盡管應夔丞始終狡辯，但由於從其家中所獲函電文件明確證明其策劃殺宋，且又搜出五響手槍一把，其中尚存子彈兩枚，與武士英在火車站放去三枚後尚存兩枚這一事實吻合，所留兩枚槍彈與火車站腳夫蘇阿榮拾取之彈殼亦復相同，[88]因此，應夔丞為殺宋主犯並無疑義。4月17日晚，捕房荷槍押送應夔丞至上海南市，解犯單上案由為：“應桂馨運動王阿發謀刺宋教仁君，應桂馨主使武士英行刺宋教仁君。”[89]步兵六十一團團長陳其蔚在警廳協助下，將應夔丞解至江蘇海運局該團營倉關押。然而，宋案被移交中方後，先是圍繞是否組織特別法庭各方爭執不休，接著又在案件剛剛確定由上海地方審檢兩廳進行審訊之時，發生了上海地方審判廳自廳長、庭長、推事、書記官長全體被江蘇高等審判總廳下令撤換的風波。[90]
5月30日，上海地方審判廳開庭公判宋案，由廳長張清樾主審。由於原告律師金泯瀾、高朔提出抗告，堅持要求“出票拘趙、程、洪等”到庭後，與應夔丞“併案公判”；而被告律師楊景斌也提出抗告，以張清樾係江蘇高等審判廳長委任，而非司法部得大總統命令委任，拒不承認。因此，對應夔丞公判未果。[91]6月11日，江蘇高等審判廳以“不合法理”駁回原告抗告。[92]被告律師楊景斌則被高等審判廳以“搗亂法庭，違背律師法規”，決定予以懲戒。[93]直至7月初，上海地方審判廳才又確定於7月16日進行第二次公判。[94]
然而，由於7月12日“二次革命”爆發，公判並未如期進行，應夔丞也得以乘亂在7月25日淩晨從上海模範監獄逃走。據《申報》報導：“二十四晚十二時，模範監獄禁錮要犯應桂馨等，乘南北兩軍酣戰之時，用鐵斧、巨石撞開圍牆，四麵撞開四洞，每洞約高二尺，闊尺餘，均從洞中一擁而出，一時人聲鼎沸，共逃出男女各犯約有二百人，均在附近屋簷下敲去鐐銬，先由數人擁護應桂馨為首，悉數逃逸，看守兵士見彼等亡命衝出，亦不阻攔。兵士等開槍轟擊，並未傷及一人。”[95]又有報導謂，應夔丞等“賄通獄官吳確生並某商團會員，當時應等由獄門而出，各會員各穿便服在外接應。吳獄官知事不妙，然後使人將四麵圍牆擊成四洞，佯為各監犯由洞逸出”。事為江蘇都督程德全獲悉，認為應夔丞等“是否由大門而出，抑或掘洞脫逃，其中大有關係”，下令密查，以憑核辦。[96]三周後《神州日報》刊登文字，進一步披露了應夔丞收買獄官逃走內幕：
上海模範監獄內所禁人犯，乘前次製造局激戰時，全數脫逃，宋案要犯應桂馨及冤殺周阮之姚榮澤等，同時遠颺。惟此次應犯等脫逃，外間頗有微辭，然言人人殊，究未能得其真相。現得確實消息，應桂馨利用戰時運動監獄中最有勢力者，圖謀免脫，言為運動二萬元，由方姓經手，過付五千元，餘款尚未交付。現應犯欲圖賴一萬五千元未付之款，又因先付之五千元分派不勻，內訌微露，其秘為程都督、應省長所聞，擬即派探密查澈究，一麵通令各屬嚴緝應、姚各逃犯，務獲究辦雲。[97]
應夔丞後來也承認，自己的確是乘“二次革命”戰亂之機冒險從“獄門”逃走，其言道：
