朱元璋以洪武元年稱帝，建立新皇朝，但是大一統事業的完成，還得花二十年的時期。
元順帝北走之後，元朝遺留在內地的軍力，還有兩大支：一支是雲南的梁王，一支是東北的納哈出。都用元朝年號，秉承元順帝命令，雄踞一方。雲南和蒙古本部距離極遠，勢力孤單，比較容易解決，所以朱元璋的注意力先集中在西南方麵。從洪武四年消滅了割據四川的夏國以後，便著手經營雲南，先後派遣使王褘、吳雲招降，都被梁王所殺。到洪武十四年，決意用軍力進取，派出傅友德、沐英、藍玉三將軍分兩路進攻。
這時雲南在政治上和地理上分作三個係統：一是直屬元朝皇帝，以昆明為中心的梁王；二是在政治上隸屬於元朝，但享有內部主權以大理為中心的白族土酋段氏。以上所屬的地區都被區分為路、府、州、縣；三是在上述兩個係統以外和南部思普一帶的許多少數民族，就是明代叫作土司的地區。現代貴州的西部，在元代屬於雲南行省，東部設八番順元軍民宣慰使司，管理彝族及苗族各土司。元至正二十四年，元璋平定湖廣，和湖廣接界的貴州思南宣慰和思州（今思縣）宣撫先後降附。到平定夏國後，四川全境都入版圖，和四川接境的貴州宣慰和普定府總管也聞風歸附。貴州的土司大部分先後歸順明朝，雲南在東北兩麵便失去屏蔽了。
明兵從東北兩麵進攻，一路由四川南下取烏撒（今雲南鎮雄、貴州威寧等地），這地方是四川、雲南、貴州三省接壤處，犬牙突出，是一個軍事據點，和在昆明的梁王主力軍互相呼應，並且是彝族的集中居住區；一路由湖廣西取普定（今貴州安順），進攻昆明。從明軍動員那天算起，不過一百多天工夫，東路軍便已打到昆明，梁王兵敗自殺。東路軍再北上和北路軍會攻烏撒，把元軍消滅了。附近東川（今雲南會澤）、烏蒙（今雲南昭通）、芒部（今雲南鎮雄）諸彝族全部降附，昆明附近諸路也都以次歸順。洪武十五年二月設置貴州都指揮使司和雲南都指揮使司，建立了軍事統治機構。閏二月又設置雲南布政使司，建立了政治領導機構。[15]分別派官開築道路，寬十丈，以六十裏為一驛，置驛站，設置驛夫、馬匹，把四川、雲南、貴州的交通聯接起來。在要害地區，屯兵駐守，建立衛、所，責成當地土司供給軍食，控扼糧運、交通係統的安全。[16]布置好了，再以大軍西向攻下大理，經略雲南西北和西南地方，招降摩些、彝、撣、僰諸少數民族，分兵戡定各土司。分雲南為五十二府、六十三州、五十四縣。因為雲南太遠，交通不便，特派義子沐英統兵鎮守，沐家子孫世世承襲，在雲南將近三百年，竟和明朝相始終。
納哈出是元朝世將，太平失守被俘，元璋放他北還。元順帝北走後，納哈出擁兵蟠踞金山（在今遼寧開原東北，遼河北岸），養精蓄銳，等候機會南下，和元順帝的中路軍、擴廓帖木兒的西路軍互相呼應，形成三路箝製明軍的軍事形勢。在東北，除金山納哈出一軍外，遼陽、沈陽、開元一帶都有元軍屯聚。洪武四年元遼陽守將劉益來降，建遼東指揮使司，接著又建立遼東都指揮使司，總轄遼東軍馬，以次平定沈陽、開元等地。同時，又從河北、陝西、山西各地出兵大舉深入沙漠，擊破擴廓帖木兒軍主力，進攻應昌（今內蒙古自治區經棚縣西境，捕魚兒海〔達爾泊〕旁）。明軍破應昌，元主遠逃漠北。到洪武八年擴廓帖木兒死後，元中路和西路的軍力日漸衰弱，不能再深入內地抄掠了。朱元璋乘機經營甘肅、寧夏一帶地區，招撫西北各羌族和回族部落，分別給以土司名義或王號，使其個別接受政令，利用諸部族軍力，阻止元軍的入侵。在長城以北今河北和內蒙古自治區地方，則就各要害地方建立軍事據點，逐步推進，用強大軍力壓迫元軍退到更北的蒙古大沙漠，不使靠近邊塞，采取以攻為守的軍事策略。西北方麵的問題完全解決了，再轉回頭來收拾東北。
