在蔣對軍統組織大刀闊斧地進行改組縮編的同時，軍統內部也進行了一場曠日持久的爭鬥，進一步消耗了軍統的實力。特別是廣東、湖南、浙江三大派別的鬥爭，把軍統從此送上一蹶不振的道路。
以鄭介民為首的廣東派，集中了一批廣東籍、留蘇及二廳工作出身的大特務。以唐縱為首的湖南派，則集中了一批湖南籍及留歐出身的大特務。以毛人風為首的浙江派大特務。三派之中，廣東派職務最高，湖南派能力最強，浙江派人數最多。就實力來說，本處於勢均力敵狀態，湖南派略占優勢。但是三派鬥爭的結果，卻是鄭派、唐派先後被毛派打垮，保密局逐漸成為毛派的天下。原因在於三派的首領鄭介民、唐縱、毛人鳳各有不同的打算。
從鄭介民來說，一方麵，他原先就本無在軍統局與戴笠爭雄的打算；另一方麵，他隻想以特工作為基地和本錢，向政府特任官或軍隊兵團級帶兵主官方麵發展，因此，他在軍統內部根基不深，羽翼不豐。所用的親信除張炎元、王新衡、程一鳴等一些“十人團”中或留蘇的老軍統以外，其他人大都能力不強，資歷很淺，人數也不多，難以形成聲勢。就拿局長辦公室主任張紀勛、黃天邁來說，其職務相當於過去的主任秘書，鄭介民並規定各處、室的公文都要先送局長辦公室簽署，鄭的本意是通過張、黃等人能對內勤各處室加以控製。但浙江派的中堅力量何芝園、葉翔之等人都是老資格的內勤大特務，在張紀勛當科長時，他們都當過張的處長、副處長，那裏肯把這些靠著鄭介民的“粗腿”竄上來的暴發戶放在眼裏，並且又有毛人鳳在背後撐腰，也就毫無顧忌地向張、黃等人發難。先是張無法工作，鄭介民隻好將其外調，將黃天邁從天津市外事站站長任上調來接任，也還是工作不下去。鄭介民走後，黃也隻好捲鋪蓋走路。找唐縱謀取內警總署外事處長一職，另由毛派的潘其武接任局辦公室主任，才算擺平。
從唐縱來說，本可以利用“湖南派”左右軍統局勢，把軍統的權力抓到自己手中。加之唐縱在軍統工作方針上與鄭介民比較一致，都主張壓縮編製、汰弱留強，唐縱如果與鄭介民聯手，打擊毛派自是不成問題。唐縱出身黃埔，因而在軍統之外亦有相當的社會關係，這是毛人鳳無法比擬的。但是，唐縱多年在蔣介石身邊處理特工機要，素來知道蔣對戴笠、徐恩曾等特工頭目拉山頭、結幫派，以謀求政治勢力是不滿意的。並且，自蔣任命他為內政部次長兼全國警察總署長後，唐縱一方麵已感到滿足，另一方麵也已知不便與軍統內部的派別鬥爭介入太深，以免招蔣疑忌。於是，唐縱很平靜地退出了軍統內部三大派別的角逐，一心去經營他的警察王國。沒有了唐縱，湖南派頓失重心，造成群龍無首的局麵，很快分化瓦解，除一部分遊離於各派之間、自稱是中間派的大特務外，其餘大都分別投靠粵、浙兩派以自保。比如李崇詩、張嚴佛加入廣東派，周偉龍、沈醉則成為浙江派。不久，因陸總調查室及南京辦事處撤銷，李人士被毛人鳳送去美國留學特工，文強則成為杜聿明的高級幕僚，湖南派不復存在。
從毛人鳳來說，他的出身、資歷、學歷、社會關係、工作能力等，都不如鄭介民、唐縱，本不是鄭、唐的對手。但是，毛人鳳的長處是有自知之明。
鄭介民、唐縱抓特工，都隻是想藉此接近蔣介石，討其歡心，然後當大官，發大財。因而並不以當特務頭子為終身職業。從而在軍統工作中也就沒有長期打算。唯有毛人鳳，他深知自己的經歷和學歷，絕無當大官的可能，倒是死了一條心，把占據把持軍統作為自己的終身職業，兢兢業業地鑽營下去，而這一點很得蔣介石的欣賞，並有了培養毛人鳳接任局長的意向。毛人鳳長期在軍統負責內勤工作，對軍統內部的情況十分熟悉，當然也了解所謂廣東派、湖南派的種種致命弱點。因此，在三派角逐中，毛人鳳利用鄭介民單純抓黃埔軍人、抓上層的弱點，拚命抓江山人、抓學生，抓基層實際工作，並積極填補唐縱退出角逐後湖南派形成的空白，因而勢力大增。特別是到了保
