由於蔣介石長期推行“攘外必先安內”的對日綏靖和頑固反共政策，戴笠的特工工作缺乏對日特鬥爭的思想、組織和業務訓練與物質準備，結果匆忙轉入真正意義上的地下工作，使得平日裏習慣依靠統治階段的力量，為虎作倀、養尊處優的軍統特務，根本適應不了艱難困苦的地下特工生活，結果在日偽特務漢奸的威逼利誘和殘酷打擊下，紛紛暴露瓦解。最使戴笠痛心的是許多軍統特務被日偽逮捕後，又搖身一變，公開落水當起漢奸特務，轉過身來更加兇狠地幫助日偽組織向軍統進攻。
最先反水的是軍統南京潛伏區區長錢新民，錢新民反水後，將全區人員名冊和電台全部交出，軍統南京潛伏區徹底垮台。
接著是軍統上海潛伏區受到沉重打擊。由於上海租界當局對軍統特務暗殺唐紹儀事件不滿，先後逮捕了上海潛伏區情報組長和助理書記劉方雄、王方南以及上海區區長周偉龍等人，後經戴笠出錢買通租界探警人員，劉、王、周等人先後獲釋，被次第調往香港、重慶。
周偉龍調走後，戴笠調華北區區長王天木接任上海區長。1939 年夏，上海區人事股長陳明楚被汪偽76 號逮捕後投敵。經陳明楚出賣，上海區機關遭到極大破壞，區長王天木也被逮捕，因經不住76 號特務的威脅利誘，也公開落水當起了漢奸。這個時期同時落水投敵的軍統大特務還有忠義救國軍淞滬指揮部副總指揮兼第一縱隊司令何天風、上海區行動組長林之江等。這些軍統特務投敵後都先後在汪偽特工總部（76 號）出任要職，瘋狂地破壞打擊軍統潛伏組織。
王天木在上海投降日偽後，其在天津的老部下、軍統天津站行動組特務裴級三受王的影響，亦在當年9 月向日偽投降。他把平、津、保三站和唐山、滄縣兩個組的人事組織一併出賣給日本人，致使華北區受到致命打擊，僅遺區長陳恭澍一人逃往重慶，區書記曾澈以下若幹人員被捕。嗣後或則投敵、或則坐牢、或則被殺、或則潛逃，華北區組織機構從此癱瘓，活動陷於停頓狀態。
幾乎在這同時，軍統外圍組織平津抗日鋤奸團（抗團）亦被株連，慘遭打擊。大批團員被捕坐牢，不少人被殺害。團長曾澈亦不能倖免。
戴笠多年苦心經營起來的南北兩大特工中心上海、天津受到嚴重破壞。
震驚之餘，戴笠一方麵迅速調整人事，指定原上海區行動組長趙理君代理上海區長，原華北區副區長倪中立任天津站長，重建上海區和天津站；一方麵指令趙理君、倪中立製裁王天木、裴級三。但是趙理君不但未能完成任務，甚至自身在上海也不能立足，戴笠隻得將他調往重慶任局本部行動處科長，派陳恭澍到上海任區長，執行製裁王天木的任務；赴天津組建天津站，負責製裁裴級三等漢奸的任務的倪中立到津後，立足未穩，即遭日特破壞，倪中立也被殺害。不久以後，戴笠又續派大特務陳仙洲到天津建立特別站，派張家銓重建天津站，兩站再次被日特破壞，僅餘張家銓、陳仙洲2 人分別逃回河南和重慶，站中許多人被捕。從此以後，天津站一蹶不振，始終未能建立，軍統在天津的組織隻餘下一些零星的小組或電台斷斷續續在活動。
1939 年底，汪偽76 號特務在王天木的協助下，又趕赴青島，將軍統青島站站長傅勝蘭以下10 餘人，連同電台全部拿獲，傅勝蘭等一批人亦集體投靠了76 號特務組織。在這期間，軍統武漢區也被日本憲兵隊破壞，區長李果諶被捕投敵，出任偽皇協軍參謀長，後因爭權奪利，被偽皇協軍司令熊劍東藉機誅殺。
