人們指責托缽修士非法行使教士的職能，其中有非法主持懺悔和葬禮。他們偽裝虔誠，實際上追求享受、財富和權勢。《玫瑰傳奇》裏出名的福克斯-桑勃朗這個人物，就是弗朗切斯各修會的修士。最後人們指責他們宣傳異端邪說：他們的福音新教的貧窮的理想同基督的學說是對立的，並且給教會造成了衰頹的威脅。論據是挑釁性的：作為證據，世俗化的教士們舉出了部分弗朗切斯各修會修士十分信奉的弗洛拉的約西姆的預言。他預言，1260年將是新時代的開始，在這個時代中，一個新的建立在貧苦法則上的教會將取代現有的教會。弗朗切斯各修會修士、博各桑東尼諾的格哈特，於1254年發表《永恆福音緒論》，進一步發揮了約西姆的思想，這給世俗化的教士們提供了新的炸藥。
世俗化的教士們無疑做過頭了。說什麽誹謗啦，陰謀啦，原本隻是著眼於敗壞教團聲譽，卻損害了他們自己的事。聖彼納梵杜拉，甚至人們很難指責他對大學抱有敵意的聖托馬斯·阿奎納都駁回了他們的基本論點。
事情還有它本身的為難方麵。大多數教皇太幸運了，可以依靠裁決來滿足忠於他們的教團的要求，同時又可更牢固地控製住大學；他們戰勝了世俗化教士的反抗。法蘭西國王“聖者”路易九世完全站在弗朗切斯各修會修士一邊，他沒有採取任何一點措施來反對托缽修士。呂特勒夫因而憤怒地指責他是托缽修士手心裏的玩物，不捍衛對法蘭西王國具有重大意義的大學的權利。大學生們顯得動搖不定，許多人欣賞托缽修士所講課程的長處，並進而為他們人格的光輝和他們學說的各種不同新觀點產生了好感。這些複雜矛盾的情況使衝突更加混亂，從而使這場衝突在歷史學家眼中也模糊不清。
新的精神在這場兩個派別的爭鬥中搖擺不定，一方麵托缽修士與知識分子運動的基礎——社團集體的觀點格格不入，他們從社會和經濟的基礎上破壞了一個新的知識勞動者階級的希望。但他們生活在城市裏，生活在新的階級中間，從而能夠更好地了解後者在知識上和精神上的要求。除了托缽修士的某些成員，像把經院哲學推向高峰的多米尼克修會修士聖托馬斯·阿奎那，經院哲學找不出更出色的代表。英諾森四世本來可以在他執掌教權的末期，通過互相讓步的方式，把托缽修士的酵素限製在大學組織裏，這樣大學組織本身可以決定他們的未來。他的繼任者也沒能勝任這項使命。
但這一鬥爭以新的形式，顯示了大學精神同一部分修士理想的全部對立，後者被托缽修會重新接受，並獲得生機，但也被推到了極端。
貧窮問題事實上是在雙方都引起爭論的中心問題。貧窮的信條起源於禁欲，禁慾是對現世的否定，是麵對人類和自然的悲觀主義。由於這個原因，它已同大多數大學成員人道主義和自然主義的樂觀主義產生了衝突。而且更主要的，由於提倡貧窮，結果在多米尼克修會修士和弗朗切斯各修會修士那裏造成了行乞的風氣。對於這點知識分子是堅決反對的。他們認為，人隻能靠自己的勞動生活。在這點上他們代表那時所有勞動者的態度，不管人們對此作何評論，這些勞動者的大多數反對新的教團的行乞行為。聖弗朗切斯各和聖多米尼克宣講的福音因此變得一文不值。很難把一種使人聯想起貧困的狀況當作理想提出來，何況全體勞動者正試圖把自己從貧困中解救出來。約翰·德·墨恩說道：“我敢擔保，沒有任何一部法規，至少在沒有哪一部我們的法規中，會說基督及其信徒四處流浪時，有時像乞丐一樣乞討麵包：他們不願意行乞（巴黎的神學家當時卻這樣教人）。
