於是，孔祥熙擔任行政院長後，根據上述精神對所屬機關進行了必要的改革。
其具體的做法是：將原來實業部改組為經濟部，將軍事委員會下屬的第三、四部，以及資源委員會、工礦調整委員會、農產調整委員會，還有國民政府所屬的建設委員會，全國經濟委員會所屬的水利部，一併納人經濟部；將原屬於軍事委員會管轄的貿易委員會隸屬於財政部；將農業調整處、四省合作事業辦事處並人農本局；設立交通部，並將鐵道部及全國經濟委員會下屬的公路部一併納人交通部。
改組後的國民政府由三大塊組成。行政機械為行政院，孔祥熙任院長，下設財政部、經濟部和交通部；監察執法機構為監察院，下設審計院；“立法”機構為立法院，下設財政委員會和經濟委員會；同時將經濟行政權集中於行政院。
這些改革雖不大徹底，但在當時的條件下，確實克服了機構設置紊亂、政出多門的現象，對建立國民黨的戰時經濟體製和酉南地區的經濟發展，起到了積極作用。
不過，我們應看到，盡管當時從總體輪廓上看，政府機構部門精簡了許多，實際上仍很臃腫。因為裁減不僅涉及個人利益，也涉及派係利益，誰都不願將自己這一派的人裁減出去。所以形成了機構改革後的頭小肚子大的情況。
如行政院下屬的經濟部，由原來的幾個部門合併而成。為了盡可能地安排位置，該部的行政單位竟有十司七處三廳一署共計21個之多；此外還有專業單位九局七會四所二處，共22個。加上孔祥熙、宋子文等手下都有一批親信，親信手下又有親信，層層裙帶，又都視經濟部為肥缺，想方設想安插進來。所以，雖然1938年進行改革後又做了一些調整，卻始終未能擺脫冗員過多的情況。以致在1946年國民黨六屆二中全會在總結抗戰工作時不得不承認：
“多年來，官僚主義早已構成最大弊害，以敷衍塞責、假公濟私為尤甚。人事與政策不配合，機構龐大繁多與法令紛歧牴觸，以致責權不清，減低效能，亟待調整，分別有廢。”
除了行政、經濟體製改革外，當年孔祥熙還直接領導了金融體製的改革，以便適應全國抗戰的需要。
還是在1937年“八·一三”上海會戰時，上海、南京的一些資本家聽到炮聲，生怕中國守軍不敵日軍且上海會立刻淪陷，所以即刻到銀行提款，以致形成後來的擠兌風潮。那時孔祥熙還在國外訪問，聽到消息後立即發電報回國，在國外遙控指揮“戰鬥”。
當時孔祥熙急令以國民政府名義宣布上海、南京各銀行先停業兩天。
然後就在這停業的兩天裏，孔祥熙命人起草出台了《安定金融辦法》。當年8月15日，該《辦法》經政府批準正式出台。其中規定，因抗戰爆發，每戶每周隻能提取存款的5％，且提款量最多不能超過法幣150元。
與此同時，中央、中國、交通和農民四大銀行於8月17日組成“四行聯合辦事處”，統一協調處理外匯儲備、現金流量及突發的事件。
同年11月，國民政府遷往漢口。孔祥熙隨即將“四行聯合辦事處”改為“四行聯合辦事總處”，授予其更高的權限，即作為“戰時全國金融樞紐”，統一負責抗戰中一切費用的預算和支出。這一舉措對於當時穩定金融、阻止資金外流起到了積極作用。
1939年9月，已經遷至重慶的國民黨政府公布了《戰時健全中央金融機構辦法綱要》，並改組了“四聯總處”。改組後，蔣介石親任“四聯總處”理事會主席，孔祥熙任副主席。
從此以後，“四聯總處”實際上成為蔣介石手下的有關經濟。金融的辦事決策機構，其工作範圍和職權都大大加強，成為蔣介石、孔祥熙決定戰時財經問題和其他經濟問題的大本營。
當時，孔祥熙不僅控製了金融財經業，還插手其他行業。如在對農業、礦業、商業管理等方麵，他均有幹預或參與。
抗戰爆發不久，孔祥熙就參與製訂了《非常時期農礦工商管理條例》。其後不久當他擔任行政院長後，又對該《條例》進行修改。以經他修改的《非常時期農礦工商管理條例》為例，修改後的條例規定，對燃料、金屬及其製品、水泥、酒精、橡膠、電器、糧食和藥品等重要的戰略物質，軍事委員會有權對其生產、銷售進行監督。必要時有權幹預這些物品的生產和流通，以服從戰爭和全局的需要。這就標誌著國民黨政府開始對經濟進行戰時的全麵統製。
外匯歷來是金融市場的重要方麵，孔祥熙當然不會放手。他參與製訂了《購買外匯核請辦法》，對外匯嚴格控製。從“七七”事變開始到“八·一三”事變止，國民黨政府共售出外匯750萬英鎊。在此情況下，孔祥熙還讓財政部宣布《非常時期安定金融辦法》。為防止資金外流，還為銀行訂立了“君子協定”，要求各外商銀行對投機與逃資購買外匯者，不予供給。但實際上，這些規定隻限製了一些中小資本家和投機者，像與四大家族有密切聯繫的人卻利用戰時的特殊政策大發了一筆國難的橫財。這又是後話了。
當時，為了保證戰時經濟體製正常運作，孔祥熙在積極參與行政機構、金融機構的改革時，針對軍費支出急劇增加、國家財政人不敷出等嚴重局麵，又抓了以下幾項措施：
