但因連日風雨大作，鹿港溪水深，不能涉渡，近衛師團主力無法出彰化南進。濁水溪更是大漲，“不啻銀河倒瀉，山流暴注，急湍奔騰，有傾盆倒峽之勢，幾使平土變為澤國”。日軍隻好改變第一次作戰計劃，停戰數日，以俟天氣稍晴，再興大師。”是時，“黑旗兵紮雲林，每夜暗渡，謀襲北鬥，夜間銃聲迭響。”然以兵力單薄，無大戰果。十月三日，北白川能久率近衛師團出彰化南下。行前，規定了各部隊的行軍日程如下：（表略）
日軍在南進途中，遭到黑旗軍和義軍的節節抗擊。但日軍以優勢兵力猛進，黑旗軍和義軍難以抵禦，損失甚大。黑旗軍都司肖三發和義首黃榮邦犧牲。到八日，日軍便從北、東、西三麵包圍了嘉義。
嘉義，古稱渚羅，南距台南府城一百三十餘裏，負山麵海，頗據形勢，為府城北路之屏障。城牆下部壘石，上部砌磚，高兩丈有餘，厚約一丈二尺。城之頂端有女牆，其箭垛適可為槍眼之用。有四門，上建敵樓，便於瞭望。各門外皆築甕城。城外有寬三丈的護城河環繞，河堤上遍植竹林。此時，雲林一帶黑旗軍皆退至嘉義，劉永福令王德標據城固守。
十月九日，日本近衛師團向嘉義發動了總攻。進攻前，北白川能久晉升阪井重季為少將，接替已死的山根信成的步兵第二旅團長職務，並令鬆原睃三郎中佐為步兵第二聯隊長。北白川此番率近衛師團進攻嘉義，傾巢而來，誌在必得，然自侵台以來，歷時將近半載，多次苦戰，傷病在身，與他從台北南下到占領彰化時的心情相比，已經有了很大的變化。此時，他在一首詩中寫道，“遠伐荊蠻百事辛，難堪惡水與炎塵。去京半歲君休笑，忽作白頭黑麵人！”注2此詩，寄託了感嘆萬端，表現出這個日本侵略軍頭日精神世界的另一個側麵。嘉義之戰的十九天後，他即以傷病死於台南。所以，這首詩實際上是他臨死前的一次哀鳴。
是日黎明，日軍各部隊從宿營地出發，分三路逼近嘉義。上午八時三十分，川村景明率前衛進至距北門一千公尺時，一麵命炮兵布置陣地，將四門山炮架起，一麵命步兵製作登城竹梯。此時，北白川也率師團主力進至前衛位置，命一個炮兵中隊加入進攻。十時三十分，右翼支隊抵距西門七百公尺處，選定炮兵陣地，作炮擊的準備。與此同時，左翼支隊奉命埋伏於東門外約七百公尺的深壕內，等待進擊的命令。
上午十一時三十分，日軍開始從三麵炮擊嘉義，其炮火之熾烈，“恰如萬雷落地，天地為之震撼”。嘉義城牆雖然堅固，怎敵得住大炮的襲擊？然黑旗軍仍奮勇抵抗，“自城牆上進行非常猛烈的射擊”。不久，東西兩座城門樓皆被轟毀。日軍趁機架竹梯登城。黑旗軍和防軍“頑強抗禦，仍不斷以抬槍還擊”注3，但終究抵擋不住。到十二點十五分時，日軍已經先後占領了西、北、東三門，並突進城內。嘉義知縣孫育萬從南門奔回台南，王德標率餘部退至曾文溪。嘉義遂陷。注4
日本近衛師團進攻嘉義的當天，日本第二師團各部隊已在澎湖島待命。南進軍司令部設在東京丸上。高島鞆之助召集乃木希典、伏見貞愛、八艦艦長及參謀等三十餘人，在東京丸上舉行作戰會議。會議決定：伏見貞愛率混成第四旅團為北軍，從布袋嘴登陸，並與近衛師團取得聯繫，共同從北路進逼台南府城，乃木希典率第二師團餘部為南軍，從枋寮海岸登陸，從南路拊台南之背。此時，日本海軍吉野、浪速、秋津洲、濟遠、大和、海門、八重山、西京丸八艦，及四十九艘運輸船均麇集於澎湖島馬公灣。北軍登陸時，由浪速、濟遠、海門三艦護衛，濟遠艦長平尾大佐為北軍登陸委員長；南軍登陸時，由吉野、秋津洲、大和、八重山、西京丸五艦護衛，八重山艦長平山大佐為南軍登陸委員長。
