但是由於粵軍派係林立的痼疾未能從根本上解決，蔣介石到任後一直難以開展工作，於是再次請辭。據統計，從1918年蔣介石在援閩粵軍中第一次辭職算起，到1924年4月他正式就任黃埔軍校校長的6年間，他辭職復職、復而又辭的次數達十多次。
1920年9月zi日，倍受孫中山器重的朱執信不幸遇難。孫中山寫信給蔣介石，信中言說：“執信忽然夭折，使我如失左右手。計吾黨中知兵事而且能肝膽照人者，今已不可多得。唯兄之勇敢誠篤，與執信比，而知兵則又過之。兄性剛而嫉借過甚，故常難合。然為黨負重大之責任，則勉強犧牲所見而降格以求，所以為黨，非為個人也。”從此蔣介石在孫中山心目中的地位日益提高，逐漸成為孫中山最為倚重的心腹人物。盡管如此，孫中山仍然並未在國民黨內和軍隊中為蔣介石安排重要的職位。
同年12月，孫中山在廣州恢復軍政府，並決定西征。在此前後，曾數次電召蔣介石赴粵。1921年1月10日蔣介石在奉化擬就了一份軍事意見書郵寄給孫中山，對當時的時局、軍事準備、北方出師準備、處置四川、軍費預算、軍製、外交、籌備兵工廠、修建粵漢鐵路等九個方麵的問題提供了意見。是年的4月8日和21日、7月20日、11月16日和12月17日，孫中山先後數度給蔣介石致電，催其南下，共商西征之事。
1922年3月zi日，粵軍參謀長鄧鏗慘遭暗殺，陳炯明加緊步伐策劃謀反。在桂林召開的軍事會議上，蔣介石力主討伐陳炯明，鞏固廣東根據地，再圖北伐，而孫中山卻寄希望於陳炯明能夠悔過自新，主張先行北伐。蔣介石一氣之下，返回奉化溪口老家。
6月2日陳炯明陰謀反叛被發現，孫中山緊急電召蔣介石：“粵局危急，軍事無人負責，無論如何請兄即來助我，千鈞一髮，有船即來至盼。”
6月16日陳炯明叛變，炮轟總統府。孫中山喬裝打扮，移至永豐艦上。18日，孫中山再次電告蔣介石：“粵局危急盼速來廣同時，汪精衛從上海致電蔣介石：“驚悉粵變，尤幸總統無恙。”
蔣介石見電後於當月25日由上海啟程直奔廣州，29日抵粵即冒險登上永豐艦。見到了孫中山後，孫中山立刻將海上軍事指揮權全權交給了蔣介石。
蔣介石登艦後沉著應戰，從容鎮定。他的到來給處於危難之中的孫中山無疑是一種巨大的安慰，孫中山曾為此對外國記者說：“蔣君一人來此，不啻增加了二萬援軍。”
呂月9日，孫中山偕蔣介石等離開永豐艦，乘英國“摩漢號”炮艦由廣州赴香港。10日轉乘“俄羅斯皇後號”郵船赴上海。
從6月15日至8月15日，陳炯明叛亂事件歷時兩個月約60餘天時間，最終得以圓滿解決。在此次平定叛亂的事件中，蔣介石所起的作用的確是至關重要的，由此他亦更加得到孫中山先生的倚重和信賴。自此以後，中山先生開始重用蔣介石，並將蔣介石喻為“如身之臂，如驂之靳”。
1923年3月，孫中山任命蔣介石為廣東革命政府大本營參謀長。同年8月，孫中山又派蔣介石率“孫逸仙博士代表團”赴蘇聯考察，同行成員有張太雷、沈定一和王登雲等人。當時，蔣介石一行在蘇逗留了3個多月的時間，廣泛考察了蘇聯當時的社會狀況；蔣介石還特地了解一下蘇聯軍事組織的情況，並參觀了蘇聯的軍校以及相關的武裝設施。同時代表團還相繼拜會了當時的蘇聯領導人托洛茨基等。回國以後，蔣介石將這3個多月行程及考察資料，寫成《遊俄報告書》，轉呈孫中山，並於1924年1月16日親抵廣州，再次向孫中山作了口頭報告。這次考察使蔣介石感到俄國人在對待中國國民黨的態度上缺乏誠意。這一點，蔣介石在給廖仲愷的信中亦有所論及：“以弟觀察，俄黨殊無誠意可言，即弟對兄言俄人之言隻有三分可信者，亦以兄過信俄人，而不能盡掃兄之興趣也。至其對孫先生個人致崇仰之意者，非俄國共產黨，而乃國際共產黨員也。至我國黨員在俄國者，對於孫先生惟有低毀與懷疑而已。俄黨對中國之唯一方針，乃在造成中國共產黨為其正統，決不信吾黨可與之始終合作，以互策成功者也”。
