雲南宣布獨立後，即成立軍政.府。關於軍政.府都督的人選，蔡鍔和唐繼堯二公相互推讓，由於蔡鍔的堅持，最終推舉唐繼堯為軍政.府都督。
雲南都督府成立後，唐繼堯聘請前巡按使任可澄，前山東提學使陳榮昌為參讚。前國會議員趙藩、袁嘉穀及張耀曾等為參議。指派由雲龍為秘書廳長、張子貞為參謀廳長、庾恩腸為軍政廳長、陳廷策為民政廳長、丁光冠為司法廳長、陳鈞為財政廳長兼鹽運使。
軍政.府提出四項主張：
（一）與全國國民戮力擁護共和國體，使帝製永不發生於中國；
（二）劃定中央地方權限，俾各省民力能有自由之發展；
（三）建設名實相符的立憲政體，以適應世界潮流；
（四）以誠意鞏固邦交，增進國際團體之資格。
同時申誓四點：
（一）同人職責惟在討袁，天助吾民，幸克有濟，舉凡建設之事當讓賢能以明初誌，個人權利思想悉予剗除；
（二）地無分南北，省無論甲乙，同此領土，同是國民，惟當量材程功，通力合作，決不參以地域觀念，自啟分裂；
（三）倒袁救國心理大同，但能助我張目，便當引為同誌，所有從前黨派意見，當然融消，絕無偏倚；
（四）五大民族同此共和，袁氏得罪民國，以成五族公敵，萬眾一心更無何等種族界限。
十二月二十五日，雲南獨立的消息到了北京後，袁世凱忿怒到了極點。他應該是清楚雲南地理環境，對雲南用兵不一定如平定二次革命那樣順利。
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但他知道，必需使用雷霆手段，盡快解決雲南問題。他不能不知道，自己的稱帝有多少民意支持，一旦各地效仿和響應雲南，弄不好局麵可能失去控製。
於是，袁世凱於十二月二十九日下令，將唐繼堯、任可澄、蔡鍔免職。
“……蔡鍔等討論國體發生之時，曾糾合在京高級軍官，首先署名，主張君主立憲，嗣經請假出洋就醫，何以潛赴雲南，譸張為幻，反複之尤，當不至此。但唐繼堯、何可澄既有地方之責，無論此項通電，是否受人脅迫，抑或奸人捏造，究屬不能始終維持，咎有應得，開武將軍唐繼堯、巡按使任可澄，均著即行褫職，並奪去本官及爵位勳章，聽候查辦！蔡鍔行跡詭秘，不知遠嫌，應著褫職奪官，並奪去勳位勳章，由該省地方官勒令來京，一並聽候查辦！此令。”
還一廂情願地下令第一師師長張子貞代理雲南將軍，第二師師長劉祖武代理雲南巡按使，令他們就近押解蔡、唐等人來京治罪。
民國五年一月五日袁世凱又有申令各省長官曉諭人民雲：
“……予昔養屙洹上，無心問世，不幸全國崩解，環球震動，遂毅然以救國救民為己任，支持四載，困苦備嚐，真不知尊位之有何樂。無如國民仰望甚切，責備甚嚴，同為國民，敢自暇逸？責任所在，盡力以為，不惜一身，隻知愛國，皇天後土，實鑒此心。
“明知暴亂之眾，狂妄之徒，斷不可以謀國；然果使中有傑出之才，可以治國保民，為人民所信仰，極願聽其為之，予得釋此艱巨之仔肩，詎非幸事；然能安大局，環顧何人，為智愚所共見。人民無罪，未可舉全國之重，任人試驗，實逼處此，無從諉卸。
“國民深悉暴民狂徒之心理，終必慘烈相爭，儻有墨、葡之變，必為越、韓之續，故謀改國體，冀可長治久安，文電交馳，情詞迫切，無非出於愛國之真誠。乃有蔡鍔之流，權利熏心，造謠煽亂，非不知人民之狀況，時局之艱危，但思僥幸一逞，儻其大欲，即塗炭生靈，傾覆祖國，亦所不顧。抑知國之不存，權利何有？此等舉動，早為國民所預料，幸而發覺尚早，不難隨時消滅。各省官民，僉謂國體既經全國人民代表開會決定，一致讚成君憲，並同戴一尊，根本大計，豈可朝令夕改，斷無再事討論之餘地，籲請早登大位，速戡反側，同深義憤，萬口一詞。
