這樣，大學本身轉化成暫時固定的權力機構，變成了所有主，它們在經濟上的操心超過了社團事務和領地主權方麵的經營管理。大學社團組織以前的榮譽標誌，印章，現在變成了貴婦人的武器。
經院哲學的發展
與上述這一會社團體的發展相應的，是經院哲學的平行的發展，後者甚至否認自己的基本要求。我們將從 14世紀和15世紀極端複雜的哲學與神學中舉出一些本質性的特徵，這些特徵表明它們已離開13世紀經院哲學的立場。這就是由鄧斯·司各特和奧卡姆奠定基礎的批判的和懷疑的思潮；由牛津的梅爾頓學會成員和巴黎的博士們（奧特雷柯爾，布裏丹，歐雷斯默）發展為經驗論的經驗主義傾向；還有阿威羅伊主義，它從帕多瓦的馬爾希留和堯頓的約翰起就主要同政治結合在一起（這一點下文將談到），偉大的異教領袖威克利夫和揚·胡斯也部分地採用阿威羅伊的學說；最後是反唯智論，它很快使得中世紀衰亡時期的整個經院哲學黯然失色。它產生於埃克哈特長老的神秘主義理論中，並在十五世紀經由彼埃爾·戴利、熱爾森和庫薩的尼古拉而得到普及。
理性和信仰的分離
通過弗朗切斯各修會傑出的博士約翰·鄧斯·司各特（1266－1308）和威廉·奧卡姆（約1300－納1350），神學同經院哲學的首要問題，也就是理性與信仰的平衡問題，發生了爭論。正像戈頓·勒夫正確地指出的，大約從1320年起，安瑟爾姆的“信仰尋求理智力”的傳統就被拋棄了，隨同被拋棄的是把創造物同神性統一為一體的努力。聖奧古斯丁的門徒和聖托馬斯主義者雖工作方式不同，但都曾致力於這種統一。對此還需補充的是，在14和15世紀，聖奧古斯丁的思想比聖托馬斯的思想流傳更廣，當時的思想家對此是持反對態度的。
鄧斯·司各特第一個把理性從信仰的事裏驅逐出去。上帝是這樣自由，他是遠離人類的理性的。上帝的自由變成了神學的中心問題，並且從此以後它對理性來說是無法接近的。威廉·奧卡姆繼續了這項工作並通過把司各特學說的結論應用到人與上帝的關係上，完備了實踐知識與理論知識的分離。他區分抽象的知識和直觀的知識。和直觀的知識不同，抽象的知識“並不足以使我們認識到，一個存在的事物是否存在或一個不存在的事物是否不存在……直觀的知識則是這樣一種知識，我們通過它認識到，存在的事物才存在，不存在的事物並不存在。”正如保羅·韋伊諾指出的，奧卡姆理論的邏輯，無疑並不一定通向懷疑論。認識過程並不是必然以認識對象的存在為前提的。真理通過兩種完全不同的處理方式而得以達到：證據隻涉及人們可以憑藉經驗加以確信的東西；其他的一切，都屬於玄想的範圍，不帶有任何可靠性，最多不過是可能性。但這一原理經過奧卡姆本人著手應用到神學上去，導向了懷疑論。因為上帝隻是由於它的萬能得以闡明，現在“它變成類似某種不可確證的東西，它不再是萬物的尺度……結果必然是，理性從此之後既無法支持也無法證實信仰。而且信仰隻能退出討論的舞台，讓出地盤給事實，或者屈服於統轄整個非感性領域的懷疑。”
