作為第一航空艦隊航空參謀的源田“不禁猶豫起來：難道真要讓大約200名技術熟練的飛行員在海上迫降，眼巴巴地盼著在一旁待命的驅逐艦來救他們”。另外，他與草鹿兩人意見完全一致，也認為“剛才的戰鬥有力地證明了沒有戰鬥機掩護，空中攻擊部隊是不能給有戰鬥機護航的敵部隊造成什麽損失的”。基於這些原因，源田向南雲和草鹿建議，先回收第一波飛機，再準備發起攻擊。
要把在天上嗡嗡盤旋的第一波飛機收回，首先必須清理飛行甲板，這樣送下機庫的飛機可以趁此機會重新卸下炸彈，換裝魚雷。在艦橋上，南雲綜觀全局、權衡利弊，絲毫沒有陷入哈姆雷特式的沉思和猶豫。源田堅定地認為：“當機立斷的人是絕不會猶豫不決的。” [ 註：源田的陳述。 ] 收到“利根號”上偵察機的無線電報告頂多1一2分鍾後，南雲就迅速下令：“艦載轟炸機準備第二次攻擊。裝上250公斤重的炸彈(魚雷)。” [ 註：日本的敘述，第16頁。 ]
脾氣很好的增田樂嗬嗬地說道：“你看看，又得重來一遍！這玩藝兒像快速換裝比賽了。” [ 註：《中途島》，第170—171頁。 ] 有些作業隊員則不那麽開心，因為這些笨重的傢夥得由他們來搬運、堆放，卸下、裝上。他們相互議論：“司令部究竟在摘什麽名堂？” [ 註：“悲劇之戰”。 ]
經過5分鍾的緊張突擊，甲板清理完畢。8時37分，桁端升起“開始降落”的信號。“飛龍號”上的一架轟炸機剛降落，被機槍打傷的駕駛員角野博治海軍大尉就昏過去了。 [ 註：《中途島海戰》，第164頁。 ] 友永走出飛機，與橋本海軍大尉並肩而行。他若有所思地說：“離島不遠時我們遭到敵戰鬥機攻擊，我以為這下完蛋了。自支那事件以來，我多次死裏逃生，所以我這次即使死，也死而無憾了。但我想，像你這樣的年輕人不該死。”橋本看到自己所衷心欽佩的飛行隊長在這種情況下還記掛著自己，深為感動，心中十分感激。 [ 註：橋本的陳述。 ]
千早在“赤城號”上降落後氣得哇哇直叫：“把友機當敵機的炮兵指揮官應當撤職！”他和他的隊友山田海軍大尉向艦橋報告說，島上的簡易機場不像日本情報資料所說的隻有1個，而是有3個。
“敵人出動戰鬥機沒有？”淵田問道。他急於想了解這次襲擊的每個細節，仍然認為這次攻擊嚴格地說是他的事。
“我們離島大約還有10分鍾的時候，格魯曼式飛機出動，弄得我們很狼狽，”山口答道。他還說高炮火力“比預料的要猛”。 [ 註：“悲劇之戰”。 ]
直到9時18分，最後一架飛機才降落。這時“赤城號”上忙得不亦樂乎。大約8時30分，艦橋上又收到“利根號”上那架可靠的偵察機的報告：“又發現巡洋艦2艘，方位8°，距中途島250海裏，航向150°，航速25節，”8時45分，“赤城號”收到一份內容幾乎完全相同的電報。 [ 註：日本的敘述，第16白17頁。 ]
這項報告沒有引起多大波動。草鹿認為這也許隻說明敵航空母艦群不是1個，而是2個。這樣，機動部隊就應當攻擊先發現的那個航空母艦群，因為它可能離得近些。 [ 註：草鹿的陳述。 ] 但如果像大多數參謀人員所推測的那樣，這2艘巡洋艦隻是後加入先前發現的艦群的，那將無礙於大局。南雲已經作了決定。甲板下的機庫裏，穿著短襯衫和短褲的艦員們正汗流浹背地把單重800公斤的炸彈卸下來。他們沒有把這些炸彈送進彈藥庫，而是把它們胡亂地堆在機庫附近。 [ 註：《中途島海戰》，第171頁。 ]