十月十日上午六時，日軍運輸船十九隻，載南進軍司令部及混成第四旅團，在浪速、濟遠、海門三艦的護衛下，自澎湖島出發，舳艫相銜而進。十時五十分，抵布袋嘴，停泊於距海岸三海裏處。十一時四十分，濟遠艦首先向岸上開炮，浪速、海門二艦隨之。海岸附近的村落房屋被燃，“火焰沖天，一直燒到半夜仍未熄滅”。下午二時半，日軍在炮火的掩護下，開始登陸。此處隻有少數清軍，稍作抵抗，即向南敗退。十一日晨，混成第四旅團前鋒從布袋嘴出發，途中與近衛師團的鬆原支隊相遇，遂一起向東南進發，於上午十時半占領了鹽水港。至此，混成第四旅團與近衛師團兩支部隊的信息才完全溝通。
日本混成第四旅團雖然派前鋒占領了鹽水港，但後繼登陸部隊時時遭到黑旗軍和義軍的狙擊。日方記載說：“我軍在布袋嘴登陸時，此地人頑冥不解事理，隻認為敵兵一來於自己有害，須抵抗以保持自己的安全，似欲以死力防禦到底。一方麵劉永福亦利用其無知剽悍，企圖藉此防阻我軍登陸，讓其部下大肆煽動。因此，我軍東西南北，到處無不戰鬥。”注5確實如此。十月十一日，占領鹽水港的日軍南進時，便遭到林碧玉所率義民的激烈抵抗。
林碧玉(一八三二——一八九五年)，字爾音，號崑岡，嘉義諸生。祖籍福建泉州晉江縣，先世遷台，“初居台南縣北門鄉，後遷將軍鄉西甲”。中秀才後，設教於鄉。“生平尚武好義，精拳術”，“喜為人排難解紛，裏眾倚重之”注6至是，聞前適迭敗，台南岌岌可危，便集各莊群眾曰：“台灣亡矣！若等將何往？吾欲率子弟衛桑梓，若能從吾乎？”應者一百數十人，得舊銃數十桿，迎敵於鹽水港南十餘裏之鐵線橋。林碧玉率眾踴躍而進，日軍稍卻。復戰於溝仔頭，沿途莊民亦持械隨戰。既而日軍大隊至，他指天而誓曰：“天苟不欲相餘，今日一戰，當先中彈而死！”注7眾皆感泣。在與敵搏戰中，林碧玉中彈洞胸，壯烈犧牲。其長子同戰死。而日軍傷亡亦頗不少，其中有一中尉，中彈當即斃命。
日軍在南進途中，遭到黑旗軍和義軍的節節抗擊。但日軍以優勢兵力猛進，黑旗軍和義軍難以抵禦，損失甚大。黑旗軍都司肖三發和義首黃榮邦犧牲。到八日，日軍便從北、東、西三麵包圍了嘉義。
嘉義，古稱渚羅，南距台南府城一百三十餘裏，負山麵海，頗據形勢，為府城北路之屏障。城牆下部壘石，上部砌磚，高兩丈有餘，厚約一丈二尺。城之頂端有女牆，其箭垛適可為槍眼之用。有四門，上建敵樓，便於瞭望。各門外皆築甕城。城外有寬三丈的護城河環繞，河堤上遍植竹林。此時，雲林一帶黑旗軍皆退至嘉義，劉永福令王德標據城固守。
十月九日，日本近衛師團向嘉義發動了總攻。進攻前，北白川能久晉升阪井重季為少將，接替已死的山根信成的步兵第二旅團長職務，並令鬆原睃三郎中佐為步兵第二聯隊長。北白川此番率近衛師團進攻嘉義，傾巢而來，誌在必得，然自侵台以來，歷時將近半載，多次苦戰，傷病在身，與他從台北南下到占領彰化時的心情相比，已經有了很大的變化。此時，他在一首詩中寫道，“遠伐荊蠻百事辛，難堪惡水與炎塵。去京半歲君休笑，忽作白頭黑麵人！”注2此詩，寄託了感嘆萬端，表現出這個日本侵略軍頭日精神世界的另一個側麵。嘉義之戰的十九天後，他即以傷病死於台南。所以，這首詩實際上是他臨死前的一次哀鳴。
