日軍從澳底登陸後，台灣鎮總兵萬國本辭職離台，劉永福兼署台南鎮篆，始駐台南府城。唐景崧內渡後，台南紳民公議，舉劉永福為台灣民主國總統，辭之。以後，台南紳民鑄台灣民主國總統銀印一顆送來，劉永福復懇辭曰：“今諸君送此印來，無非欲保身家、固土地，不甘為蠻夷牛馬而已。誠宜決意抵敵，務須互相協力，籌軍餉，為第一著緊要之事。蓋軍餉足用，士肥馬騰，日本雖然厲害，吾豈懼哉？”又稱：“區區此印，無能為力。蓋有在此不在彼之故，諸君以為然否？請將印帶回銷之可也。”注7卒不收印。六月二十一日，由上海轉到署兩江總督張之洞來電，內稱：“俄國已認台自主，問黑旗尚在否？究竟能支持兩月否？似此外援已結，速宜將此事遍諭軍民，死守勿去，不日救兵即至也。”注8這封電報，對劉永福和黑旗軍將士是一個很大鼓舞。二十九日夜，“設壇幄，祭告天地神祗，台南文武百餘人並集，歃血同盟，並作《盟約》雲：“變出非常，改省為國，民為自主，仍隸清朝。即各友邦，許為輔助，何況我輩，敢不維持？嗚呼！為大清之臣，守大清之地，分內事也，萬死不辭。一時千載，縱使片土之剩，一線之延，亦應保全，不令倭得。”注9三十日，以救兵將至布告，“萬眾歡聲如雷”。注10
此時，南侵日軍正被阻於新竹，進退維穀，處境困難，而劉永福之坐鎮台南，更是其心腹大患。樺山資紀為擺脫困境，想出了勸降的一招，寄希望於一紙書信，以不戰而勝。早在六月二十五日，樺山致書劉永福，勸其“速戢幹戈”，奏請日皇“待以將禮，送還清國；如部下將卒，亦當宥恕其罪，遣還原籍”。八月二十三日，此書才由英國兵輪送至台南。二十五日，劉永福復書樺山，斥責日本“棄好崇仇，無端開釁”，表示“當與台灣共存亡”，“守效死勿去之義，以守茲土，以保此民”。注11復書義正詞嚴，堅決駁回敵人的勸降陰謀，表現了可貴的民族氣節。在此之前，形勢一度對抗日力量非常有利。但是，由於台灣府知府黎景嵩不肯與劉永福聯合，錯過了收復新竹的大好時機。後雖請黑旗軍北上，而時過境遷，已難以為力。經過彰化之戰，劉永福損兵折將，元氣大傷。部將李維義自彰化逃回後，再三提出要到布袋嘴一帶據險扼守，劉永福發給餉銀，令其統鎮海中軍左營前往。然而，李維義一到布袋嘴，即“將銀席捲，並連各槍枝變賣”注12，竟同黎景嵩一起帶數百人，僱船逃往廈門了。兼護台灣道道台和台南府知府的安平縣知縣忠滿，也棄軍逃往廈門。部下的叛逃，更使劉永福內外交困，而莫展一籌。台南的形勢更為嚴峻了。
盡管如此，劉永福仍然決心抗敵，力撐危局。此時，王德標正在嘉義縣養傷，“英氣不衰，誓吞敵”注13，劉永福命其在嘉義據守，但仍感前敵統將乏人，文案吳桐林力舉楊泗洪“可當大任”。他深以為然即命楊泗洪統鎮海中軍正營、後營、前軍右營、武毅右軍右營兼吉林炮隊共五營，“節製黑旗前敵諸軍，及各地義勇隊，鹹歸調遣”。注14
