（五）禦史台
禦史台，秩從一品。大夫二員，從一品；中丞二員，正二品；侍禦史二員，從二品；治書侍禦史二員，正三品，掌糾察百官善惡、政治得失。後定置禦史大夫二員、中丞二員、侍禦史二員、治書侍禦史二員，品秩如上；經歷一員，從五品；都事二員，正七品；照磨一員，正八品；承發管勾兼獄丞一員，正八品；架閣庫管勾兼承發一員，正九品；掾史一十五人，譯史四人，知印二人，通事二人，宣使十人，台醫二人，蒙古書寫二人，典吏六人，庫子二人。禦史台下設有殿中司、察院、行禦史台、肅政廉訪司等官署。
（六）大宗正府，
大宗正府，秩從一品。國初未有官製，首置斷事官，曰劄魯忽赤，會決庶務。凡諸王駙馬投下蒙古、色目人等，應犯一切公事，及漢人奸盜詐偽、蠱毒厭魅、誘掠逃驅、輕重罪囚，及邊遠出征官吏、每歲從駕分司上都存留住冬諸事，悉掌之。至元二年，置十員。三年，置八員。九年，降從一品銀印，止理蒙古公事。以諸王為府長，餘悉禦位下及諸王之有國封者。又有怯薛人員，奉旨署事，別無頒受宣命。十四年，置十四員。十五年，置十三員。二十一年，置二十一員。二十二年，增至三十四員。二十八年，增至四十六員。大德四年，省五員。十一年，四十一員。皇慶元年，省二員，以漢人刑名歸刑部。泰定元年，復命兼理，置劄魯忽赤四十二員，令史改為掾史。致和元年，以上都、大都所屬蒙古人並怯薛軍站色目與漢人相犯者，歸宗正府處斷，其餘路府州縣漢人、蒙古、色目詞訟，悉歸有司刑部掌管。正官劄魯忽赤四十二員，從一品；郎中二員，從五品；員外郎二員，從六品；都事二員，從七品；承發架閣庫管勾一員，從八品；掾史十人，蒙古必闍赤十三人，通事、知印各三人，宣使十人，蒙古書寫一人，典吏三人，庫子一人，醫人一人，司獄二員。
（七）宣政院
宣政院，秩從一品，掌釋教僧徒及吐蕃之境而隸治之。遇吐蕃有事，則為分院往鎮，亦別有印。如大征伐，則會樞府議。其用人則自為選。其為選則軍民通攝，僧俗並用。至元初，立總製院，而領以國師。二十五年，因唐製吐蕃來朝見於宣政殿之故，更名宣政院。定置院使一十員，從一品；同知二員，正二品；副使二員，從二品；僉院二員，正三品；同僉三員，正四品；院判三員，正五品；參議二員，正五品；經歷二員，從五品；都事三員，從七品；照磨一員，管勾一員，並正八品；掾史十五人，蒙古必闍赤二人，回回掾史二人，怯裏馬赤四人，知印二人，宣使十五人，典吏有差。
（八）太禧宗禋院
太禧宗禋院，秩從一品，掌神禦殿朔望歲時諱忌日辰禋享禮典。天曆元年，罷會福、殊祥二院，改置太禧院以總製之。初，院官秩正二品，升從一品，置參議二員，改令史為掾史。二年，改太禧宗禋院，置院使六員，增副使二員，立諸總管府為之屬。凡錢糧之出納，營繕之作輟，悉統之。定置院使都典製神禦殿事六員，同知兼佐儀神禦殿事二員，副使兼奉贊神禦殿事二員，僉院兼祗承神禦殿事二員，同僉兼肅治神禦殿事二員，院判供應神禦殿事二員，參議二員，經歷二員，都事二員，管勾、照磨各一員，掾史二十人，譯史四人，知印二人，怯裏馬赤二人，宣使一十五人，斷事官四員，客省使大使、副使各二員。
（九）儲政院
儲政院，秩正二品。至元十九年，立詹事院，備左右輔翼皇太子之任，置左、右詹事各一員，副詹事、詹事丞、院判各二員，吏屬六十有二人，別置宮臣賓客二員，左右諭德、左右贊善各一員，校書郎二員，中庶子、中允各一員。三十一年，太子裕宗既薨，乃以院之錢糧選法工役，悉歸太後位下，改為徽政院以掌之。大德九年，復立詹事院，尋罷。十一年，更置詹事院，秩從一品，設官十二員。至大四年罷。延祐四年復立，七年罷。泰定元年，罷徽政院，改立詹事如前。天曆元年，改詹事院為儲慶使司。二年罷，復立詹事院。未幾，改儲政院，院使六員，正二品；同知二員，正三品；僉院二員，從三品；同僉二員，正四品；院判二員，正五品；司議二員，從五品；長史二員，正六品；照磨二員，管勾二員，俱正八品；掾史一十二人，譯史四人，回回掾史二人，通事、知印各二人，宣使十人，典吏六人。
