劉秀當時對政治製度的整治，如果歸結為一句話，就是強化皇權，限製外戚。即用行政改革的方式，讓他的個人意誌迅速成為國家的主體思想，並且滲透到國民經濟的各個角落之中。
首先一條，就是加強中央對方的行政控製。
東漢在建國的時候，大體的國土麵積與西漢差不多，國家以郡縣作為地方政權，全國一共有118個州郡，從地方區劃的數目上看，東漢的地方郡縣數量遠遠大於西漢，這正是為了分散地方的權利，保證中央對地方的絕對控製權。與此同時，漢武帝時期曾經臨時設置的十三道刺史，被劉秀改革為常設機構。刺史負責治理其境內的管理，並且有領兵、發兵的權力，傳統的地方州郡官員，其權力已經被大大地削弱。同時，劉秀因為人口減少，在全國開始了“縣城合併”運動，在全國裁撤了大批地方縣城，將縣城合併，以集合人口，全麵進行恢復經濟的工作。
漢光武時代開國的地方官員們，身份和西漢初期開國也有很大不同。西漢初期開國，在地方官員的任用上，都是老成持重的當地名流，成分比較單純。到了劉秀時代，地方官的成分非常複雜，既有王莽時期的舊官員，也有皇室宗親，功臣宿將之後，因為人員比較雜，所以隱含的麻煩也比較多。王莽時期的這些舊官員們，和前朝之間有著千絲萬縷的聯繫，這些人固然有非常豐富的治理地方的經驗，但是前朝的陋習也非常嚴重，尤其是在掠奪百姓和貪贓枉法上，許多人都是“老手”，這些人既要用，更要監督。而皇室宗親與功臣宿將，他們的問題卻是“馬上得天下，馬上難治天下”，這些人大多數是軍人出身，最大的優點是打仗，治理地方本身就不是他們的長處，有時候一些簡單粗暴的辦法，反而會好心辦壞事，造成適得其反的效果。所以設立刺史製度，對地方官員進行監督，最大限度地削弱地方官員權力，不給他們專權的機會，也就顯得尤其重要了。
在地方職權進行調整的時候，東漢帝國的中央機構也在進行改革，東漢的官製，主要沿用了西漢的三公九卿製度，即司徒、司空、太尉三者稱三公，但是在具體的職權上，東漢卻進行了大力的削減。和西漢時期三公往往有“太師”“太保”“太傅”等名譽爵位不同的是，東漢僅僅保留了“太傅”。東漢的九卿，和西漢不同，完全被劃入了三公的附屬之中，從表麵看，這樣是加強了三公的權利，但事實上劉秀卻是“陰壞”。一是劉秀一反西漢時期讓周勃、陳平等開國元勛擔任丞相的做法，在他的政府裏，開國元勛一律不能擔任三公。而在權利上，三公其實也大為縮水，劉秀的各項統治政策，大部分都是由尚書台來實行，三公其實更多的時候，是一種名譽性的職位。
而劉秀在中央政權上的新發明，就是著名的“尚書台”。尚書在西漢的時候就有，但那時候的尚書，隻不過是少府的一個辦事機構，甚至沒有單獨的名分，到了劉秀時期，尚書的權利迅速擴大，尚書台設主官一人，稱尚書令，下麵有副主管——尚書僕射，外加左右二承。下麵的曹史等各級官員，共有62人。在東漢時期，尚書台才是國家權利的最高核心，他們位高權重，朝廷決策，機密謀劃，賞罰官員，都是由尚書台來運作，三公的職權大部分都被他們取而代之。而對比鮮明的是，尚書台的官員品級並不高，這樣一來，三公有高位而無實權，尚書台有實權而無高位，兩家互相牽製，劉秀的皇權，也就可以從中掌控，高枕無憂。為了統一中央威權，劉秀可謂煞費苦心。
這種強化個人威權的做法，在東漢開國的時期，不但沒有引起下麵的牴觸，反而引起了舉國的擁護，因為尚書台的官員，雖然品級低微，但大多數都是來自於和功臣宿將關係密切的官員，上上下下早已經形成了盤根錯節的關係。所以位高無權的三公和位低權重的尚書台之間，開始也就能形成“和諧”局麵。但是從當時恢復國民經濟的角度說，尚書台的建立，確實起到加快國家行政效率的作用，比起三公掌權時期的機構林立，人員臃腫，行政效率低下，對新政策的牴觸重重，尚書台對於皇帝，卻隻有無條件的尊奉實行，帝王的威權在這個過程裏，得到了大大的加強。
