麥克阿瑟決定把家就安在使館裏，而把總司令部設在商業區皇宮對麵的第一大廈。使館在大轟炸中雖未受大的破壞，也未被日本人占領，但是館內仍破爛不堪，沒有一件像樣的家什，有的房間地麵上還淌滿了水。士兵們忙了幾天才把使館收拾得整潔了一些，原來的一些老傭人也都陸續被召了回來。一切準備就緒後，麥克阿瑟即派人去馬尼拉接他的家人。
第一大廈距使館隻有5分鍾的汽車路程，其所有權屬於日本一家大保險公司。麥克阿瑟選中六樓的一個帶空調的小房間作他的辦公室，據說這裏原來是一間儲藏室。他把辦公室當作一個幽閉獨處的場所，連部電話也不安。室內布置得也很簡單，隻有一套舊沙發、一張辦公桌和一個書櫃，唯一的裝飾是牆上掛著的華盛頓像和林肯像。
9月19日，麥克阿瑟的妻子瓊和兒子阿瑟及老保姆阿珠，還有在馬尼拉新近請的家庭教師吉本斯夫人，乘飛機在厚木著陸。麥克阿瑟和一名助手未帶任何武器去機場迎接。在返回東京的路上，瓊看見路兩旁有日本兵，擔心地問：“安全嗎？”她的丈夫回答說：“絕對安全。”
麥克阿瑟之所以有這樣的把握，是因為他對日本人有充分的了解並對自己所採取的立場有充分的信心。他在進駐東京之初即宣布：“最高統帥部的職責並非抑製日本，而是使它重新站起來。”這是他在總結了歷史上亞歷山大大帝、愷撒、拿破崙實行占領時的經驗與教訓後得出的結論，當然也借鑑了他父親老麥克阿瑟將軍在菲律賓，還有他自己一戰後在德國萊茵地區的占領經驗與教訓。在萊茵地區駐防時，他親身體驗到“軍事占領形式所帶來的根本弱點，文官權力為軍事權力所取代，人民失掉了自尊和自信，不斷占上風的是集中的專製獨裁權力而不是一種地方化的代議製體製。在外國刺刀統治下，國民的精神和道德風尚日益淪喪；占領軍本身也由於權力弊病滲入到他們隊伍中而產生了一種種族優越感，從而不可避免地墮落下去”。他認為，在這種一方為奴隸而另一方為主子的占領狀態下，“幾乎所有的軍事占領都孕育著未來的新的戰爭”。因此，他要求同盟國駐日占領軍盡量採取一種克製和善意的作法以贏得日本人的信任與合作，並確定了“一切占領政策都將通過包括天皇在內的日本政府實行”的原則。他在9月22日代表美國政府發布的《日本投降後美國的對日政策》中，首次明確了這一間接統治原則，但規定：“上述原則在天皇及其他日本當權者不能滿足最高統帥實施投降條款的要求時，最高統帥將要求改組政府機構和變動人事，或以直接行動之權限和義務加以限製。”
上述原則顯然使日本人感到放心，但卻招致美國國內輿論和其他戰時盟國的非議。蘇俄認為，麥克阿瑟對日本的占領可能過於軟弱，提出要參與占領日本，並像在德國那樣在日本建立一個四國委員會，以加強對日管製。在美國國內，輿論界則發動了一場反對保留天皇製的運動。大多數美國人認為，裕仁天皇同東條英機一樣對戰爭負有最大的責任，應把他作為戰犯進行審判並處以死刑。有些日本人這時也罵起天皇來，說他是戰爭販子，甚至還在盟軍總部前舉行遊行示威，要求廢黜天皇。但是，麥克阿瑟認為這樣對待天皇是不公正的，他對戰爭不負有責任。況且絕大多數日本人崇敬天皇，如果把他抓起來並進行審判，那勢必會引起戰亂，“導致災難性的後果”。他警告華盛頓說，如果採取那樣的行動，至少需要100萬援軍來應付可能爆發的遊擊戰爭。