隨後，聯合艦隊又提出了全力進攻中國，最後拿下重慶的建議。東條又一次予以否決。在他看來，對日本來說這樣做是自不量力。
正當研討戰略計劃時，1942年2月12日，山本將他的指揮部從"長門"號遷到了12月份剛從吳港下水的超級戰列艦"大和"號上。同具有32年艦齡的"長門"號相比，"大和"號從設備到官兵的居住條件，都顯得格外先進、豪華。山本坐鎮在他的新的海上司令部裏，率領著他的艦隊，停泊在懶戶內海；加上令全日本人感到自豪的南雲的航空艦隊在南太平洋上為所欲為，真是躊躇滿誌。既然陸軍和海軍不可能就協同進攻的目標取得一致意見，山本就決定按照他自己的意願，尋找一個海軍能獨立完成的作戰方案。
前邊說到，山本雖然對開戰之初日軍在各條戰線上所取得的戰果感到滿意，但卻又陷入了一種更深的不安和憂慮，即美國人可能空襲帝國的首都東京。山本清醒地看到，夏威夷一戰，並沒有把美國的航空母艦和巡洋艦送進墳墓，相反這些艦隻仍然完好無損，它們完全有能力隨時對日本本土特別是東京進行小規模的打了就跑的襲擊。
根據陸海軍國土防衛協議，本土的防空是由陸軍負責。但是，很明顯，對日本本土的任何空襲必定來自海上，海軍應該首先在海上攔截和殲滅敵機。山本特別意識到海軍的這一責任。他本人用艦載機偷襲了珍珠港，難保美方不用同樣的手段加以回敬。再說，他自己在華盛頓任日本駐美武官多年，十分了解美國人好勇鬥狠的性格。他估計，美國遲早會尋機對日本本土進行空襲的。
必須絕對保證天皇所在地東京的安全，已成為山本朝夕不忘的事情，為此他甚至表現出病態的敏感。他對日俄戰爭期間發生的一樁事一直記憶猶新。當時，一支俄國艦隊突然出現在東京灣外麵，一時首都人心惶惶，老百姓紛紛逃到山裏避難，負責對付俄軍的第2艦隊司令長官上村海軍中將的住宅遭到了憤怒群眾的石塊攻擊。一想到這裏，山本就憂心忡忡，心有餘悸。他反覆思忖：如果東京現在遭到空襲，那種具有特殊的不穩定性格的日本民眾，會不會如法炮製，由此而造成一場混亂呢？
從1942年2月1日開始的美海軍艦載機對馬紹爾群島、吉爾伯特群島和威克島等一係列大膽的空襲，進一步加深了山本的憂慮。為防止悲劇的發生，山本設立了一條艦艇瞭望線，其範圍離日本本土東岸600-700海裏，南北約1000海裏，每天還輔以飛機遠程巡邏。但這些被動的防禦性措施不符合山本的性格，為了捍衛大日本帝國的國土和帝國海軍的尊嚴，他決定再度出兵太平洋。他把沉思的目光落到組成中途島的那兩塊針尖大的陸地。山本的想法是，占領中途島，將其改造為日本空軍基地和攻打夏威夷的出發點，可能的話，再進攻美國的阿留申群島，使日本的空中和海上的防衛範圍向東擴展2000海裏，並將美國的太平洋艦隊誘使出來，進行一場打垮拖爛的戰鬥，把它消滅在太平洋上。
4月2日，作戰參謀渡邊安次帶著聯合艦隊關於進攻中途島和阿留申群島的作戰計劃來到東京徵詢軍令部的意見。軍令部再次對這一計劃表示堅決反對，其中作戰部作戰課課長富同定俊大佐和他的航空專家三代辰吉中佐反對得尤為強烈。富同認為，中途島難以補給供應，而且會經常受到美遠程飛機的襲擊。這塊環礁對日本沒有戰略價值，他甚至提出美國也不會為這塊彈丸之地派出艦隊冒險。他對山本的使節渡邊說道：
