"急急旋轉的巨艦躲閃從正上方俯衝下來的敵機。快！快！大家都屏住氣。高射炮、高射機槍開始射擊，圓形陣中戰艦、驅逐艦同時開火。看到機翼下有黑色物體丟下來，直奔飛龍號甲板。危險！全體立即臥倒。瞬間一陣閃光之後，發出強烈的爆炸聲，接著冒出黑煙。炸彈一連串的落下，13架俯衝轟炸機全部投下炸彈，又急急爬升。
"此時，飛龍號的艦橋部位命中兩枚，甲板一枚。雖然一開始消防作業，但是一枚命中發電機的炸彈，其爆炸的威力將前甲板掀了起來，擋在艦橋的前麵，以致看不清前方。而消防的速度跟不上火藥爆炸的速度，終於誘爆了炸彈和魚雷，引燃了汽油。隨著一聲巨響，火勢進入艙內，已無法挽救了。"
艦長加來請示司令官山口，是否讓全體人員馬上離艦。山口用低沉的語調回答："現在也隻能如此了。"
山口少將召集800多名倖存者進行訣別訓話：
"我身為這個航空母艦戰隊司令官，對飛龍號和蒼龍號的損失負全部責任。我將與本艦共存亡。我命令你們全體離艦，繼續為天皇陛下效忠。最後讓我們麵向日本國土的方向，三呼天皇萬歲吧！"
山口從身旁的一隻水桶裏倒了一杯淡水，同幕僚們黯然飲別。隨後他又把自己的黑色戰鬥帽遞給了他的參謀伊藤，作為紀念品。然後用布把自己綁在艦橋上，以便能和"飛龍"號的殘軀一起沉到數千米深的大洋中去。
在山本五十六接到"飛龍"號受到攻擊的電報之前，他一直堅持要集中中途島和阿留申方麵的全部戰鬥力量，與美艦隊進行決戰。他的參謀們也不甘心就此罷休，黑島怪參謀暴跳如雷，痛哭流涕地向山本建議應該如何發起進攻。山本忍著腹痛的加劇，冷靜地聽著他的參謀們發言，沉悶的氣氛籠罩著"大和"號的作戰室。
宇垣根據山本的命令向各艦隊下達了如下指示：
各部隊依據下列各項行動，攻擊中途島北方的敵人。
1.主力的位置（山本長官直轄）在夫特姆15，方向120度，速度20海裏。
2.中途島攻擊部隊（近藤部隊）以一部分艦隻為運輸船隊護航，暫時遲遲到西北方。
3.第2機動部隊（角田部隊）盡快與第1機動部隊（南雲部隊）會合。第3、第5潛水艇戰隊改變陣位。
此時山本仍未放棄擊潰美艦隊與攻占中途島的希望，他以為隻要將阿留申方麵的第2機動部隊召回中途島，使航空母艦"龍驤"號、"隼鷹"號與南雲艦隊會合，便能恢復航空戰力。可是到12時30分，接到第2機動艦隊司令官角田少將的電報，說第2艦隊正在攻擊荷蘭港，從時間上推算，來不及參加夜戰。
15時，山本又收到了南雲拍來的一份令人震驚的電報："飛龍號中彈起火。"山本意識到敗局已定，黯然神傷。21時15分，最後下令停止對中途島的進攻。
對於山本的這一突然決定，頭腦發熱心急如焚的參謀們實在接受不了，他們七嘴八舌堅決要求拿下中途島。首席參謀黑島甚至流著眼淚歇斯底裏地叫道："長官，赤城號並未沉沒，依然還浮在海上。如果被美國拖去當作戰利品展覽，豈不是奇恥大辱嗎？""我們總不能用天皇陛下自己的魚雷來擊沉天皇陛下的戰艦啊！"
有一個軍官甚至直截了當地提出："就這樣撤回去，我們怎麽向天皇陛下交待？"就在這天下午，"加賀"號和"蒼龍"號相繼於4時25分和4時30分沉沒，但"赤城"號和"飛龍"號還依然在海上燃燒。