楊泗洪(一八四八——一八九五年)，字錫九，江蘇宿遷人。出身於拳技世家。“性倜儻，有遠誌”。“好濟人危急，削不平。”曾投效湘軍，積功保至遊擊。一八四四年，劉銘傳奉旨赴台治軍，楊泗洪以營官隨行。時法軍侵台，在滬尾一戰中，楊泗洪“率部挫其鋒，敵為卻”。劉銘傳“極獎藉之，由是名大著”。注15累保記名簡放提督，賞碩勇巴圖魯勇號。又奏署台灣鎮總兵。後劉銘傳因故辭職離台。至一八九一年，邵友濂任巡撫，盡廢前任之政，裁撤防軍，將楊泗洪降為營官。及日軍侵台，連陷台中諸城，楊泗洪義憤填膺，決心守土不去，以恢復為己任。既奉命節製黑旗前敵諸軍，為劉永福之知遇和信任感泣不已。他對吳桐林說：“我當以身報大將軍知遇之恩，庶不負先生牙齒力也。”注16遂集隊誓師，當眾宣言，“勵其忠義之氣，激以夷狄之辱，垂淚而道，士氣奮發，慷慨啟行。”注17
劉永福在任命楊泗洪節製前敵諸軍的同時，又接受文案吳桐林、羅綺章的兩項建議：一、“議撫”；二、“仿內地保甲,行聯莊法,令各鄉自近及遠，漸次舉行。”注18所謂“議撫”，即招撫各地抗日的義首；所謂“聯莊法”，“即一莊聯十，十莊聯百。由合南聯至台中，由台中聯至台北。倭至則協力攻倭，倭去則嚴查土匪。”注19劉永福以台中抗戰數月，以新苗義軍之功居多。彰化之陷，徐驤帶二十人突圍至台南，劉永福慰之，命入卑南募兵。於是，台南各地的義首紛紛應招，其中著名者為簡成功、筒精華、黃榮邦和林義成。簡成功，原名大肚，嘉義大莆林人。其子，簡精華，原名嬰(一作“宜”或“義”)。黃邦榮，原名醜，嘉義中埤莊人。皆應招後改為現名。林義成，乳名小貓(一作“少貓”)，又名苗生，恆春阿緱人。日軍侵台後，“招義民，據鳳山嶺以抗”注20，並與簡精華互通聲氣。“倭之據大莆林也，精華宰羊豕，除道路迎倭。倭至，責精華獻婦女二百人，精華不應。倭酋怒，挾精華至其家，搜得婦女六十餘人，縱兵淫汙，精華家人奸辱尤酷。精華怒，送款台軍。於是，榮邦、義成皆受撫，願效死。”注21九月一日，劉永福檄簡成功總統義軍，統義民十一營。林義成率所部至，亦合為一軍。劉永福重新恢復清軍與義軍聯合抗日的體製，在當時產生極大影響，推動了抗日形勢的發展。
此時，南侵日軍正被阻於新竹，進退維穀，處境困難，而劉永福之坐鎮台南，更是其心腹大患。樺山資紀為擺脫困境，想出了勸降的一招，寄希望於一紙書信，以不戰而勝。早在六月二十五日，樺山致書劉永福，勸其“速戢幹戈”，奏請日皇“待以將禮，送還清國；如部下將卒，亦當宥恕其罪，遣還原籍”。八月二十三日，此書才由英國兵輪送至台南。二十五日，劉永福復書樺山，斥責日本“棄好崇仇，無端開釁”，表示“當與台灣共存亡”，“守效死勿去之義，以守茲土，以保此民”。注11復書義正詞嚴，堅決駁回敵人的勸降陰謀，表現了可貴的民族氣節。在此之前，形勢一度對抗日力量非常有利。但是，由於台灣府知府黎景嵩不肯與劉永福聯合，錯過了收復新竹的大好時機。後雖請黑旗軍北上，而時過境遷，已難以為力。經過彰化之戰，劉永福損兵折將，元氣大傷。部將李維義自彰化逃回後，再三提出要到布袋嘴一帶據險扼守，劉永福發給餉銀，令其統鎮海中軍左營前往。然而，李維義一到布袋嘴，即“將銀席捲，並連各槍枝變賣”注12，竟同黎景嵩一起帶數百人，僱船逃往廈門了。兼護台灣道道台和台南府知府的安平縣知縣忠滿，也棄軍逃往廈門。部下的叛逃，更使劉永福內外交困，而莫展一籌。台南的形勢更為嚴峻了。