在軍統南京、上海、平津、青島、武漢等地的特務組織連遭破壞打擊、大批軍統特務落水投敵的同時，戴笠於淪陷區開展的特工活動也連遭失敗。
1939 年5 月6 日，汪精衛一行從河內抵達上海，很快與原中統特務頭目丁默村、李士群等人先期成立的漢奸特務組織合流。一時，上海成為蔣汪特工鬥爭的中心。
先是在1939 年夏天，經蔣介石批準成立上海統一委員會，以統一國民黨各派係特工在上海的力量，與日汪漢奸特務鬥爭。但是，統一委員會負責實際工作 係特務吳開先指揮不了軍統在上海的組織，統一委員會還是“統而不一”。
接著，戴笠給軍統上海區區長陳恭澍下令，指示他在上海廣泛組織除奸活動，以打擊汪偽漢奸勢力。陳恭澍奉命後，於這年秋天派軍統特務詹森把汪偽76 號特務組織的後台人物季雲卿槍殺在上海威海衛路智仁勇中學對麵。季是上海青幫“通” 字輩流氓，76 號的大頭目丁默邨、李士群、唐惠民都是季雲卿的“徒弟”，76 號的許多兇狠打手，都是經季雲卿介紹的，所以陳恭澍首先選擇季雲卿作為打擊76 號的目標。但是，不久以後詹森因自泄“天機”而被76 號逮捕，由汪偽特工委員會主任周佛海批準將詹森槍斃。在這期間，軍統少將高參蕭家駒、軍統特派員羅夢薌先後到上海開展除奸活動，均被原先從軍統落水的76 號第四行動大隊長萬裏浪誘降引薦給76 號特務頭目丁默邨、李士群，由76 號分別安置為“和平救國軍” 的參謀、76 號的顧問等職。1939 年10 月，軍統少將特派員王鍾麒、李濟時被派到上海不久，也被由軍統反水到76 號任第一處處長的林之江出賣抓進76 號，先後投敵，被聘為76 號顧問和專員。這年底，軍統特務李持平、陳家棟也先後被由軍統反水過去的特務吳道紳出賣，未經用刑就投降了76 號，也被分別委任為76 號專員和電務處電務員。後因李士群發現李、陳二人仍暗中與戴笠保持聯繫，李士群當即命76 號第一處處長兼第四行動大隊大隊長萬裏浪將二人綁赴上海中山北路 76 號刑場一起槍殺。
最先反水的是軍統南京潛伏區區長錢新民，錢新民反水後，將全區人員名冊和電台全部交出，軍統南京潛伏區徹底垮台。
接著是軍統上海潛伏區受到沉重打擊。由於上海租界當局對軍統特務暗殺唐紹儀事件不滿，先後逮捕了上海潛伏區情報組長和助理書記劉方雄、王方南以及上海區區長周偉龍等人，後經戴笠出錢買通租界探警人員，劉、王、周等人先後獲釋，被次第調往香港、重慶。
周偉龍調走後，戴笠調華北區區長王天木接任上海區長。1939 年夏，上海區人事股長陳明楚被汪偽76 號逮捕後投敵。經陳明楚出賣，上海區機關遭到極大破壞，區長王天木也被逮捕，因經不住76 號特務的威脅利誘，也公開落水當起了漢奸。這個時期同時落水投敵的軍統大特務還有忠義救國軍淞滬指揮部副總指揮兼第一縱隊司令何天風、上海區行動組長林之江等。這些軍統特務投敵後都先後在汪偽特工總部（76 號）出任要職，瘋狂地破壞打擊軍統潛伏組織。
王天木在上海投降日偽後，其在天津的老部下、軍統天津站行動組特務裴級三受王的影響，亦在當年9 月向日偽投降。他把平、津、保三站和唐山、滄縣兩個組的人事組織一併出賣給日本人，致使華北區受到致命打擊，僅遺區長陳恭澍一人逃往重慶，區書記曾澈以下若幹人員被捕。嗣後或則投敵、或則坐牢、或則被殺、或則潛逃，華北區組織機構從此癱瘓，活動陷於停頓狀態。