“……一個健康人，如果沒有生計，就必須用雙手勞動養活自己，即使他是個教徒或甘願服侍上帝……聖保羅要求使徒們靠勞動來掙得自己的生活必需品。他用以下的話禁止他們進行乞討：‘靠你們的雙手勞動為生，絕不要向別人討東西。’”
在這方麵，全體世俗化教士和持修會修士間的爭執進一步發展成為鬥爭。大學的問題被擠到次要位置。盡管如此，巴黎的教師經過鬥爭中的多次失利，雖然並非始終能以正確的武器進行鬥爭，至少一直在努力確保自己特殊地位，但他們不得不在1290年的巴黎宗教會議上，聆聽教皇特使、後來任教皇博尼法佐八世、樞機大主教貝諾瓦·坎塔尼下列措辭強硬的訓詞：
“我希望在這裏的所有巴黎教師能看清楚，他們在這個城市裏幹了蠢事。他們愚蠢放肆，膽大妄為，濫用他們的權利解釋上述特權。難道他們真的認為，羅馬教廷會不加思索地就拱手讓出這樣重要的特權？難道他們不知道，羅馬教廷並非像泥足巨人那樣虛弱，而是像鉛足巨人一樣堅強？所有這些教師都自以為，他們作為學者在我們這裏享有巨大聲譽；恰恰相反，我們認為他們是愚蠢至極的笨蛋，他們用他們學說的毒素毒化了他們自己和整個世界……決不允許教師們通過咬文嚼字來破壞羅馬教廷的任何特權。
“巴黎的教師們，你們已把你們的全部科學與學識弄得荒謬可笑，你們還在繼續這樣做……由於我們擔負著基督世界的責任，我們沒有必要去考慮什麽能使你們這些教士心裏喜歡，相反，我們需要考慮，什麽是對整個宇宙有益的。你們或許以為，你們在我們這裏享有崇高的聲望，但我們把你們的虛名視作愚昧無知和過眼煙雲……為此我們依照服從的義務原則，以取消一切官職和采邑作為警告，禁止所有教師今後公開地或私下地對神職人員的特權進行布道宣講、討論或作出規定……羅馬教廷與其宣布特權無效，寧可砸爛巴黎大學。上帝委任我們，並不是為了讓我們掌握科學或在別人麵前炫耀自己，而是為了拯救我們的靈魂。由於教團的兄弟們的舉止與學說拯救了無數靈魂，他們將一直擁有應得的特權。”
世俗化的教士們無疑做過頭了。說什麽誹謗啦，陰謀啦，原本隻是著眼於敗壞教團聲譽，卻損害了他們自己的事。聖彼納梵杜拉，甚至人們很難指責他對大學抱有敵意的聖托馬斯·阿奎納都駁回了他們的基本論點。
事情還有它本身的為難方麵。大多數教皇太幸運了，可以依靠裁決來滿足忠於他們的教團的要求，同時又可更牢固地控製住大學；他們戰勝了世俗化教士的反抗。法蘭西國王“聖者”路易九世完全站在弗朗切斯各修會修士一邊，他沒有採取任何一點措施來反對托缽修士。呂特勒夫因而憤怒地指責他是托缽修士手心裏的玩物，不捍衛對法蘭西王國具有重大意義的大學的權利。大學生們顯得動搖不定，許多人欣賞托缽修士所講課程的長處，並進而為他們人格的光輝和他們學說的各種不同新觀點產生了好感。這些複雜矛盾的情況使衝突更加混亂，從而使這場衝突在歷史學家眼中也模糊不清。
新的精神在這場兩個派別的爭鬥中搖擺不定，一方麵托缽修士與知識分子運動的基礎——社團集體的觀點格格不入，他們從社會和經濟的基礎上破壞了一個新的知識勞動者階級的希望。但他們生活在城市裏，生活在新的階級中間，從而能夠更好地了解後者在知識上和精神上的要求。除了托缽修士的某些成員，像把經院哲學推向高峰的多米尼克修會修士聖托馬斯·阿奎那，經院哲學找不出更出色的代表。英諾森四世本來可以在他執掌教權的末期，通過互相讓步的方式，把托缽修士的酵素限製在大學組織裏，這樣大學組織本身可以決定他們的未來。他的繼任者也沒能勝任這項使命。
