與此同時，楊漣等官員對李選侍仍居住在幹清宮也提出了看法，要求盡快將她趕出去，這樣新皇帝繼位才算是完全名實相符。他們用“武氏之禍”來比喻李選侍，說她想做武則天。而李選侍也很不甘心，仍想將朱由校接回自己身邊，並和魏忠賢商量，想方設法要挽回敗局。這樣你來我往，拖了好幾天。直到新皇帝登基前一天，百官們再也忍不下去了，紛紛衝到幹清宮門外大聲喧叫，要李選侍快離開。在大臣們的嚴詞逼迫下，加之有宮中太監王安等人的支持，李選侍看看招架不住了，隻好匆匆決定移宮，搬了出去。到了九月初六，朱由校正式即帝位，搬進了幹清宮。由於李選侍移宮時十分倉促，還發生了宮內人員趁機盜竊宮中物品的事情，並由此牽扯出一些其他案件，這又是其餘波了。
幹清門是後三宮的正門，清代這裏是“禦門聽政”的地方
“明末三案”是萬曆末年以後最高統治集團內部爭奪權力的激烈鬥爭的反映，反反覆覆，一直持續到明末。天啟年間，因梃擊、紅丸、移宮三案的代表人物王之寀、孫慎行、鄒元標、楊漣、左光鬥等均係東林黨人，而在魏忠賢專權後，與東林黨對立的齊、楚、浙諸黨官僚紛紛依附魏忠賢，結成閹黨，並慫恿他匯集三案的材料，撰成了《三朝要典》，全麵翻案，將涉案的東林黨人紛紛打倒，三案成了魏忠賢殺人的口實。而到了明末崇禎年間，魏忠賢被懲辦之後，三案又再次翻了回來。
母卑子弱明神宗不喜長子之謎
萬曆六年（1578年），明神宗舉行大婚典禮，然而婚後皇後遲遲未有生育，直到萬曆九年（1581年）才產下一女。皇帝沒有兒子，皇位繼承便出現問題，這是事關國本的大事，一時間，皇帝什麽時候能生皇子便成為朝野關注的熱點。萬曆十年（1582年）八月，王恭妃生下神宗的皇長子朱常洛，這本是大喜之事，然而明神宗卻反應冷淡。為什麽會這樣呢？
事情還要從皇長子朱常洛的生母王恭妃說起。原來王恭妃本是慈寧宮的宮女，一次，明神宗來到慈寧宮索水洗手，王氏捧了水盆侍候神宗洗手，不想神宗一時興起，便“私幸之”。不料“有心栽花花不開，無心插柳柳成蔭”，明神宗的這次意外風流卻使王恭妃懷上了身孕。慈聖李太後看到王氏體形出現變化，追問之下得知此事。一日，神宗陪李太後用膳，李太後便向神宗問起他私幸王氏之事。神宗因為王氏出身卑微，加上自己也並不是真的喜歡王氏，便矢口否認。不料紙包不住火，原來明朝製度，皇帝對宮女“有私幸，必有賜齎”，隨侍的文書宦官即在內起居註上記錄下來，以備需要時查核。李太後早已查過內起居注，掌握事情真相，見皇帝否認，便命人取來內起居注。麵對白紙黑字的證據，神宗隻得低頭承認。李太後見神宗對此事有意隱瞞，便開導神宗說：“我年紀已經老了，還沒有孫子，如果王氏能生個兒子，也是宗社的福分，何必要隱瞞呢？”母命難違，神宗不得已在萬曆十年（1582年）四月，將身懷六甲的王氏冊封為恭妃。同年八月，王恭妃生下皇長子朱常洛。然而，神宗畢竟對王恭妃缺乏感情基礎，冊立其為恭妃也是在母親壓力下的違心之舉，因此盡管王恭妃生下皇長子朱常洛，神宗卻長期不給其加封位號，甚至還將她打入冷宮，根本不見她一麵。朱常洛也因為母親不受寵，慘遭池魚之殃，史載自朱常洛誕生始，“一應恩禮俱從薄”。