洪武二十年，馮勝、傅友德、藍玉諸大將奉命北攻納哈出。大軍出長城鬆亭關，築大寧（今河北平泉）、寬河（今河北寬城）、會州（今河北平泉）、富峪（今河北平泉之北）四城，儲糧供應前線，留兵屯守，切斷納哈出和元中路軍的呼應。明主力軍東向從北麵包圍金山，納哈出勢窮力蹙，孤軍無援，隻好投降，遼東全部平定。[17]於是立北平行都指揮使司於大寧，東和遼陽，西和大同應援，作為北邊邊防前線的三大要塞。又向西和開平衛（元上都，今內蒙古自治區多倫縣地）、興和千戶所（今內蒙古自治區張北縣地）、東勝城（今內蒙古自治區托克托縣及茂明安旗之地）諸軍事據點，聯結成長城以外的第一道邊防線。從遼河向西幾千裏地方，都設衛置所，屯駐軍馬，建立了保衛長城的長城。[18]兩年後，元主脫古思帖木兒被殺，部屬分散。以後蒙古內部又連續發生政變、叛亂，實力更加衰弱，明朝北邊的邊防，也因之而獲得幾十年的安定。
東北的元軍雖然降附，還有女真族的問題急待解決。女真這一少數民族原是金人的後裔，依地理分布，大致分為建州、海西、野人三種。朱元璋采取軍事和政治雙管齊下的政策，軍事上封韓王於開原、寧王於大寧，控扼遼河兩頭，封遼王於廣寧（今遼寧北鎮），建立三個軍事中心，作為阻止元軍和女真族進攻的重鎮。政治上采取羈縻政策，對東北地區諸女真部族，遣使用金帛個別招撫，分立為若幹羈縻式的衛所，使其自成單位，分而治之，給予各部族酋長以衛所軍官職銜，許其秉承朝命世襲，並各給璽書，作為進貢和互市（做買賣）的憑證，滿足他們物資交換的經濟要求。這樣，女真族就依地理分布成為若幹衛、所，不相隸屬，任何一個單位都沒有力量單獨進攻內地了。[19]到明成祖時代，越發積極推行這個政策，轄地到現在的黑龍江以北，直到庫頁島和以北地方，增置的衛所連同舊有的共有一百八十四衛，並設立奴兒幹都指揮使司，由朝廷派遣軍官鎮守。[20]
遼東平定後，大一統的事業完全成功了。和前代一樣，這大一統的皇朝和許多鄰國建立了交往關係。從東麵算起，洪武二十五年高麗發生政變，大將李成桂推翻親元的王朝，自立為王，改國號為朝鮮，成為明皇朝最親密的鄰國。其他有政治、文化和經濟交往的國家，東南有琉球國，西南有緬甸、安南、真臘、占城、暹羅和南洋群島諸島國。內地和邊疆則有許多羈縻的部族和土司。
明皇朝對周圍鄰國的友好關係的建立，是通過使臣的互相聘問，土產物資的互相贈送來進行的。各國的內政都是自主的。為了和海外各國進行物資交換，在沿海地區特開通商口岸，主持通商和接待外國商船的衙門是市舶司。洪武初年指定了三個通商口岸，寧波市舶司通日本，泉州市舶司通琉球，廣州市舶司通占城、暹羅和南洋諸島國。
元朝初期多次對日本、安南、緬國、占城、爪哇等國的侵略戰爭，所招致的失敗和嚴重後果，給了朱元璋以深刻的教訓。他總結了前朝的失敗經驗，製定了外交政策，那就是外國來犯我邊，就要吃苦頭；他不來犯，我也不可興兵輕犯。他把外國分作兩類：一類是不征之國，就是不和他們打仗的國家；一類是必須謹備的敵人，必須區別對待。他特別在《皇明祖訓》中鄭重告誡說：
四方諸“夷”皆限山隔海，僻在一隅，得其地不足以供給，得其民不足以使令。若其不自揣量，來撓我邊，則彼為不祥。彼既不為中國患，而我興兵輕犯，亦不祥也。吾恐後世子孫倚中國富強，貪一時戰功，無故興兵，殺傷人命，切記不可。但“胡戎”（指蒙古）與中國邊境密邇，累世戰爭，必選將練兵，時謹備之。
今將不征諸國名列於後：
東北 朝鮮國
正東偏北 日本國（雖朝實詐，暗通奸臣胡惟庸謀為不軌，故絕之）
正南偏東 大琉球國 小琉球國
西南 安南國 真臘國 暹羅國 占城國 蘇門答刺國
西洋國 爪哇國 湓亨國 白花國 三弗齊國 渤泥國[21]