二、地方政權
（一）行中書省（職同中央中書省）
行中書省，凡十一，秩從一品，掌國庶務，統郡縣，鎮邊鄙，與都省為表裏。國初，有征伐之役，分任軍民之事，皆稱行省，未有定製。中統、至元間，始分立行中書省，因事設官，官不必備，皆以省官出領其事。其丞相，皆以宰執行某處省事係銜。其後嫌於外重，改為某處行中書省。凡錢糧、兵甲、屯種、漕運、軍國重事，無不領之。至元二十四年，改行尚書省，尋復如舊。至大二年，又改行尚書省，二年復如舊。每省丞相一員，從一品；平章二員，從一品；右丞一員，左丞一員，正二品；參知政事二員，從二品，甘肅、嶺北二省各減一員；郎中二員，從五品；員外郎二員，從六品；都事二員，從七品；掾史、蒙古必闍赤、回回令史、通事、知印、宣使，各省設員有差。舊製參政之下，有僉省、有同僉之屬，後罷不置。丞相或置或不置，尤慎於擇人，故往往缺焉。河南江北等處行中書省，統有十二路、七府。江浙等處行中書省，統有三十路、一府。江西等處行中書省，統有十八路。湖廣等處行中書省，統有三十路、三府。陝西等處行中書省，所轄之地，惟陝西四路、五府。四川等處行中書省，統有九路、五府。遼陽等處行中書省，統有七路、一府。甘肅等處行中書省，統有七路、二州。嶺北等處行中書省。國初，太祖定都於哈剌和林河之西，因名其城曰和林，立元昌路。中統元年，世祖遷都中興，始置宣慰司都元帥府。大德十一年，改立和林等處行中書省，右丞相、左丞相各一員。至大四年，省右丞相。皇慶元年，改嶺北等處行中書省，設官如上，治和寧路，統有北邊等處。雲南等處行中書省，統有三十七路、五府。征東等處行中書省。至元二十年，以征日本國，命高麗王置省，典軍興之務，師還而罷。大德三年，復立行省，以中國之法治之。既而王言其非便，詔罷行省，從其國俗。至治元年復置，以高麗王兼領丞相，得自奏選屬官，治瀋陽，統有二府、一司、五道。
禦史台，秩從一品。大夫二員，從一品；中丞二員，正二品；侍禦史二員，從二品；治書侍禦史二員，正三品，掌糾察百官善惡、政治得失。後定置禦史大夫二員、中丞二員、侍禦史二員、治書侍禦史二員，品秩如上；經歷一員，從五品；都事二員，正七品；照磨一員，正八品；承發管勾兼獄丞一員，正八品；架閣庫管勾兼承發一員，正九品；掾史一十五人，譯史四人，知印二人，通事二人，宣使十人，台醫二人，蒙古書寫二人，典吏六人，庫子二人。禦史台下設有殿中司、察院、行禦史台、肅政廉訪司等官署。
（六）大宗正府，
大宗正府，秩從一品。國初未有官製，首置斷事官，曰劄魯忽赤，會決庶務。凡諸王駙馬投下蒙古、色目人等，應犯一切公事，及漢人奸盜詐偽、蠱毒厭魅、誘掠逃驅、輕重罪囚，及邊遠出征官吏、每歲從駕分司上都存留住冬諸事，悉掌之。至元二年，置十員。三年，置八員。九年，降從一品銀印，止理蒙古公事。以諸王為府長，餘悉禦位下及諸王之有國封者。又有怯薛人員，奉旨署事，別無頒受宣命。十四年，置十四員。十五年，置十三員。二十一年，置二十一員。二十二年，增至三十四員。二十八年，增至四十六員。大德四年，省五員。十一年，四十一員。皇慶元年，省二員，以漢人刑名歸刑部。泰定元年，復命兼理，置劄魯忽赤四十二員，令史改為掾史。致和元年，以上都、大都所屬蒙古人並怯薛軍站色目與漢人相犯者，歸宗正府處斷，其餘路府州縣漢人、蒙古、色目詞訟，悉歸有司刑部掌管。正官劄魯忽赤四十二員，從一品；郎中二員，從五品；員外郎二員，從六品；都事二員，從七品；承發架閣庫管勾一員，從八品；掾史十人，蒙古必闍赤十三人，通事、知印各三人，宣使十人，蒙古書寫一人，典吏三人，庫子一人，醫人一人，司獄二員。
（七）宣政院