明神宗萬曆皇帝朱翊鈞
有人認為，神宗冷淡王恭妃母子的最重要原因，便是早在萬曆十年（1582年）三月，也就是在李太後壓力下冊封王氏為恭妃之前，神宗就已經愛上另一個女子鄭氏。鄭氏是大興人，萬曆初年進宮，有閉月羞花之貌，沉魚落雁之容，更兼聰明伶俐，善解人意，深得明神宗的喜愛，可謂是三千寵愛集一身。與王恭妃冊封的艱難相比，鄭氏的進封可以說是一帆風順，萬曆十一年（1583年）冊封為德妃，萬曆十二年（1584年）進封為貴妃。萬曆十四年（1586年）生子朱常洵後，神宗便以生子有功為名，將其位號進封為皇貴妃。而王恭妃雖然早早地生了皇長子，卻連貴妃的位號也沒有得到。神宗欲進封鄭氏為皇貴妃時，曾遭到大臣的指責，戶科給事中薑應麟在奏摺中指出，封鄭氏為皇貴妃而不進封王恭妃，於情於禮都不合適，因此要求神宗收回進封鄭氏為皇貴妃的成命，如果一定要進封鄭氏，也應該先進封王恭妃為皇貴妃。史載神宗看到奏摺後大怒，用手連連拍著桌子大罵，結果薑應麟被降職到邊遠地區任雜職，鄭氏被進封為皇貴妃，而王恭妃依然沒有得到進封。
史載鄭氏生了皇三子朱常洵後，便倚寵向神宗要求立朱常洵為太子，而神宗因為寵愛鄭氏，愛屋及烏，對皇三子朱常洵也非常喜愛，有意立他為太子。《先撥誌始》記載，北上西門（紫禁城西北門）之西，有大高元殿，供奉真武大帝，鄭氏與明神宗曾特地到大高元殿行香，並在殿中設下將來立朱常洵為太子的“密誓”，並“禦書一紙，封緘玉盒中”，由鄭氏保存。正因為神宗一直有意立朱常洵為太子，因此對皇長子朱常洛便態度冷淡。按常規，皇子七八歲時便應出閣講學，接受教育，但神宗直到朱常洛十三歲時才在群臣的力爭下勉強同意讓他出閣講學。而朱常洛在舉行冠禮、大婚甚至冊立皇太子時，也沒能得到正常的待遇，“一切典禮俱從減殺”。
幹清門是後三宮的正門，清代這裏是“禦門聽政”的地方
“明末三案”是萬曆末年以後最高統治集團內部爭奪權力的激烈鬥爭的反映，反反覆覆，一直持續到明末。天啟年間，因梃擊、紅丸、移宮三案的代表人物王之寀、孫慎行、鄒元標、楊漣、左光鬥等均係東林黨人，而在魏忠賢專權後，與東林黨對立的齊、楚、浙諸黨官僚紛紛依附魏忠賢，結成閹黨，並慫恿他匯集三案的材料，撰成了《三朝要典》，全麵翻案，將涉案的東林黨人紛紛打倒，三案成了魏忠賢殺人的口實。而到了明末崇禎年間，魏忠賢被懲辦之後，三案又再次翻了回來。
母卑子弱明神宗不喜長子之謎
萬曆六年（1578年），明神宗舉行大婚典禮，然而婚後皇後遲遲未有生育，直到萬曆九年（1581年）才產下一女。皇帝沒有兒子，皇位繼承便出現問題，這是事關國本的大事，一時間，皇帝什麽時候能生皇子便成為朝野關注的熱點。萬曆十年（1582年）八月，王恭妃生下神宗的皇長子朱常洛，這本是大喜之事，然而明神宗卻反應冷淡。為什麽會這樣呢？