這些國名的列舉，顯示了當時人對世界的認識，除了亞洲以外，其他各大洲的國家，在明初人的眼光中，都是不存在或者不認識，很少認識的。就當時情況說，中國是一個大國，是一個農業國，工商業不很發達，不需要海外市場；土地麵積大，也不需要向外侵略領土；人口眾多，也不缺乏勞動力，這是朱元璋堅決反對向外侵略政策的經濟根據。曆史教訓是，向海外諸國侵略，“得其地不足以供給，得其民不足以使令”，沒有什麽好處。而且對外打仗，還得花錢、死人，打勝仗既然沒有好處，打敗仗就越發劃不來了。因之，朱元璋反複告誡他的子孫，不可倚中國富強，貪一時戰功，無故興兵，殺傷人命。所謂“無故”，就是“彼既不為中國患”，反過來，假如有的國家，不自揣量，膽敢侵犯皇朝邊境，那就堅決予以打擊，對於這個國家是不祥的，沒有好結果的。他一方麵堅持反對無緣無故發動對外戰爭，另一麵也不容許別國的侵略，主張保境安民。[22]從整個曆史的發展來說，他的外交政策是進步的，有遠見的，應該肯定的。但是從他的政策本質說，把周圍各鄰國都說成是諸“夷”，僻在一隅。因為“得其地不足以供給，得其民不足以使令”。即使打了勝仗，也還是沒有好處，從這個利害觀點出發，他的思想認識是大國主義的，功利主義的，和過去曾經發動對外侵略戰爭的封建帝王是一丘之貉，沒有什麽上下床之別。
內地土司要定期進貢，酋長的繼承要得到朝廷許可，但轄境內的內政也可自主。部族土司領兵的直屬兵部，土府土縣直屬吏部。平時有納稅，開辟並保養道路，戰時有調兵從征的義務。土司街門有宣慰司、宣撫司、招討司、安撫司、長官司、土府、土縣等名目，長官都是世襲，有一定的轄地和土民，總稱土司。如土司內部發生糾紛，或反抗朝廷失敗後，往往被收回境內統治權，直屬朝廷，改用流官治理，叫作“改土歸流”。土司和皇朝的關係，在土司方麵，假借皇朝所給予的官位威權，鎮懾部下百姓，便於奴役搜刮；在皇朝方麵，用官爵賞賜牢籠有實力的酋長，使其傾心內向，維持地方安定，以便榨取，可以說是互相為用的。
概括地說來，明代西南地區各少數民族分布的情況，湖廣、四川、貴州三省交界處是苗族活動的中心，向南發展到了貴州；廣西則是瑤族（在東部）、僮族（在西部）的根據地；四川、雲南、貴州三省交界處則是彝族的聚居地區；四川西部和雲南西北部則有摩些族；雲南南部有僰族；四川北部和青海、甘肅、寧夏有羌族、回族；西藏和四川西部有藏族。
在上述各地區中，除純粹由土官治理的土司而外，還有一種參用流官的製度。流官即皇朝所派遣的有一定任期的非世襲的非土著的地方官，這類地區，大致是以土官為主，派遣流官為輔，流官在實際上執行監督的任務。和這類地區相反，在設立流官的州縣，轄境內也有不同部族的土司存在。以此，在同一布政使司治下，有流官的州縣，有土官的土司，有土流合治的州縣，也有土官的州縣；即在同一流官治理的州縣內，也有漢族和其他各少數民族人民雜居的情況，情形非常複雜。這種複雜情況，是由長期的曆史發展所造成的。正因為民族問題錯綜複雜，最容易引起民族間的糾紛以至戰爭，其核心的根本的原因是階級壓迫，不管是流官也罷，土官也罷，土流合治也罷，都是代表地主階級或奴隸主階級對農民或奴隸進行殘酷的階級壓迫的。有了階級壓迫，就必然有階級反抗、階級鬥爭。其次是漢族的大漢族主義在作怪，漢族人民生產技術高，人數多，力量大，他們用經濟力量擠，用政治力量搶，用武裝力量趕，來奪取各少數民族人民的土地物資。各少數民族人民有的被迫遷徙到山上，過極度艱苦的日子；有的被屠殺消滅了；有的不甘心忍受壓迫，組織起來以武力反抗，爆發了地方性的甚至大規模的戰爭；當然，也還有另外一種情況，那就是有些少數民族的酋長，為了個人的私利，用武力擴張領地，搶劫財物，造成對另一少數民族或漢族的戰爭的，形式上是民族間的戰爭，實質上也還是階級鬥爭。