在當時，正值國內第一次國共合作已初露端倪之際。經過辛亥、討袁和護法之役，使孫中山清醒地認識到當時的局勢，僅有民國之名，而無民國之實。革命主義未能施行，革命所以未獲最後成功，關鍵還在於沒有一個堅強團結的黨和一支黨領導下的訓練有素且極具戰鬥力的軍隊。
於是，1924年1月在國民黨第一次全國代表大會期間，孫中山決定建立中國國民黨陸軍軍官學校，並成立了籌備委員會，確定以廣州市郊區黃埔長洲島上的原廣東陸軍學校和海軍學校舊址為校址，這就是日後聞名於世的黃埔軍校。
同年1月24日，孫中山任命蔣介石為軍校籌備委員長。2月1日復任命王柏齡、李濟深、沈應時、林振雄、俞飛鵬、宋榮昌、張家瑞等7人為籌備委員。2月6日在省城南堤2號設立籌備處，分設教授、教練、管理、軍需、軍區五部，並推定王柏齡、李濟深（由鄧演達代）、林振雄、俞飛鵬、宋榮昌為臨時主任分部辦事。2月呂日蔣介石召開校務籌備會議。兩天後開始分配各省區招收學生名額。
1924年5月3日，孫中山特任蔣介石為陸軍軍官學校校長，兼粵軍總司令部參謀長。同月9日孫中山特派廖仲愷為陸軍軍官學校黨代表。不久，蔣介石與廖仲愷聯名呈請孫中山暨國民黨中央執行委員會，任命王柏齡為軍校教授部主任、戴季陶為學校政治部主任、何應欽為軍校總教官。後來，軍校又增設政治科，孫中山特命邵元沖為政治教官。
1920年9月zi日，倍受孫中山器重的朱執信不幸遇難。孫中山寫信給蔣介石，信中言說：“執信忽然夭折，使我如失左右手。計吾黨中知兵事而且能肝膽照人者，今已不可多得。唯兄之勇敢誠篤，與執信比，而知兵則又過之。兄性剛而嫉借過甚，故常難合。然為黨負重大之責任，則勉強犧牲所見而降格以求，所以為黨，非為個人也。”從此蔣介石在孫中山心目中的地位日益提高，逐漸成為孫中山最為倚重的心腹人物。盡管如此，孫中山仍然並未在國民黨內和軍隊中為蔣介石安排重要的職位。
同年12月，孫中山在廣州恢復軍政府，並決定西征。在此前後，曾數次電召蔣介石赴粵。1921年1月10日蔣介石在奉化擬就了一份軍事意見書郵寄給孫中山，對當時的時局、軍事準備、北方出師準備、處置四川、軍費預算、軍製、外交、籌備兵工廠、修建粵漢鐵路等九個方麵的問題提供了意見。是年的4月8日和21日、7月20日、11月16日和12月17日，孫中山先後數度給蔣介石致電，催其南下，共商西征之事。
1922年3月zi日，粵軍參謀長鄧鏗慘遭暗殺，陳炯明加緊步伐策劃謀反。在桂林召開的軍事會議上，蔣介石力主討伐陳炯明，鞏固廣東根據地，再圖北伐，而孫中山卻寄希望於陳炯明能夠悔過自新，主張先行北伐。蔣介石一氣之下，返回奉化溪口老家。
6月2日陳炯明陰謀反叛被發現，孫中山緊急電召蔣介石：“粵局危急，軍事無人負責，無論如何請兄即來助我，千鈞一髮，有船即來至盼。”
