11月10日，山本又發布聯合艦隊第三號作戰密令：
x日為12月8日。
"x"日是指開戰日。偷襲珍珠港的艦隊司令官，最後決定由南雲忠一中將擔任。南雲接到山本的任命後立即對所屬部隊下達作戰命令。內容如下：
昭和16年（1941年）11月10日
於佐泊灣旗艦長門號
攻擊部隊作戰命令第一號
一、各艦應於11月20日以前完成作戰準備。
二、全艦隊集結單冠灣。
三、為保持作戰計劃機密，在離開本國港灣對部屬宣布作戰任務之前，務必嚴守機密。
四、攻擊隊任務分配（略）。
五、戰艦巡航編組（略）。
六、嚴禁無線電通信。
11月11日，山本及其隨從人員乘火車離開東京，在橫須賀換乘橫須賀航空隊的運輸機飛往岩國航空大隊，在那裏登上了前來迎接他的"長門"號。當天與次日，岩國集結著各式軍艦。除南方艦隊之外的所有艦隊司令官、參謀長和資深參謀，都乘船或乘車前來參加聯合艦隊的作戰會議，其中包括執行偷襲珍珠港作戰任務的攻擊部隊的南雲、草鹿等人。
13日上午9點，山本離開"長門"號前去參加會議，山本首先致以特別精彩的開幕詞，表達了他在開戰前按捺不住的心情。隨後山本特別強調說：
"在華盛頓舉行的與美國的談判，如果在x日的頭一天上午及時以前達成妥協的話，我將命令出戰部隊撤回。部隊接到這個命令就必須立即調轉方向返航！"
山本剛一說完，就有二三名指揮官提出意見說，這個要求是不合理的，因為此時已經進入敵陣，怎麽可能再停止作戰行動。山本聽後十分嚴厲地說：
"養兵千日，就是為了保衛和平。如果哪位指揮官認為接到命令後可以不返航，那麽我現在就禁止他出戰，請即刻辭職！"
此時，準備參加偷襲珍珠港作戰的各艦隻，已卸下了一切與作戰無直接關係的艦上的東西，如易燃物品、個人用品和裝飾品等。武器、彈藥、糧食等一應作戰所用物資已最後上艦。在陸上各基地接受訓練的飛機，也已收回到母艦上來。艦隊出發因要繞經北方寒冷地區，所以各飛機的副翼、方向舵、升降舵上都塗上了防凍油膏。
日本人意識到，擁有400架飛機的龐大飛行部隊原來在這裏不分晝夜進行飛行訓練，現在如果它們突然消失，無論怎樣注意保密，都會立即成為街談巷議的話題，更不可能躲過機敏的敵人諜報機關。為了掩人耳目，山本設計了一些假相。在第1航空艦隊所屬各飛行隊撤出航空基地返回航空母艦之後，由九州方麵的第12航空隊屬下的各教練部隊進駐。這樣，在鹿兒島、出水等基地仍維持有大批飛機不停地飛行。在通訊方麵，駐紮在這裏的教練部隊和其主力部隊之間接連不斷互發假報，保持原來的通訊量。
11月17日8點，山本為了趕上給即將啟航的"赤城"號送行，下令"長門"號在沒有護航的情況下從岩國駛出，開往佐泊灣。下午3點，山本和宇垣及其參謀來到機動部隊旗艦"赤城"號上。山本向列隊在飛行甲板上的大約100名各級指揮官、參謀及飛行軍官訓示說：
"這次行動要在不得已開戰的情況下，於開戰之初就攻擊位於遙遠的珍珠港方麵的美國太平洋艦隊主力部隊。這次戰役能否獲勝，將決定我軍今後一切戰役的命運。
"本來，這次作戰要在排除一切困難、出敵之不意的情況下進行，而且作戰計劃就是在這種思想指導下製定的。然而，美國太平洋艦隊司令金梅爾將軍是位有遠見卓識的人，他的警惕性非常高。因此，金梅爾會事先想到應付一切可能發生的事態，並會採取周密的警戒措施。諸位誌士要充分注意，也要預想到發動強攻的可能，必須牢記在心，不可粗心大意。"
山本的參謀長宇垣在日記中這樣記述了當時的情景："主將之言深深銘刻於肺腑。將士們的表情雖然有些可怕，但一般都很沉著，人人下定決心，忠貞不渝。此舉固然會有若幹犧牲，這是應該預料到的。盡管如此，依靠神情，但願達到其目的。"
講完話，山本緩緩走到擔任攻擊珍珠港飛機隊指揮官的淵田麵前，默默地握住他的手。山本直視的目光，表達了對這次行動的信心和對淵田的信賴。淵田感到，他自己用以回報的目光同樣閃爍著必勝的信心。
18日，"蒼龍"號和"飛龍"號在4艘驅逐艦的護衛下離開佐泊灣，向位於千島群島的集結地駛去。此後，其他艦船也一艘接一艘地駛出港口，有的沿海岸行駛，有的在離海岸線100海裏開外的海麵上行駛。與此同時，"瑞鶴"號也與其姐妹艦"翔鶴"號威嚴地駛離別府，朝單冠灣駛去。至夜幕降臨，"赤城"號開始起錨，在兩艘驅逐艦的伴隨下，像幽靈一樣駛向大海。稍後，"加賀"號在佐世保裝滿了剛剛改裝完成的魚雷，也急速地向集結地趕去。
當機動部隊艦隻正三三兩兩地駛向集合地點單冠灣的時候，20日下午4時，軍令部第一部部長福留少將來到了正泊於廣島灣柱島的"長門"號，把將於21日發布的"大本營海軍部命令"和"大本營海軍部指示"交給了聯合艦隊司令部。山本根據這些命令和指示，於21日淩晨零時發布了"聯合艦隊第五號作戰電令"：