至贛亂發生，寧省獨立……上海一隅，亦同時入亂黨之手。□□困守囹圄，黨人威脅利誘，無所不至……當攻擊製造局之際，城中秩序大亂，獄官獄卒既無違抗逆黨之能力，獄外又加添亂兵圍守。□□一身之生死，早置度外，惟思與其死於叛匪之手，不如死中求活，乃於八月二十一號（應為七月二十四號——引者）夜，在槍林彈雨之中，冒險幸出獄門。此實天佑人助，故得重睹天日。（□□代夔丞）[98]
原告方麵，宋教仁之妻宋方氏延請律師高朔，於8月14日呈訴上海地方檢察廳，要求“迅予行使職權，通令各省，一體懸賞協緝逃犯應夔丞”。[99]上海地方檢察廳隨即“呈請高等檢察廳，並函知英法捕房及淞滬警察廳，一體幫同嚴緝”，並承諾給予拿獲應夔丞及報信助拿應夔丞者重賞。[100]根據日人所辦《順天時報》，應夔丞於8月中旬逃到了日本，住在箱根，[101]但不久又從日本逃回青島藏匿起來。消息很快為江蘇民政長應德閎查悉，除通令各縣水陸警廳一體嚴密訪拿外，並具呈參謀、陸軍兩部，請迅即轉電膠督，設法查緝，務獲解滬，歸案訊辦。[102]
1913年10月10日，鎮壓了“二次革命”的袁世凱就任正式大總統。11月4日，袁世凱以國會內的國民黨議員牽連“二次革命”為由，下令取消其議員資格，並發布通緝令。國民黨重要人物紛紛流亡日本，袁世凱徹底掌控了局麵。一直認為殺宋是中央意思的應夔丞，以為機會來了，於是立刻在11月初由青島連發兩電，要求政府為武士英與自己昭雪。第一電謂：“叛黨削平，宋實亂首，武士英殺賊受禍，功罪難平，請速頒命令，平反冤獄。”[103]第二電謂：
宋為主謀內亂之人，而竟死有餘榮；武士英有為民除害之功，而竟冤沉海底……彼孫、黃、岑、李、陳、柏、何、鈕之徒，要不過實行宋策，而種種戲出實由宋所編製，設當時無武之一擊，恐今日之域中，未必能成具體之民國矣……茲夔丞棲身窮島，骨肉分離，舊部星散，自念因奔走革命而已破其產，復因維持共和而幾喪其身。伏求迅頒明令，公道平反，宣布宋教仁之主謀內亂及賣國罪案，使有罪者不得倖免，有功者不致沉冤，庶幾是是非非，天下共曉。[104]
5月30日，上海地方審判廳開庭公判宋案，由廳長張清樾主審。由於原告律師金泯瀾、高朔提出抗告，堅持要求“出票拘趙、程、洪等”到庭後，與應夔丞“併案公判”；而被告律師楊景斌也提出抗告，以張清樾係江蘇高等審判廳長委任，而非司法部得大總統命令委任，拒不承認。因此，對應夔丞公判未果。[91]6月11日，江蘇高等審判廳以“不合法理”駁回原告抗告。[92]被告律師楊景斌則被高等審判廳以“搗亂法庭，違背律師法規”，決定予以懲戒。[93]直至7月初，上海地方審判廳才又確定於7月16日進行第二次公判。[94]
然而，由於7月12日“二次革命”爆發，公判並未如期進行，應夔丞也得以乘亂在7月25日淩晨從上海模範監獄逃走。據《申報》報導：“二十四晚十二時，模範監獄禁錮要犯應桂馨等，乘南北兩軍酣戰之時，用鐵斧、巨石撞開圍牆，四麵撞開四洞，每洞約高二尺，闊尺餘，均從洞中一擁而出，一時人聲鼎沸，共逃出男女各犯約有二百人，均在附近屋簷下敲去鐐銬，先由數人擁護應桂馨為首，悉數逃逸，看守兵士見彼等亡命衝出，亦不阻攔。兵士等開槍轟擊，並未傷及一人。”[95]又有報導謂，應夔丞等“賄通獄官吳確生並某商團會員，當時應等由獄門而出，各會員各穿便服在外接應。吳獄官知事不妙，然後使人將四麵圍牆擊成四洞，佯為各監犯由洞逸出”。事為江蘇都督程德全獲悉，認為應夔丞等“是否由大門而出，抑或掘洞脫逃，其中大有關係”，下令密查，以憑核辦。[96]三周後《神州日報》刊登文字，進一步披露了應夔丞收買獄官逃走內幕：