幾乎在這同時，軍統外圍組織平津抗日鋤奸團（抗團）亦被株連，慘遭打擊。大批團員被捕坐牢，不少人被殺害。團長曾澈亦不能倖免。
戴笠多年苦心經營起來的南北兩大特工中心上海、天津受到嚴重破壞。
震驚之餘，戴笠一方麵迅速調整人事，指定原上海區行動組長趙理君代理上海區長，原華北區副區長倪中立任天津站長，重建上海區和天津站；一方麵指令趙理君、倪中立製裁王天木、裴級三。但是趙理君不但未能完成任務，甚至自身在上海也不能立足，戴笠隻得將他調往重慶任局本部行動處科長，派陳恭澍到上海任區長，執行製裁王天木的任務；赴天津組建天津站，負責製裁裴級三等漢奸的任務的倪中立到津後，立足未穩，即遭日特破壞，倪中立也被殺害。不久以後，戴笠又續派大特務陳仙洲到天津建立特別站，派張家銓重建天津站，兩站再次被日特破壞，僅餘張家銓、陳仙洲2 人分別逃回河南和重慶，站中許多人被捕。從此以後，天津站一蹶不振，始終未能建立，軍統在天津的組織隻餘下一些零星的小組或電台斷斷續續在活動。
1939 年底，汪偽76 號特務在王天木的協助下，又趕赴青島，將軍統青島站站長傅勝蘭以下10 餘人，連同電台全部拿獲，傅勝蘭等一批人亦集體投靠了76 號特務組織。在這期間，軍統武漢區也被日本憲兵隊破壞，區長李果諶被捕投敵，出任偽皇協軍參謀長，後因爭權奪利，被偽皇協軍司令熊劍東藉機誅殺。
在軍統南京、上海、平津、青島、武漢等地的特務組織連遭破壞打擊、大批軍統特務落水投敵的同時，戴笠於淪陷區開展的特工活動也連遭失敗。
1939 年5 月6 日，汪精衛一行從河內抵達上海，很快與原中統特務頭目丁默村、李士群等人先期成立的漢奸特務組織合流。一時，上海成為蔣汪特工鬥爭的中心。
先是在1939 年夏天，經蔣介石批準成立上海統一委員會，以統一國民黨各派係特工在上海的力量，與日汪漢奸特務鬥爭。但是，統一委員會負責實際工作 係特務吳開先指揮不了軍統在上海的組織，統一委員會還是“統而不一”。
接著，戴笠給軍統上海區區長陳恭澍下令，指示他在上海廣泛組織除奸活動，以打擊汪偽漢奸勢力。陳恭澍奉命後，於這年秋天派軍統特務詹森把汪偽76 號特務組織的後台人物季雲卿槍殺在上海威海衛路智仁勇中學對麵。季是上海青幫“通” 字輩流氓，76 號的大頭目丁默邨、李士群、唐惠民都是季雲卿的“徒弟”，76 號的許多兇狠打手，都是經季雲卿介紹的，所以陳恭澍首先選擇季雲卿作為打擊76 號的目標。但是，不久以後詹森因自泄“天機”而被76 號逮捕，由汪偽特工委員會主任周佛海批準將詹森槍斃。在這期間，軍統少將高參蕭家駒、軍統特派員羅夢薌先後到上海開展除奸活動，均被原先從軍統落水的76 號第四行動大隊長萬裏浪誘降引薦給76 號特務頭目丁默邨、李士群，由76 號分別安置為“和平救國軍” 的參謀、76 號的顧問等職。1939 年10 月，軍統少將特派員王鍾麒、李濟時被派到上海不久，也被由軍統反水到76 號任第一處處長的林之江出賣抓進76 號，先後投敵，被聘為76 號顧問和專員。這年底，軍統特務李持平、陳家棟也先後被由軍統反水過去的特務吳道紳出賣，未經用刑就投降了76 號，也被分別委任為76 號專員和電務處電務員。後因李士群發現李、陳二人仍暗中與戴笠保持聯繫，李士群當即命76 號第一處處長兼第四行動大隊大隊長萬裏浪將二人綁赴上海中山北路 76 號刑場一起槍殺。