6月16日陳炯明叛變，炮轟總統府。孫中山喬裝打扮，移至永豐艦上。18日，孫中山再次電告蔣介石：“粵局危急盼速來廣同時，汪精衛從上海致電蔣介石：“驚悉粵變，尤幸總統無恙。”
蔣介石見電後於當月25日由上海啟程直奔廣州，29日抵粵即冒險登上永豐艦。見到了孫中山後，孫中山立刻將海上軍事指揮權全權交給了蔣介石。
蔣介石登艦後沉著應戰，從容鎮定。他的到來給處於危難之中的孫中山無疑是一種巨大的安慰，孫中山曾為此對外國記者說：“蔣君一人來此，不啻增加了二萬援軍。”
呂月9日，孫中山偕蔣介石等離開永豐艦，乘英國“摩漢號”炮艦由廣州赴香港。10日轉乘“俄羅斯皇後號”郵船赴上海。
從6月15日至8月15日，陳炯明叛亂事件歷時兩個月約60餘天時間，最終得以圓滿解決。在此次平定叛亂的事件中，蔣介石所起的作用的確是至關重要的，由此他亦更加得到孫中山先生的倚重和信賴。自此以後，中山先生開始重用蔣介石，並將蔣介石喻為“如身之臂，如驂之靳”。
1923年3月，孫中山任命蔣介石為廣東革命政府大本營參謀長。同年8月，孫中山又派蔣介石率“孫逸仙博士代表團”赴蘇聯考察，同行成員有張太雷、沈定一和王登雲等人。當時，蔣介石一行在蘇逗留了3個多月的時間，廣泛考察了蘇聯當時的社會狀況；蔣介石還特地了解一下蘇聯軍事組織的情況，並參觀了蘇聯的軍校以及相關的武裝設施。同時代表團還相繼拜會了當時的蘇聯領導人托洛茨基等。回國以後，蔣介石將這3個多月行程及考察資料，寫成《遊俄報告書》，轉呈孫中山，並於1924年1月16日親抵廣州，再次向孫中山作了口頭報告。這次考察使蔣介石感到俄國人在對待中國國民黨的態度上缺乏誠意。這一點，蔣介石在給廖仲愷的信中亦有所論及：“以弟觀察，俄黨殊無誠意可言，即弟對兄言俄人之言隻有三分可信者，亦以兄過信俄人，而不能盡掃兄之興趣也。至其對孫先生個人致崇仰之意者，非俄國共產黨，而乃國際共產黨員也。至我國黨員在俄國者，對於孫先生惟有低毀與懷疑而已。俄黨對中國之唯一方針，乃在造成中國共產黨為其正統，決不信吾黨可與之始終合作，以互策成功者也”。
在當時，正值國內第一次國共合作已初露端倪之際。經過辛亥、討袁和護法之役，使孫中山清醒地認識到當時的局勢，僅有民國之名，而無民國之實。革命主義未能施行，革命所以未獲最後成功，關鍵還在於沒有一個堅強團結的黨和一支黨領導下的訓練有素且極具戰鬥力的軍隊。
於是，1924年1月在國民黨第一次全國代表大會期間，孫中山決定建立中國國民黨陸軍軍官學校，並成立了籌備委員會，確定以廣州市郊區黃埔長洲島上的原廣東陸軍學校和海軍學校舊址為校址，這就是日後聞名於世的黃埔軍校。
同年1月24日，孫中山任命蔣介石為軍校籌備委員長。2月1日復任命王柏齡、李濟深、沈應時、林振雄、俞飛鵬、宋榮昌、張家瑞等7人為籌備委員。2月6日在省城南堤2號設立籌備處，分設教授、教練、管理、軍需、軍區五部，並推定王柏齡、李濟深（由鄧演達代）、林振雄、俞飛鵬、宋榮昌為臨時主任分部辦事。2月呂日蔣介石召開校務籌備會議。兩天後開始分配各省區招收學生名額。
1924年5月3日，孫中山特任蔣介石為陸軍軍官學校校長，兼粵軍總司令部參謀長。同月9日孫中山特派廖仲愷為陸軍軍官學校黨代表。不久，蔣介石與廖仲愷聯名呈請孫中山暨國民黨中央執行委員會，任命王柏齡為軍校教授部主任、戴季陶為學校政治部主任、何應欽為軍校總教官。後來，軍校又增設政治科，孫中山特命邵元沖為政治教官。