濠州缺糧，兵力也缺。元璋想法子弄了幾引鹽，到懷遠賣了，換了幾十石糧食，獻給子興。[9]又回到鍾離，豎起紅軍招兵大旗，少年夥伴和鄉裏徐達、周德興、郭興、郭英、張龍、張溫、張興、顧時、陳德、王誌、唐勝宗、吳良、吳禎、費聚、唐鐸、陸仲亨、鄭遇春、曹震、張冀、丁德興、孫興祖、陳桓、孫恪、謝成、李新、何福、邵榮以及耿君用、炳文父子，李夢庚、鬱新、郭景祥、胡泉、詹永亨等人，聽說元璋做了紅軍頭目，都來投效。其中徐達比元璋小三歲，生得長身高顴，性格剛毅武勇，和元璋十分契合。比元璋先來的湯和比元璋大三歲，身高七尺，倜儻有智謀，雖然已經做了軍官，卻對元璋格外尊重。邵榮打起仗來，英勇出眾，和周德興等人以後一直跟著元璋，衝鋒陷陣，出生入死，成為元璋部下基本隊伍。又都是淮西人，有著鄉裏、宗族關係，到了元璋的軍事力量日益擴大的時候，這些淮西老將便都分別做了領兵將帥，成為軍中的骨幹。以後元璋做了皇帝，淮西諸將和幕府僚屬都成了開國功臣，他們不但有汗馬功勞，也有了政治地位，在明朝初年的政治局勢中，淮人自然而然地形成了很突出的地位。
徐達等人投效紅軍以後，來投軍的人便越發多了，不上十天工夫，招募了七百人，子興大喜。至正十三年六月，升元璋做鎮撫，從此，元璋就一躍成為帶兵官了。[10]一年以後，又以軍功升作總管。[11]
彭、趙二王的部隊缺乏訓練，紀律不好。元璋看出老是侷促待在濠州，不但不能發展力量，遲早還會鬧事，便把新兵交代了，稟準主將，帶領貼身夥伴徐達、費聚等二十四人，往南到定遠掠地，又招收了一些人馬。聽說張家堡驢牌寨有“民兵”三千人，孤軍無援，又斷了糧，處境很困難。決定親自去驢牌寨，那裏的主帥原是郭子興的相識，元璋告訴他，你孤軍缺糧，附近有一支軍隊要來打你，你是頂不住的。為今之計，要就跟我們走，保全力量，否則就趁早轉移，別的辦法是沒有的。那主帥答應了，說過幾天就來。元璋留下騎士費聚等候。不料過了三天，費聚來報，變了卦了，他們要轉移了。朱元璋立刻帶了三百人又去，左說右說，不得要領，隻好使計，派一個勇士去請那主帥議事。主帥剛一到，幾百人就把他重重圍住，邊嚷嚷邊走，走了十幾裏，再派人去傳主帥的命令，就說是移營了，三千人就都跟著來了。朱元璋得到這支軍隊，就指揮它向東襲擊橫澗山。
橫澗山有“民兵”二萬，主帥是定遠人繆大亨。他糾集了一大批地主武裝力量，進攻濠州沒有占到便宜，元兵潰走，他率眾二萬退守橫澗山，元朝封為義兵元帥，派軍官張知院監軍。元璋令勇將花雲帶了隊伍，趁黑夜敵人不防，四麵包圍，鼓聲、呐喊聲震天動地，張知院嚇慌了，隻身逃走。元璋部下有人和繆大亨交好，元璋派他勸繆大亨投降。繆大亨想想沒有出路，隻好答應。元璋得了當地七萬人口，選出精壯二萬，組成一支浩浩蕩蕩的大隊伍，用元璋自己的話來形容，真是：“赤幟蔽野而盈崗。”[12]