"關於中途島作戰計劃問題，不是我傲慢不遜，我認為，山本根本就沒有戰略眼光，沒從大的戰局上著想。第二階段的作戰，首要的也是最關鍵的，應該是切斷美國與澳大利亞的聯繫，防止美國把澳大利亞作為前進基地。即使到現在我也這樣認為。"
三代是最強烈反對中途島作戰計劃的。他主張攻打新喀裏多尼亞，以切斷同盟國的交通線，迫敵於靠近日本基地而遠離美國海區進行決戰。作為富同作戰課裏唯一的飛行員，他從技術角度擺出了種種反對的理由，他說："山本想沒想過，以中途島為基地進行防衛和空中偵察，究竟能有多大作用。然而，維持這一遠離本土的孤島上的必要補給卻是相當困難的。為了維持我軍在該島上正常活動，就不得不投入大量的人力和物力，這勢必會削弱我軍其他方向的空中力量，給艦隊作戰也會帶來很大負擔。山本認真地考慮過這些嗎？"
軍令部作戰課的反對，不僅態度強硬，而且理由充分。雙方爭執不下，渡邊很為難地說："長官的決心是定了的。長官已認定了方案，不能隻因為作戰課的反對而收回去。還是應該聽聽軍令部領導的意見。如果＿上層不發話，我是不能回去的。"
4月5日，在軍令部作戰室，雙方再次進行討論。軍令部總長永野修身和次長伊藤整一也親自參加了討論。但渡邊仍沒有獲得滿意的答案，最後他起身給山本打電話作了匯報。在得到山本又一次明確指示的情況下，他回到作戰室，向與會者轉達了山本的意思。他說："長官的決心已定，不能再改變了。"
曾經作過山本參謀長的作戰部長福留繁十分了解山本的為人和性格，他轉向同樣曾在山本手下工作過的伊藤次長，用請示的口吻說道："既然山本長官這樣說了，那麽，我們就依從他的意見吧！"
正當研討戰略計劃時，1942年2月12日，山本將他的指揮部從"長門"號遷到了12月份剛從吳港下水的超級戰列艦"大和"號上。同具有32年艦齡的"長門"號相比，"大和"號從設備到官兵的居住條件，都顯得格外先進、豪華。山本坐鎮在他的新的海上司令部裏，率領著他的艦隊，停泊在懶戶內海；加上令全日本人感到自豪的南雲的航空艦隊在南太平洋上為所欲為，真是躊躇滿誌。既然陸軍和海軍不可能就協同進攻的目標取得一致意見，山本就決定按照他自己的意願，尋找一個海軍能獨立完成的作戰方案。
前邊說到，山本雖然對開戰之初日軍在各條戰線上所取得的戰果感到滿意，但卻又陷入了一種更深的不安和憂慮，即美國人可能空襲帝國的首都東京。山本清醒地看到，夏威夷一戰，並沒有把美國的航空母艦和巡洋艦送進墳墓，相反這些艦隻仍然完好無損，它們完全有能力隨時對日本本土特別是東京進行小規模的打了就跑的襲擊。
根據陸海軍國土防衛協議，本土的防空是由陸軍負責。但是，很明顯，對日本本土的任何空襲必定來自海上，海軍應該首先在海上攔截和殲滅敵機。山本特別意識到海軍的這一責任。他本人用艦載機偷襲了珍珠港，難保美方不用同樣的手段加以回敬。再說，他自己在華盛頓任日本駐美武官多年，十分了解美國人好勇鬥狠的性格。他估計，美國遲早會尋機對日本本土進行空襲的。