參謀們的這一番話似乎使房間變成了真空。渡邊回憶說："山本的參謀們幾乎個個喉嚨哽咽，連氣也喘不上來。"
"山本的心裏也許也在哭，但他眼裏沒有淚水。"也許隻有他才能作出這一決定，而作出這個決定對他來說太痛苦了，他哭都哭不出來。
許久，他終於開了腔，語調緩慢沉重："我自己曾當過赤城號的艦長。現在我必須下命令將它擊沉，心情萬分遺憾。"接著他又繼續說道："全部責任都在我一個人身上，我去向天皇請罪。"
於是他命令驅逐艦"野分"號前往擊沉"赤城"號。"野分"艦艦長古閑孫太郎後來痛苦地回憶說："當我用強大的新型93式魚雷射擊這艘航空母艦的時候，我是多麽痛心啊！這艘航空母艦竟成了我在這次戰爭中的第一個射擊目標。"
發射魚雷後7分鍾，"赤城"號被海水淹沒，在水下又發生了猛烈的大爆炸。這樣這艘在太平洋戰爭初期曾橫行太平洋、印度洋的巨型航空母艦最終傾覆沉沒了，艦上263人陪著它一起沉入太平洋的洋底。
當天晚上11時55分，山本正式下達了撤出戰鬥的命令：停止對中途島的進攻。主力部隊、登陸部隊和第1機動艦隊，於6月7日上午到北緯33度、東經170度的地點集結，接受補給。警戒部隊也應駛向上述地點。占領部隊西撤，要離開中途島敵製空地域。
6月6日淩晨，山本與近藤的攻擊部隊主力會合，中午時分，南雲也乘坐"長良"號率大部分艦隻趕來了。這支從日本出發時浩浩蕩蕩的大艦隊已麵目全非。看到這番淒涼的情景，"大和"號上的參謀們鴉雀無聲。在這支龐大的日本艦隊黯然西撤的時候，"瑞風"號和"鳳翔"號輕型航空母艦不斷派出和收回反潛巡邏機，緊張地進行著反潛巡邏和警戒。
"此時，飛龍號的艦橋部位命中兩枚，甲板一枚。雖然一開始消防作業，但是一枚命中發電機的炸彈，其爆炸的威力將前甲板掀了起來，擋在艦橋的前麵，以致看不清前方。而消防的速度跟不上火藥爆炸的速度，終於誘爆了炸彈和魚雷，引燃了汽油。隨著一聲巨響，火勢進入艙內，已無法挽救了。"
艦長加來請示司令官山口，是否讓全體人員馬上離艦。山口用低沉的語調回答："現在也隻能如此了。"
山口少將召集800多名倖存者進行訣別訓話：
"我身為這個航空母艦戰隊司令官，對飛龍號和蒼龍號的損失負全部責任。我將與本艦共存亡。我命令你們全體離艦，繼續為天皇陛下效忠。最後讓我們麵向日本國土的方向，三呼天皇萬歲吧！"
山口從身旁的一隻水桶裏倒了一杯淡水，同幕僚們黯然飲別。隨後他又把自己的黑色戰鬥帽遞給了他的參謀伊藤，作為紀念品。然後用布把自己綁在艦橋上，以便能和"飛龍"號的殘軀一起沉到數千米深的大洋中去。
在山本五十六接到"飛龍"號受到攻擊的電報之前，他一直堅持要集中中途島和阿留申方麵的全部戰鬥力量，與美艦隊進行決戰。他的參謀們也不甘心就此罷休，黑島怪參謀暴跳如雷，痛哭流涕地向山本建議應該如何發起進攻。山本忍著腹痛的加劇，冷靜地聽著他的參謀們發言，沉悶的氣氛籠罩著"大和"號的作戰室。
宇垣根據山本的命令向各艦隊下達了如下指示：