各少數民族人民在元末的反元鬥爭中，曾經積極參加鬥爭，起了削弱元朝蒙漢地主統治階級的作用。在明初洪武一朝，也先後爆發了反對封建地主階級的鬥爭。著例如洪武十一年六月五開洞“蠻”吳麵兒的起義，這次鬥爭一直延續到十八年七月，規模很大。十六年廣東清遠縣的瑤族，九月四川鬆、潘二州的羌族，十七年七月廣東儋州宜倫縣的黎族，十八年正月廣西慶遠府東蘭州的“蠻”，二月四川鬆州的羌族，廣西思州諸洞“蠻”，五月湖廣的大庸“蠻”，十九年正月廣西柳州府融縣“蠻”，平越衛麻哈苗族，十一月湖廣澧州朝納洞“蠻”，二十年十月雲南劍川土酋楊奴的先後起義。二十三年十月東川侯胡海鎮壓贛州農民起義，生獲“蠻”人三千四百人。二十六年七月湖廣道州永明縣“蠻”起義。特別是從二十七年到三十一年，起義次數更多，二十七年正月的道州瑤族，六月全州及灌陽諸縣瑤族，十一月貴州柴江新藍等處“蠻”的起義，二十八年十一月貴州西堡土官阿傍被鎮壓，群“蠻”被擒的五千三百二十六人，十二月征南將軍左都督楊文鎮壓瑤族起義，“瑤”“蠻”被殺的竟達二萬八千餘人。二十九年正月貴州清水江“蠻”，二月廣東潭源諸洞、廣西平川、增益等地的起義，三月清水江中平等寨“蠻”，六月廣西思恩等縣“蠻”，十二月永寧州、肇慶府瑤，三十年三月古州上婆洞“蠻”，八月黔陽、辰溪等處“蠻”，三十一年五月四川新設衛“蠻”的起義，前仆後繼，一直沒有間斷。[23]因為起義的地區不同，時間先後不同，都是孤軍作戰，都被強大的有組織的明朝軍隊所鎮壓而失敗。
明皇朝統治各少數民族人民的原則，在邊境采取放任政策，隻要當地土司能夠服從朝令，便聽任其作威作福，世世相承，不加幹涉；在內地則采取同化政策，例如派遣流官治理，開設道路驛站，選拔土司子弟到國子監讀書，從而使其完糧納稅，服從征調，逐步加強統治，最後改建土司為皇朝直接治理的流官州縣。[24]
統治西北羌族的辦法分兩種：一種是用其酋長為衛所長官，世世承襲；一種因其土俗，建立寺院並賜僧侶封號，通過宗教治理當地人民。羌族的力量分化，兵力分散，西邊的邊防也就沒有問題了。[25]現在的西藏和四川西部，當時叫作烏斯藏和朵甘，居民信奉喇嘛教，僧侶兼管政事。明朝繼承元朝製度，設立了軍事統治機構，並封其長老為國師、法王，令其撫治人民，定期朝貢。又因西邊各族人民對茶葉特別愛好，設立茶課司，用茶葉和他們交換馬匹，入貢的賞賜也以茶葉和布匹為主。西邊各少數民族的酋長、僧侶，為了入貢的賞賜，和做買賣的利益，為了保持世代襲官和受封的權利，都認為維持這種關係有好處，相安無事。明朝將近三百年間，西邊邊防比較平靜，沒有發生什麽大規模的戰爭。
對蒙古、色目人，繼續貫徹北伐檄文中所提出的“願為臣民者，與中夏之人撫養無異”的政策，蒙古、色目的官吏和漢人同樣進用，在朝廷有做到尚書、侍郎的，在地方做知府、知縣，臨民辦事的。[26]在軍隊裏就更多了，甚至在親軍中也有蒙古軍隊和軍官。[27]由朝廷編置勘合（有騎縫印的執照），給賜漢人姓名，和漢人一無分別。[28]婚姻法令方麵，準許和漢人通婚，務要兩相情願。如漢人不願，許其同族自相嫁娶。[29]這樣，這些居住內地的蒙古、色目人，經過幾代，都同化了，其中有幾十家軍人世家，好幾代都做將軍，立了功。
北伐檄文中所提出的“複漢官之威儀”，也逐步貫徹了。朱元璋下詔書恢複人民的衣冠如唐朝的式樣。蒙古族留下的習俗，辮發、椎髻、“胡”服；男褲褶窄袖及辮線腰褶，婦女衣窄袖短衣，下服裙裳，“胡”語“胡”姓，一切禁止。[30]喪葬作樂娛屍，禮儀官品坐次以右首為尊，也廢除和改正了。[31]並參酌古代禮經和實際生活，規定了各階級人民的生活服用、房舍、輿從等製度，一切都要服從封建等級的約束，凡是違反的都要受到法律的製裁。