凱·米夏爾斯基曾詳盡地說明，奧卡姆學說的信奉者是怎樣從上述原理出發，把哲學和神學進一步發展為批判主義與懷疑論的。大學裏的教育深深打上了這方麵的烙印。迄今為止一直起著神學學說試金石作用的彼埃爾·朗巴德的《教父名言錄》評註，現在越來越被鄙棄。奧卡姆以後，“問題”的數量減少了，並越來越集中在“上帝的萬能”和“自由意誌”上。與此同時，自然與神恩之間的平衡被打破了。人類可以不依靠“神恩”，實現上帝要求的一切。每一種教條主義的學說都變得毫無意義。所有的價值都受到懷疑。善與惡不再必定相互排斥。人類的力量隻能與自然聯繫起來加以討論，並與經驗對照。
在另一方麵，奧卡姆學說的反對者，像牛津的托馬斯·布拉德瓦蒂納，也走上同樣的道路，提出同一類的問題。他們的權威主義，使教義的權威成為所有真理與全部知識的中心點，導致對理性同樣徹底的排斥。正像戈頓·勒夫十分確切地分析的，如果沒有上述的這一懷疑主義神學的破壞工作，“就既不可能有文藝復興，也不可能有宗教改革”。從此以後，通向唯意誌論的道路暢通了，它將以醜化和反常的形式宣布權力欲的合法性並為封建王侯的專製製度辯護。最後一點顧慮一掃而空，卡勃利爾·畢爾就是這樣一個例子，他聲明要為他的老師奧卡姆辯護，不管怎樣他沒有背叛他的知識分子的職責：“如果一門神學不能為信仰提供一點理解和論據，那將是可恥的。”或者如彼埃爾·戴利，他提出一個純修辭學的保留意見：“正因為我們的信仰是真實和十分有益的，如果不能以可信的論證為它辯護和給予它支持，那是不合適的。”
經驗科學的局限
上述批判主義學說，構成梅爾頓學派成員的邏輯學和科學著作的基礎，如威廉·哈埃脫斯伯裏和理察·斯旺斯赫德——另外也體現在格羅塞特斯特和羅吉爾·培根的著作中——以及巴黎人奧托雷柯爾的尼古拉，約翰·布裏丹，薩克森的阿爾貝特，歐雷斯默的尼古拉等人的著作。他們滿足於經驗：“我不謊稱所有一切都是確鑿無疑，而隻要求神學家先生向我說清楚，這一切怎麽會發生。”
經院哲學的發展
與上述這一會社團體的發展相應的，是經院哲學的平行的發展，後者甚至否認自己的基本要求。我們將從 14世紀和15世紀極端複雜的哲學與神學中舉出一些本質性的特徵，這些特徵表明它們已離開13世紀經院哲學的立場。這就是由鄧斯·司各特和奧卡姆奠定基礎的批判的和懷疑的思潮；由牛津的梅爾頓學會成員和巴黎的博士們（奧特雷柯爾，布裏丹，歐雷斯默）發展為經驗論的經驗主義傾向；還有阿威羅伊主義，它從帕多瓦的馬爾希留和堯頓的約翰起就主要同政治結合在一起（這一點下文將談到），偉大的異教領袖威克利夫和揚·胡斯也部分地採用阿威羅伊的學說；最後是反唯智論，它很快使得中世紀衰亡時期的整個經院哲學黯然失色。它產生於埃克哈特長老的神秘主義理論中，並在十五世紀經由彼埃爾·戴利、熱爾森和庫薩的尼古拉而得到普及。
理性和信仰的分離
通過弗朗切斯各修會傑出的博士約翰·鄧斯·司各特（1266－1308）和威廉·奧卡姆（約1300－納1350），神學同經院哲學的首要問題，也就是理性與信仰的平衡問題，發生了爭論。正像戈頓·勒夫正確地指出的，大約從1320年起，安瑟爾姆的“信仰尋求理智力”的傳統就被拋棄了，隨同被拋棄的是把創造物同神性統一為一體的努力。聖奧古斯丁的門徒和聖托馬斯主義者雖工作方式不同，但都曾致力於這種統一。對此還需補充的是，在14和15世紀，聖奧古斯丁的思想比聖托馬斯的思想流傳更廣，當時的思想家對此是持反對態度的。