事情還要從皇長子朱常洛的生母王恭妃說起。原來王恭妃本是慈寧宮的宮女，一次，明神宗來到慈寧宮索水洗手，王氏捧了水盆侍候神宗洗手，不想神宗一時興起，便“私幸之”。不料“有心栽花花不開，無心插柳柳成蔭”，明神宗的這次意外風流卻使王恭妃懷上了身孕。慈聖李太後看到王氏體形出現變化，追問之下得知此事。一日，神宗陪李太後用膳，李太後便向神宗問起他私幸王氏之事。神宗因為王氏出身卑微，加上自己也並不是真的喜歡王氏，便矢口否認。不料紙包不住火，原來明朝製度，皇帝對宮女“有私幸，必有賜齎”，隨侍的文書宦官即在內起居註上記錄下來，以備需要時查核。李太後早已查過內起居注，掌握事情真相，見皇帝否認，便命人取來內起居注。麵對白紙黑字的證據，神宗隻得低頭承認。李太後見神宗對此事有意隱瞞，便開導神宗說：“我年紀已經老了，還沒有孫子，如果王氏能生個兒子，也是宗社的福分，何必要隱瞞呢？”母命難違，神宗不得已在萬曆十年（1582年）四月，將身懷六甲的王氏冊封為恭妃。同年八月，王恭妃生下皇長子朱常洛。然而，神宗畢竟對王恭妃缺乏感情基礎，冊立其為恭妃也是在母親壓力下的違心之舉，因此盡管王恭妃生下皇長子朱常洛，神宗卻長期不給其加封位號，甚至還將她打入冷宮，根本不見她一麵。朱常洛也因為母親不受寵，慘遭池魚之殃，史載自朱常洛誕生始，“一應恩禮俱從薄”。
明神宗萬曆皇帝朱翊鈞
有人認為，神宗冷淡王恭妃母子的最重要原因，便是早在萬曆十年（1582年）三月，也就是在李太後壓力下冊封王氏為恭妃之前，神宗就已經愛上另一個女子鄭氏。鄭氏是大興人，萬曆初年進宮，有閉月羞花之貌，沉魚落雁之容，更兼聰明伶俐，善解人意，深得明神宗的喜愛，可謂是三千寵愛集一身。與王恭妃冊封的艱難相比，鄭氏的進封可以說是一帆風順，萬曆十一年（1583年）冊封為德妃，萬曆十二年（1584年）進封為貴妃。萬曆十四年（1586年）生子朱常洵後，神宗便以生子有功為名，將其位號進封為皇貴妃。而王恭妃雖然早早地生了皇長子，卻連貴妃的位號也沒有得到。神宗欲進封鄭氏為皇貴妃時，曾遭到大臣的指責，戶科給事中薑應麟在奏摺中指出，封鄭氏為皇貴妃而不進封王恭妃，於情於禮都不合適，因此要求神宗收回進封鄭氏為皇貴妃的成命，如果一定要進封鄭氏，也應該先進封王恭妃為皇貴妃。史載神宗看到奏摺後大怒，用手連連拍著桌子大罵，結果薑應麟被降職到邊遠地區任雜職，鄭氏被進封為皇貴妃，而王恭妃依然沒有得到進封。
史載鄭氏生了皇三子朱常洵後，便倚寵向神宗要求立朱常洵為太子，而神宗因為寵愛鄭氏，愛屋及烏，對皇三子朱常洵也非常喜愛，有意立他為太子。《先撥誌始》記載，北上西門（紫禁城西北門）之西，有大高元殿，供奉真武大帝，鄭氏與明神宗曾特地到大高元殿行香，並在殿中設下將來立朱常洵為太子的“密誓”，並“禦書一紙，封緘玉盒中”，由鄭氏保存。正因為神宗一直有意立朱常洵為太子，因此對皇長子朱常洛便態度冷淡。按常規，皇子七八歲時便應出閣講學，接受教育，但神宗直到朱常洛十三歲時才在群臣的力爭下勉強同意讓他出閣講學。而朱常洛在舉行冠禮、大婚甚至冊立皇太子時，也沒能得到正常的待遇，“一切典禮俱從減殺”。