兩種截然不同的解釋，刺激著後來的宋案研究者，以至於絕大多數研究者均把尋找刺宋主謀作為最主要的方向，卻一直無法得出令人信服的結論。其中較早一些的著作和那些深受革命史觀影響的著者，大多毫無保留地接受國民黨方麵的研究結論，隻不過文字表述略有差異而已。如前述穀鍾秀、馬震東、鄒魯、陳功甫、魏野疇、孟世傑、李劍農、吳玉章、陳誌讓、吳相湘、郭廷以、胡繩、黎澍、陶菊隱、丁中江、胡繩武、方祖燊、李新、陳旭麓、何澤福、李宗一、李守孔、李雲漢、徐中約、李侃、金沖及、張憲文、張玉法、朱漢國、來新夏、唐寶林、鄭師渠、張海鵬、朱宗震、侯宜傑等人所著或主編之書，[8]以及沈雲龍、王涵、何澤福、饒懷民、劉大年、朱懷遠、袁偉時等人所撰文章，[9]均將袁、趙視為幕後主使。日本學者萱野長知、片倉芳和、鬆本英紀、菊池秀明、渡辺竜策、樋泉克夫，以及美國學者歐內斯特·p﹒揚、史扶鄰等人論著，還有劉吉祥（國籍不詳）的英文著作，也都持同樣看法。[10]
唐德剛實質上也認為袁、趙是幕後主使，隻不過他又對二人在殺宋心態及背後考量上的差別進行了區別分析，他說：
1913年初春，在宋氏旅行講演鋒頭正健之時，袁即連電召宋來京磋商要政。袁的本意或許就是試“重用之”，不成，再“除之”。可是內閣總理趙秉鈞對這個最大的政敵，就是欲先除之而後快。他或許得了袁的必不得已時就“除之”的默許，迫不及待地便悍然提早“除之”了。殺宋之後，風波鬧大了，袁可能認為趙之悍然殺宋，為的隻是保持相位的一己私利，而攪亂袁對整個大局的布置。趙之殺宋，不是體諒領袖苦心，而是投機取巧，為保持自己總理的位置，不顧主子的困難，而悍然為之，這就不能饒恕了。因此後來趙也就不得好死了。[11]
另外一些研究者則或多或少受到趙秉鈞自我辯解的影響，而又加以個人的判斷，傾向於懷疑或否認袁、趙為幕後主使。如廖大偉認為：“從袁世凱的一貫信仰和當時的身份、地位，從宋教仁對袁世凱構成的威脅程度，從在上海行刺的困難程度，特別是對‘主謀說’原證據的逐條解讀考析，我們認為對袁世凱的傳統指認是缺乏真實依據的，是不符合事實的，袁世凱不是‘刺宋’主謀，沒有主觀故意的痕跡。”[12]他認為刺宋乃應夔丞所為，並上升到共進會刺殺宋教仁的高度來解釋；而洪述祖則充當了鼓動、縱容應桂馨的角色。[13]但奇怪的是，他對於宋案關鍵人物之一趙秉鈞完全缺而不論，實際上留下很大漏洞。張永則認為：“根據具體證據，刺宋是會黨頭目應夔丞主動提出並策劃的，受到洪述祖的推動，袁世凱、趙秉鈞是否知情隻能存疑。”[14]侯宜傑最初認為，“暗殺宋教仁的主謀者不是別人，正是堂堂的臨時大總統袁世凱和國務總理趙秉鈞”，但近來一改前說，認為“研究宋教仁被刺案，要堅持疑罪從無、無罪推定的原則。缺乏確鑿證據，就不能認為趙秉鈞或袁世0凱是刺殺宋教仁的主謀”。[15]馬勇最初認為袁世凱“不擇手段地加害於宋教仁，終於釀成民國史上的第一大血案”，但近年也一改前說，認為“這個說法是不對的”，“因宋教仁所要競選的議會多數，目標隻是內閣總理，與袁世凱的大總統地位毫無關聯”，“將宋案的責任推給袁世凱是非常表麵的看法，根本不知道宋教仁與袁世凱之間的真實關係，不知道袁世凱是多麽欣賞宋教仁的才華”，“按照當年法院的判決，宋教仁之死追查到內閣總理趙秉鈞，大體上是可信的”。[16]張華騰同樣進行了自我否定，認為從常理言，“刺殺宋教仁破壞了袁世凱自己在民初極力樹立的‘合法性’形象，不符合政治家袁世凱的切身利益”；從當時局勢看，“袁世凱並不懼怕宋教仁成立內閣，更不會不計較得失地使用暗殺手段”；從法理上看，“尚未有直接證據證明袁世凱為刺殺宋教仁的主使”。他更傾向於認為“宋教仁為陳其美主謀所殺”。[17]
