把王直看做妖匪的皇帝暫時把這事交給胡決斷，王被誘相信仍然會安排好某種形式的赦免。他在獄中日漸衰弱，直到1559年12月，胡才終於執行皇帝的命令將他處決。
王直入獄以後，他的養子和他的部下退回他們在舟山島的據點，確信他們受了陷害。他們不想再從事貿易。1558年4月，另一支入侵的日本大部隊和他們結合起來，這支合併成的部隊開始進攻浙江和福建北部的城市。7月晚期皇帝免去了胡宗憲的主要將領戚繼光（1528—1588年）和俞大猷（1503—1579年）的統帥地位，命令他們在一個月內撲滅浙江的海盜活動。如果他們不能做到，他們和他們的上司胡宗憲將被逮捕並被帶往北京。
胡針對朝廷上對他的策略日益增多的批評，早些時候曾上奏說，可以在一個月之內把浙江的局勢置於控製之下。他的敵人認為他對此負有責任。但是，舟山島不能攻下，帝國軍隊在他們幾次攻擊主要港口時又遭受了重大損失。與他的作戰報告一起，胡呈獻了在島上捉到的一頭白鹿。皇帝因這一吉祥的兆頭而感到高興，寧願寬容他的失敗，抨擊了批評他的人，命令胡照舊任職。
他的將領們沒有這樣走運。1559年4月，俞大猷根據胡宗憲的命令而被捕，因為他沒有追擊1558年12月放棄舟山島的海盜船隊。盡管帝國軍隊未能奪回這個島子，但海盜被包圍，受到多次襲擊，為時將近一年。當弄清楚他們打算撤走時，俞和其他的將領想追擊他們，反而就是胡宗憲讓他們揚帆而去。1559年早期，一個福建籍的禦史指控胡放海盜到福建去，為的是他不必再和他們打交道。胡懷疑俞（他也是福建人）向這個禦史透露了這種情況，所以他反過來以同樣的罪狀告發俞，設法使他被免職。
戚繼光也在1559年夏被免職，但他奉命訓練一支軍隊，並在戰鬥中贖罪。戚從杭州以南的農村（這是一個以農民難以管束而聞名的地區）招募了3000人，用設計來與日本武士作戰的專門戰術訓練他們，戚認為他們是優秀的戰士。這支軍隊後來以戚家軍而聞名，證明是很有成就的，在1567年以前被用來鎮壓海盜和盜匪活動。
1560年以後的海盜活動
在殘餘的王直船隊於1558年放棄舟山島之後，隻有一些小股海盜留在長江三角洲地區，大部分是在沿長江北岸的揚州府。這些幫夥在1559年夏逐漸被消滅。在60年代期間，南京以南地區的多數動亂由遣散的部隊引起，這些部隊是50年代中期招募來鎮壓海盜活動的。
1559年，一場可怕的旱災毀壞了長江三角洲地區的夏季作物。在多年的盜匪活動之後，當地農民被迫艱難地活過另一個季節。餓死的事很普遍，又不能得到救濟。盜匪活動的報告很快開始送達朝廷。1559年12月，南直隸巡撫在一夥幾百當地惡棍攻擊他以後，被迫逃離蘇州。這夥人在海盜入侵的高峰時期被招募來保衛這座城市，後來不肯解散。在這一事件之後，他們逃離這座城市，逃到太湖的船上，在那裏繼續成為問題。1560年1月，類似的被遣散的士兵團夥攻擊了長江以北的一些城市。這些團夥沒有給地方當局引起真正的困難。他們沒有海外幫手，能夠被孤立起來逐個消滅。1560年以後，從南京往南到杭州灣這個地區繼續保持平靜。大規模的入侵和盜匪活動這時限於福建、廣東和江西南部。
在1560年至1563年之間，剩下的海盜幫夥聚集在福建海岸以外的島嶼上。殘餘的王直部隊於1559年拿下金門島，和廣東的海盜船隊聯合，主要開始襲擊福建南部和廣東北部。1562年12月，一支入侵的大部隊在圍攻一月之久以後，占領了興化府城；周圍多數行政城市也被占領。朝廷的監察官們報告說，局勢失去了控製。