與行政機構改革同時進行的，是劉秀對於外戚集團的遏製。當時的劉秀，對外戚集團是極其提防的，因為當年西漢帝國，就是滅亡於外戚的王莽集團，所以劉秀在開國後，對外戚進行了種種限製，其中最主要的政策，就是用金錢換權力，即給予外戚充分的經濟特權，用來換取外戚們的行政權力。在這一點上，劉秀首先拿自己的舅舅開刀，他的舅舅焚丹、焚尋、焚宏相繼封侯，在封侯的同時，其手中的兵權也被劉秀收回，劉秀還煞費苦心，給予三位舅舅名馬高車，讓他們在家鄉招搖，以示榮寵。劉秀的三個舅舅們也很知趣。比如劉秀的舅舅焚宏，多次告誡家人要謙虛，並且把“富貴盈滿自溢”作為祖訓，要求家人來起尾巴做人。舅舅們起帶頭作用了，其他人更不用說。劉秀在封郭聖通做皇後時，順便封了皇後的幾個兄弟為侯爵，後來郭聖通被廢除，但是她的幾個兄弟並未被追究責任，隻是被免除了行政官職，反而加賜俸祿。郭聖通之後被封為皇後的陰麗華，她的哥哥陰識長年跟隨劉秀征戰，立有大功勞，但是，當劉秀表態要封陰識侯爵時，陰麗華卻私下告訴兄長，不要輕易接受，結果，陰識在受封的時候幾番退讓，甚至淚流滿麵，在劉秀幾次表彰之後，才勉強以感激涕零狀接受了冊封。如此表演，也隻是為了給天下人一個姿態。在劉秀的治下，外戚是要夾著尾巴做人的。後來陰識的弟弟陰興也多次推辭加官進爵，最後幹脆歸隱山林。這種模範帶頭作用，也給了所有人政治信號。劉秀的姐夫鄧晨、妹夫李通，在建國之後都主動交出了官職，僅僅以外戚的身份享受榮華富貴。除了懷柔手段以外，劉秀有時候也殺雞給猴看，東漢初期的著名學問家馮衍，是一個享有盛名的賢才，劉秀一開始很想重用，但這個馮先生學問雖好，政治智商卻幾乎為零，他因為得到了陰麗華弟弟陰興的舉薦，和陰家交遊甚秘，多次參加陰家的宴會，之間還詩文唱和好不親密。這本是一件小事，劉秀知道後卻大為惱火，當場把馮衍下牢獄，之後又在陰皇後的求情下，勉強赦免他的罪過，將他發回原籍安住，這樣做的目的，自然是要警戒那些外戚們：都給我老實點，我劉秀眼裏可不容沙子。
首先一條，就是加強中央對方的行政控製。
東漢在建國的時候，大體的國土麵積與西漢差不多，國家以郡縣作為地方政權，全國一共有118個州郡，從地方區劃的數目上看，東漢的地方郡縣數量遠遠大於西漢，這正是為了分散地方的權利，保證中央對地方的絕對控製權。與此同時，漢武帝時期曾經臨時設置的十三道刺史，被劉秀改革為常設機構。刺史負責治理其境內的管理，並且有領兵、發兵的權力，傳統的地方州郡官員，其權力已經被大大地削弱。同時，劉秀因為人口減少，在全國開始了“縣城合併”運動，在全國裁撤了大批地方縣城，將縣城合併，以集合人口，全麵進行恢復經濟的工作。
漢光武時代開國的地方官員們，身份和西漢初期開國也有很大不同。西漢初期開國，在地方官員的任用上，都是老成持重的當地名流，成分比較單純。到了劉秀時代，地方官的成分非常複雜，既有王莽時期的舊官員，也有皇室宗親，功臣宿將之後，因為人員比較雜，所以隱含的麻煩也比較多。王莽時期的這些舊官員們，和前朝之間有著千絲萬縷的聯繫，這些人固然有非常豐富的治理地方的經驗，但是前朝的陋習也非常嚴重，尤其是在掠奪百姓和貪贓枉法上，許多人都是“老手”，這些人既要用，更要監督。而皇室宗親與功臣宿將，他們的問題卻是“馬上得天下，馬上難治天下”，這些人大多數是軍人出身，最大的優點是打仗，治理地方本身就不是他們的長處，有時候一些簡單粗暴的辦法，反而會好心辦壞事，造成適得其反的效果。所以設立刺史製度，對地方官員進行監督，最大限度地削弱地方官員權力，不給他們專權的機會，也就顯得尤其重要了。