鄧斯·司各特第一個把理性從信仰的事裏驅逐出去。上帝是這樣自由，他是遠離人類的理性的。上帝的自由變成了神學的中心問題，並且從此以後它對理性來說是無法接近的。威廉·奧卡姆繼續了這項工作並通過把司各特學說的結論應用到人與上帝的關係上，完備了實踐知識與理論知識的分離。他區分抽象的知識和直觀的知識。和直觀的知識不同，抽象的知識“並不足以使我們認識到，一個存在的事物是否存在或一個不存在的事物是否不存在……直觀的知識則是這樣一種知識，我們通過它認識到，存在的事物才存在，不存在的事物並不存在。”正如保羅·韋伊諾指出的，奧卡姆理論的邏輯，無疑並不一定通向懷疑論。認識過程並不是必然以認識對象的存在為前提的。真理通過兩種完全不同的處理方式而得以達到：證據隻涉及人們可以憑藉經驗加以確信的東西；其他的一切，都屬於玄想的範圍，不帶有任何可靠性，最多不過是可能性。但這一原理經過奧卡姆本人著手應用到神學上去，導向了懷疑論。因為上帝隻是由於它的萬能得以闡明，現在“它變成類似某種不可確證的東西，它不再是萬物的尺度……結果必然是，理性從此之後既無法支持也無法證實信仰。而且信仰隻能退出討論的舞台，讓出地盤給事實，或者屈服於統轄整個非感性領域的懷疑。”
凱·米夏爾斯基曾詳盡地說明，奧卡姆學說的信奉者是怎樣從上述原理出發，把哲學和神學進一步發展為批判主義與懷疑論的。大學裏的教育深深打上了這方麵的烙印。迄今為止一直起著神學學說試金石作用的彼埃爾·朗巴德的《教父名言錄》評註，現在越來越被鄙棄。奧卡姆以後，“問題”的數量減少了，並越來越集中在“上帝的萬能”和“自由意誌”上。與此同時，自然與神恩之間的平衡被打破了。人類可以不依靠“神恩”，實現上帝要求的一切。每一種教條主義的學說都變得毫無意義。所有的價值都受到懷疑。善與惡不再必定相互排斥。人類的力量隻能與自然聯繫起來加以討論，並與經驗對照。
在另一方麵，奧卡姆學說的反對者，像牛津的托馬斯·布拉德瓦蒂納，也走上同樣的道路，提出同一類的問題。他們的權威主義，使教義的權威成為所有真理與全部知識的中心點，導致對理性同樣徹底的排斥。正像戈頓·勒夫十分確切地分析的，如果沒有上述的這一懷疑主義神學的破壞工作，“就既不可能有文藝復興，也不可能有宗教改革”。從此以後，通向唯意誌論的道路暢通了，它將以醜化和反常的形式宣布權力欲的合法性並為封建王侯的專製製度辯護。最後一點顧慮一掃而空，卡勃利爾·畢爾就是這樣一個例子，他聲明要為他的老師奧卡姆辯護，不管怎樣他沒有背叛他的知識分子的職責：“如果一門神學不能為信仰提供一點理解和論據，那將是可恥的。”或者如彼埃爾·戴利，他提出一個純修辭學的保留意見：“正因為我們的信仰是真實和十分有益的，如果不能以可信的論證為它辯護和給予它支持，那是不合適的。”
經驗科學的局限
上述批判主義學說，構成梅爾頓學派成員的邏輯學和科學著作的基礎，如威廉·哈埃脫斯伯裏和理察·斯旺斯赫德——另外也體現在格羅塞特斯特和羅吉爾·培根的著作中——以及巴黎人奧托雷柯爾的尼古拉，約翰·布裏丹，薩克森的阿爾貝特，歐雷斯默的尼古拉等人的著作。他們滿足於經驗：“我不謊稱所有一切都是確鑿無疑，而隻要求神學家先生向我說清楚，這一切怎麽會發生。”