宣政院，秩從一品，掌釋教僧徒及吐蕃之境而隸治之。遇吐蕃有事，則為分院往鎮，亦別有印。如大征伐，則會樞府議。其用人則自為選。其為選則軍民通攝，僧俗並用。至元初，立總製院，而領以國師。二十五年，因唐製吐蕃來朝見於宣政殿之故，更名宣政院。定置院使一十員，從一品；同知二員，正二品；副使二員，從二品；僉院二員，正三品；同僉三員，正四品；院判三員，正五品；參議二員，正五品；經歷二員，從五品；都事三員，從七品；照磨一員，管勾一員，並正八品；掾史十五人，蒙古必闍赤二人，回回掾史二人，怯裏馬赤四人，知印二人，宣使十五人，典吏有差。
（八）太禧宗禋院
太禧宗禋院，秩從一品，掌神禦殿朔望歲時諱忌日辰禋享禮典。天曆元年，罷會福、殊祥二院，改置太禧院以總製之。初，院官秩正二品，升從一品，置參議二員，改令史為掾史。二年，改太禧宗禋院，置院使六員，增副使二員，立諸總管府為之屬。凡錢糧之出納，營繕之作輟，悉統之。定置院使都典製神禦殿事六員，同知兼佐儀神禦殿事二員，副使兼奉贊神禦殿事二員，僉院兼祗承神禦殿事二員，同僉兼肅治神禦殿事二員，院判供應神禦殿事二員，參議二員，經歷二員，都事二員，管勾、照磨各一員，掾史二十人，譯史四人，知印二人，怯裏馬赤二人，宣使一十五人，斷事官四員，客省使大使、副使各二員。
（九）儲政院
儲政院，秩正二品。至元十九年，立詹事院，備左右輔翼皇太子之任，置左、右詹事各一員，副詹事、詹事丞、院判各二員，吏屬六十有二人，別置宮臣賓客二員，左右諭德、左右贊善各一員，校書郎二員，中庶子、中允各一員。三十一年，太子裕宗既薨，乃以院之錢糧選法工役，悉歸太後位下，改為徽政院以掌之。大德九年，復立詹事院，尋罷。十一年，更置詹事院，秩從一品，設官十二員。至大四年罷。延祐四年復立，七年罷。泰定元年，罷徽政院，改立詹事如前。天曆元年，改詹事院為儲慶使司。二年罷，復立詹事院。未幾，改儲政院，院使六員，正二品；同知二員，正三品；僉院二員，從三品；同僉二員，正四品；院判二員，正五品；司議二員，從五品；長史二員，正六品；照磨二員，管勾二員，俱正八品；掾史一十二人，譯史四人，回回掾史二人，通事、知印各二人，宣使十人，典吏六人。
二、地方政權
（一）行中書省（職同中央中書省）
行中書省，凡十一，秩從一品，掌國庶務，統郡縣，鎮邊鄙，與都省為表裏。國初，有征伐之役，分任軍民之事，皆稱行省，未有定製。中統、至元間，始分立行中書省，因事設官，官不必備，皆以省官出領其事。其丞相，皆以宰執行某處省事係銜。其後嫌於外重，改為某處行中書省。凡錢糧、兵甲、屯種、漕運、軍國重事，無不領之。至元二十四年，改行尚書省，尋復如舊。至大二年，又改行尚書省，二年復如舊。每省丞相一員，從一品；平章二員，從一品；右丞一員，左丞一員，正二品；參知政事二員，從二品，甘肅、嶺北二省各減一員；郎中二員，從五品；員外郎二員，從六品；都事二員，從七品；掾史、蒙古必闍赤、回回令史、通事、知印、宣使，各省設員有差。舊製參政之下，有僉省、有同僉之屬，後罷不置。丞相或置或不置，尤慎於擇人，故往往缺焉。河南江北等處行中書省，統有十二路、七府。江浙等處行中書省，統有三十路、一府。江西等處行中書省，統有十八路。湖廣等處行中書省，統有三十路、三府。陝西等處行中書省，所轄之地，惟陝西四路、五府。四川等處行中書省，統有九路、五府。遼陽等處行中書省，統有七路、一府。甘肅等處行中書省，統有七路、二州。嶺北等處行中書省。國初，太祖定都於哈剌和林河之西，因名其城曰和林，立元昌路。中統元年，世祖遷都中興，始置宣慰司都元帥府。大德十一年，改立和林等處行中書省，右丞相、左丞相各一員。至大四年，省右丞相。皇慶元年，改嶺北等處行中書省，設官如上，治和寧路，統有北邊等處。雲南等處行中書省，統有三十七路、五府。征東等處行中書省。至元二十年，以征日本國，命高麗王置省，典軍興之務，師還而罷。大德三年，復立行省，以中國之法治之。既而王言其非便，詔罷行省，從其國俗。至治元年復置，以高麗王兼領丞相，得自奏選屬官，治瀋陽，統有二府、一司、五道。