前述業餘探究者對宋案真相也有分析。其中張曉波《民國的開端：宋教仁評傳》傾向於懷疑袁、趙並非刺宋主謀，刺宋很可能是應夔丞與洪述祖迎合袁世凱剷除政敵之舉。[18]思公《晚清盡頭是民國》及金滿樓《退潮的革命：宋教仁的1913》認為袁世凱、趙秉鈞、陳其美均有嫌疑，而陳其美嫌疑似乎更大。[19]張耀傑《誰謀殺了宋教仁：政壇懸案背後的黨派之爭》則斷定幕後主使就是陳其美。[20]需要指出的是，早在宋教仁被刺之初，便有人傳言陳其美是幕後主使；20世紀20年代，袁克文在其所著《辛丙秘苑》中，也持這種觀點；而日本人北一輝在《支那革命外史》中，更發揮其奇特想像力，聲稱陳其美是刺宋主謀，而袁世凱和孫中山是“從犯”。[21]袁克文和北一輝之書均非學術著作，但其觀點對後來一些刻意抹黑國民黨的人產生了不小的影響。
應當承認，將尋找刺宋主謀作為宋案研究的主要方向，並沒有問題。但須引起研究者高度重視的是，從應宅搜獲的函電文件實際上向我們傳遞了一個極為明確而重要的信息，即“宋案”≠“刺宋案”。宋案案情錯綜複雜，其中至少應當包括收撫共進會、調查歡迎國會團、操弄憲法起草、構陷“孫黃宋”、“匿名氏”攻擊、低價購買公債，以及刺殺宋教仁等一係列情節或環節。另外，在宋案證據中僅僅提到過一次的未遂“除鄧”案，對破解宋案謎團亦極為關鍵。這些情節，環環相扣，次第演進，而又交錯進行，“刺宋”是宋案最後一個環節，也是整個案情發展的最終結局。因此，倘若我們不對刺宋之前各環節的來龍去脈，及其相互之間的演進關係進行詳細深入的考證，刺宋的發生絕無可能得到令人信服的解釋，案件發生後出現的一係列矛盾現象也無法得到解釋。然而，縱觀百餘年來的宋案研究，研究者無一例外，皆將重心放在了刺宋這個環節上，而對此前諸多環節，要麽毫不在意，要麽輕輕放過。宋案案情實際上被嚴重簡單化，宋案研究之所以一直得不到推進，根本原因即在於此。
唐德剛實質上也認為袁、趙是幕後主使，隻不過他又對二人在殺宋心態及背後考量上的差別進行了區別分析，他說：
1913年初春，在宋氏旅行講演鋒頭正健之時，袁即連電召宋來京磋商要政。袁的本意或許就是試“重用之”，不成，再“除之”。可是內閣總理趙秉鈞對這個最大的政敵，就是欲先除之而後快。他或許得了袁的必不得已時就“除之”的默許，迫不及待地便悍然提早“除之”了。殺宋之後，風波鬧大了，袁可能認為趙之悍然殺宋，為的隻是保持相位的一己私利，而攪亂袁對整個大局的布置。趙之殺宋，不是體諒領袖苦心，而是投機取巧，為保持自己總理的位置，不顧主子的困難，而悍然為之，這就不能饒恕了。因此後來趙也就不得好死了。[11]