“予以蔣德，既受國民之推戴，將吏之尊視，何敢再事遊移，貽禍全國。苟為逆首，惟有執法從事，以謝國民。著各省文武長官剴切出示曉諭人民，分別順逆，各愛身家，勿受煽惑，自貽伊戚。各省長官，皆能力保治安，軍人尤深明大義，均任守衛地方之責，務望各以愛國勤勉，恪盡厥職，用副予視民如傷，諄諄誥誡之至意。此令。”
袁世凱對蔡鍔更是恨得咬牙切齒，以政事堂名義通令各部署，凡與蔡鍔有關的人一律予以撤職，在各省中和蔡鍔有關的人，也都撤職。結果，在各省機關的雲南籍職員以及是蔡鍔的舊屬都受到迫害。
袁世凱又命湖南巡按使沈金鑒，查抄蔡鍔湖南原籍的財產。而蔡鍔為官多年，雖然名滿天下，卻沒什麽資產。蔡鍔的家人老夫人和妻子等早有準備，不知躲到了何處。隻有一個兄弟是辦木廠的，早已和蔡鍔分了家。
蔡鄂本人隻在楊度所辦的華昌公司有少許股份，於是就把這股份沒收。
袁世凱一方麵對蔡鍔大動幹戈，另一方麵又想通過懷柔的手段，使得蔡鍔能夠“浪子回頭”。他知道蔡鍔是個重情重義之人，李經羲是蔡鍔的老上司，也是他將蔡鍔一手提拔起來的。袁世凱找到李經羲，打算在局勢許可時派李赴雲南做蔡鍔的工作。
為此，袁世凱特別賞賜李經羲貂裘一襲，李接受袁的貂裘後，曾有謝恩折：“上賜貂皮外套，光采非常，裁量恰合，舉家驚寵，望闕感惶！”等語。
與此同時，袁世凱又把已經冷落許久的熊希齡找到北京來，熊希齡奉詔於民國五年年一月十六日抵京謁袁。
熊希齡是蔡鍔的好朋友，熊任國務總理時，曾保薦蔡鍔為湖南都督。袁世凱請熊南下，去雲南說服蔡“悔罪自投”，當可“不究既往”。
此外，還想派雲南人朱家寶、丁槐等為雲南宣慰使，要他們去“誘惑雲南軍官解甲來歸，一律免予治罪。”
熊希齡到北京，表現得很麻木。
當他抵京時有記者迎於車站外，問他對於國體問題的意見，他摸著腦袋說：“我來京之前，未有所聞，在路上看見籌安會的宣言，才知道有這回事，我對政情已隔離了許久，一切都不大清楚，因此對國體問題我毫無意見。”
記者又問他對於新約法的態度如何？
他說：“我不是律師，又沒有學習法律，對此亦無意見。”
這些話否認得離了譜，熊希齡難道忘了，光緒年間曾隨同五大臣出洋考察過憲政，那時他還是憲政專家的身份。
熊希齡是湖南鳳凰人，他組閣時，人們有時亦稱熊內閣為鳳凰內閣。於是，他這次入京，被戲稱為“有鳳來儀”，是洪憲朝的祥瑞。
然而這位鳳凰有自己的打算，二月八日，他假口南下疏通，便一去不返。
雲南以邊僻一隅來對抗袁世凱，在形勢上來說，強弱之勢任人皆知是很懸殊的。二次革命，國民黨幾乎握有半壁山河，和袁一開火，就迅告失敗。而現今的雲南和當時的國民黨，根本不在一個檔次上。
當然，雲南也有它有利的條件。在地理因素上，雲南山地多，城鎮大多居高臨下，易守而難攻。雲南的軍隊驍勇善戰，並且極能吃苦耐勞，是北洋軍無法相比的。
唐繼堯在一次軍事會議上，曾全麵分析了整個戰略形勢，言道：
“雲南東北與川黔桂毗連，出師形勢關係甚钜。茲就三省地勢言之，貴陽為滇南門戶，辰沅為湖南西門，以雲南為根本，奮師東征，以一支上辰沅經新化取長沙；以一支由辰沅下沅水取常德，取長沙，北向嶽州逾洞庭之險以有武昌；常德取，北扼虎渡規荊州以指襄陽。有武昌則長江之消息通，有襄陽則中原之消息通，不出旬月，東南大勢俱屬雲南矣。此上策也！