但這一鬥爭以新的形式，顯示了大學精神同一部分修士理想的全部對立，後者被托缽修會重新接受，並獲得生機，但也被推到了極端。
貧窮問題事實上是在雙方都引起爭論的中心問題。貧窮的信條起源於禁欲，禁慾是對現世的否定，是麵對人類和自然的悲觀主義。由於這個原因，它已同大多數大學成員人道主義和自然主義的樂觀主義產生了衝突。而且更主要的，由於提倡貧窮，結果在多米尼克修會修士和弗朗切斯各修會修士那裏造成了行乞的風氣。對於這點知識分子是堅決反對的。他們認為，人隻能靠自己的勞動生活。在這點上他們代表那時所有勞動者的態度，不管人們對此作何評論，這些勞動者的大多數反對新的教團的行乞行為。聖弗朗切斯各和聖多米尼克宣講的福音因此變得一文不值。很難把一種使人聯想起貧困的狀況當作理想提出來，何況全體勞動者正試圖把自己從貧困中解救出來。約翰·德·墨恩說道：“我敢擔保，沒有任何一部法規，至少在沒有哪一部我們的法規中，會說基督及其信徒四處流浪時，有時像乞丐一樣乞討麵包：他們不願意行乞（巴黎的神學家當時卻這樣教人）。
“……一個健康人，如果沒有生計，就必須用雙手勞動養活自己，即使他是個教徒或甘願服侍上帝……聖保羅要求使徒們靠勞動來掙得自己的生活必需品。他用以下的話禁止他們進行乞討：‘靠你們的雙手勞動為生，絕不要向別人討東西。’”
在這方麵，全體世俗化教士和持修會修士間的爭執進一步發展成為鬥爭。大學的問題被擠到次要位置。盡管如此，巴黎的教師經過鬥爭中的多次失利，雖然並非始終能以正確的武器進行鬥爭，至少一直在努力確保自己特殊地位，但他們不得不在1290年的巴黎宗教會議上，聆聽教皇特使、後來任教皇博尼法佐八世、樞機大主教貝諾瓦·坎塔尼下列措辭強硬的訓詞：
“我希望在這裏的所有巴黎教師能看清楚，他們在這個城市裏幹了蠢事。他們愚蠢放肆，膽大妄為，濫用他們的權利解釋上述特權。難道他們真的認為，羅馬教廷會不加思索地就拱手讓出這樣重要的特權？難道他們不知道，羅馬教廷並非像泥足巨人那樣虛弱，而是像鉛足巨人一樣堅強？所有這些教師都自以為，他們作為學者在我們這裏享有巨大聲譽；恰恰相反，我們認為他們是愚蠢至極的笨蛋，他們用他們學說的毒素毒化了他們自己和整個世界……決不允許教師們通過咬文嚼字來破壞羅馬教廷的任何特權。
“巴黎的教師們，你們已把你們的全部科學與學識弄得荒謬可笑，你們還在繼續這樣做……由於我們擔負著基督世界的責任，我們沒有必要去考慮什麽能使你們這些教士心裏喜歡，相反，我們需要考慮，什麽是對整個宇宙有益的。你們或許以為，你們在我們這裏享有崇高的聲望，但我們把你們的虛名視作愚昧無知和過眼煙雲……為此我們依照服從的義務原則，以取消一切官職和采邑作為警告，禁止所有教師今後公開地或私下地對神職人員的特權進行布道宣講、討論或作出規定……羅馬教廷與其宣布特權無效，寧可砸爛巴黎大學。上帝委任我們，並不是為了讓我們掌握科學或在別人麵前炫耀自己，而是為了拯救我們的靈魂。由於教團的兄弟們的舉止與學說拯救了無數靈魂，他們將一直擁有應得的特權。”