元璋得了這支生力軍，立刻重新編製，加緊訓練。他最看重紀律，在檢閱新軍時，特別指出這一點，懇切地訓誡將士說：“你們原來是很大的部隊，可是毫不費事就轉到我這邊來了。原因在哪裏呢？一是將官沒有紀律，二是士卒缺乏訓練。現在我們必須建立嚴格的紀律，做到嚴格的訓練，才能建功立業，大家都有好處。”三軍聽了，無不喜歡。[13]就這樣，元璋不但有數量眾多的驍將，也有了幾萬人的經過訓練的大部隊，為此後的軍事活動打下了堅強的基礎。
定遠人馮國用、馮國勝（後來改名勝，又名宗異）兩兄弟，家裏有幾百畝田地，幾十家佃戶，是個中小地主。兩兄弟都喜歡讀書，通兵法。國用深沉有計謀，國勝慓勇多智略。紅軍兵起，他們團結地方上的地主和鄉民，結寨自保。隻是力量單薄，怕被別的“民兵”大隊伍吃掉。繆大亨一投降，越發自危，多方打聽，知道元璋軍隊紀律好，便帶領部隊來投效，甚見親信。元璋問以攻敵方向，國用以為建康（元集慶路，今南京）形勢險要，古書上說是“龍盤虎踞”，是曆代帝王建都的地方。如今應該先取作根據地，以後逐步發展，擴充地盤。不貪子女玉帛，多做好事，取得人民的支持，建功立業不是難事。元璋大喜，任用為幕府參謀。[14]
在南下攻滁州（今安徽滁縣）的路上，定遠人李善長到軍門求見。善長是地方上有名人物，讀書有智謀，善於料事，治法家學問。從他的經曆，年輕時便能夠一意讀書，不必操心生活來看，出身於地主家庭是沒有問題的。他和元璋談得很投機。元璋問他四方兵起，什麽時候才能太平？善長勸他學漢高祖，說漢高祖也是平民出身的，為人氣量大，看得遠，也看得寬。善於用人，也不亂殺人，五年工夫，便平定了天下。元朝不得人心，上下不和，已到土崩瓦解地步。濠州和沛相去不遠，你如能學習這位同鄉的長處，天下太平也就快了。元璋連聲叫好，留下做幕府的掌書記（秘書長），囑咐他：“如今群雄四起，天下糜爛，仗要打好，最要緊的是要有好參謀人員。我看群雄中管文書和做參謀的幕僚，總愛說左右將士的壞話，文武不團結，將士施展不了才能，自然非失敗不可。將士垮了，好比鳥兒去了羽翼，主帥勢孤力單，也非滅亡不可。你要替我做一個橋梁，調和和幫助將士，不要學那些幕僚的壞樣子。”從這時候起，元璋心目中時時有個老百姓出身的皇帝同鄉在做榜樣，說話，辦事，打仗，事事都刻心刻意向他學習。[15]善長也一心一意當好幕僚長，溝通將士、幕僚和主帥，以及將士間的意見。建議提拔有功和有能力的，處分不稱職的將吏，使得部下都能人盡其才，安心做事。[16]但是，他也有致命的缺點，鄉裏觀念是他很重的包袱。在戰爭年代，這個缺點還不很明顯，到了南北統一以後，他對用人行政還是從淮西人的利害出發，朱元璋雖然倚靠淮西人的力量起家，卻比李善長看得寬些、大些，他要倚靠全國各個地方可以倚靠的力量，因此，他們兩人之間，在戰爭全局取得勝利之前，互相信任，利害是一致的，但在勝利以後，矛盾便逐步展開了，盡管關係很久很深，最後還是免不了徹底決裂。
