在南麵40海裏處的"加賀"號也燒成一團，晚上7時25分，隨著兩聲爆炸，該艦連同大約800名官兵一起被大海吞沒。
"飛龍"和"赤城"兩艘艦上的大火仍在猛烈燃燒，無法控製。
經過整夜燃燒，6月5日黎明前，"赤城"號的艦長請求山本允許把該艦沉掉。山本大將熱淚盈眶。多年前，他曾在“赤城"號上當過艦長。他無可奈何地表示："那就讓驅逐艦向赤城發射魚雷吧。"有221名日本官兵隨該艦沉沒。
6月4日21時23分，海水大量湧入，"飛龍"號傾斜15度，隨後完全失速。曾在"飛龍"號上指揮這兩艘輕型母艦的山口將軍，命令驅逐艦"風雲"號將"飛龍"炸沉。6月5日淩晨2時30分，山口把艦上人員召到甲板上，對800名官兵說，"飛龍"、"蒼龍"兩艘母艦的沉沒，由他一人負責。“我將與艦共存亡。我命令你們全體離艦，繼續為天皇效忠。"
山本承擔向天皇請罪
山本大將的航空母艦遭到滅頂之災時，他本人還蒙在鼓裏。當時他正繼續率領主力艦隊，在南雲艦隊後麵450海裏的洋麵上破浪前進。
6月4日上午10時30分，"赤城號著火"的電報猛然打破了山本的美夢。這位日本聯合艦隊總司令一言不發。對20分鍾後送來的第2封電報，他也同樣保持沉默。
這封電報是南雲中將打來的：“由於遭到中途島基地和航空母艦飛機的攻擊，加賀、蒼龍和赤城3艦全身起火。我們正向北撤退，並重新組織力量。"這份電報暗示，倖免於難的"飛龍"號將進行反擊。
山本表麵上顯得很鎮定，他若無其事地與經常陪他下圍棋的渡邊安次中佐下棋。後來再有消息傳來，他也隻是冷淡地說："哦，是這樣。"
直到收到首次報告的90分鍾後，他才下令讓運輸艦後撤，而讓佯攻荷蘭港的兩艘輕型航空母艦繼續前進，開往中途島援助南雲。他自己的強大主力，仍然全速向東行駛。掩護運輸艦的近藤信作中將，則把他的艦隊，包括"瑞鳳"號航空母艦，從南改道向北。
這3支強大的增援力量，從3個方向朝中途島聚集。山本大將仍然要同美軍決一死戰。
山本本來決心要做這件事。他的感情要求他率領全部艦隻繼續前進，將巨大的炮口對準中途島，對準美國軍艦，狠狠地報復。
現在夜幕已經降臨，他的主力艦隊正被迷霧團團圍住，但他還是命令艦隊以20節的速度冒險向前急駛。海麵朦朧，能見度幾乎降到零，艦隻隨時都有相撞的危險。
山本的心境並不平靜，他雖然正率領著他的火力猛烈的大型戰列艦向戰場逼近，但他內心已經無數遍地審時度勢。經過痛苦的思想鬥爭，他不得不暗自承認，這次戰役已告失敗。
他的4艘航空母艦全部毀滅，而美國人還有2艘航空母艦，正在伺機進攻他的艦隊。中途島還遠未被征服。麵對這種情況，山本作為一個極為精明的海戰行家，心裏很清楚，他的戰列艦一旦遭到俯衝轟炸機和魚雷機的攻擊，則連招架的能力都沒有。珍珠港事件和英國"威爾斯親王"號在馬來亞洋麵的覆滅，都證實了這一點。日本飛機怎樣擊沉敵人的戰列艦，美國飛機也就能同樣回敬日本的戰列艦。
他曾一度打算從阿留申群島調回兩艘小型航空母艦來中途島。但是濃霧在阿留申群島周圍滯留不散。那些戰艦要趕到中途島，至少得花4天時間。到那時，要挽救這場日本帝國海軍的災難，已為時太晚了。6月5日淩晨2時55分，日本聯合艦隊司令山本大將終於痛苦地下令："取消中途島的占領行動。"
他也需要編一些謊言。他電告艦隊所有指揮官："敵人艦隊幾乎已遭全軍覆沒，正向東敗退......"這個彌天大謊，突出地顯示了他不敢公開承認失敗的苦衷。
他的將軍們問山本："我們一敗至此，該如何向天皇陛下請罪呢？"
山本一直鐵青著臉。“要向天皇請罪的隻有我山本一人"，他說。
歷史上規模空前的中途島海空大戰，到此宣告結束。
美國損失了1艘航空母艦、1艘驅逐艦、307名官兵和147架飛機。
日本方麵付出了慘重的代價：4艘航空母艦和1艘巡洋艦被炸沉，180架飛機隨同航空母艦沉入大海，另有54架被擊落，大約2500名官兵，其中包括幾百名經驗豐富、身經百戰的飛行和機務人員葬身大海。
中途島海空戰是戰爭史上第一次航空母艦特混艦隊之間使用艦載機實施的大規模空中交戰。空中作戰實際上決定了這次戰役的勝負，而空中偵察又在作戰中起了重要作用。這次作戰表明：偵察情報的獲得與否，指揮員的判斷與決心正確與否，戰鬥員的訓練如何，每個成員的成功與失誤，都將直接影響作戰的結局。
對日本海軍來說，更嚴重的是他們妄自尊大的自信遭到了無情打擊。中途島戰役之後，直到第二次世界大戰結束，這一打擊使他們再也無法對戰局作出正確的判斷。中途島之戰是個轉折。從此，太平洋的軍事形勢逐漸向著不利於日軍方向發展。