按照南雲的計劃，“赤城號”和“加賀號”應當在10時30分前把所有飛機都加足油，把所有轟炸機都掛上魚雷，作好起飛準備，“蒼龍號”和“飛龍號”最遲不得超過11時也要把一切準備就緒。他計劃第一波每艦起飛3架戰鬥機，從“赤城號”、“蒼龍號”和“飛龍號”各起飛18架轟炸機，從“加賀號”起飛27 架轟炸機。 [ 註：同上，第8頁。 ]
與此同時，南雲下令“蒼龍號”派出1架高速試驗型偵察機，前去核實“利根號”上那架偵察機所報告的敵情。 [ 註：日本的敘述，第7頁。 ] 大約在同一時間裏，即8時45分，阿部下令“築摩號”派1架零零型水上飛機去執行同樣的任務。他作出這項決定時，“利根號”上的偵察機報告說它正在返航。 [ 註：同上，第16頁。 ]
阿部當即嚴令該機暫緩返航，南雲命令其“打開發報機，準備測向”。這一命令的言外之意就是讓其當信標，為機動部隊向敵艦隊運動導航。阿部也向其轉達了內容相同的命令，並要其“監視敵人，等待“築摩號”上的4架飛機到來”。由於通訊量陡增，這位偵察機的駕駛員一定是忙得不可開交。 [ 註：日本的敘述，第17頁。 ]
山本的聯合艦隊司令部由於監聽到一部分無線電通訊的內容，所以對戰局的發展相當明了。當他們知道有一艘美航空母艦處在機動部隊的攻擊範圍之內時感到很高興。宇垣在日記中寫道：“開始我們很樂觀，以為這就是我們一直在尋找的美特混艦隊。我們還考慮，在立即派出第二攻擊波擊沉敵航空母艦後如何殲滅其殘部呢！” [ 註：宇垣日記，1942年6月8日。 ]
要把在天上嗡嗡盤旋的第一波飛機收回，首先必須清理飛行甲板，這樣送下機庫的飛機可以趁此機會重新卸下炸彈，換裝魚雷。在艦橋上，南雲綜觀全局、權衡利弊，絲毫沒有陷入哈姆雷特式的沉思和猶豫。源田堅定地認為：“當機立斷的人是絕不會猶豫不決的。” [ 註：源田的陳述。 ] 收到“利根號”上偵察機的無線電報告頂多1一2分鍾後，南雲就迅速下令：“艦載轟炸機準備第二次攻擊。裝上250公斤重的炸彈(魚雷)。” [ 註：日本的敘述，第16頁。 ]
脾氣很好的增田樂嗬嗬地說道：“你看看，又得重來一遍！這玩藝兒像快速換裝比賽了。” [ 註：《中途島》，第170—171頁。 ] 有些作業隊員則不那麽開心，因為這些笨重的傢夥得由他們來搬運、堆放，卸下、裝上。他們相互議論：“司令部究竟在摘什麽名堂？” [ 註：“悲劇之戰”。 ]
經過5分鍾的緊張突擊，甲板清理完畢。8時37分，桁端升起“開始降落”的信號。“飛龍號”上的一架轟炸機剛降落，被機槍打傷的駕駛員角野博治海軍大尉就昏過去了。 [ 註：《中途島海戰》，第164頁。 ] 友永走出飛機，與橋本海軍大尉並肩而行。他若有所思地說：“離島不遠時我們遭到敵戰鬥機攻擊，我以為這下完蛋了。自支那事件以來，我多次死裏逃生，所以我這次即使死，也死而無憾了。但我想，像你這樣的年輕人不該死。”橋本看到自己所衷心欽佩的飛行隊長在這種情況下還記掛著自己，深為感動，心中十分感激。 [ 註：橋本的陳述。 ]