各部隊依據下列各項行動，攻擊中途島北方的敵人。
1.主力的位置（山本長官直轄）在夫特姆15，方向120度，速度20海裏。
2.中途島攻擊部隊（近藤部隊）以一部分艦隻為運輸船隊護航，暫時遲遲到西北方。
3.第2機動部隊（角田部隊）盡快與第1機動部隊（南雲部隊）會合。第3、第5潛水艇戰隊改變陣位。
此時山本仍未放棄擊潰美艦隊與攻占中途島的希望，他以為隻要將阿留申方麵的第2機動部隊召回中途島，使航空母艦"龍驤"號、"隼鷹"號與南雲艦隊會合，便能恢復航空戰力。可是到12時30分，接到第2機動艦隊司令官角田少將的電報，說第2艦隊正在攻擊荷蘭港，從時間上推算，來不及參加夜戰。
15時，山本又收到了南雲拍來的一份令人震驚的電報："飛龍號中彈起火。"山本意識到敗局已定，黯然神傷。21時15分，最後下令停止對中途島的進攻。
對於山本的這一突然決定，頭腦發熱心急如焚的參謀們實在接受不了，他們七嘴八舌堅決要求拿下中途島。首席參謀黑島甚至流著眼淚歇斯底裏地叫道："長官，赤城號並未沉沒，依然還浮在海上。如果被美國拖去當作戰利品展覽，豈不是奇恥大辱嗎？""我們總不能用天皇陛下自己的魚雷來擊沉天皇陛下的戰艦啊！"
有一個軍官甚至直截了當地提出："就這樣撤回去，我們怎麽向天皇陛下交待？"就在這天下午，"加賀"號和"蒼龍"號相繼於4時25分和4時30分沉沒，但"赤城"號和"飛龍"號還依然在海上燃燒。
參謀們的這一番話似乎使房間變成了真空。渡邊回憶說："山本的參謀們幾乎個個喉嚨哽咽，連氣也喘不上來。"
"山本的心裏也許也在哭，但他眼裏沒有淚水。"也許隻有他才能作出這一決定，而作出這個決定對他來說太痛苦了，他哭都哭不出來。
許久，他終於開了腔，語調緩慢沉重："我自己曾當過赤城號的艦長。現在我必須下命令將它擊沉，心情萬分遺憾。"接著他又繼續說道："全部責任都在我一個人身上，我去向天皇請罪。"
於是他命令驅逐艦"野分"號前往擊沉"赤城"號。"野分"艦艦長古閑孫太郎後來痛苦地回憶說："當我用強大的新型93式魚雷射擊這艘航空母艦的時候，我是多麽痛心啊！這艘航空母艦竟成了我在這次戰爭中的第一個射擊目標。"
發射魚雷後7分鍾，"赤城"號被海水淹沒，在水下又發生了猛烈的大爆炸。這樣這艘在太平洋戰爭初期曾橫行太平洋、印度洋的巨型航空母艦最終傾覆沉沒了，艦上263人陪著它一起沉入太平洋的洋底。
當天晚上11時55分，山本正式下達了撤出戰鬥的命令：停止對中途島的進攻。主力部隊、登陸部隊和第1機動艦隊，於6月7日上午到北緯33度、東經170度的地點集結，接受補給。警戒部隊也應駛向上述地點。占領部隊西撤，要離開中途島敵製空地域。
6月6日淩晨，山本與近藤的攻擊部隊主力會合，中午時分，南雲也乘坐"長良"號率大部分艦隻趕來了。這支從日本出發時浩浩蕩蕩的大艦隊已麵目全非。看到這番淒涼的情景，"大和"號上的參謀們鴉雀無聲。在這支龐大的日本艦隊黯然西撤的時候，"瑞風"號和"鳳翔"號輕型航空母艦不斷派出和收回反潛巡邏機，緊張地進行著反潛巡邏和警戒。