“要之雲南之險，不在雲南而在西蜀，以雲南為根本，大舉東上，以一支出敘、滬進渝、夔下宜昌、武漢，以一支出寧遠過成都上泯洮趕秦、隴，如是則以西南而忽據西北，天下視聽必且一新，以為亞夫之兵從天降也。此亦上策也！若夫南寧者，廣西心膂，梧州者，西江上遊，由雲南展膂而東，駐師梧州，以一支東下廣州，封城綿遠，田壤沃饒，大海南環，五嶺北阻，北出則可以震動江左，東出則可以進據閩浙，以一支由梧州向桂休逾衡、永、浮湘直下，長嶽既得，武漢震驚，此中策也，故據以上所論，我可發展之時機可分為三：（一）我軍勢力完全達到黔、桂、蜀三省。（二）我軍由黔、桂、蜀以達武漢，閩、浙、秦、隴。（三）向閩、浙之兵以取守勢，進秦隴之兵相機威迫袁軍右側，然後以武漢主力大舉北向。今擬兩策並用，三路出師。”
就是在這次軍事會議上，有三個重要的問題引起爭論，其一為：起義討袁後應該成立一個什麽型式的機構？當時有的主張成立元帥府，有的主張設立軍政.府。
但是，這樣相當於另立中.央，蔡鍔和唐繼堯都認為不妥。既不能包辦討袁，也不能讓世人認為己方是爭權奪位，“當示天下以公”。於是決定保留地方建製，把袁世凱所派的地方官製“將軍”和“巡按使”合並，恢複都督府，召集省議會。
其二、起義討袁後，義軍應如何稱呼？當時有的主張稱討賊軍，有的主張稱定亂軍，最後決定用李梓暢所建議的護國軍。護國的含義是維護中華民國國體，這樣就更加出師有名。
其三、護國軍雲南都督應由誰擔任？唐繼堯推蔡鍔，蔡鍔推唐繼堯。
唐繼堯的理由很充分，說蔡是他的學長（蔡是日本士官三期，唐是日本士官六期），又比他長一歲，蔡且一直是他的長官，他回任滇督也出於蔡的推薦，蔡“在國內外都有大名足資號召”，所以誠心誠意地推薦蔡出任雲南都督。
可是蔡鍔力推唐繼堯也有理由，護國興師舉義全賴雲南，唐是雲南人，蔡自己是湖南人，主客之勢已成，自己不能喧賓奪主。何況唐督滇已有三年，在雲南已有基礎，所以也是誠記誠意地推讓唐為都督。
兩位賢者的謙讓，令人感動，成為民國曆史上的佳話。
雲南都督府成立後，唐繼堯聘請前巡按使任可澄，前山東提學使陳榮昌為參讚。前國會議員趙藩、袁嘉穀及張耀曾等為參議。指派由雲龍為秘書廳長、張子貞為參謀廳長、庾恩腸為軍政廳長、陳廷策為民政廳長、丁光冠為司法廳長、陳鈞為財政廳長兼鹽運使。
軍政.府提出四項主張：
（一）與全國國民戮力擁護共和國體，使帝製永不發生於中國；
（二）劃定中央地方權限，俾各省民力能有自由之發展；
（三）建設名實相符的立憲政體，以適應世界潮流；
（四）以誠意鞏固邦交，增進國際團體之資格。
同時申誓四點：
（一）同人職責惟在討袁，天助吾民，幸克有濟，舉凡建設之事當讓賢能以明初誌，個人權利思想悉予剗除；
（二）地無分南北，省無論甲乙，同此領土，同是國民，惟當量材程功，通力合作，決不參以地域觀念，自啟分裂；
（三）倒袁救國心理大同，但能助我張目，便當引為同誌，所有從前黨派意見，當然融消，絕無偏倚；
（四）五大民族同此共和，袁氏得罪民國，以成五族公敵，萬眾一心更無何等種族界限。
十二月二十五日，雲南獨立的消息到了北京後，袁世凱忿怒到了極點。他應該是清楚雲南地理環境，對雲南用兵不一定如平定二次革命那樣順利。
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但他知道，必需使用雷霆手段，盡快解決雲南問題。他不能不知道，自己的稱帝有多少民意支持，一旦各地效仿和響應雲南，弄不好局麵可能失去控製。
於是，袁世凱於十二月二十九日下令，將唐繼堯、任可澄、蔡鍔免職。