密局時期，黃埔出身的大特務大部分離開軍統自謀發展去了，在保密局起骨幹作用的大都是軍統各訓練班畢業的特務。毛人鳳通過各種手段把這批人籠絡在自己手中，無疑奠定了勝利的基礎。這些人在浙江派的率領下，跟著毛人鳳，形成一股雄厚的力量，不斷向廣東派“圍剿”，直打得鄭介民防不勝防。以至連鄭介民的老婆利用保密局公款吃珍珠粉都能很快傳到蔣的耳中。
此時，蔣也認為鄭介民不宜在保密局再幹下去，而是利用他在北平工作期間與美國馬歇爾、魏德邁將軍形成的良好關係，出任國防部次長，專門與美國軍方接洽，向美國乞求軍援。毛人鳳順利地接任保密局長，經過一番整頓，鄭派、唐派紛紛不能立足，相繼被趕了出去。保密局開始形成毛派力量占據主要地位的局麵。
經過鄭、唐、毛三派大戰，毛人鳳的少壯派雖然得勢，但是軍統的元氣大傷，力量已經受到極度削弱，到解放戰爭末期，許多能力強、資歷老、經驗豐富的大特務們一方麵有感於戰爭的失敗，一方麵因與毛派格格不入，從而紛紛自謀出路，形成一個新的叛逆“團體”之潮。他們中有的與中共組織早有聯繫，全國解放時馬上投奔共產黨，如在上海創辦東方經濟研究所的鄧葆光、救濟總署上海汽車管理處處長餘樂醒、保密局北平站站長徐宗堯等；有的跟隨國民黨將領戰場起義，在關鍵時刻棄暗投明，如保密局雲南站站長沈醉、國民黨湖南省政府辦公廳副主任張嚴佛、湖南省長沙市警察局長劉人爵等（劉人爵當時被毛人鳳派特務暗殺）；有的因有進步表現而遭毛人鳳疑忌，被密捕槍殺，如交通警察總局局長周偉龍等；有的則脫離軍統，另謀出路，如保密局情報處長何芝園（請長假去台灣經商）、保密局東北區長文強等；更多的軍統大特務則在解放戰爭中成了俘虜。其中，比較著名的計有：
以鄭介民為首的廣東派，集中了一批廣東籍、留蘇及二廳工作出身的大特務。以唐縱為首的湖南派，則集中了一批湖南籍及留歐出身的大特務。以毛人風為首的浙江派大特務。三派之中，廣東派職務最高，湖南派能力最強，浙江派人數最多。就實力來說，本處於勢均力敵狀態，湖南派略占優勢。但是三派鬥爭的結果，卻是鄭派、唐派先後被毛派打垮，保密局逐漸成為毛派的天下。原因在於三派的首領鄭介民、唐縱、毛人鳳各有不同的打算。
從鄭介民來說，一方麵，他原先就本無在軍統局與戴笠爭雄的打算；另一方麵，他隻想以特工作為基地和本錢，向政府特任官或軍隊兵團級帶兵主官方麵發展，因此，他在軍統內部根基不深，羽翼不豐。所用的親信除張炎元、王新衡、程一鳴等一些“十人團”中或留蘇的老軍統以外，其他人大都能力不強，資歷很淺，人數也不多，難以形成聲勢。就拿局長辦公室主任張紀勛、黃天邁來說，其職務相當於過去的主任秘書，鄭介民並規定各處、室的公文都要先送局長辦公室簽署，鄭的本意是通過張、黃等人能對內勤各處室加以控製。但浙江派的中堅力量何芝園、葉翔之等人都是老資格的內勤大特務，在張紀勛當科長時，他們都當過張的處長、副處長，那裏肯把這些靠著鄭介民的“粗腿”竄上來的暴發戶放在眼裏，並且又有毛人鳳在背後撐腰，也就毫無顧忌地向張、黃等人發難。先是張無法工作，鄭介民隻好將其外調，將黃天邁從天津市外事站站長任上調來接任，也還是工作不下去。鄭介民走後，黃也隻好捲鋪蓋走路。找唐縱謀取內警總署外事處長一職，另由毛派的潘其武接任局辦公室主任，才算擺平。
