然而在南京，馬士英、阮大鋮之流肆無忌憚地大鬧黨爭，竭力排斥打擊東林黨人，致使高弘圖、薑日廣等明朝元老紛紛告退，以示抗議。朱由崧當上皇帝後，根本不把朝政當一回事，他忙著大興土木修宮殿，又派宦官們四處出動，到民間去尋訪秀女以充實宮掖，供其淫樂。南明小朝廷的所作所為，使天下有識之士無不深感痛心和失望。史可法數十次上書苦諫，懇請南京方麵改弦易轍，但結果均如石沉大海。在北方，愛新覺羅·福臨進入北京城後，即皇帝位，史稱順治皇帝。他重申廢除明末加派的賦稅以安民心，同時命多鐸經略江南，阿濟格西擊李自成。清軍於十月南抵宿遷，十一月占領山西，十二月，多鐸渡黃河南下。滿洲鐵騎縱橫中原，勢如破竹，到第二年（1645年）正月，清軍破潼關，入西安；三月，清軍平定河南；四月，多鐸率清軍渡過淮河，明將劉澤清投降。此時清軍已兵臨揚州城下，史可法下定必死的決心來抗擊清軍，保衛揚州。清軍主帥多鐸先後五次親自致書，史可法都不啟封緘。清軍攻城，史可法率軍民浴血而戰，歷時七晝夜。二十五日城破，軍民逐巷奮戰，大部壯烈犧牲。清軍縱兵屠戮，十日不封刀，燒殺淫掠，無所不至，繁華都市頓成廢墟，人民死亡在八十萬之上。城破時史可法被俘，多鐸勸諭歸降，史可法說：“城存與存，城亡與亡，我頭可斷，而誌不可屈。”遂英勇就義。史可法犧牲後，他的養子未找到史可法的遺體，便把史可法穿戴過的衣冠葬在揚州梅花嶺上，稱為“衣冠塚”。
史可法衣冠塚
如何評價史可法，至今仍是一個有爭議的學術問題，有的學者認為他在擁立福王為帝的問題上，未能堅持自己的立場。有的學者則提出南明軍事上的潰敗，史可法脫不了幹係，特別是他在戰略上十分保守，軍事毫無建樹。有的學者還提出在對待農民起義軍問題上，史可法主張堅決滅寇，是鎮壓農民起義軍的劊子手，是歷史的罪人。因此很多人對其持否定的態度。顧誠在《南明史》中對史可法的評價代表了持否定論的心聲，他是這樣總結的：作為政治家，史可法在策立新君上犯了致命的錯誤，導致武將竊取“定策”之功，大權旁落；作為軍事家，他以堂堂督師閣部的身份經營江北將近一年，耗費大量的人力、物力、財力，卻一籌莫展，毫無作為，直到清軍主力南下，他所節製的將領絕大多數倒戈投降，變成清朝征服南明的勁旅，史可法馭將無能由此可見。即以揚州戰役而言，史可法也沒有組織起有效的抵抗……至於他的整個政治生涯並不值得過分誇張。明清易代之際激於義而死焉者多如牛毛，把史可法捧為巨星，無非是因為他官大；孰不知官高任重，身係社稷安危，史可法在軍國重務上決策幾乎全部錯誤，對於弘光朝廷的土崩瓦解負有不可推卸的責任。
史可法遺書
但也一部分學者認為，不應該完全否定史可法，要轉換角度，從另一個方麵去理解和認識這個人物。他們認為，在特定的歷史時期裏，無論史可法做什麽，都是無濟於事的。因為那個時候是一個動盪的年代，整個社會充斥著爭名奪利，唯利是圖。在這樣一個國度裏，史可法在保衛民族利益方麵做出的貢獻以及他的精神對後代產生的影響就顯得尤為寶貴。史可法抗清是清朝統治者南侵後第一次遇到的堅決抵抗，他拉開了持續四十餘年之久的抗清鬥爭的帷幕，成為抗清的一麵旗幟。史可法抗清的影響擴展得非常迅速，史可法的名字也非常具有號召力，這些都表明廣大人民對其已經有了公正的評價。這也正好符合魏斐德在《洪業——清朝開國史》中所論述的：“就麵對困境的堅忍而言，史可法得到了同時代人極為公正的評價；不論他為個人操守付出了怎樣的直接的政治代價，但是他的死難卻為國人所敬仰，甚至是仿效。”
揚州史可法紀念館
此外，他們還認為，關於史可法的“聯清滅寇”主張也應具體問題具體分析，這一主張是史可法在清兵入關早期的政治主張，史可法始而力主“滅寇”，繼而主張“聯清滅寇”，進而轉為“禦敵滅寇”，最後“堅決抗清”，這種思想轉變是受當時的形勢所逼，因為朱家王朝岌岌可危。但不管怎麽變化，他的思想軸心隻有一個，即中興明室。而中興所依賴的軍事力量在哪？左良玉的部隊雖號稱八十萬，但盤踞武漢，不聽調度，能夠暫聽指揮的合四鎮之兵也不過十萬人，且均係驕兵悍將。兵力不足怎麽辦？史可法以唐肅宗“借兵力於外夷以張軍勢”的思想為基點，希望歷史上“回紇助唐”平安史之亂的故事重演。