元順帝北走之後，元朝遺留在內地的軍力，還有兩大支：一支是雲南的梁王，一支是東北的納哈出。都用元朝年號，秉承元順帝命令，雄踞一方。雲南和蒙古本部距離極遠，勢力孤單，比較容易解決，所以朱元璋的注意力先集中在西南方麵。從洪武四年消滅了割據四川的夏國以後，便著手經營雲南，先後派遣使王褘、吳雲招降，都被梁王所殺。到洪武十四年，決意用軍力進取，派出傅友德、沐英、藍玉三將軍分兩路進攻。
這時雲南在政治上和地理上分作三個係統：一是直屬元朝皇帝，以昆明為中心的梁王；二是在政治上隸屬於元朝，但享有內部主權以大理為中心的白族土酋段氏。以上所屬的地區都被區分為路、府、州、縣；三是在上述兩個係統以外和南部思普一帶的許多少數民族，就是明代叫作土司的地區。現代貴州的西部，在元代屬於雲南行省，東部設八番順元軍民宣慰使司，管理彝族及苗族各土司。元至正二十四年，元璋平定湖廣，和湖廣接界的貴州思南宣慰和思州（今思縣）宣撫先後降附。到平定夏國後，四川全境都入版圖，和四川接境的貴州宣慰和普定府總管也聞風歸附。貴州的土司大部分先後歸順明朝，雲南在東北兩麵便失去屏蔽了。
明兵從東北兩麵進攻，一路由四川南下取烏撒（今雲南鎮雄、貴州威寧等地），這地方是四川、雲南、貴州三省接壤處，犬牙突出，是一個軍事據點，和在昆明的梁王主力軍互相呼應，並且是彝族的集中居住區；一路由湖廣西取普定（今貴州安順），進攻昆明。從明軍動員那天算起，不過一百多天工夫，東路軍便已打到昆明，梁王兵敗自殺。東路軍再北上和北路軍會攻烏撒，把元軍消滅了。附近東川（今雲南會澤）、烏蒙（今雲南昭通）、芒部（今雲南鎮雄）諸彝族全部降附，昆明附近諸路也都以次歸順。洪武十五年二月設置貴州都指揮使司和雲南都指揮使司，建立了軍事統治機構。閏二月又設置雲南布政使司，建立了政治領導機構。[15]分別派官開築道路，寬十丈，以六十裏為一驛，置驛站，設置驛夫、馬匹，把四川、雲南、貴州的交通聯接起來。在要害地區，屯兵駐守，建立衛、所，責成當地土司供給軍食，控扼糧運、交通係統的安全。[16]布置好了，再以大軍西向攻下大理，經略雲南西北和西南地方，招降摩些、彝、撣、僰諸少數民族，分兵戡定各土司。分雲南為五十二府、六十三州、五十四縣。因為雲南太遠，交通不便，特派義子沐英統兵鎮守，沐家子孫世世承襲，在雲南將近三百年，竟和明朝相始終。
納哈出是元朝世將，太平失守被俘，元璋放他北還。元順帝北走後，納哈出擁兵蟠踞金山（在今遼寧開原東北，遼河北岸），養精蓄銳，等候機會南下，和元順帝的中路軍、擴廓帖木兒的西路軍互相呼應，形成三路箝製明軍的軍事形勢。在東北，除金山納哈出一軍外，遼陽、沈陽、開元一帶都有元軍屯聚。洪武四年元遼陽守將劉益來降，建遼東指揮使司，接著又建立遼東都指揮使司，總轄遼東軍馬，以次平定沈陽、開元等地。同時，又從河北、陝西、山西各地出兵大舉深入沙漠，擊破擴廓帖木兒軍主力，進攻應昌（今內蒙古自治區經棚縣西境，捕魚兒海〔達爾泊〕旁）。明軍破應昌，元主遠逃漠北。到洪武八年擴廓帖木兒死後，元中路和西路的軍力日漸衰弱，不能再深入內地抄掠了。朱元璋乘機經營甘肅、寧夏一帶地區，招撫西北各羌族和回族部落，分別給以土司名義或王號，使其個別接受政令，利用諸部族軍力，阻止元軍的入侵。在長城以北今河北和內蒙古自治區地方，則就各要害地方建立軍事據點，逐步推進，用強大軍力壓迫元軍退到更北的蒙古大沙漠，不使靠近邊塞，采取以攻為守的軍事策略。西北方麵的問題完全解決了，再轉回頭來收拾東北。
