。然而，僧人達觀被拷打至死，沈令譽受刑後奄奄一息，都未招認郭正域。毛尚文雖然在利誘之下同意指認郭正域，但由於供詞漏洞百出，沒有能達到誣陷郭正域的目的。情急之下，三法司的官員又把郭正域的同鄉胡化抓來，要他誣陷郭正域、沈鯉，也遭到胡化的嚴辭拒絕。
為了達到誣陷郭正域的目的，沈一貫等人在東廠、錦衣衛和三法司會審時，竟然要沈令譽家奶媽的十歲女兒出庭作證。司禮監太監兼提督東廠太監陳矩問小女孩：“你看到印刷妖書的印版一共有幾塊?”小女孩根本不懂，便胡亂回答：“滿滿一屋子。”陳矩聽了大笑，說：“妖書隻有兩三張紙，印版怎麽可能有一屋子呢?”陳矩又問另一個嫌犯：“沈令譽告訴你刊印妖書是哪一天?”那人也是信口開河，回答道：“十一月十六日。”參與會審的兵部尚書王世揚說：“妖書於十一月初十日已經查獲，怎麽可能在十一月十六日才刊印呢?”最高司法當局的會審，搞成了一場鬧劇，連對沈令譽的指控都無法成立，對郭正域的誣陷當然難以成立。心有不甘的沈一貫派人到沈鯉家中搜查了三天，結果一無所獲，便又發兵包圍由京返鄉的郭正域的坐船，企圖迫使郭正域自殺，又遭郭正域的堅決拒絕。
正當沈一貫等人加緊誣陷郭正域的時候，皇太子朱常洛得知郭正域因“妖書案”受牽連，十分不安。由於郭正域曾經在朱常洛出閣講學時任過講官，與朱常洛關係很好，深知郭正域為人的朱常洛對有人陷害郭正域十分不滿，多次對身邊的官員說：“何為欲殺我好講官?”又傳話給提督東廠太監陳矩：“饒得我，即饒了郭先生吧!”陳矩見皇太子力保，加上確實無法證實郭正域與妖書案有關，便有意為郭正域開脫。也正是陳矩鼎力平反，郭正域才免遭陷害。
“妖書案”遲遲無法偵破，東廠、錦衣衛的壓力越來越重，便加緊對疑犯搜索。十一月二十一日，東廠緝獲一名可疑男子皦生彩，據他的供詞，其兄皦生光有重大嫌疑。錦衣衛立即逮捕了皦生光，並在他家中查獲羅紋箋寫的手稿等物證。皦生光原是順天府的秀才，不過卻不走正道，專門以“刊刻打詐”為生，曾經偽造鄭貴妃的伯父鄭承恩和富商包繼誌的詩，向他們脅詐金錢。雖然皦生光這些事情與“妖書”並無直接關係，辦案官員卻顧不得這許多，他們把為皦生光刻書的刻字匠徐承惠抓來作為證人，徐承惠招供曾為皦生光刻過《岸遊稿》十二張及“妖詩”一版。掌管錦衣衛的王之禎便據此認定，皦生光就是“妖書”的作者。然而，皦生光雖然受到酷刑審訊，卻始終不肯承認。陳矩知道皦生光的確不是妖書案的作者，但遲遲不能結案，神宗必然發怒，到時候受此牽連的人會越來越多，而瞰生光妖書案雖然冤枉，但他以前犯的事也已經是死罪，便有意讓皦生光頂罪。在他與會審官員的努力下，皦生光終於認罪。據《罪惟錄》記載，參與會審的禦史沈裕曾厲聲對皦生光說：“恐株連多人，無所歸獄。”聽了這樣的誘供，皦生光不得不自己“誣服”，以後也不再翻供。他嘆息道：“我為之，朝廷得我結案已矣，如一移口，諸臣何處乞生?”會審官員得到皦生光的口供，如獲至寶，急忙向神宗報告，聲稱“生光前作妖詩，繼播妖書，眾證甚確，自認無詞。”神宗於是下令三法司盡快定罪。