1563年早期，戚繼光和他的部隊奉命到福建。他與當地部隊合作奪回興化，到5月已摧毀了海盜在福建海濱的最後的主要基地。1564和1566年之間在江西南部和廣東進行的一連串戰役中，那些設法逃走並揚帆駛往更南地區的海盜逐漸戰死或被俘。在這些戰役中，以前掌握在盜匪手中的許多地方和許多人回到了帝國的控製之下。在這樣一次對廣東北部一夥盜匪的戰役期間，奪還的人有80000多。從16世紀初年起即為盜匪淵藪的廣東、福建和江西南部之間的多山地區又被置於帝國的控製之下。
到了1567年，海盜活動已不再是東南海濱的嚴重問題。對海外貿易的政策仍然是一個爭端，主要因為皇帝拒絕改變他的主張。但是，在他於1567年1月去世之後不久，福建巡撫就請求撤消海上貿易的禁令，建立海運關稅機構。由於嚴嵩的繼任者大學士徐階（1503—1583年）的建議，這一請求被批準。40年以前開始的朝廷對海外貿易政策的爭論終於結束。
在1565年占領菲律賓的西班牙人最初了解這個其他方麵差一些的殖民地可以作為與中國進行大量貿易的基地的同時，東南濱海地區意外地開放了海外貿易。最先到這個群島的艦隊指揮官於1569年寫道：“我們將得以和中國貿易，從那裏得到絲綢、瓷器、安息香、麝香，以及其他商品。”這種貿易實際上始於1573年，當時有兩艘西班牙大帆船——馬尼拉西班牙大帆船——裝載著中國絲綢和瓷器回到阿卡普爾科。到了1567年，中國和美洲之間的貿易關係已經很好地建立起來，不間斷地繼續到了下一個世紀。1
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王直入獄以後，他的養子和他的部下退回他們在舟山島的據點，確信他們受了陷害。他們不想再從事貿易。1558年4月，另一支入侵的日本大部隊和他們結合起來，這支合併成的部隊開始進攻浙江和福建北部的城市。7月晚期皇帝免去了胡宗憲的主要將領戚繼光（1528—1588年）和俞大猷（1503—1579年）的統帥地位，命令他們在一個月內撲滅浙江的海盜活動。如果他們不能做到，他們和他們的上司胡宗憲將被逮捕並被帶往北京。
胡針對朝廷上對他的策略日益增多的批評，早些時候曾上奏說，可以在一個月之內把浙江的局勢置於控製之下。他的敵人認為他對此負有責任。但是，舟山島不能攻下，帝國軍隊在他們幾次攻擊主要港口時又遭受了重大損失。與他的作戰報告一起，胡呈獻了在島上捉到的一頭白鹿。皇帝因這一吉祥的兆頭而感到高興，寧願寬容他的失敗，抨擊了批評他的人，命令胡照舊任職。
他的將領們沒有這樣走運。1559年4月，俞大猷根據胡宗憲的命令而被捕，因為他沒有追擊1558年12月放棄舟山島的海盜船隊。盡管帝國軍隊未能奪回這個島子，但海盜被包圍，受到多次襲擊，為時將近一年。當弄清楚他們打算撤走時，俞和其他的將領想追擊他們，反而就是胡宗憲讓他們揚帆而去。1559年早期，一個福建籍的禦史指控胡放海盜到福建去，為的是他不必再和他們打交道。胡懷疑俞（他也是福建人）向這個禦史透露了這種情況，所以他反過來以同樣的罪狀告發俞，設法使他被免職。