洪武二十年，馮勝、傅友德、藍玉諸大將奉命北攻納哈出。大軍出長城鬆亭關，築大寧（今河北平泉）、寬河（今河北寬城）、會州（今河北平泉）、富峪（今河北平泉之北）四城，儲糧供應前線，留兵屯守，切斷納哈出和元中路軍的呼應。明主力軍東向從北麵包圍金山，納哈出勢窮力蹙，孤軍無援，隻好投降，遼東全部平定。[17]於是立北平行都指揮使司於大寧，東和遼陽，西和大同應援，作為北邊邊防前線的三大要塞。又向西和開平衛（元上都，今內蒙古自治區多倫縣地）、興和千戶所（今內蒙古自治區張北縣地）、東勝城（今內蒙古自治區托克托縣及茂明安旗之地）諸軍事據點，聯結成長城以外的第一道邊防線。從遼河向西幾千裏地方，都設衛置所，屯駐軍馬，建立了保衛長城的長城。[18]兩年後，元主脫古思帖木兒被殺，部屬分散。以後蒙古內部又連續發生政變、叛亂，實力更加衰弱，明朝北邊的邊防，也因之而獲得幾十年的安定。
東北的元軍雖然降附，還有女真族的問題急待解決。女真這一少數民族原是金人的後裔，依地理分布，大致分為建州、海西、野人三種。朱元璋采取軍事和政治雙管齊下的政策，軍事上封韓王於開原、寧王於大寧，控扼遼河兩頭，封遼王於廣寧（今遼寧北鎮），建立三個軍事中心，作為阻止元軍和女真族進攻的重鎮。政治上采取羈縻政策，對東北地區諸女真部族，遣使用金帛個別招撫，分立為若幹羈縻式的衛所，使其自成單位，分而治之，給予各部族酋長以衛所軍官職銜，許其秉承朝命世襲，並各給璽書，作為進貢和互市（做買賣）的憑證，滿足他們物資交換的經濟要求。這樣，女真族就依地理分布成為若幹衛、所，不相隸屬，任何一個單位都沒有力量單獨進攻內地了。[19]到明成祖時代，越發積極推行這個政策，轄地到現在的黑龍江以北，直到庫頁島和以北地方，增置的衛所連同舊有的共有一百八十四衛，並設立奴兒幹都指揮使司，由朝廷派遣軍官鎮守。[20]
遼東平定後，大一統的事業完全成功了。和前代一樣，這大一統的皇朝和許多鄰國建立了交往關係。從東麵算起，洪武二十五年高麗發生政變，大將李成桂推翻親元的王朝，自立為王，改國號為朝鮮，成為明皇朝最親密的鄰國。其他有政治、文化和經濟交往的國家，東南有琉球國，西南有緬甸、安南、真臘、占城、暹羅和南洋群島諸島國。內地和邊疆則有許多羈縻的部族和土司。
明皇朝對周圍鄰國的友好關係的建立，是通過使臣的互相聘問，土產物資的互相贈送來進行的。各國的內政都是自主的。為了和海外各國進行物資交換，在沿海地區特開通商口岸，主持通商和接待外國商船的衙門是市舶司。洪武初年指定了三個通商口岸，寧波市舶司通日本，泉州市舶司通琉球，廣州市舶司通占城、暹羅和南洋諸島國。
元朝初期多次對日本、安南、緬國、占城、爪哇等國的侵略戰爭，所招致的失敗和嚴重後果，給了朱元璋以深刻的教訓。他總結了前朝的失敗經驗，製定了外交政策，那就是外國來犯我邊，就要吃苦頭；他不來犯，我也不可興兵輕犯。他把外國分作兩類：一類是不征之國，就是不和他們打仗的國家；一類是必須謹備的敵人，必須區別對待。他特別在《皇明祖訓》中鄭重告誡說：
四方諸“夷”皆限山隔海，僻在一隅，得其地不足以供給，得其民不足以使令。若其不自揣量，來撓我邊，則彼為不祥。彼既不為中國患，而我興兵輕犯，亦不祥也。吾恐後世子孫倚中國富強，貪一時戰功，無故興兵，殺傷人命，切記不可。但“胡戎”（指蒙古）與中國邊境密邇，累世戰爭，必選將練兵，時謹備之。
今將不征諸國名列於後：
東北 朝鮮國
正東偏北 日本國（雖朝實詐，暗通奸臣胡惟庸謀為不軌，故絕之）
正南偏東 大琉球國 小琉球國
西南 安南國 真臘國 暹羅國 占城國 蘇門答刺國
西洋國 爪哇國 湓亨國 白花國 三弗齊國 渤泥國[21]
