政治審訊機關頭子羅莫達諾夫斯基主持處理此項離婚事件，為此他在普列奧勃拉任斯科耶政廳設立了刑訊室。這都說明彼得無意一味說服對方接受離婚，還要來點硬的，然而可以斷定，哪怕再倒黴皇後也決不改變主意的。
沙皇與王後是在 8月28日，即彼得回到莫斯科的第三天會麵的。他們之間長達四個小時的談話後人一無所知，但是從後來的事態發展來看，這次談話沒有使彼得達到預期的目的。葉芙多基婭仍然不願聽從擺布去落髮為尼。如果她同意。那麽就給她隆重送別。可是送別儀式並沒有舉行。因為三周以後，從克裏姆林宮駛出一輛沒有侍從的簡樸的轎式馬車，朝著通往蘇茲達爾女修院方向開去，葉芙多基婭從此將更名改姓，脫下俗人的衣服，換成修女的長袍。修院還為這位名叫葉蓮娜的修女準備了內修室。
彼得還強化了對射擊軍的偵訊，這同鬍鬚上的鬥爭以及和葉芙多基婭離婚案相比，具有更重要的意義。
彼得和射擊軍有一種特殊關係，而且每次新衝突都加深了沙皇和他們之間的猜疑和故意。但問題並不僅在於射擊軍缺乏應有的訓練和戰鬥力，而在於它本身組織方麵所暴露出來的舊時代的痕跡。
在彼得眼裏，射擊軍“不配稱為軍隊，而是一群烏合之眾”，這首先因為這批人不僅再三尋釁滋事，心懷叵測，阻撓他即帝位，而且還有弒君之心。這就是為什麽彼得對射擊軍的仇恨日深，終至恨不得寢其皮而食其肉。沙皇成了這場衝突的勝者，他的專橫獨裁導致了血腥的結局：千百萬名射擊軍士兵遭到殘殺，射擊軍實際上己名存實亡。彼得獲悉射擊軍譁變的消息時，正滯留維也納，他當即給羅莫達諾夫斯基發去一封簡短的信。全文如下：“ 6月17日來函已復。來信提及先皇伊萬·米哈伊洛維奇埋下之惡種業已萌發等節，朕特命卿等絕不可手軟，舍此火勢將不可收拾也”。
“刻吾等從事之有益事業功虧一簣，棄之可惜，鑑於上述原因，朕率眾人盡速返回，想此事亦為卿等始料所不及也。”
這封信短短數行，但言簡意賅，彼得說明了射擊軍騷動的概況（按沙皇的意見來說這是在1682年從伊萬·米哈伊洛維奇·米洛斯拉夫斯基家族播下的種子發展起來的），目的在於進行殘酷的鎮壓。覆信的口氣說明，沙皇對射擊軍的仇恨已達頂點，並暗示，一俟回到莫斯科就準備最後解決他們的命運。
在莫斯科，人們向沙皇稟報了射擊軍騷動和對它的鎮壓，他親自研究審訊材料，他知之愈詳，不滿情緒就越大。他認為，偵訊還浮在表麵，對暴動參與者的懲治過於手軟，審訊人員未能查明被他稱之為米洛斯拉夫斯基埋藏下的“惡種”參與其事的目的。最令他不滿意的是把那些騷動的發起者匆匆處死了。彼得認為，他們一死，此事也就死無對證了。
經過一番寒暄之後，氣氛有所緩和，但一下子彼得的牛性子又上來了。他怒不可遏，指責大元帥舍英不該受賄以權謀私，使不少人無功受祿，得到升遷。沙皇氣沖沖跑出大廳，詢問門口的衛兵有多少人得到了提升並被授予官銜，然後拔劍出鞘。走了回來，一邊用劍敲著桌子，一邊向舍英大聲喝道：“我要砸碎你的團隊，扒下你的皮，說到做到！”這時，羅莫達諾夫斯基公爵，佐托夫和列福爾特趕緊跑過去勸慰沙皇，請他息怒，可是他舉起劍就打，佐托夫的頭上挨了一記，羅莫達諾夫斯基的手指被劍鋒劃破，列福爾特的背部也給劍打了一下。隻有緬希科夫好不容易才使盛怒的彼得平息下來。
不過，沙皇發怒的真正原因不在舍英提升無功的人，而是因為他過早處死了射擊軍譁變的罪魁禍首。