戚繼光也在1559年夏被免職，但他奉命訓練一支軍隊，並在戰鬥中贖罪。戚從杭州以南的農村（這是一個以農民難以管束而聞名的地區）招募了3000人，用設計來與日本武士作戰的專門戰術訓練他們，戚認為他們是優秀的戰士。這支軍隊後來以戚家軍而聞名，證明是很有成就的，在1567年以前被用來鎮壓海盜和盜匪活動。
1560年以後的海盜活動
在殘餘的王直船隊於1558年放棄舟山島之後，隻有一些小股海盜留在長江三角洲地區，大部分是在沿長江北岸的揚州府。這些幫夥在1559年夏逐漸被消滅。在60年代期間，南京以南地區的多數動亂由遣散的部隊引起，這些部隊是50年代中期招募來鎮壓海盜活動的。
1559年，一場可怕的旱災毀壞了長江三角洲地區的夏季作物。在多年的盜匪活動之後，當地農民被迫艱難地活過另一個季節。餓死的事很普遍，又不能得到救濟。盜匪活動的報告很快開始送達朝廷。1559年12月，南直隸巡撫在一夥幾百當地惡棍攻擊他以後，被迫逃離蘇州。這夥人在海盜入侵的高峰時期被招募來保衛這座城市，後來不肯解散。在這一事件之後，他們逃離這座城市，逃到太湖的船上，在那裏繼續成為問題。1560年1月，類似的被遣散的士兵團夥攻擊了長江以北的一些城市。這些團夥沒有給地方當局引起真正的困難。他們沒有海外幫手，能夠被孤立起來逐個消滅。1560年以後，從南京往南到杭州灣這個地區繼續保持平靜。大規模的入侵和盜匪活動這時限於福建、廣東和江西南部。
在1560年至1563年之間，剩下的海盜幫夥聚集在福建海岸以外的島嶼上。殘餘的王直部隊於1559年拿下金門島，和廣東的海盜船隊聯合，主要開始襲擊福建南部和廣東北部。1562年12月，一支入侵的大部隊在圍攻一月之久以後，占領了興化府城；周圍多數行政城市也被占領。朝廷的監察官們報告說，局勢失去了控製。
1563年早期，戚繼光和他的部隊奉命到福建。他與當地部隊合作奪回興化，到5月已摧毀了海盜在福建海濱的最後的主要基地。1564和1566年之間在江西南部和廣東進行的一連串戰役中，那些設法逃走並揚帆駛往更南地區的海盜逐漸戰死或被俘。在這些戰役中，以前掌握在盜匪手中的許多地方和許多人回到了帝國的控製之下。在這樣一次對廣東北部一夥盜匪的戰役期間，奪還的人有80000多。從16世紀初年起即為盜匪淵藪的廣東、福建和江西南部之間的多山地區又被置於帝國的控製之下。
到了1567年，海盜活動已不再是東南海濱的嚴重問題。對海外貿易的政策仍然是一個爭端，主要因為皇帝拒絕改變他的主張。但是，在他於1567年1月去世之後不久，福建巡撫就請求撤消海上貿易的禁令，建立海運關稅機構。由於嚴嵩的繼任者大學士徐階（1503—1583年）的建議，這一請求被批準。40年以前開始的朝廷對海外貿易政策的爭論終於結束。
在1565年占領菲律賓的西班牙人最初了解這個其他方麵差一些的殖民地可以作為與中國進行大量貿易的基地的同時，東南濱海地區意外地開放了海外貿易。最先到這個群島的艦隊指揮官於1569年寫道：“我們將得以和中國貿易，從那裏得到絲綢、瓷器、安息香、麝香，以及其他商品。”這種貿易實際上始於1573年，當時有兩艘西班牙大帆船——馬尼拉西班牙大帆船——裝載著中國絲綢和瓷器回到阿卡普爾科。到了1567年，中國和美洲之間的貿易關係已經很好地建立起來，不間斷地繼續到了下一個世紀。1
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