千早在“赤城號”上降落後氣得哇哇直叫：“把友機當敵機的炮兵指揮官應當撤職！”他和他的隊友山田海軍大尉向艦橋報告說，島上的簡易機場不像日本情報資料所說的隻有1個，而是有3個。
“敵人出動戰鬥機沒有？”淵田問道。他急於想了解這次襲擊的每個細節，仍然認為這次攻擊嚴格地說是他的事。
“我們離島大約還有10分鍾的時候，格魯曼式飛機出動，弄得我們很狼狽，”山口答道。他還說高炮火力“比預料的要猛”。 [ 註：“悲劇之戰”。 ]
直到9時18分，最後一架飛機才降落。這時“赤城號”上忙得不亦樂乎。大約8時30分，艦橋上又收到“利根號”上那架可靠的偵察機的報告：“又發現巡洋艦2艘，方位8°，距中途島250海裏，航向150°，航速25節，”8時45分，“赤城號”收到一份內容幾乎完全相同的電報。 [ 註：日本的敘述，第16白17頁。 ]
這項報告沒有引起多大波動。草鹿認為這也許隻說明敵航空母艦群不是1個，而是2個。這樣，機動部隊就應當攻擊先發現的那個航空母艦群，因為它可能離得近些。 [ 註：草鹿的陳述。 ] 但如果像大多數參謀人員所推測的那樣，這2艘巡洋艦隻是後加入先前發現的艦群的，那將無礙於大局。南雲已經作了決定。甲板下的機庫裏，穿著短襯衫和短褲的艦員們正汗流浹背地把單重800公斤的炸彈卸下來。他們沒有把這些炸彈送進彈藥庫，而是把它們胡亂地堆在機庫附近。 [ 註：《中途島海戰》，第171頁。 ]
按照南雲的計劃，“赤城號”和“加賀號”應當在10時30分前把所有飛機都加足油，把所有轟炸機都掛上魚雷，作好起飛準備，“蒼龍號”和“飛龍號”最遲不得超過11時也要把一切準備就緒。他計劃第一波每艦起飛3架戰鬥機，從“赤城號”、“蒼龍號”和“飛龍號”各起飛18架轟炸機，從“加賀號”起飛27 架轟炸機。 [ 註：同上，第8頁。 ]
與此同時，南雲下令“蒼龍號”派出1架高速試驗型偵察機，前去核實“利根號”上那架偵察機所報告的敵情。 [ 註：日本的敘述，第7頁。 ] 大約在同一時間裏，即8時45分，阿部下令“築摩號”派1架零零型水上飛機去執行同樣的任務。他作出這項決定時，“利根號”上的偵察機報告說它正在返航。 [ 註：同上，第16頁。 ]
阿部當即嚴令該機暫緩返航，南雲命令其“打開發報機，準備測向”。這一命令的言外之意就是讓其當信標，為機動部隊向敵艦隊運動導航。阿部也向其轉達了內容相同的命令，並要其“監視敵人，等待“築摩號”上的4架飛機到來”。由於通訊量陡增，這位偵察機的駕駛員一定是忙得不可開交。 [ 註：日本的敘述，第17頁。 ]
山本的聯合艦隊司令部由於監聽到一部分無線電通訊的內容，所以對戰局的發展相當明了。當他們知道有一艘美航空母艦處在機動部隊的攻擊範圍之內時感到很高興。宇垣在日記中寫道：“開始我們很樂觀，以為這就是我們一直在尋找的美特混艦隊。我們還考慮，在立即派出第二攻擊波擊沉敵航空母艦後如何殲滅其殘部呢！” [ 註：宇垣日記，1942年6月8日。 ]