彼得決定重新審訊，這一次他要自己一手抓，“這次我要從嚴審訊”，他對戈登說。他首先命令將全部叛軍押送京都。他們總數是一千零四十一人。
從1698年 9月中旬開始，除星期日和節日以外，審訊一直沒有斷過。被彼得吸收參加審問的有他的數名親信：“愷撒大帝”羅莫達諾夫斯基，他曾以普列奧勃拉任斯科耶政廳總監身份從事政治審訊；還有姆·阿·切爾卡斯基公爵，弗·德·多爾戈魯基公爵，普·伊·普羅佐夫斯基公爵及其他高官顯貴。射擊軍全部官兵的命運早在審訊結束前就已由沙皇預先決定了。
經查明，索菲婭參與叛亂一事鐵證如山。最後，受審者被分成兩組：一組是射擊軍士兵，其中二十個受審的人忍受了最殘忍的折磨，對他們動用拷問架、火燒、木棍等刑具逼供，讓他們互相對質，還對死不認罪者進行反覆拷問。刑訊室裏一片哀嚎之聲。在另一組審訊室裏關進了兩位公主——索菲婭·阿列克謝耶夫娜和瑪爾法·阿列克謝耶夫娜，還有擔當索菲婭和射擊軍之間牽線人的親信。兩位公主周圍的人也遭到和射擊軍一樣拷打。索菲婭公主也沒逃脫審問，盡管沒有動刑。彼得不是單獨到新聖母修道院來的，還帶來了阿爾秋什卡·馬斯洛夫和士兵瓦西卡·伊格納季耶夫，以及池們的口供，即索菲婭寫給叛亂頭目的信。
從1689年事變以後索菲婭被囚禁在修道院之日起，彼得已有九年時間沒見到他姐姐了。在這些年裏，公主在修道院鬥室裏的生活還比較自由，不必遵守嚴格的生活製度：她有機會和外界接觸，身邊有女僕侍候，親戚也可以給她送吃的來。這些細微未節的小事也表現了彼得的個性－－他無心去打落水狗。對這些人的命運他聽之任之。不僅對索菲婭如此，即令對他出家修道的髮妻，也是如此。他有意網開一麵，好讓她繼續過世俗的生活。
沙皇與王後是在 8月28日，即彼得回到莫斯科的第三天會麵的。他們之間長達四個小時的談話後人一無所知，但是從後來的事態發展來看，這次談話沒有使彼得達到預期的目的。葉芙多基婭仍然不願聽從擺布去落髮為尼。如果她同意。那麽就給她隆重送別。可是送別儀式並沒有舉行。因為三周以後，從克裏姆林宮駛出一輛沒有侍從的簡樸的轎式馬車，朝著通往蘇茲達爾女修院方向開去，葉芙多基婭從此將更名改姓，脫下俗人的衣服，換成修女的長袍。修院還為這位名叫葉蓮娜的修女準備了內修室。
彼得還強化了對射擊軍的偵訊，這同鬍鬚上的鬥爭以及和葉芙多基婭離婚案相比，具有更重要的意義。
彼得和射擊軍有一種特殊關係，而且每次新衝突都加深了沙皇和他們之間的猜疑和故意。但問題並不僅在於射擊軍缺乏應有的訓練和戰鬥力，而在於它本身組織方麵所暴露出來的舊時代的痕跡。
在彼得眼裏，射擊軍“不配稱為軍隊，而是一群烏合之眾”，這首先因為這批人不僅再三尋釁滋事，心懷叵測，阻撓他即帝位，而且還有弒君之心。這就是為什麽彼得對射擊軍的仇恨日深，終至恨不得寢其皮而食其肉。沙皇成了這場衝突的勝者，他的專橫獨裁導致了血腥的結局：千百萬名射擊軍士兵遭到殘殺，射擊軍實際上己名存實亡。彼得獲悉射擊軍譁變的消息時，正滯留維也納，他當即給羅莫達諾夫斯基發去一封簡短的信。全文如下：“ 6月17日來函已復。來信提及先皇伊萬·米哈伊洛維奇埋下之惡種業已萌發等節，朕特命卿等絕不可手軟，舍此火勢將不可收拾也”。