不僅如此，他還要求對天皇的待遇“不應有任何降低之處，凡是一位君主所應得到的禮遇都要給他”，以求得天皇的支持，通過其對日本人民的影響，來實現他重建這個國家的宏圖。因此，當他的參謀們建議把天皇召到最高統帥部以顯示一下最高統帥的權威時，他否定了這個建議，並對他們解釋說：“這樣做會傷害日本人的感情，使天皇在他們心目中成為一個殉道者。不，我要等一等，到時候他會自動來見我的。在目前形勢下，東方人的忍耐較之西方人的急躁更有利於我們的目標。”
果然，沒過幾天，日方通知說天皇要求見，麥克阿瑟欣然同意。9月27日，天皇在侍從長藤田的陪同下來到美國大使館。44歲的裕仁身穿燕尾服、條紋褲，頭戴高禮帽，在參謀人員的引導下，來到麥克阿瑟的會客廳。麥克阿瑟在門口熱情迎接了他，把他引到壁爐旁就座，並讓其他人都出去，隻留下天皇的一名翻譯。他發現裕仁“心神不安”，意識到戰爭結局給他帶來了巨大壓力和痛苦。為了減輕天皇的不安，麥克阿瑟愉快地說起他在日俄戰爭結束時曾受到老天皇的接見，並給他點上一支美國香菸。但他看到這仍不能使天皇平靜下來，因為天皇拿煙的手在不停地顫抖。看著這位他曾極力保下的天皇，麥克阿瑟擔心他會為自己可能被指控為戰犯(此時他還不知道自己的名字已被從戰犯的名單上劃去了)進行辯解，但天皇卻出乎意料地說道：“麥克阿瑟將軍，我到您這裏來，是為了接受您所代表的各國的裁決。我對我國在這次戰爭中所做的一切政治、軍事決定和採取的一切行動，負完全責任。”聽了這話，麥克阿瑟對天皇“如此勇敢地承擔一種意味著死刑的責任”深為感動，並油然升起一種敬意：“我原隻知道他是一位與生俱來的天皇，但在那一瞬間，我深深感到，坐在我麵前的天皇，就其個人品質來說也是日本最高尚的紳士。”會見結束後，他和天皇一起照了相。
第一大廈距使館隻有5分鍾的汽車路程，其所有權屬於日本一家大保險公司。麥克阿瑟選中六樓的一個帶空調的小房間作他的辦公室，據說這裏原來是一間儲藏室。他把辦公室當作一個幽閉獨處的場所，連部電話也不安。室內布置得也很簡單，隻有一套舊沙發、一張辦公桌和一個書櫃，唯一的裝飾是牆上掛著的華盛頓像和林肯像。
9月19日，麥克阿瑟的妻子瓊和兒子阿瑟及老保姆阿珠，還有在馬尼拉新近請的家庭教師吉本斯夫人，乘飛機在厚木著陸。麥克阿瑟和一名助手未帶任何武器去機場迎接。在返回東京的路上，瓊看見路兩旁有日本兵，擔心地問：“安全嗎？”她的丈夫回答說：“絕對安全。”
麥克阿瑟之所以有這樣的把握，是因為他對日本人有充分的了解並對自己所採取的立場有充分的信心。他在進駐東京之初即宣布：“最高統帥部的職責並非抑製日本，而是使它重新站起來。”這是他在總結了歷史上亞歷山大大帝、愷撒、拿破崙實行占領時的經驗與教訓後得出的結論，當然也借鑑了他父親老麥克阿瑟將軍在菲律賓，還有他自己一戰後在德國萊茵地區的占領經驗與教訓。在萊茵地區駐防時，他親身體驗到“軍事占領形式所帶來的根本弱點，文官權力為軍事權力所取代，人民失掉了自尊和自信，不斷占上風的是集中的專製獨裁權力而不是一種地方化的代議製體製。在外國刺刀統治下，國民的精神和道德風尚日益淪喪；占領軍本身也由於權力弊病滲入到他們隊伍中而產生了一種種族優越感，從而不可避免地墮落下去”。