這些國名的列舉，顯示了當時人對世界的認識，除了亞洲以外，其他各大洲的國家，在明初人的眼光中，都是不存在或者不認識，很少認識的。就當時情況說，中國是一個大國，是一個農業國，工商業不很發達，不需要海外市場；土地麵積大，也不需要向外侵略領土；人口眾多，也不缺乏勞動力，這是朱元璋堅決反對向外侵略政策的經濟根據。曆史教訓是，向海外諸國侵略，“得其地不足以供給，得其民不足以使令”，沒有什麽好處。而且對外打仗，還得花錢、死人，打勝仗既然沒有好處，打敗仗就越發劃不來了。因之，朱元璋反複告誡他的子孫，不可倚中國富強，貪一時戰功，無故興兵，殺傷人命。所謂“無故”，就是“彼既不為中國患”，反過來，假如有的國家，不自揣量，膽敢侵犯皇朝邊境，那就堅決予以打擊，對於這個國家是不祥的，沒有好結果的。他一方麵堅持反對無緣無故發動對外戰爭，另一麵也不容許別國的侵略，主張保境安民。[22]從整個曆史的發展來說，他的外交政策是進步的，有遠見的，應該肯定的。但是從他的政策本質說，把周圍各鄰國都說成是諸“夷”，僻在一隅。因為“得其地不足以供給，得其民不足以使令”。即使打了勝仗，也還是沒有好處，從這個利害觀點出發，他的思想認識是大國主義的，功利主義的，和過去曾經發動對外侵略戰爭的封建帝王是一丘之貉，沒有什麽上下床之別。
內地土司要定期進貢，酋長的繼承要得到朝廷許可，但轄境內的內政也可自主。部族土司領兵的直屬兵部，土府土縣直屬吏部。平時有納稅，開辟並保養道路，戰時有調兵從征的義務。土司街門有宣慰司、宣撫司、招討司、安撫司、長官司、土府、土縣等名目，長官都是世襲，有一定的轄地和土民，總稱土司。如土司內部發生糾紛，或反抗朝廷失敗後，往往被收回境內統治權，直屬朝廷，改用流官治理，叫作“改土歸流”。土司和皇朝的關係，在土司方麵，假借皇朝所給予的官位威權，鎮懾部下百姓，便於奴役搜刮；在皇朝方麵，用官爵賞賜牢籠有實力的酋長，使其傾心內向，維持地方安定，以便榨取，可以說是互相為用的。
概括地說來，明代西南地區各少數民族分布的情況，湖廣、四川、貴州三省交界處是苗族活動的中心，向南發展到了貴州；廣西則是瑤族（在東部）、僮族（在西部）的根據地；四川、雲南、貴州三省交界處則是彝族的聚居地區；四川西部和雲南西北部則有摩些族；雲南南部有僰族；四川北部和青海、甘肅、寧夏有羌族、回族；西藏和四川西部有藏族。
在上述各地區中，除純粹由土官治理的土司而外，還有一種參用流官的製度。流官即皇朝所派遣的有一定任期的非世襲的非土著的地方官，這類地區，大致是以土官為主，派遣流官為輔，流官在實際上執行監督的任務。和這類地區相反，在設立流官的州縣，轄境內也有不同部族的土司存在。以此，在同一布政使司治下，有流官的州縣，有土官的土司，有土流合治的州縣，也有土官的州縣；即在同一流官治理的州縣內，也有漢族和其他各少數民族人民雜居的情況，情形非常複雜。這種複雜情況，是由長期的曆史發展所造成的。正因為民族問題錯綜複雜，最容易引起民族間的糾紛以至戰爭，其核心的根本的原因是階級壓迫，不管是流官也罷，土官也罷，土流合治也罷，都是代表地主階級或奴隸主階級對農民或奴隸進行殘酷的階級壓迫的。有了階級壓迫，就必然有階級反抗、階級鬥爭。其次是漢族的大漢族主義在作怪，漢族人民生產技術高，人數多，力量大，他們用經濟力量擠，用政治力量搶，用武裝力量趕，來奪取各少數民族人民的土地物資。各少數民族人民有的被迫遷徙到山上，過極度艱苦的日子；有的被屠殺消滅了；有的不甘心忍受壓迫，組織起來以武力反抗，爆發了地方性的甚至大規模的戰爭；當然，也還有另外一種情況，那就是有些少數民族的酋長，為了個人的私利，用武力擴張領地，搶劫財物，造成對另一少數民族或漢族的戰爭的，形式上是民族間的戰爭，實質上也還是階級鬥爭。
