盡管他們在救火中表現英勇，技術熟練，情況依然不斷惡化。9時15分，一切希望全成了泡影。輪機長丹保海軍中佐衝出輪機艙，冒著瀰漫的煙霧和熊熊烈火，衝上幾層甲板，向青木艦長報告說，“赤城號”靠自身動力航行已是絕對沒有指望了。青木當即下令輪機艙人員統統上來，但這一決定太晚了。派去傳達命令的傳令兵是有去無回，輪機人員全被封在下麵了。 [ 註：同上，第34頁；《中途島海戰》，第182頁。 ]
這時，青木請示南雲是否可以撤離，南雲立刻表示同意。於是，“赤城號”的倖存者於20時開始撤離。兩小時後撤離完畢。包括青木在內的500名撤下來的人擠上了“嵐號”，另外200人上了“野分號”。 [ 註：日本的敘述，第9、35—36頁。 ]
青木從驅逐艦上發電，請求南雲準予把“赤城號”擊沉。“大和號”上的山本和宇垣收到這份電報後都非常震驚，認為青木不該這樣輕易地放棄對這艘航空母艦的搶救。太陽已經落山，主力部隊正東進搜敵夜戰，所以為什麽要放棄拯救旗艦的希望呢？山本立刻電令機動部隊暫緩處置“赤城號”。 [ 註：同上，第36頁；宇垣日記，1942年6月8日。 ] 青木接到命令後，獨自一人返回航空母艦，把自己捆在錨鏈上，這樣，航空母艦下沉時自己才不至於漂走。 [ 註：“悲劇之戰”；《中途島海戰》，第l82—183頁。 ] 這一行動強有力地說明了在作戰現場的青木艦長對“赤城號”能否得救的看法。
幾乎在其它任何情況下，聯合艦隊司令長官及其幕僚都可能會接受青木的看法，認為“赤城號”已難以保全，並會默許他把它擊沉。青木畢竟是位經驗豐富的艦長，曾建力過顯赫戰功，指揮日本最受重視的航空母艦之一是完全勝任的。不到萬不得已，他是決不會下這項令人痛心的命令，把自己酌航空母艦擊沉沉。
機動部隊和聯合艦隊之間的聯絡越來越混亂，而且其中的措辭也越來越激烈。青木的電報又偏偏在這時發到“大和號”上。至少宇垣接到電報後，認為南雲已成了膽小鬼，實際上，在決定暫緩處置“赤城號”後大約半小時，山本撤銷了南雲機動部隊司令長官的職務。
夜色無情地吞噬了太平洋。日本人想與美特混艦隊進行夜戰並對中途島進行成功的炮擊的可能性，都隨著時間的流逝而越來越渺茫。23時30分，離日出隻有 4個小時了。宇垣從艦橋的傳話筒裏提醒作戰室說，“不要讓參加夜戰的部隊走得太遠，防止在天亮前出現情況時我們無法控製。” [ 註：日本的敘述，第38頁；宇垣日記，1942年6月8日。 ]
渡邊又提出一個新的見解：讓主力部隊的戰列艦於次日在光天化日之下大膽地駛向中途島，用威力強大的艦炮對該島實施轟擊。渡邊把計劃提交黑島，黑島立即表示贊同。他們又十分激動地把這一計劃提交山本和宇垣。山本平心靜氣，一聲不吭地聽渡邊作解釋(渡邊後來稱之為“我那異想天開的解釋”)。然後，他和顏悅色地說：“你肯定在海軍參謀學院學習過。綜觀海軍歷史，是不該用海軍艦艇攻擊地麵部隊的。”
渡邊尷尬地答道：“是的，我知道。”
山本接著說：“你的建議違反了海軍最基本的原則。現在進行這樣的作戰也已晚矣。此次作戰已近尾聲。在下棋時，過多的拚殺交鋒會造成滿盤皆輸，輸得精光。” [ 註：對渡邊的採訪，1964年11月24日。 ]
宇垣就沒有那麽克製。這位堅定的教條主義者大發脾氣，訓斥說：“你該明白，靠艦隊的火炮來進攻堡壘是多麽荒唐。眼下敵人不僅艦載機實力仍很雄厚，還有相當強大的陸基航空兵力，使用著島上完好無損的機場；即使是威力強大的戰列艦，也可能在發動有效炮擊之前就被敵人的航空兵和潛艇部隊所擊敗。如果攻略部隊能再等等，我們最好還是等第二航空艦隊來。”
接著他又說：“還有，雖然我們此次戰鬥損失了4艘航空母艦，我們還將有8艘航空母艦，包括即將完工交付使用的幾艘在內，所以在今後戰鬥中，我們還是有希望的。”他接著又尖刻地說：“一盤棋，敗局已定，還一再逞強硬拚，隻有沒有頭腦的笨蛋才會作出這樣的計劃。” [ 註：宇垣日記，1942年6月8日。 ]
渡邊和黑島被訓斥得啞口無言，回到作戰室去進行反省。渡邊對山本的情緒總是很敏感。他明顯地感到，山本早就認為局勢已無可挽回。現在除了退卻，進行渡邊所說的“向西逃竄”外，別無它事可做。因此，他仔細地起草了一份關於中止戰鬥，安排會合地點的電文。
山本十分難過，也十分遺憾地批準了渡邊起草的電文。 [ 註：對渡邊的採訪，1964年11月24日。 ] 6月5日2時55分，山本向所屬部隊下達了聯合艦隊第一六一號作戰命令：
1.撤銷占領中途島的作戰計劃。
2.主力部隊負責集合進攻部隊和機動部隊(缺“飛龍號”及其護航艦隻)，並於6月7日上午在北緯33°，東經170°的位置加油。