"飛龍"和"赤城"兩艘艦上的大火仍在猛烈燃燒，無法控製。
經過整夜燃燒，6月5日黎明前，"赤城"號的艦長請求山本允許把該艦沉掉。山本大將熱淚盈眶。多年前，他曾在“赤城"號上當過艦長。他無可奈何地表示："那就讓驅逐艦向赤城發射魚雷吧。"有221名日本官兵隨該艦沉沒。
6月4日21時23分，海水大量湧入，"飛龍"號傾斜15度，隨後完全失速。曾在"飛龍"號上指揮這兩艘輕型母艦的山口將軍，命令驅逐艦"風雲"號將"飛龍"炸沉。6月5日淩晨2時30分，山口把艦上人員召到甲板上，對800名官兵說，"飛龍"、"蒼龍"兩艘母艦的沉沒，由他一人負責。“我將與艦共存亡。我命令你們全體離艦，繼續為天皇效忠。"
山本承擔向天皇請罪
山本大將的航空母艦遭到滅頂之災時，他本人還蒙在鼓裏。當時他正繼續率領主力艦隊，在南雲艦隊後麵450海裏的洋麵上破浪前進。
6月4日上午10時30分，"赤城號著火"的電報猛然打破了山本的美夢。這位日本聯合艦隊總司令一言不發。對20分鍾後送來的第2封電報，他也同樣保持沉默。
這封電報是南雲中將打來的：“由於遭到中途島基地和航空母艦飛機的攻擊，加賀、蒼龍和赤城3艦全身起火。我們正向北撤退，並重新組織力量。"這份電報暗示，倖免於難的"飛龍"號將進行反擊。
山本表麵上顯得很鎮定，他若無其事地與經常陪他下圍棋的渡邊安次中佐下棋。後來再有消息傳來，他也隻是冷淡地說："哦，是這樣。"
直到收到首次報告的90分鍾後，他才下令讓運輸艦後撤，而讓佯攻荷蘭港的兩艘輕型航空母艦繼續前進，開往中途島援助南雲。他自己的強大主力，仍然全速向東行駛。掩護運輸艦的近藤信作中將，則把他的艦隊，包括"瑞鳳"號航空母艦，從南改道向北。
這3支強大的增援力量，從3個方向朝中途島聚集。山本大將仍然要同美軍決一死戰。
山本本來決心要做這件事。他的感情要求他率領全部艦隻繼續前進，將巨大的炮口對準中途島，對準美國軍艦，狠狠地報復。
現在夜幕已經降臨，他的主力艦隊正被迷霧團團圍住，但他還是命令艦隊以20節的速度冒險向前急駛。海麵朦朧，能見度幾乎降到零，艦隻隨時都有相撞的危險。
山本的心境並不平靜，他雖然正率領著他的火力猛烈的大型戰列艦向戰場逼近，但他內心已經無數遍地審時度勢。經過痛苦的思想鬥爭，他不得不暗自承認，這次戰役已告失敗。
他的4艘航空母艦全部毀滅，而美國人還有2艘航空母艦，正在伺機進攻他的艦隊。中途島還遠未被征服。麵對這種情況，山本作為一個極為精明的海戰行家，心裏很清楚，他的戰列艦一旦遭到俯衝轟炸機和魚雷機的攻擊，則連招架的能力都沒有。珍珠港事件和英國"威爾斯親王"號在馬來亞洋麵的覆滅，都證實了這一點。日本飛機怎樣擊沉敵人的戰列艦，美國飛機也就能同樣回敬日本的戰列艦。
他曾一度打算從阿留申群島調回兩艘小型航空母艦來中途島。但是濃霧在阿留申群島周圍滯留不散。那些戰艦要趕到中途島，至少得花4天時間。到那時，要挽救這場日本帝國海軍的災難，已為時太晚了。6月5日淩晨2時55分，日本聯合艦隊司令山本大將終於痛苦地下令："取消中途島的占領行動。"
他也需要編一些謊言。他電告艦隊所有指揮官："敵人艦隊幾乎已遭全軍覆沒，正向東敗退......"這個彌天大謊，突出地顯示了他不敢公開承認失敗的苦衷。
他的將軍們問山本："我們一敗至此，該如何向天皇陛下請罪呢？"
山本一直鐵青著臉。“要向天皇請罪的隻有我山本一人"，他說。
歷史上規模空前的中途島海空大戰，到此宣告結束。
美國損失了1艘航空母艦、1艘驅逐艦、307名官兵和147架飛機。
日本方麵付出了慘重的代價：4艘航空母艦和1艘巡洋艦被炸沉，180架飛機隨同航空母艦沉入大海，另有54架被擊落，大約2500名官兵，其中包括幾百名經驗豐富、身經百戰的飛行和機務人員葬身大海。
中途島海空戰是戰爭史上第一次航空母艦特混艦隊之間使用艦載機實施的大規模空中交戰。空中作戰實際上決定了這次戰役的勝負，而空中偵察又在作戰中起了重要作用。這次作戰表明：偵察情報的獲得與否，指揮員的判斷與決心正確與否，戰鬥員的訓練如何，每個成員的成功與失誤，都將直接影響作戰的結局。
對日本海軍來說，更嚴重的是他們妄自尊大的自信遭到了無情打擊。中途島戰役之後，直到第二次世界大戰結束，這一打擊使他們再也無法對戰局作出正確的判斷。中途島之戰是個轉折。從此，太平洋的軍事形勢逐漸向著不利於日軍方向發展。