同時對於清貴族蓄謀取明而代之、入主中原的政治企圖缺乏認識，於是“聯清”思想應運而生，但隨著事態的發展，史可法對清統治者的野心已經瞭然，思想也逐漸轉變，但對滿清仍抱有幻想，直至議和破裂，最後走上堅決抗清之路，遂有“揚州十日”。應當看到，在史可法生命的最後一年中，他對農民軍“一矢未加”，那高喊的“滅寇”隻不過是紙上談兵，但他的政治主張是與其政治生命相始終的，這也是當時統治階級的政治立場，史可法當然也無法擺脫這種局限。要史可法去違背封建道德標準，在崇禎帝屍骨未寒的情況下，去聯合“君父之仇”的“寇”是不可能的，故而不得不選擇有先例的聯夷政策。而且，當他一看出滿清的陰謀，便由“聯清滅寇”而轉為“禦敵滅寇”，毅然走上了抗清復明的道路。
史可法衣冠塚
如何評價史可法，至今仍是一個有爭議的學術問題，有的學者認為他在擁立福王為帝的問題上，未能堅持自己的立場。有的學者則提出南明軍事上的潰敗，史可法脫不了幹係，特別是他在戰略上十分保守，軍事毫無建樹。有的學者還提出在對待農民起義軍問題上，史可法主張堅決滅寇，是鎮壓農民起義軍的劊子手，是歷史的罪人。因此很多人對其持否定的態度。顧誠在《南明史》中對史可法的評價代表了持否定論的心聲，他是這樣總結的：作為政治家，史可法在策立新君上犯了致命的錯誤，導致武將竊取“定策”之功，大權旁落；作為軍事家，他以堂堂督師閣部的身份經營江北將近一年，耗費大量的人力、物力、財力，卻一籌莫展，毫無作為，直到清軍主力南下，他所節製的將領絕大多數倒戈投降，變成清朝征服南明的勁旅，史可法馭將無能由此可見。即以揚州戰役而言，史可法也沒有組織起有效的抵抗……至於他的整個政治生涯並不值得過分誇張。明清易代之際激於義而死焉者多如牛毛，把史可法捧為巨星，無非是因為他官大；孰不知官高任重，身係社稷安危，史可法在軍國重務上決策幾乎全部錯誤，對於弘光朝廷的土崩瓦解負有不可推卸的責任。
史可法遺書
但也一部分學者認為，不應該完全否定史可法，要轉換角度，從另一個方麵去理解和認識這個人物。他們認為，在特定的歷史時期裏，無論史可法做什麽，都是無濟於事的。因為那個時候是一個動盪的年代，整個社會充斥著爭名奪利，唯利是圖。在這樣一個國度裏，史可法在保衛民族利益方麵做出的貢獻以及他的精神對後代產生的影響就顯得尤為寶貴。史可法抗清是清朝統治者南侵後第一次遇到的堅決抵抗，他拉開了持續四十餘年之久的抗清鬥爭的帷幕，成為抗清的一麵旗幟。史可法抗清的影響擴展得非常迅速，史可法的名字也非常具有號召力，這些都表明廣大人民對其已經有了公正的評價。這也正好符合魏斐德在《洪業——清朝開國史》中所論述的：“就麵對困境的堅忍而言，史可法得到了同時代人極為公正的評價；不論他為個人操守付出了怎樣的直接的政治代價，但是他的死難卻為國人所敬仰，甚至是仿效。”
揚州史可法紀念館
此外，他們還認為，關於史可法的“聯清滅寇”主張也應具體問題具體分析，這一主張是史可法在清兵入關早期的政治主張，史可法始而力主“滅寇”，繼而主張“聯清滅寇”，進而轉為“禦敵滅寇”，最後“堅決抗清”，這種思想轉變是受當時的形勢所逼，因為朱家王朝岌岌可危。但不管怎麽變化，他的思想軸心隻有一個，即中興明室。而中興所依賴的軍事力量在哪？左良玉的部隊雖號稱八十萬，但盤踞武漢，不聽調度，能夠暫聽指揮的合四鎮之兵也不過十萬人，且均係驕兵悍將。兵力不足怎麽辦？史可法以唐肅宗“借兵力於外夷以張軍勢”的思想為基點，希望歷史上“回紇助唐”平安史之亂的故事重演。同時對於清貴族蓄謀取明而代之、入主中原的政治企圖缺乏認識，於是“聯清”思想應運而生，但隨著事態的發展，史可法對清統治者的野心已經瞭然，思想也逐漸轉變，但對滿清仍抱有幻想，直至議和破裂，最後走上堅決抗清之路，遂有“揚州十日”。應當看到，在史可法生命的最後一年中，他對農民軍“一矢未加”，那高喊的“滅寇”隻不過是紙上談兵，但他的政治主張是與其政治生命相始終的，這也是當時統治階級的政治立場，史可法當然也無法擺脫這種局限。要史可法去違背封建道德標準，在崇禎帝屍骨未寒的情況下，去聯合“君父之仇”的“寇”是不可能的，故而不得不選擇有先例的聯夷政策。而且，當他一看出滿清的陰謀，便由“聯清滅寇”而轉為“禦敵滅寇”，毅然走上了抗清復明的道路。