上海模範監獄內所禁人犯，乘前次製造局激戰時，全數脫逃，宋案要犯應桂馨及冤殺周阮之姚榮澤等，同時遠颺。惟此次應犯等脫逃，外間頗有微辭，然言人人殊，究未能得其真相。現得確實消息，應桂馨利用戰時運動監獄中最有勢力者，圖謀免脫，言為運動二萬元，由方姓經手，過付五千元，餘款尚未交付。現應犯欲圖賴一萬五千元未付之款，又因先付之五千元分派不勻，內訌微露，其秘為程都督、應省長所聞，擬即派探密查澈究，一麵通令各屬嚴緝應、姚各逃犯，務獲究辦雲。[97]
應夔丞後來也承認，自己的確是乘“二次革命”戰亂之機冒險從“獄門”逃走，其言道：
至贛亂發生，寧省獨立……上海一隅，亦同時入亂黨之手。□□困守囹圄，黨人威脅利誘，無所不至……當攻擊製造局之際，城中秩序大亂，獄官獄卒既無違抗逆黨之能力，獄外又加添亂兵圍守。□□一身之生死，早置度外，惟思與其死於叛匪之手，不如死中求活，乃於八月二十一號（應為七月二十四號——引者）夜，在槍林彈雨之中，冒險幸出獄門。此實天佑人助，故得重睹天日。（□□代夔丞）[98]
原告方麵，宋教仁之妻宋方氏延請律師高朔，於8月14日呈訴上海地方檢察廳，要求“迅予行使職權，通令各省，一體懸賞協緝逃犯應夔丞”。[99]上海地方檢察廳隨即“呈請高等檢察廳，並函知英法捕房及淞滬警察廳，一體幫同嚴緝”，並承諾給予拿獲應夔丞及報信助拿應夔丞者重賞。[100]根據日人所辦《順天時報》，應夔丞於8月中旬逃到了日本，住在箱根，[101]但不久又從日本逃回青島藏匿起來。消息很快為江蘇民政長應德閎查悉，除通令各縣水陸警廳一體嚴密訪拿外，並具呈參謀、陸軍兩部，請迅即轉電膠督，設法查緝，務獲解滬，歸案訊辦。[102]
1913年10月10日，鎮壓了“二次革命”的袁世凱就任正式大總統。11月4日，袁世凱以國會內的國民黨議員牽連“二次革命”為由，下令取消其議員資格，並發布通緝令。國民黨重要人物紛紛流亡日本，袁世凱徹底掌控了局麵。一直認為殺宋是中央意思的應夔丞，以為機會來了，於是立刻在11月初由青島連發兩電，要求政府為武士英與自己昭雪。第一電謂：“叛黨削平，宋實亂首，武士英殺賊受禍，功罪難平，請速頒命令，平反冤獄。”[103]第二電謂：
宋為主謀內亂之人，而竟死有餘榮；武士英有為民除害之功，而竟冤沉海底……彼孫、黃、岑、李、陳、柏、何、鈕之徒，要不過實行宋策，而種種戲出實由宋所編製，設當時無武之一擊，恐今日之域中，未必能成具體之民國矣……茲夔丞棲身窮島，骨肉分離，舊部星散，自念因奔走革命而已破其產，復因維持共和而幾喪其身。伏求迅頒明令，公道平反，宣布宋教仁之主謀內亂及賣國罪案，使有罪者不得倖免，有功者不致沉冤，庶幾是是非非，天下共曉。[104]