x日為12月8日。
"x"日是指開戰日。偷襲珍珠港的艦隊司令官，最後決定由南雲忠一中將擔任。南雲接到山本的任命後立即對所屬部隊下達作戰命令。內容如下：
昭和16年（1941年）11月10日
於佐泊灣旗艦長門號
攻擊部隊作戰命令第一號
一、各艦應於11月20日以前完成作戰準備。
二、全艦隊集結單冠灣。
三、為保持作戰計劃機密，在離開本國港灣對部屬宣布作戰任務之前，務必嚴守機密。
四、攻擊隊任務分配（略）。
五、戰艦巡航編組（略）。
六、嚴禁無線電通信。
11月11日，山本及其隨從人員乘火車離開東京，在橫須賀換乘橫須賀航空隊的運輸機飛往岩國航空大隊，在那裏登上了前來迎接他的"長門"號。當天與次日，岩國集結著各式軍艦。除南方艦隊之外的所有艦隊司令官、參謀長和資深參謀，都乘船或乘車前來參加聯合艦隊的作戰會議，其中包括執行偷襲珍珠港作戰任務的攻擊部隊的南雲、草鹿等人。
13日上午9點，山本離開"長門"號前去參加會議，山本首先致以特別精彩的開幕詞，表達了他在開戰前按捺不住的心情。隨後山本特別強調說：
"在華盛頓舉行的與美國的談判，如果在x日的頭一天上午及時以前達成妥協的話，我將命令出戰部隊撤回。部隊接到這個命令就必須立即調轉方向返航！"
山本剛一說完，就有二三名指揮官提出意見說，這個要求是不合理的，因為此時已經進入敵陣，怎麽可能再停止作戰行動。山本聽後十分嚴厲地說：
"養兵千日，就是為了保衛和平。如果哪位指揮官認為接到命令後可以不返航，那麽我現在就禁止他出戰，請即刻辭職！"
此時，準備參加偷襲珍珠港作戰的各艦隻，已卸下了一切與作戰無直接關係的艦上的東西，如易燃物品、個人用品和裝飾品等。武器、彈藥、糧食等一應作戰所用物資已最後上艦。在陸上各基地接受訓練的飛機，也已收回到母艦上來。艦隊出發因要繞經北方寒冷地區，所以各飛機的副翼、方向舵、升降舵上都塗上了防凍油膏。
日本人意識到，擁有400架飛機的龐大飛行部隊原來在這裏不分晝夜進行飛行訓練，現在如果它們突然消失，無論怎樣注意保密，都會立即成為街談巷議的話題，更不可能躲過機敏的敵人諜報機關。為了掩人耳目，山本設計了一些假相。在第1航空艦隊所屬各飛行隊撤出航空基地返回航空母艦之後，由九州方麵的第12航空隊屬下的各教練部隊進駐。這樣，在鹿兒島、出水等基地仍維持有大批飛機不停地飛行。在通訊方麵，駐紮在這裏的教練部隊和其主力部隊之間接連不斷互發假報，保持原來的通訊量。
11月17日8點，山本為了趕上給即將啟航的"赤城"號送行，下令"長門"號在沒有護航的情況下從岩國駛出，開往佐泊灣。下午3點，山本和宇垣及其參謀來到機動部隊旗艦"赤城"號上。山本向列隊在飛行甲板上的大約100名各級指揮官、參謀及飛行軍官訓示說：
"這次行動要在不得已開戰的情況下，於開戰之初就攻擊位於遙遠的珍珠港方麵的美國太平洋艦隊主力部隊。這次戰役能否獲勝，將決定我軍今後一切戰役的命運。
"本來，這次作戰要在排除一切困難、出敵之不意的情況下進行，而且作戰計劃就是在這種思想指導下製定的。然而，美國太平洋艦隊司令金梅爾將軍是位有遠見卓識的人，他的警惕性非常高。因此，金梅爾會事先想到應付一切可能發生的事態，並會採取周密的警戒措施。諸位誌士要充分注意，也要預想到發動強攻的可能，必須牢記在心，不可粗心大意。"
山本的參謀長宇垣在日記中這樣記述了當時的情景："主將之言深深銘刻於肺腑。將士們的表情雖然有些可怕，但一般都很沉著，人人下定決心，忠貞不渝。此舉固然會有若幹犧牲，這是應該預料到的。盡管如此，依靠神情，但願達到其目的。"
講完話，山本緩緩走到擔任攻擊珍珠港飛機隊指揮官的淵田麵前，默默地握住他的手。山本直視的目光，表達了對這次行動的信心和對淵田的信賴。淵田感到，他自己用以回報的目光同樣閃爍著必勝的信心。
18日，"蒼龍"號和"飛龍"號在4艘驅逐艦的護衛下離開佐泊灣，向位於千島群島的集結地駛去。此後，其他艦船也一艘接一艘地駛出港口，有的沿海岸行駛，有的在離海岸線100海裏開外的海麵上行駛。與此同時，"瑞鶴"號也與其姐妹艦"翔鶴"號威嚴地駛離別府，朝單冠灣駛去。至夜幕降臨，"赤城"號開始起錨，在兩艘驅逐艦的伴隨下，像幽靈一樣駛向大海。稍後，"加賀"號在佐世保裝滿了剛剛改裝完成的魚雷，也急速地向集結地趕去。
當機動部隊艦隻正三三兩兩地駛向集合地點單冠灣的時候，20日下午4時，軍令部第一部部長福留少將來到了正泊於廣島灣柱島的"長門"號，把將於21日發布的"大本營海軍部命令"和"大本營海軍部指示"交給了聯合艦隊司令部。山本根據這些命令和指示，於21日淩晨零時發布了"聯合艦隊第五號作戰電令"：