他認為，在這種一方為奴隸而另一方為主子的占領狀態下，“幾乎所有的軍事占領都孕育著未來的新的戰爭”。因此，他要求同盟國駐日占領軍盡量採取一種克製和善意的作法以贏得日本人的信任與合作，並確定了“一切占領政策都將通過包括天皇在內的日本政府實行”的原則。他在9月22日代表美國政府發布的《日本投降後美國的對日政策》中，首次明確了這一間接統治原則，但規定：“上述原則在天皇及其他日本當權者不能滿足最高統帥實施投降條款的要求時，最高統帥將要求改組政府機構和變動人事，或以直接行動之權限和義務加以限製。”
上述原則顯然使日本人感到放心，但卻招致美國國內輿論和其他戰時盟國的非議。蘇俄認為，麥克阿瑟對日本的占領可能過於軟弱，提出要參與占領日本，並像在德國那樣在日本建立一個四國委員會，以加強對日管製。在美國國內，輿論界則發動了一場反對保留天皇製的運動。大多數美國人認為，裕仁天皇同東條英機一樣對戰爭負有最大的責任，應把他作為戰犯進行審判並處以死刑。有些日本人這時也罵起天皇來，說他是戰爭販子，甚至還在盟軍總部前舉行遊行示威，要求廢黜天皇。但是，麥克阿瑟認為這樣對待天皇是不公正的，他對戰爭不負有責任。況且絕大多數日本人崇敬天皇，如果把他抓起來並進行審判，那勢必會引起戰亂，“導致災難性的後果”。他警告華盛頓說，如果採取那樣的行動，至少需要100萬援軍來應付可能爆發的遊擊戰爭。不僅如此，他還要求對天皇的待遇“不應有任何降低之處，凡是一位君主所應得到的禮遇都要給他”，以求得天皇的支持，通過其對日本人民的影響，來實現他重建這個國家的宏圖。因此，當他的參謀們建議把天皇召到最高統帥部以顯示一下最高統帥的權威時，他否定了這個建議，並對他們解釋說：“這樣做會傷害日本人的感情，使天皇在他們心目中成為一個殉道者。不，我要等一等，到時候他會自動來見我的。在目前形勢下，東方人的忍耐較之西方人的急躁更有利於我們的目標。”
果然，沒過幾天，日方通知說天皇要求見，麥克阿瑟欣然同意。9月27日，天皇在侍從長藤田的陪同下來到美國大使館。44歲的裕仁身穿燕尾服、條紋褲，頭戴高禮帽，在參謀人員的引導下，來到麥克阿瑟的會客廳。麥克阿瑟在門口熱情迎接了他，把他引到壁爐旁就座，並讓其他人都出去，隻留下天皇的一名翻譯。他發現裕仁“心神不安”，意識到戰爭結局給他帶來了巨大壓力和痛苦。為了減輕天皇的不安，麥克阿瑟愉快地說起他在日俄戰爭結束時曾受到老天皇的接見，並給他點上一支美國香菸。但他看到這仍不能使天皇平靜下來，因為天皇拿煙的手在不停地顫抖。看著這位他曾極力保下的天皇，麥克阿瑟擔心他會為自己可能被指控為戰犯(此時他還不知道自己的名字已被從戰犯的名單上劃去了)進行辯解，但天皇卻出乎意料地說道：“麥克阿瑟將軍，我到您這裏來，是為了接受您所代表的各國的裁決。我對我國在這次戰爭中所做的一切政治、軍事決定和採取的一切行動，負完全責任。”聽了這話，麥克阿瑟對天皇“如此勇敢地承擔一種意味著死刑的責任”深為感動，並油然升起一種敬意：“我原隻知道他是一位與生俱來的天皇，但在那一瞬間，我深深感到，坐在我麵前的天皇，就其個人品質來說也是日本最高尚的紳士。”會見結束後，他和天皇一起照了相。