從唐縱來說，本可以利用“湖南派”左右軍統局勢，把軍統的權力抓到自己手中。加之唐縱在軍統工作方針上與鄭介民比較一致，都主張壓縮編製、汰弱留強，唐縱如果與鄭介民聯手，打擊毛派自是不成問題。唐縱出身黃埔，因而在軍統之外亦有相當的社會關係，這是毛人鳳無法比擬的。但是，唐縱多年在蔣介石身邊處理特工機要，素來知道蔣對戴笠、徐恩曾等特工頭目拉山頭、結幫派，以謀求政治勢力是不滿意的。並且，自蔣任命他為內政部次長兼全國警察總署長後，唐縱一方麵已感到滿足，另一方麵也已知不便與軍統內部的派別鬥爭介入太深，以免招蔣疑忌。於是，唐縱很平靜地退出了軍統內部三大派別的角逐，一心去經營他的警察王國。沒有了唐縱，湖南派頓失重心，造成群龍無首的局麵，很快分化瓦解，除一部分遊離於各派之間、自稱是中間派的大特務外，其餘大都分別投靠粵、浙兩派以自保。比如李崇詩、張嚴佛加入廣東派，周偉龍、沈醉則成為浙江派。不久，因陸總調查室及南京辦事處撤銷，李人士被毛人鳳送去美國留學特工，文強則成為杜聿明的高級幕僚，湖南派不復存在。
從毛人鳳來說，他的出身、資歷、學歷、社會關係、工作能力等，都不如鄭介民、唐縱，本不是鄭、唐的對手。但是，毛人鳳的長處是有自知之明。
鄭介民、唐縱抓特工，都隻是想藉此接近蔣介石，討其歡心，然後當大官，發大財。因而並不以當特務頭子為終身職業。從而在軍統工作中也就沒有長期打算。唯有毛人鳳，他深知自己的經歷和學歷，絕無當大官的可能，倒是死了一條心，把占據把持軍統作為自己的終身職業，兢兢業業地鑽營下去，而這一點很得蔣介石的欣賞，並有了培養毛人鳳接任局長的意向。毛人鳳長期在軍統負責內勤工作，對軍統內部的情況十分熟悉，當然也了解所謂廣東派、湖南派的種種致命弱點。因此，在三派角逐中，毛人鳳利用鄭介民單純抓黃埔軍人、抓上層的弱點，拚命抓江山人、抓學生，抓基層實際工作，並積極填補唐縱退出角逐後湖南派形成的空白，因而勢力大增。特別是到了保
密局時期，黃埔出身的大特務大部分離開軍統自謀發展去了，在保密局起骨幹作用的大都是軍統各訓練班畢業的特務。毛人鳳通過各種手段把這批人籠絡在自己手中，無疑奠定了勝利的基礎。這些人在浙江派的率領下，跟著毛人鳳，形成一股雄厚的力量，不斷向廣東派“圍剿”，直打得鄭介民防不勝防。以至連鄭介民的老婆利用保密局公款吃珍珠粉都能很快傳到蔣的耳中。
此時，蔣也認為鄭介民不宜在保密局再幹下去，而是利用他在北平工作期間與美國馬歇爾、魏德邁將軍形成的良好關係，出任國防部次長，專門與美國軍方接洽，向美國乞求軍援。毛人鳳順利地接任保密局長，經過一番整頓，鄭派、唐派紛紛不能立足，相繼被趕了出去。保密局開始形成毛派力量占據主要地位的局麵。
經過鄭、唐、毛三派大戰，毛人鳳的少壯派雖然得勢，但是軍統的元氣大傷，力量已經受到極度削弱，到解放戰爭末期，許多能力強、資歷老、經驗豐富的大特務們一方麵有感於戰爭的失敗，一方麵因與毛派格格不入，從而紛紛自謀出路，形成一個新的叛逆“團體”之潮。他們中有的與中共組織早有聯繫，全國解放時馬上投奔共產黨，如在上海創辦東方經濟研究所的鄧葆光、救濟總署上海汽車管理處處長餘樂醒、保密局北平站站長徐宗堯等；有的跟隨國民黨將領戰場起義，在關鍵時刻棄暗投明，如保密局雲南站站長沈醉、國民黨湖南省政府辦公廳副主任張嚴佛、湖南省長沙市警察局長劉人爵等（劉人爵當時被毛人鳳派特務暗殺）；有的因有進步表現而遭毛人鳳疑忌，被密捕槍殺，如交通警察總局局長周偉龍等；有的則脫離軍統，另謀出路，如保密局情報處長何芝園（請長假去台灣經商）、保密局東北區長文強等；更多的軍統大特務則在解放戰爭中成了俘虜。其中，比較著名的計有：