是日黎明，日軍各部隊從宿營地出發，分三路逼近嘉義。上午八時三十分，川村景明率前衛進至距北門一千公尺時，一麵命炮兵布置陣地，將四門山炮架起，一麵命步兵製作登城竹梯。此時，北白川也率師團主力進至前衛位置，命一個炮兵中隊加入進攻。十時三十分，右翼支隊抵距西門七百公尺處，選定炮兵陣地，作炮擊的準備。與此同時，左翼支隊奉命埋伏於東門外約七百公尺的深壕內，等待進擊的命令。
上午十一時三十分，日軍開始從三麵炮擊嘉義，其炮火之熾烈，“恰如萬雷落地，天地為之震撼”。嘉義城牆雖然堅固，怎敵得住大炮的襲擊？然黑旗軍仍奮勇抵抗，“自城牆上進行非常猛烈的射擊”。不久，東西兩座城門樓皆被轟毀。日軍趁機架竹梯登城。黑旗軍和防軍“頑強抗禦，仍不斷以抬槍還擊”注3，但終究抵擋不住。到十二點十五分時，日軍已經先後占領了西、北、東三門，並突進城內。嘉義知縣孫育萬從南門奔回台南，王德標率餘部退至曾文溪。嘉義遂陷。注4
日本近衛師團進攻嘉義的當天，日本第二師團各部隊已在澎湖島待命。南進軍司令部設在東京丸上。高島鞆之助召集乃木希典、伏見貞愛、八艦艦長及參謀等三十餘人，在東京丸上舉行作戰會議。會議決定：伏見貞愛率混成第四旅團為北軍，從布袋嘴登陸，並與近衛師團取得聯繫，共同從北路進逼台南府城，乃木希典率第二師團餘部為南軍，從枋寮海岸登陸，從南路拊台南之背。此時，日本海軍吉野、浪速、秋津洲、濟遠、大和、海門、八重山、西京丸八艦，及四十九艘運輸船均麇集於澎湖島馬公灣。北軍登陸時，由浪速、濟遠、海門三艦護衛，濟遠艦長平尾大佐為北軍登陸委員長；南軍登陸時，由吉野、秋津洲、大和、八重山、西京丸五艦護衛，八重山艦長平山大佐為南軍登陸委員長。
十月十日上午六時，日軍運輸船十九隻，載南進軍司令部及混成第四旅團，在浪速、濟遠、海門三艦的護衛下，自澎湖島出發，舳艫相銜而進。十時五十分，抵布袋嘴，停泊於距海岸三海裏處。十一時四十分，濟遠艦首先向岸上開炮，浪速、海門二艦隨之。海岸附近的村落房屋被燃，“火焰沖天，一直燒到半夜仍未熄滅”。下午二時半，日軍在炮火的掩護下，開始登陸。此處隻有少數清軍，稍作抵抗，即向南敗退。十一日晨，混成第四旅團前鋒從布袋嘴出發，途中與近衛師團的鬆原支隊相遇，遂一起向東南進發，於上午十時半占領了鹽水港。至此，混成第四旅團與近衛師團兩支部隊的信息才完全溝通。
日本混成第四旅團雖然派前鋒占領了鹽水港，但後繼登陸部隊時時遭到黑旗軍和義軍的狙擊。日方記載說：“我軍在布袋嘴登陸時，此地人頑冥不解事理，隻認為敵兵一來於自己有害，須抵抗以保持自己的安全，似欲以死力防禦到底。一方麵劉永福亦利用其無知剽悍，企圖藉此防阻我軍登陸，讓其部下大肆煽動。因此，我軍東西南北，到處無不戰鬥。”注5確實如此。十月十一日，占領鹽水港的日軍南進時，便遭到林碧玉所率義民的激烈抵抗。
林碧玉(一八三二——一八九五年)，字爾音，號崑岡，嘉義諸生。祖籍福建泉州晉江縣，先世遷台，“初居台南縣北門鄉，後遷將軍鄉西甲”。中秀才後，設教於鄉。“生平尚武好義，精拳術”，“喜為人排難解紛，裏眾倚重之”注6至是，聞前適迭敗，台南岌岌可危，便集各莊群眾曰：“台灣亡矣！若等將何往？吾欲率子弟衛桑梓，若能從吾乎？”應者一百數十人，得舊銃數十桿，迎敵於鹽水港南十餘裏之鐵線橋。林碧玉率眾踴躍而進，日軍稍卻。復戰於溝仔頭，沿途莊民亦持械隨戰。既而日軍大隊至，他指天而誓曰：“天苟不欲相餘，今日一戰，當先中彈而死！”注7眾皆感泣。在與敵搏戰中，林碧玉中彈洞胸，壯烈犧牲。其長子同戰死。而日軍傷亡亦頗不少，其中有一中尉，中彈當即斃命。