盡管如此，劉永福仍然決心抗敵，力撐危局。此時，王德標正在嘉義縣養傷，“英氣不衰，誓吞敵”注13，劉永福命其在嘉義據守，但仍感前敵統將乏人，文案吳桐林力舉楊泗洪“可當大任”。他深以為然即命楊泗洪統鎮海中軍正營、後營、前軍右營、武毅右軍右營兼吉林炮隊共五營，“節製黑旗前敵諸軍，及各地義勇隊，鹹歸調遣”。注14
楊泗洪(一八四八——一八九五年)，字錫九，江蘇宿遷人。出身於拳技世家。“性倜儻，有遠誌”。“好濟人危急，削不平。”曾投效湘軍，積功保至遊擊。一八四四年，劉銘傳奉旨赴台治軍，楊泗洪以營官隨行。時法軍侵台，在滬尾一戰中，楊泗洪“率部挫其鋒，敵為卻”。劉銘傳“極獎藉之，由是名大著”。注15累保記名簡放提督，賞碩勇巴圖魯勇號。又奏署台灣鎮總兵。後劉銘傳因故辭職離台。至一八九一年，邵友濂任巡撫，盡廢前任之政，裁撤防軍，將楊泗洪降為營官。及日軍侵台，連陷台中諸城，楊泗洪義憤填膺，決心守土不去，以恢復為己任。既奉命節製黑旗前敵諸軍，為劉永福之知遇和信任感泣不已。他對吳桐林說：“我當以身報大將軍知遇之恩，庶不負先生牙齒力也。”注16遂集隊誓師，當眾宣言，“勵其忠義之氣，激以夷狄之辱，垂淚而道，士氣奮發，慷慨啟行。”注17
劉永福在任命楊泗洪節製前敵諸軍的同時，又接受文案吳桐林、羅綺章的兩項建議：一、“議撫”；二、“仿內地保甲,行聯莊法,令各鄉自近及遠，漸次舉行。”注18所謂“議撫”，即招撫各地抗日的義首；所謂“聯莊法”，“即一莊聯十，十莊聯百。由合南聯至台中，由台中聯至台北。倭至則協力攻倭，倭去則嚴查土匪。”注19劉永福以台中抗戰數月，以新苗義軍之功居多。彰化之陷，徐驤帶二十人突圍至台南，劉永福慰之，命入卑南募兵。於是，台南各地的義首紛紛應招，其中著名者為簡成功、筒精華、黃榮邦和林義成。簡成功，原名大肚，嘉義大莆林人。其子，簡精華，原名嬰(一作“宜”或“義”)。黃邦榮，原名醜，嘉義中埤莊人。皆應招後改為現名。林義成，乳名小貓(一作“少貓”)，又名苗生，恆春阿緱人。日軍侵台後，“招義民，據鳳山嶺以抗”注20，並與簡精華互通聲氣。“倭之據大莆林也，精華宰羊豕，除道路迎倭。倭至，責精華獻婦女二百人，精華不應。倭酋怒，挾精華至其家，搜得婦女六十餘人，縱兵淫汙，精華家人奸辱尤酷。精華怒，送款台軍。於是，榮邦、義成皆受撫，願效死。”注21九月一日，劉永福檄簡成功總統義軍，統義民十一營。林義成率所部至，亦合為一軍。劉永福重新恢復清軍與義軍聯合抗日的體製，在當時產生極大影響，推動了抗日形勢的發展。