“刻吾等從事之有益事業功虧一簣，棄之可惜，鑑於上述原因，朕率眾人盡速返回，想此事亦為卿等始料所不及也。”
這封信短短數行，但言簡意賅，彼得說明了射擊軍騷動的概況（按沙皇的意見來說這是在1682年從伊萬·米哈伊洛維奇·米洛斯拉夫斯基家族播下的種子發展起來的），目的在於進行殘酷的鎮壓。覆信的口氣說明，沙皇對射擊軍的仇恨已達頂點，並暗示，一俟回到莫斯科就準備最後解決他們的命運。
在莫斯科，人們向沙皇稟報了射擊軍騷動和對它的鎮壓，他親自研究審訊材料，他知之愈詳，不滿情緒就越大。他認為，偵訊還浮在表麵，對暴動參與者的懲治過於手軟，審訊人員未能查明被他稱之為米洛斯拉夫斯基埋藏下的“惡種”參與其事的目的。最令他不滿意的是把那些騷動的發起者匆匆處死了。彼得認為，他們一死，此事也就死無對證了。
經過一番寒暄之後，氣氛有所緩和，但一下子彼得的牛性子又上來了。他怒不可遏，指責大元帥舍英不該受賄以權謀私，使不少人無功受祿，得到升遷。沙皇氣沖沖跑出大廳，詢問門口的衛兵有多少人得到了提升並被授予官銜，然後拔劍出鞘。走了回來，一邊用劍敲著桌子，一邊向舍英大聲喝道：“我要砸碎你的團隊，扒下你的皮，說到做到！”這時，羅莫達諾夫斯基公爵，佐托夫和列福爾特趕緊跑過去勸慰沙皇，請他息怒，可是他舉起劍就打，佐托夫的頭上挨了一記，羅莫達諾夫斯基的手指被劍鋒劃破，列福爾特的背部也給劍打了一下。隻有緬希科夫好不容易才使盛怒的彼得平息下來。
不過，沙皇發怒的真正原因不在舍英提升無功的人，而是因為他過早處死了射擊軍譁變的罪魁禍首。
彼得決定重新審訊，這一次他要自己一手抓，“這次我要從嚴審訊”，他對戈登說。他首先命令將全部叛軍押送京都。他們總數是一千零四十一人。
從1698年 9月中旬開始，除星期日和節日以外，審訊一直沒有斷過。被彼得吸收參加審問的有他的數名親信：“愷撒大帝”羅莫達諾夫斯基，他曾以普列奧勃拉任斯科耶政廳總監身份從事政治審訊；還有姆·阿·切爾卡斯基公爵，弗·德·多爾戈魯基公爵，普·伊·普羅佐夫斯基公爵及其他高官顯貴。射擊軍全部官兵的命運早在審訊結束前就已由沙皇預先決定了。
經查明，索菲婭參與叛亂一事鐵證如山。最後，受審者被分成兩組：一組是射擊軍士兵，其中二十個受審的人忍受了最殘忍的折磨，對他們動用拷問架、火燒、木棍等刑具逼供，讓他們互相對質，還對死不認罪者進行反覆拷問。刑訊室裏一片哀嚎之聲。在另一組審訊室裏關進了兩位公主——索菲婭·阿列克謝耶夫娜和瑪爾法·阿列克謝耶夫娜，還有擔當索菲婭和射擊軍之間牽線人的親信。兩位公主周圍的人也遭到和射擊軍一樣拷打。索菲婭公主也沒逃脫審問，盡管沒有動刑。彼得不是單獨到新聖母修道院來的，還帶來了阿爾秋什卡·馬斯洛夫和士兵瓦西卡·伊格納季耶夫，以及池們的口供，即索菲婭寫給叛亂頭目的信。
從1689年事變以後索菲婭被囚禁在修道院之日起，彼得已有九年時間沒見到他姐姐了。在這些年裏，公主在修道院鬥室裏的生活還比較自由，不必遵守嚴格的生活製度：她有機會和外界接觸，身邊有女僕侍候，親戚也可以給她送吃的來。這些細微未節的小事也表現了彼得的個性－－他無心去打落水狗。對這些人的命運他聽之任之。不僅對索菲婭如此，即令對他出家修道的髮妻，也是如此。他有意網開一麵，好讓她繼續過世俗的生活。