在地方職權進行調整的時候，東漢帝國的中央機構也在進行改革，東漢的官製，主要沿用了西漢的三公九卿製度，即司徒、司空、太尉三者稱三公，但是在具體的職權上，東漢卻進行了大力的削減。和西漢時期三公往往有“太師”“太保”“太傅”等名譽爵位不同的是，東漢僅僅保留了“太傅”。東漢的九卿，和西漢不同，完全被劃入了三公的附屬之中，從表麵看，這樣是加強了三公的權利，但事實上劉秀卻是“陰壞”。一是劉秀一反西漢時期讓周勃、陳平等開國元勛擔任丞相的做法，在他的政府裏，開國元勛一律不能擔任三公。而在權利上，三公其實也大為縮水，劉秀的各項統治政策，大部分都是由尚書台來實行，三公其實更多的時候，是一種名譽性的職位。
而劉秀在中央政權上的新發明，就是著名的“尚書台”。尚書在西漢的時候就有，但那時候的尚書，隻不過是少府的一個辦事機構，甚至沒有單獨的名分，到了劉秀時期，尚書的權利迅速擴大，尚書台設主官一人，稱尚書令，下麵有副主管——尚書僕射，外加左右二承。下麵的曹史等各級官員，共有62人。在東漢時期，尚書台才是國家權利的最高核心，他們位高權重，朝廷決策，機密謀劃，賞罰官員，都是由尚書台來運作，三公的職權大部分都被他們取而代之。而對比鮮明的是，尚書台的官員品級並不高，這樣一來，三公有高位而無實權，尚書台有實權而無高位，兩家互相牽製，劉秀的皇權，也就可以從中掌控，高枕無憂。為了統一中央威權，劉秀可謂煞費苦心。
這種強化個人威權的做法，在東漢開國的時期，不但沒有引起下麵的牴觸，反而引起了舉國的擁護，因為尚書台的官員，雖然品級低微，但大多數都是來自於和功臣宿將關係密切的官員，上上下下早已經形成了盤根錯節的關係。所以位高無權的三公和位低權重的尚書台之間，開始也就能形成“和諧”局麵。但是從當時恢復國民經濟的角度說，尚書台的建立，確實起到加快國家行政效率的作用，比起三公掌權時期的機構林立，人員臃腫，行政效率低下，對新政策的牴觸重重，尚書台對於皇帝，卻隻有無條件的尊奉實行，帝王的威權在這個過程裏，得到了大大的加強。
與行政機構改革同時進行的，是劉秀對於外戚集團的遏製。當時的劉秀，對外戚集團是極其提防的，因為當年西漢帝國，就是滅亡於外戚的王莽集團，所以劉秀在開國後，對外戚進行了種種限製，其中最主要的政策，就是用金錢換權力，即給予外戚充分的經濟特權，用來換取外戚們的行政權力。在這一點上，劉秀首先拿自己的舅舅開刀，他的舅舅焚丹、焚尋、焚宏相繼封侯，在封侯的同時，其手中的兵權也被劉秀收回，劉秀還煞費苦心，給予三位舅舅名馬高車，讓他們在家鄉招搖，以示榮寵。劉秀的三個舅舅們也很知趣。比如劉秀的舅舅焚宏，多次告誡家人要謙虛，並且把“富貴盈滿自溢”作為祖訓，要求家人來起尾巴做人。舅舅們起帶頭作用了，其他人更不用說。劉秀在封郭聖通做皇後時，順便封了皇後的幾個兄弟為侯爵，後來郭聖通被廢除，但是她的幾個兄弟並未被追究責任，隻是被免除了行政官職，反而加賜俸祿。郭聖通之後被封為皇後的陰麗華，她的哥哥陰識長年跟隨劉秀征戰，立有大功勞，但是，當劉秀表態要封陰識侯爵時，陰麗華卻私下告訴兄長，不要輕易接受，結果，陰識在受封的時候幾番退讓，甚至淚流滿麵，在劉秀幾次表彰之後，才勉強以感激涕零狀接受了冊封。如此表演，也隻是為了給天下人一個姿態。在劉秀的治下，外戚是要夾著尾巴做人的。後來陰識的弟弟陰興也多次推辭加官進爵，最後幹脆歸隱山林。這種模範帶頭作用，也給了所有人政治信號。劉秀的姐夫鄧晨、妹夫李通，在建國之後都主動交出了官職，僅僅以外戚的身份享受榮華富貴。除了懷柔手段以外，劉秀有時候也殺雞給猴看，東漢初期的著名學問家馮衍，是一個享有盛名的賢才，劉秀一開始很想重用，但這個馮先生學問雖好，政治智商卻幾乎為零，他因為得到了陰麗華弟弟陰興的舉薦，和陰家交遊甚秘，多次參加陰家的宴會，之間還詩文唱和好不親密。這本是一件小事，劉秀知道後卻大為惱火，當場把馮衍下牢獄，之後又在陰皇後的求情下，勉強赦免他的罪過，將他發回原籍安住，這樣做的目的，自然是要警戒那些外戚們：都給我老實點，我劉秀眼裏可不容沙子。