3.警戒部隊、“飛龍號”及其護航艦隻以及“日進號”也應駛向上述位置。
4.登陸部隊向西行駛，脫離中途島飛機的攻擊範圍。 [ 註：日本的敘述，第38頁。 ]
這時，青木請示南雲是否可以撤離，南雲立刻表示同意。於是，“赤城號”的倖存者於20時開始撤離。兩小時後撤離完畢。包括青木在內的500名撤下來的人擠上了“嵐號”，另外200人上了“野分號”。 [ 註：日本的敘述，第9、35—36頁。 ]
青木從驅逐艦上發電，請求南雲準予把“赤城號”擊沉。“大和號”上的山本和宇垣收到這份電報後都非常震驚，認為青木不該這樣輕易地放棄對這艘航空母艦的搶救。太陽已經落山，主力部隊正東進搜敵夜戰，所以為什麽要放棄拯救旗艦的希望呢？山本立刻電令機動部隊暫緩處置“赤城號”。 [ 註：同上，第36頁；宇垣日記，1942年6月8日。 ] 青木接到命令後，獨自一人返回航空母艦，把自己捆在錨鏈上，這樣，航空母艦下沉時自己才不至於漂走。 [ 註：“悲劇之戰”；《中途島海戰》，第l82—183頁。 ] 這一行動強有力地說明了在作戰現場的青木艦長對“赤城號”能否得救的看法。
幾乎在其它任何情況下，聯合艦隊司令長官及其幕僚都可能會接受青木的看法，認為“赤城號”已難以保全，並會默許他把它擊沉。青木畢竟是位經驗豐富的艦長，曾建力過顯赫戰功，指揮日本最受重視的航空母艦之一是完全勝任的。不到萬不得已，他是決不會下這項令人痛心的命令，把自己酌航空母艦擊沉沉。
機動部隊和聯合艦隊之間的聯絡越來越混亂，而且其中的措辭也越來越激烈。青木的電報又偏偏在這時發到“大和號”上。至少宇垣接到電報後，認為南雲已成了膽小鬼，實際上，在決定暫緩處置“赤城號”後大約半小時，山本撤銷了南雲機動部隊司令長官的職務。
夜色無情地吞噬了太平洋。日本人想與美特混艦隊進行夜戰並對中途島進行成功的炮擊的可能性，都隨著時間的流逝而越來越渺茫。23時30分，離日出隻有 4個小時了。宇垣從艦橋的傳話筒裏提醒作戰室說，“不要讓參加夜戰的部隊走得太遠，防止在天亮前出現情況時我們無法控製。” [ 註：日本的敘述，第38頁；宇垣日記，1942年6月8日。 ]
渡邊又提出一個新的見解：讓主力部隊的戰列艦於次日在光天化日之下大膽地駛向中途島，用威力強大的艦炮對該島實施轟擊。渡邊把計劃提交黑島，黑島立即表示贊同。他們又十分激動地把這一計劃提交山本和宇垣。山本平心靜氣，一聲不吭地聽渡邊作解釋(渡邊後來稱之為“我那異想天開的解釋”)。然後，他和顏悅色地說：“你肯定在海軍參謀學院學習過。綜觀海軍歷史，是不該用海軍艦艇攻擊地麵部隊的。”
渡邊尷尬地答道：“是的，我知道。”
山本接著說：“你的建議違反了海軍最基本的原則。現在進行這樣的作戰也已晚矣。此次作戰已近尾聲。在下棋時，過多的拚殺交鋒會造成滿盤皆輸，輸得精光。” [ 註：對渡邊的採訪，1964年11月24日。 ]
宇垣就沒有那麽克製。這位堅定的教條主義者大發脾氣，訓斥說：“你該明白，靠艦隊的火炮來進攻堡壘是多麽荒唐。眼下敵人不僅艦載機實力仍很雄厚，還有相當強大的陸基航空兵力，使用著島上完好無損的機場；即使是威力強大的戰列艦，也可能在發動有效炮擊之前就被敵人的航空兵和潛艇部隊所擊敗。如果攻略部隊能再等等，我們最好還是等第二航空艦隊來。”
接著他又說：“還有，雖然我們此次戰鬥損失了4艘航空母艦，我們還將有8艘航空母艦，包括即將完工交付使用的幾艘在內，所以在今後戰鬥中，我們還是有希望的。”他接著又尖刻地說：“一盤棋，敗局已定，還一再逞強硬拚，隻有沒有頭腦的笨蛋才會作出這樣的計劃。” [ 註：宇垣日記，1942年6月8日。 ]
渡邊和黑島被訓斥得啞口無言，回到作戰室去進行反省。渡邊對山本的情緒總是很敏感。他明顯地感到，山本早就認為局勢已無可挽回。現在除了退卻，進行渡邊所說的“向西逃竄”外，別無它事可做。因此，他仔細地起草了一份關於中止戰鬥，安排會合地點的電文。
山本十分難過，也十分遺憾地批準了渡邊起草的電文。 [ 註：對渡邊的採訪，1964年11月24日。 ] 6月5日2時55分，山本向所屬部隊下達了聯合艦隊第一六一號作戰命令：
1.撤銷占領中途島的作戰計劃。
2.主力部隊負責集合進攻部隊和機動部隊(缺“飛龍號”及其護航艦隻)，並於6月7日上午在北緯33°，東經170°的位置加油。
3.警戒部隊、“飛龍號”及其護航艦隻以及“日進號”也應駛向上述位置。
4.登陸部隊向西行駛，脫離中途島飛機的攻擊範圍。 [ 註：日本的敘述，第38頁。 ]