“……蔡鍔等討論國體發生之時，曾糾合在京高級軍官，首先署名，主張君主立憲，嗣經請假出洋就醫，何以潛赴雲南，譸張為幻，反複之尤，當不至此。但唐繼堯、何可澄既有地方之責，無論此項通電，是否受人脅迫，抑或奸人捏造，究屬不能始終維持，咎有應得，開武將軍唐繼堯、巡按使任可澄，均著即行褫職，並奪去本官及爵位勳章，聽候查辦！蔡鍔行跡詭秘，不知遠嫌，應著褫職奪官，並奪去勳位勳章，由該省地方官勒令來京，一並聽候查辦！此令。”
還一廂情願地下令第一師師長張子貞代理雲南將軍，第二師師長劉祖武代理雲南巡按使，令他們就近押解蔡、唐等人來京治罪。
民國五年一月五日袁世凱又有申令各省長官曉諭人民雲：
“……予昔養屙洹上，無心問世，不幸全國崩解，環球震動，遂毅然以救國救民為己任，支持四載，困苦備嚐，真不知尊位之有何樂。無如國民仰望甚切，責備甚嚴，同為國民，敢自暇逸？責任所在，盡力以為，不惜一身，隻知愛國，皇天後土，實鑒此心。
“明知暴亂之眾，狂妄之徒，斷不可以謀國；然果使中有傑出之才，可以治國保民，為人民所信仰，極願聽其為之，予得釋此艱巨之仔肩，詎非幸事；然能安大局，環顧何人，為智愚所共見。人民無罪，未可舉全國之重，任人試驗，實逼處此，無從諉卸。
“國民深悉暴民狂徒之心理，終必慘烈相爭，儻有墨、葡之變，必為越、韓之續，故謀改國體，冀可長治久安，文電交馳，情詞迫切，無非出於愛國之真誠。乃有蔡鍔之流，權利熏心，造謠煽亂，非不知人民之狀況，時局之艱危，但思僥幸一逞，儻其大欲，即塗炭生靈，傾覆祖國，亦所不顧。抑知國之不存，權利何有？此等舉動，早為國民所預料，幸而發覺尚早，不難隨時消滅。各省官民，僉謂國體既經全國人民代表開會決定，一致讚成君憲，並同戴一尊，根本大計，豈可朝令夕改，斷無再事討論之餘地，籲請早登大位，速戡反側，同深義憤，萬口一詞。
“予以蔣德，既受國民之推戴，將吏之尊視，何敢再事遊移，貽禍全國。苟為逆首，惟有執法從事，以謝國民。著各省文武長官剴切出示曉諭人民，分別順逆，各愛身家，勿受煽惑，自貽伊戚。各省長官，皆能力保治安，軍人尤深明大義，均任守衛地方之責，務望各以愛國勤勉，恪盡厥職，用副予視民如傷，諄諄誥誡之至意。此令。”
袁世凱對蔡鍔更是恨得咬牙切齒，以政事堂名義通令各部署，凡與蔡鍔有關的人一律予以撤職，在各省中和蔡鍔有關的人，也都撤職。結果，在各省機關的雲南籍職員以及是蔡鍔的舊屬都受到迫害。
袁世凱又命湖南巡按使沈金鑒，查抄蔡鍔湖南原籍的財產。而蔡鍔為官多年，雖然名滿天下，卻沒什麽資產。蔡鍔的家人老夫人和妻子等早有準備，不知躲到了何處。隻有一個兄弟是辦木廠的，早已和蔡鍔分了家。
蔡鄂本人隻在楊度所辦的華昌公司有少許股份，於是就把這股份沒收。
袁世凱一方麵對蔡鍔大動幹戈，另一方麵又想通過懷柔的手段，使得蔡鍔能夠“浪子回頭”。他知道蔡鍔是個重情重義之人，李經羲是蔡鍔的老上司，也是他將蔡鍔一手提拔起來的。袁世凱找到李經羲，打算在局勢許可時派李赴雲南做蔡鍔的工作。
為此，袁世凱特別賞賜李經羲貂裘一襲，李接受袁的貂裘後，曾有謝恩折：“上賜貂皮外套，光采非常，裁量恰合，舉家驚寵，望闕感惶！”等語。
與此同時，袁世凱又把已經冷落許久的熊希齡找到北京來，熊希齡奉詔於民國五年年一月十六日抵京謁袁。
熊希齡是蔡鍔的好朋友，熊任國務總理時，曾保薦蔡鍔為湖南都督。袁世凱請熊南下，去雲南說服蔡“悔罪自投”，當可“不究既往”。
此外，還想派雲南人朱家寶、丁槐等為雲南宣慰使，要他們去“誘惑雲南軍官解甲來歸，一律免予治罪。”
熊希齡到北京，表現得很麻木。