必須絕對保證天皇所在地東京的安全，已成為山本朝夕不忘的事情，為此他甚至表現出病態的敏感。他對日俄戰爭期間發生的一樁事一直記憶猶新。當時，一支俄國艦隊突然出現在東京灣外麵，一時首都人心惶惶，老百姓紛紛逃到山裏避難，負責對付俄軍的第2艦隊司令長官上村海軍中將的住宅遭到了憤怒群眾的石塊攻擊。一想到這裏，山本就憂心忡忡，心有餘悸。他反覆思忖：如果東京現在遭到空襲，那種具有特殊的不穩定性格的日本民眾，會不會如法炮製，由此而造成一場混亂呢？
從1942年2月1日開始的美海軍艦載機對馬紹爾群島、吉爾伯特群島和威克島等一係列大膽的空襲，進一步加深了山本的憂慮。為防止悲劇的發生，山本設立了一條艦艇瞭望線，其範圍離日本本土東岸600-700海裏，南北約1000海裏，每天還輔以飛機遠程巡邏。但這些被動的防禦性措施不符合山本的性格，為了捍衛大日本帝國的國土和帝國海軍的尊嚴，他決定再度出兵太平洋。他把沉思的目光落到組成中途島的那兩塊針尖大的陸地。山本的想法是，占領中途島，將其改造為日本空軍基地和攻打夏威夷的出發點，可能的話，再進攻美國的阿留申群島，使日本的空中和海上的防衛範圍向東擴展2000海裏，並將美國的太平洋艦隊誘使出來，進行一場打垮拖爛的戰鬥，把它消滅在太平洋上。
4月2日，作戰參謀渡邊安次帶著聯合艦隊關於進攻中途島和阿留申群島的作戰計劃來到東京徵詢軍令部的意見。軍令部再次對這一計劃表示堅決反對，其中作戰部作戰課課長富同定俊大佐和他的航空專家三代辰吉中佐反對得尤為強烈。富同認為，中途島難以補給供應，而且會經常受到美遠程飛機的襲擊。這塊環礁對日本沒有戰略價值，他甚至提出美國也不會為這塊彈丸之地派出艦隊冒險。他對山本的使節渡邊說道：
"關於中途島作戰計劃問題，不是我傲慢不遜，我認為，山本根本就沒有戰略眼光，沒從大的戰局上著想。第二階段的作戰，首要的也是最關鍵的，應該是切斷美國與澳大利亞的聯繫，防止美國把澳大利亞作為前進基地。即使到現在我也這樣認為。"
三代是最強烈反對中途島作戰計劃的。他主張攻打新喀裏多尼亞，以切斷同盟國的交通線，迫敵於靠近日本基地而遠離美國海區進行決戰。作為富同作戰課裏唯一的飛行員，他從技術角度擺出了種種反對的理由，他說："山本想沒想過，以中途島為基地進行防衛和空中偵察，究竟能有多大作用。然而，維持這一遠離本土的孤島上的必要補給卻是相當困難的。為了維持我軍在該島上正常活動，就不得不投入大量的人力和物力，這勢必會削弱我軍其他方向的空中力量，給艦隊作戰也會帶來很大負擔。山本認真地考慮過這些嗎？"
軍令部作戰課的反對，不僅態度強硬，而且理由充分。雙方爭執不下，渡邊很為難地說："長官的決心是定了的。長官已認定了方案，不能隻因為作戰課的反對而收回去。還是應該聽聽軍令部領導的意見。如果＿上層不發話，我是不能回去的。"
4月5日，在軍令部作戰室，雙方再次進行討論。軍令部總長永野修身和次長伊藤整一也親自參加了討論。但渡邊仍沒有獲得滿意的答案，最後他起身給山本打電話作了匯報。在得到山本又一次明確指示的情況下，他回到作戰室，向與會者轉達了山本的意思。他說："長官的決心已定，不能再改變了。"
曾經作過山本參謀長的作戰部長福留繁十分了解山本的為人和性格，他轉向同樣曾在山本手下工作過的伊藤次長，用請示的口吻說道："既然山本長官這樣說了，那麽，我們就依從他的意見吧！"