另外一些研究者則或多或少受到趙秉鈞自我辯解的影響，而又加以個人的判斷，傾向於懷疑或否認袁、趙為幕後主使。如廖大偉認為：“從袁世凱的一貫信仰和當時的身份、地位，從宋教仁對袁世凱構成的威脅程度，從在上海行刺的困難程度，特別是對‘主謀說’原證據的逐條解讀考析，我們認為對袁世凱的傳統指認是缺乏真實依據的，是不符合事實的，袁世凱不是‘刺宋’主謀，沒有主觀故意的痕跡。”[12]他認為刺宋乃應夔丞所為，並上升到共進會刺殺宋教仁的高度來解釋；而洪述祖則充當了鼓動、縱容應桂馨的角色。[13]但奇怪的是，他對於宋案關鍵人物之一趙秉鈞完全缺而不論，實際上留下很大漏洞。張永則認為：“根據具體證據，刺宋是會黨頭目應夔丞主動提出並策劃的，受到洪述祖的推動，袁世凱、趙秉鈞是否知情隻能存疑。”[14]侯宜傑最初認為，“暗殺宋教仁的主謀者不是別人，正是堂堂的臨時大總統袁世凱和國務總理趙秉鈞”，但近來一改前說，認為“研究宋教仁被刺案，要堅持疑罪從無、無罪推定的原則。缺乏確鑿證據，就不能認為趙秉鈞或袁世0凱是刺殺宋教仁的主謀”。[15]馬勇最初認為袁世凱“不擇手段地加害於宋教仁，終於釀成民國史上的第一大血案”，但近年也一改前說，認為“這個說法是不對的”，“因宋教仁所要競選的議會多數，目標隻是內閣總理，與袁世凱的大總統地位毫無關聯”，“將宋案的責任推給袁世凱是非常表麵的看法，根本不知道宋教仁與袁世凱之間的真實關係，不知道袁世凱是多麽欣賞宋教仁的才華”，“按照當年法院的判決，宋教仁之死追查到內閣總理趙秉鈞，大體上是可信的”。[16]張華騰同樣進行了自我否定，認為從常理言，“刺殺宋教仁破壞了袁世凱自己在民初極力樹立的‘合法性’形象，不符合政治家袁世凱的切身利益”；從當時局勢看，“袁世凱並不懼怕宋教仁成立內閣，更不會不計較得失地使用暗殺手段”；從法理上看，“尚未有直接證據證明袁世凱為刺殺宋教仁的主使”。他更傾向於認為“宋教仁為陳其美主謀所殺”。[17]
前述業餘探究者對宋案真相也有分析。其中張曉波《民國的開端：宋教仁評傳》傾向於懷疑袁、趙並非刺宋主謀，刺宋很可能是應夔丞與洪述祖迎合袁世凱剷除政敵之舉。[18]思公《晚清盡頭是民國》及金滿樓《退潮的革命：宋教仁的1913》認為袁世凱、趙秉鈞、陳其美均有嫌疑，而陳其美嫌疑似乎更大。[19]張耀傑《誰謀殺了宋教仁：政壇懸案背後的黨派之爭》則斷定幕後主使就是陳其美。[20]需要指出的是，早在宋教仁被刺之初，便有人傳言陳其美是幕後主使；20世紀20年代，袁克文在其所著《辛丙秘苑》中，也持這種觀點；而日本人北一輝在《支那革命外史》中，更發揮其奇特想像力，聲稱陳其美是刺宋主謀，而袁世凱和孫中山是“從犯”。[21]袁克文和北一輝之書均非學術著作，但其觀點對後來一些刻意抹黑國民黨的人產生了不小的影響。
應當承認，將尋找刺宋主謀作為宋案研究的主要方向，並沒有問題。但須引起研究者高度重視的是，從應宅搜獲的函電文件實際上向我們傳遞了一個極為明確而重要的信息，即“宋案”≠“刺宋案”。宋案案情錯綜複雜，其中至少應當包括收撫共進會、調查歡迎國會團、操弄憲法起草、構陷“孫黃宋”、“匿名氏”攻擊、低價購買公債，以及刺殺宋教仁等一係列情節或環節。另外，在宋案證據中僅僅提到過一次的未遂“除鄧”案，對破解宋案謎團亦極為關鍵。這些情節，環環相扣，次第演進，而又交錯進行，“刺宋”是宋案最後一個環節，也是整個案情發展的最終結局。因此，倘若我們不對刺宋之前各環節的來龍去脈，及其相互之間的演進關係進行詳細深入的考證，刺宋的發生絕無可能得到令人信服的解釋，案件發生後出現的一係列矛盾現象也無法得到解釋。然而，縱觀百餘年來的宋案研究，研究者無一例外，皆將重心放在了刺宋這個環節上，而對此前諸多環節，要麽毫不在意，要麽輕輕放過。宋案案情實際上被嚴重簡單化，宋案研究之所以一直得不到推進，根本原因即在於此。