各少數民族人民在元末的反元鬥爭中，曾經積極參加鬥爭，起了削弱元朝蒙漢地主統治階級的作用。在明初洪武一朝，也先後爆發了反對封建地主階級的鬥爭。著例如洪武十一年六月五開洞“蠻”吳麵兒的起義，這次鬥爭一直延續到十八年七月，規模很大。十六年廣東清遠縣的瑤族，九月四川鬆、潘二州的羌族，十七年七月廣東儋州宜倫縣的黎族，十八年正月廣西慶遠府東蘭州的“蠻”，二月四川鬆州的羌族，廣西思州諸洞“蠻”，五月湖廣的大庸“蠻”，十九年正月廣西柳州府融縣“蠻”，平越衛麻哈苗族，十一月湖廣澧州朝納洞“蠻”，二十年十月雲南劍川土酋楊奴的先後起義。二十三年十月東川侯胡海鎮壓贛州農民起義，生獲“蠻”人三千四百人。二十六年七月湖廣道州永明縣“蠻”起義。特別是從二十七年到三十一年，起義次數更多，二十七年正月的道州瑤族，六月全州及灌陽諸縣瑤族，十一月貴州柴江新藍等處“蠻”的起義，二十八年十一月貴州西堡土官阿傍被鎮壓，群“蠻”被擒的五千三百二十六人，十二月征南將軍左都督楊文鎮壓瑤族起義，“瑤”“蠻”被殺的竟達二萬八千餘人。二十九年正月貴州清水江“蠻”，二月廣東潭源諸洞、廣西平川、增益等地的起義，三月清水江中平等寨“蠻”，六月廣西思恩等縣“蠻”，十二月永寧州、肇慶府瑤，三十年三月古州上婆洞“蠻”，八月黔陽、辰溪等處“蠻”，三十一年五月四川新設衛“蠻”的起義，前仆後繼，一直沒有間斷。[23]因為起義的地區不同，時間先後不同，都是孤軍作戰，都被強大的有組織的明朝軍隊所鎮壓而失敗。
明皇朝統治各少數民族人民的原則，在邊境采取放任政策，隻要當地土司能夠服從朝令，便聽任其作威作福，世世相承，不加幹涉；在內地則采取同化政策，例如派遣流官治理，開設道路驛站，選拔土司子弟到國子監讀書，從而使其完糧納稅，服從征調，逐步加強統治，最後改建土司為皇朝直接治理的流官州縣。[24]
統治西北羌族的辦法分兩種：一種是用其酋長為衛所長官，世世承襲；一種因其土俗，建立寺院並賜僧侶封號，通過宗教治理當地人民。羌族的力量分化，兵力分散，西邊的邊防也就沒有問題了。[25]現在的西藏和四川西部，當時叫作烏斯藏和朵甘，居民信奉喇嘛教，僧侶兼管政事。明朝繼承元朝製度，設立了軍事統治機構，並封其長老為國師、法王，令其撫治人民，定期朝貢。又因西邊各族人民對茶葉特別愛好，設立茶課司，用茶葉和他們交換馬匹，入貢的賞賜也以茶葉和布匹為主。西邊各少數民族的酋長、僧侶，為了入貢的賞賜，和做買賣的利益，為了保持世代襲官和受封的權利，都認為維持這種關係有好處，相安無事。明朝將近三百年間，西邊邊防比較平靜，沒有發生什麽大規模的戰爭。
對蒙古、色目人，繼續貫徹北伐檄文中所提出的“願為臣民者，與中夏之人撫養無異”的政策，蒙古、色目的官吏和漢人同樣進用，在朝廷有做到尚書、侍郎的，在地方做知府、知縣，臨民辦事的。[26]在軍隊裏就更多了，甚至在親軍中也有蒙古軍隊和軍官。[27]由朝廷編置勘合（有騎縫印的執照），給賜漢人姓名，和漢人一無分別。[28]婚姻法令方麵，準許和漢人通婚，務要兩相情願。如漢人不願，許其同族自相嫁娶。[29]這樣，這些居住內地的蒙古、色目人，經過幾代，都同化了，其中有幾十家軍人世家，好幾代都做將軍，立了功。
北伐檄文中所提出的“複漢官之威儀”，也逐步貫徹了。朱元璋下詔書恢複人民的衣冠如唐朝的式樣。蒙古族留下的習俗，辮發、椎髻、“胡”服；男褲褶窄袖及辮線腰褶，婦女衣窄袖短衣，下服裙裳，“胡”語“胡”姓，一切禁止。[30]喪葬作樂娛屍，禮儀官品坐次以右首為尊，也廢除和改正了。[31]並參酌古代禮經和實際生活，規定了各階級人民的生活服用、房舍、輿從等製度，一切都要服從封建等級的約束，凡是違反的都要受到法律的製裁。