其具體的做法是：將原來實業部改組為經濟部，將軍事委員會下屬的第三、四部，以及資源委員會、工礦調整委員會、農產調整委員會，還有國民政府所屬的建設委員會，全國經濟委員會所屬的水利部，一併納人經濟部；將原屬於軍事委員會管轄的貿易委員會隸屬於財政部；將農業調整處、四省合作事業辦事處並人農本局；設立交通部，並將鐵道部及全國經濟委員會下屬的公路部一併納人交通部。
改組後的國民政府由三大塊組成。行政機械為行政院，孔祥熙任院長，下設財政部、經濟部和交通部；監察執法機構為監察院，下設審計院；“立法”機構為立法院，下設財政委員會和經濟委員會；同時將經濟行政權集中於行政院。
這些改革雖不大徹底，但在當時的條件下，確實克服了機構設置紊亂、政出多門的現象，對建立國民黨的戰時經濟體製和酉南地區的經濟發展，起到了積極作用。
不過，我們應看到，盡管當時從總體輪廓上看，政府機構部門精簡了許多，實際上仍很臃腫。因為裁減不僅涉及個人利益，也涉及派係利益，誰都不願將自己這一派的人裁減出去。所以形成了機構改革後的頭小肚子大的情況。
如行政院下屬的經濟部，由原來的幾個部門合併而成。為了盡可能地安排位置，該部的行政單位竟有十司七處三廳一署共計21個之多；此外還有專業單位九局七會四所二處，共22個。加上孔祥熙、宋子文等手下都有一批親信，親信手下又有親信，層層裙帶，又都視經濟部為肥缺，想方設想安插進來。所以，雖然1938年進行改革後又做了一些調整，卻始終未能擺脫冗員過多的情況。以致在1946年國民黨六屆二中全會在總結抗戰工作時不得不承認：
“多年來，官僚主義早已構成最大弊害，以敷衍塞責、假公濟私為尤甚。人事與政策不配合，機構龐大繁多與法令紛歧牴觸，以致責權不清，減低效能，亟待調整，分別有廢。”
除了行政、經濟體製改革外，當年孔祥熙還直接領導了金融體製的改革，以便適應全國抗戰的需要。
還是在1937年“八·一三”上海會戰時，上海、南京的一些資本家聽到炮聲，生怕中國守軍不敵日軍且上海會立刻淪陷，所以即刻到銀行提款，以致形成後來的擠兌風潮。那時孔祥熙還在國外訪問，聽到消息後立即發電報回國，在國外遙控指揮“戰鬥”。
當時孔祥熙急令以國民政府名義宣布上海、南京各銀行先停業兩天。
然後就在這停業的兩天裏，孔祥熙命人起草出台了《安定金融辦法》。當年8月15日，該《辦法》經政府批準正式出台。其中規定，因抗戰爆發，每戶每周隻能提取存款的5％，且提款量最多不能超過法幣150元。
與此同時，中央、中國、交通和農民四大銀行於8月17日組成“四行聯合辦事處”，統一協調處理外匯儲備、現金流量及突發的事件。
同年11月，國民政府遷往漢口。孔祥熙隨即將“四行聯合辦事處”改為“四行聯合辦事總處”，授予其更高的權限，即作為“戰時全國金融樞紐”，統一負責抗戰中一切費用的預算和支出。這一舉措對於當時穩定金融、阻止資金外流起到了積極作用。
1939年9月，已經遷至重慶的國民黨政府公布了《戰時健全中央金融機構辦法綱要》，並改組了“四聯總處”。改組後，蔣介石親任“四聯總處”理事會主席，孔祥熙任副主席。
從此以後，“四聯總處”實際上成為蔣介石手下的有關經濟。金融的辦事決策機構，其工作範圍和職權都大大加強，成為蔣介石、孔祥熙決定戰時財經問題和其他經濟問題的大本營。
當時，孔祥熙不僅控製了金融財經業，還插手其他行業。如在對農業、礦業、商業管理等方麵，他均有幹預或參與。
抗戰爆發不久，孔祥熙就參與製訂了《非常時期農礦工商管理條例》。其後不久當他擔任行政院長後，又對該《條例》進行修改。以經他修改的《非常時期農礦工商管理條例》為例，修改後的條例規定，對燃料、金屬及其製品、水泥、酒精、橡膠、電器、糧食和藥品等重要的戰略物質，軍事委員會有權對其生產、銷售進行監督。必要時有權幹預這些物品的生產和流通，以服從戰爭和全局的需要。這就標誌著國民黨政府開始對經濟進行戰時的全麵統製。
外匯歷來是金融市場的重要方麵，孔祥熙當然不會放手。他參與製訂了《購買外匯核請辦法》，對外匯嚴格控製。從“七七”事變開始到“八·一三”事變止，國民黨政府共售出外匯750萬英鎊。在此情況下，孔祥熙還讓財政部宣布《非常時期安定金融辦法》。為防止資金外流，還為銀行訂立了“君子協定”，要求各外商銀行對投機與逃資購買外匯者，不予供給。但實際上，這些規定隻限製了一些中小資本家和投機者，像與四大家族有密切聯繫的人卻利用戰時的特殊政策大發了一筆國難的橫財。這又是後話了。
當時，為了保證戰時經濟體製正常運作，孔祥熙在積極參與行政機構、金融機構的改革時，針對軍費支出急劇增加、國家財政人不敷出等嚴重局麵，又抓了以下幾項措施：