蘇浙行動委員會別動隊撤出上海戰區的情況分別是：二支隊從浦東退到蘇南，實力保存較多的四支隊退到皖南祁門縣歷口鎮，陶一珊的五支隊從南市陣地潰散倖存下來的人撤到江陰附近。一支隊1 個獨立大隊退到浦東。別動隊另有一部分退到浙西，其餘的大多潰散。
與別動隊同時撤退的還有戴笠在青浦、鬆江縣舉辦的兩個特工訓練班。
由於青訓班地處上海市郊，交通聯絡不便，接到戴笠緊急轉移的命令已到11月 11 日。他們連夜出發，向蘇州方向前進，從崑山到蘇州，又折向同裏，準備渡過太湖退到浙西。這中間，戴笠又下令取消蘇浙行動委員會這個中間環節，直接將青訓班掛在軍事委員會之下；並指示從青訓班挑選一些學員去南京執行爆破任務，其他學員也改向撤往南京、長沙。於是，餘樂醒率隊從太湖邊上又折回蘇州，改向南京撤退。誰知日軍攻克上海後，立即鼓其銳氣，兵分三路，直下南京。特務處總處機關最後一批西撤的150 名內勤人員在劉啟瑞、何芝園等大特務的帶領下，搶到招商局一艘正在修理中的破船，已於11 月24 日冒雨乘船撤離南京。不得已，餘樂醒隻得率領學員們中途改變方向，直奔蕪湖，沿長江而上，經獲港、銅陵、安慶、九江到達武漢。原目的地是重慶，這時戴笠又變更計劃，隊伍再次折返九江，經石門街向皖南進發，途中巧遇謝力公率領的鬆江訓練班。該班在鬆江臨撤離前，因遭敵機轟炸和日軍襲擊，傷亡400 餘人，倖存者不足50 人，損失慘重。青訓班成立之初408 人，這時也隻剩下300 名左右，兩支隊伍合為一處，齊頭並進到達祁門歷口鎮，與別動隊四支隊會合。這時，文強奉戴命率前方辦事處人員，從南通天生港繞道至蘇州、句容等地，派出6 個收容小組，收容到別動隊人員2000餘人，國軍散兵遊勇8000 餘人，也合為一處帶回皖南祁門歷口鎮。戴下令將這幾部分人員全部集中歷口整訓，餘樂醒、謝力公等其他教官陸續調回漢口，籌辦臨訓班。撤退到皖南祁門的別動隊力量，加上文強收容的國軍散兵和青訓班、鬆訓班學員，構成戴笠特務武裝的主力。由戴笠親自赴歷口進行點名、訓話，鼓舞士氣。並報經蔣介石批準，戴笠在歷口召集了一次官兵大會，宣布改蘇浙行動委員會別動隊為軍事委員會忠義救國軍。在歷口的部隊改編為忠義救國軍教導第一團，戴笠自任團長，俞作柏任副團長。下編3 個大隊，依“三三製”編組。青訓班、鬆訓班學員則由戴笠和俞作柏個別通過看麵相挑選了三四十人帶回漢口總部工作，餘下的參加第一期軍事幹部訓練隊，擔任忠義救國軍連營以上幹部。不久，浙西和蘇南的教導二團、三團相繼成立，戴笠宣布成立忠救軍總指揮部，初由自己兼任總指揮，後由副總指揮俞作柏升任，並任命羅子賓任參謀長，文強任政治部主任。戴笠指令將總指揮部設在安徽廣德。
戴笠到達香港後，立即召集特務處香港站的特務開會，指出上海、南京、廣州等東南沿海大城市淪陷後，香港的戰略地位隨之增加。今後特務處不但要繼續通過香港搜集國際情報，而且要以香港為橋頭堡，派特工人員不斷打入華南及華東沿海淪陷地區活動，搜集日軍在淪陷區的活動情報，打擊製裁漢奸等等。為此，戴笠決定成立香港區，先後由郭壽華、李崇詩、王新衡等大特務任區長。王新衡任香港區長，是表示對他因西安事變被無故關押的補償。這在戴笠的手法是對手下的特務關押後，一旦放出照例要給予升官，使被關的特務不但不心懷怨恨，反而要感謝戴笠的恩德，沒齒不忘。
戴笠由香港作短暫停留布置完工作後，很快由香港轉南昌，並組成隨節組，加強對蔣介石的警衛工作。然後偕毛人鳳到達杭州，布置杭州的潛伏組織，調整和加強浙江地區的特工力量。