當他抵京時有記者迎於車站外，問他對於國體問題的意見，他摸著腦袋說：“我來京之前，未有所聞，在路上看見籌安會的宣言，才知道有這回事，我對政情已隔離了許久，一切都不大清楚，因此對國體問題我毫無意見。”
記者又問他對於新約法的態度如何？
他說：“我不是律師，又沒有學習法律，對此亦無意見。”
這些話否認得離了譜，熊希齡難道忘了，光緒年間曾隨同五大臣出洋考察過憲政，那時他還是憲政專家的身份。
熊希齡是湖南鳳凰人，他組閣時，人們有時亦稱熊內閣為鳳凰內閣。於是，他這次入京，被戲稱為“有鳳來儀”，是洪憲朝的祥瑞。
然而這位鳳凰有自己的打算，二月八日，他假口南下疏通，便一去不返。
雲南以邊僻一隅來對抗袁世凱，在形勢上來說，強弱之勢任人皆知是很懸殊的。二次革命，國民黨幾乎握有半壁山河，和袁一開火，就迅告失敗。而現今的雲南和當時的國民黨，根本不在一個檔次上。
當然，雲南也有它有利的條件。在地理因素上，雲南山地多，城鎮大多居高臨下，易守而難攻。雲南的軍隊驍勇善戰，並且極能吃苦耐勞，是北洋軍無法相比的。
唐繼堯在一次軍事會議上，曾全麵分析了整個戰略形勢，言道：
“雲南東北與川黔桂毗連，出師形勢關係甚钜。茲就三省地勢言之，貴陽為滇南門戶，辰沅為湖南西門，以雲南為根本，奮師東征，以一支上辰沅經新化取長沙；以一支由辰沅下沅水取常德，取長沙，北向嶽州逾洞庭之險以有武昌；常德取，北扼虎渡規荊州以指襄陽。有武昌則長江之消息通，有襄陽則中原之消息通，不出旬月，東南大勢俱屬雲南矣。此上策也！
“要之雲南之險，不在雲南而在西蜀，以雲南為根本，大舉東上，以一支出敘、滬進渝、夔下宜昌、武漢，以一支出寧遠過成都上泯洮趕秦、隴，如是則以西南而忽據西北，天下視聽必且一新，以為亞夫之兵從天降也。此亦上策也！若夫南寧者，廣西心膂，梧州者，西江上遊，由雲南展膂而東，駐師梧州，以一支東下廣州，封城綿遠，田壤沃饒，大海南環，五嶺北阻，北出則可以震動江左，東出則可以進據閩浙，以一支由梧州向桂休逾衡、永、浮湘直下，長嶽既得，武漢震驚，此中策也，故據以上所論，我可發展之時機可分為三：（一）我軍勢力完全達到黔、桂、蜀三省。（二）我軍由黔、桂、蜀以達武漢，閩、浙、秦、隴。（三）向閩、浙之兵以取守勢，進秦隴之兵相機威迫袁軍右側，然後以武漢主力大舉北向。今擬兩策並用，三路出師。”
就是在這次軍事會議上，有三個重要的問題引起爭論，其一為：起義討袁後應該成立一個什麽型式的機構？當時有的主張成立元帥府，有的主張設立軍政.府。
但是，這樣相當於另立中.央，蔡鍔和唐繼堯都認為不妥。既不能包辦討袁，也不能讓世人認為己方是爭權奪位，“當示天下以公”。於是決定保留地方建製，把袁世凱所派的地方官製“將軍”和“巡按使”合並，恢複都督府，召集省議會。
其二、起義討袁後，義軍應如何稱呼？當時有的主張稱討賊軍，有的主張稱定亂軍，最後決定用李梓暢所建議的護國軍。護國的含義是維護中華民國國體，這樣就更加出師有名。
其三、護國軍雲南都督應由誰擔任？唐繼堯推蔡鍔，蔡鍔推唐繼堯。
唐繼堯的理由很充分，說蔡是他的學長（蔡是日本士官三期，唐是日本士官六期），又比他長一歲，蔡且一直是他的長官，他回任滇督也出於蔡的推薦，蔡“在國內外都有大名足資號召”，所以誠心誠意地推薦蔡出任雲南都督。
可是蔡鍔力推唐繼堯也有理由，護國興師舉義全賴雲南，唐是雲南人，蔡自己是湖南人，主客之勢已成，自己不能喧賓奪主。何況唐督滇已有三年，在雲南已有基礎，所以也是誠記誠意地推讓唐為都督。
兩位賢者的謙讓，令人感動，成為民國曆史上的佳話。