南京特務處機關於11 月29 日到達武漢。少部分人留下後，大部分人於12 月2 日上午到達長沙。特務處湖南站預先接到戴笠的指示，搶到長沙東門外五裏處朱家花園100 多間平房，作為特務處機關的臨時辦事地點。這時，戴笠也先後趕到長沙和漢口，指揮安置工作。同時根據蔣介石駐節武漢指揮抗戰的需要，戴笠亦決定把指揮中心設在漢口，相應設立武漢辦事處，由戴親自主持，調總處機關的梁若節、鄧葆光、陳浩等骨幹特務到辦事處工作。
另外，成立龐大的武漢區，以大特務李果諶為區長，唐新為副區長兼行動組長。以宋嶽為第一組組長，專做漢奸工作；以鄧葆光為第二組組長，負責經濟調查；以收買的法租界捕房頭頭遲钜卿為法租界特別組組長，並以鄧葆光為法租界巡捕房日文翻譯兼法特組聯絡員，對遲钜卿取監視作用；以葉文昭為電台台長，施文橡為交通組長，另設武昌組、漢陽組等。這是特務處所屬外勤機構中僅次於上海區的組織，曾在抗戰初期起重要作用。戴笠則將自己的辦公地點臨時設在漢口日租界南小路1 所日本小學內，戴自己則在日租界南小路1 號和法租界巴黎街各有1 處秘密寓所。
戴笠到武漢不久，忽然接到南京方麵的報告，南京潛伏區區長錢新民叛變投敵。錢新民原是戴認為很忠實可靠的一位高級特務，他甚至曾在蔣麵前替錢吹噓過。可是當南京尚未淪陷，錢新民就早早地按戴笠的交代把洪公祠1 號巢穴用一把火燒為廢墟，然後把潛伏區遷到南京郊區六合縣。12 月13日，南京淪陷。不久，錢新民就在日本特務的威逼利誘下帶著全區人員名單向日軍特務機關投降，並立刻掉過頭來替日軍大肆搜捕特務處的潛伏人員，使包括程克祥、彭壽以及戴笠在南京城內布置的3 部地下秘密電台，全部被破獲。南京潛伏區幾乎被摧毀殆盡。這是抗戰期間，戴笠的所屬外勤組織第一個受到毀滅性打擊的潛伏組織，錢新民也是第一個叛變戴笠、向日軍投降的高級特務。戴笠聽到這個消息非常震怒，大罵錢新民沒有良心，使他在蔣介石麵前無法自圓其說，並連連自我譴責：“這次總算我瞎了眼，沒有看準人。”從此，戴笠布置在淪陷區的潛伏組織出現了嚴重的危機。
與別動隊同時撤退的還有戴笠在青浦、鬆江縣舉辦的兩個特工訓練班。
由於青訓班地處上海市郊，交通聯絡不便，接到戴笠緊急轉移的命令已到11月 11 日。他們連夜出發，向蘇州方向前進，從崑山到蘇州，又折向同裏，準備渡過太湖退到浙西。這中間，戴笠又下令取消蘇浙行動委員會這個中間環節，直接將青訓班掛在軍事委員會之下；並指示從青訓班挑選一些學員去南京執行爆破任務，其他學員也改向撤往南京、長沙。於是，餘樂醒率隊從太湖邊上又折回蘇州，改向南京撤退。誰知日軍攻克上海後，立即鼓其銳氣，兵分三路，直下南京。特務處總處機關最後一批西撤的150 名內勤人員在劉啟瑞、何芝園等大特務的帶領下，搶到招商局一艘正在修理中的破船，已於11 月24 日冒雨乘船撤離南京。不得已，餘樂醒隻得率領學員們中途改變方向，直奔蕪湖，沿長江而上，經獲港、銅陵、安慶、九江到達武漢。原目的地是重慶，這時戴笠又變更計劃，隊伍再次折返九江，經石門街向皖南進發，途中巧遇謝力公率領的鬆江訓練班。該班在鬆江臨撤離前，因遭敵機轟炸和日軍襲擊，傷亡400 餘人，倖存者不足50 人，損失慘重。青訓班成立之初408 人，這時也隻剩下300 名左右，兩支隊伍合為一處，齊頭並進到達祁門歷口鎮，與別動隊四支隊會合。這時，文強奉戴命率前方辦事處人員，從南通天生港繞道至蘇州、句容等地，派出6 個收容小組，收容到別動隊人員2000餘人，國軍散兵遊勇8000 餘人，也合為一處帶回皖南祁門歷口鎮。戴下令將這幾部分人員全部集中歷口整訓，餘樂醒、謝力公等其他教官陸續調回漢口，籌辦臨訓班。撤退到皖南祁門的別動隊力量，加上文強收容的國軍散兵和青訓班、鬆訓班學員，構成戴笠特務武裝的主力。由戴笠親自赴歷口進行點名、訓話，鼓舞士氣。並報經蔣介石批準，戴笠在歷口召集了一次官兵大會，宣布改蘇浙行動委員會別動隊為軍事委員會忠義救國軍。在歷口的部隊改編為忠義救國軍教導第一團，戴笠自任團長，俞作柏任副團長。下編3 個大隊，依“三三製”編組。青訓班、鬆訓班學員則由戴笠和俞作柏個別通過看麵相挑選了三四十人帶回漢口總部工作，餘下的參加第一期軍事幹部訓練隊，擔任忠義救國軍連營以上幹部。不久，浙西和蘇南的教導二團、三團相繼成立，戴笠宣布成立忠救軍總指揮部，初由自己兼任總指揮，後由副總指揮俞作柏升任，並任命羅子賓任參謀長，文強任政治部主任。戴笠指令將總指揮部設在安徽廣德。
戴笠到達香港後，立即召集特務處香港站的特務開會，指出上海、南京、廣州等東南沿海大城市淪陷後，香港的戰略地位隨之增加。今後特務處不但要繼續通過香港搜集國際情報，而且要以香港為橋頭堡，派特工人員不斷打入華南及華東沿海淪陷地區活動，搜集日軍在淪陷區的活動情報，打擊製裁漢奸等等。為此，戴笠決定成立香港區，先後由郭壽華、李崇詩、王新衡等大特務任區長。王新衡任香港區長，是表示對他因西安事變被無故關押的補償。這在戴笠的手法是對手下的特務關押後，一旦放出照例要給予升官，使被關的特務不但不心懷怨恨，反而要感謝戴笠的恩德，沒齒不忘。
戴笠由香港作短暫停留布置完工作後，很快由香港轉南昌，並組成隨節組，加強對蔣介石的警衛工作。然後偕毛人鳳到達杭州，布置杭州的潛伏組織，調整和加強浙江地區的特工力量。
南京特務處機關於11 月29 日到達武漢。少部分人留下後，大部分人於12 月2 日上午到達長沙。特務處湖南站預先接到戴笠的指示，搶到長沙東門外五裏處朱家花園100 多間平房，作為特務處機關的臨時辦事地點。這時，戴笠也先後趕到長沙和漢口，指揮安置工作。同時根據蔣介石駐節武漢指揮抗戰的需要，戴笠亦決定把指揮中心設在漢口，相應設立武漢辦事處，由戴親自主持，調總處機關的梁若節、鄧葆光、陳浩等骨幹特務到辦事處工作。
另外，成立龐大的武漢區，以大特務李果諶為區長，唐新為副區長兼行動組長。以宋嶽為第一組組長，專做漢奸工作；以鄧葆光為第二組組長，負責經濟調查；以收買的法租界捕房頭頭遲钜卿為法租界特別組組長，並以鄧葆光為法租界巡捕房日文翻譯兼法特組聯絡員，對遲钜卿取監視作用；以葉文昭為電台台長，施文橡為交通組長，另設武昌組、漢陽組等。這是特務處所屬外勤機構中僅次於上海區的組織，曾在抗戰初期起重要作用。戴笠則將自己的辦公地點臨時設在漢口日租界南小路1 所日本小學內，戴自己則在日租界南小路1 號和法租界巴黎街各有1 處秘密寓所。
戴笠到武漢不久，忽然接到南京方麵的報告，南京潛伏區區長錢新民叛變投敵。錢新民原是戴認為很忠實可靠的一位高級特務，他甚至曾在蔣麵前替錢吹噓過。可是當南京尚未淪陷，錢新民就早早地按戴笠的交代把洪公祠1 號巢穴用一把火燒為廢墟，然後把潛伏區遷到南京郊區六合縣。12 月13日，南京淪陷。不久，錢新民就在日本特務的威逼利誘下帶著全區人員名單向日軍特務機關投降，並立刻掉過頭來替日軍大肆搜捕特務處的潛伏人員，使包括程克祥、彭壽以及戴笠在南京城內布置的3 部地下秘密電台，全部被破獲。南京潛伏區幾乎被摧毀殆盡。這是抗戰期間，戴笠的所屬外勤組織第一個受到毀滅性打擊的潛伏組織，錢新民也是第一個叛變戴笠、向日軍投降的高級特務。戴笠聽到這個消息非常震怒，大罵錢新民沒有良心，使他在蔣介石麵前無法自圓其說，並連連自我譴責：“這次總算我瞎了眼，沒有看準人。”從此，戴笠布置在淪陷區的潛伏組織出現了嚴重的危機。