滁州守軍力量單弱，元璋的前鋒長身黑麵綽號黑先鋒的花雲單騎衝破敵陣，在如雷的戰鼓聲中，全軍跟著進攻，把滁州占了。元璋親侄文正、姐夫李貞帶著外甥保兒（後起名文忠）得到消息，奔來投靠。說起家鄉情況，才知道二哥三哥都已去世了，免不得大家哭了一場。又傷心又歡喜，傷心的是偌大一家人隻剩了這幾口，歡喜的是處在這樣亂世，還能團聚。“一時會聚如再生，牽衣訴昔以難當。”[17]還有定遠人沐英，父母都已死去，孤苦可憐。元璋把三個孩子都收養作義子，改姓為朱。原來收養義子是當時軍隊中流行的風氣，帶兵的將領要培養心腹幹部人才，都喜歡收養俊秀勇猛的青年在身邊，不但打仗時肯拚死命，在緊要關頭，還可以用來監視諸將，起耳目心腹的作用。沐英在軍中稱為周舍，又叫沐舍，舍是舍人的簡稱（文武官員的兒子叫舍人）。元璋義子除朱文正、李文忠、沐英以外，還有二十幾個，後來所占城池，專用義子做監軍和將官同守：如得鎮江用周舍，得宣州用道舍，得徽州用王附馬，得嚴州用保兒，得婺州用馬兒，得處州用柴舍、真童，得衢州用金剛奴、也先。此外還有買驢、潑兒、朱文遜等人。柴舍即朱文剛，後來在處州死難；道舍即何文輝，馬兒即徐司馬，保兒即平安，朱文遜小名失傳，在太平陣亡，王駙馬、真童、金剛奴、也先、買驢、潑兒、老兒，複姓後的姓名也都失傳了。[18]至正十八年胡大海、李文忠占領嚴州後，兩人意見不和，元璋派帳前都指揮使首領郭彥仁告誡李文忠說：“保指揮（保兒）我之親男，胡大海我之心腹，前者曾聞二人不和。且保指揮我親身也，胡院判（大海官銜行樞密院判官的簡稱）即我心腹也，身包其心，心得其安，心若定，身自然而定。汝必於我男處丁寧說知，將胡院判以真心待之，節製以守之，使我所圖之易成。”李文忠代表元璋監視大將胡大海，並有節製之權。這一個例子說明了義子的作用，也說明了元璋駕馭將士的策略。[19]
除用義子監軍以外，另一辦法是規定將士家眷必須留在後方居住。這法子在剛渡江時便實行了。元璋統兵取集慶，馬夫人和諸將家屬留在和州（今安徽和縣）[20]。取集慶後，定下製度：“與我取城子的總兵官，妻子俱要在京住坐，不許搬取出外。”“將官正妻留於京城居住，聽於外處娶妾。”這樣，將官顧慮妻子安全，自然不敢投敵以至反叛，平時征調差遣，也方便得多了。可是，也有相反的情況，後來驍將邵榮的怨望以至圖謀暗殺朱元璋，正是因為常年征戰，不能和家人團聚的緣故。
此外，他還提防將官和讀書人勾結，規定：“所克城池，令將官守之，勿令儒者在左右議論古今，止設一吏，管辦文書，有差失，罪獨坐吏。”凡是元朝的官吏和儒士，都要由他自己選用，逃者處死，不許將官擅用。[21]
元璋進攻滁州時，彭大、趙均用率領濠州紅軍主力，攻下了盱眙泗州。兩人為郭子興的事結下怨恨，竟鬧決裂了。均用和孫德崖四帥合成一夥，彭大孤立，手下得力的人也逐漸被均用收買過去，氣悶不過，發病死了。他兒子早住接著也稱魯淮王，均用沒把他看在眼裏，倒也相安無事。郭子興原來倚仗彭大做靠山，彭大一死，孫德崖幾次尋題目要害子興，礙著元璋在滁州有幾萬部隊，投鼠忌器，不好下手，便攛掇均用下令牌調元璋來守盱眙，一箭雙雕，一窩子收拾掉。元璋知道這是陷阱，委婉推辭，說是元軍要來進攻，部隊移動不得。又使錢買通均用左右得力人物，勸均用不要聽小人挑撥是非，自剪羽翼，萬一火並了，他部下不服，也不得安穩。說話的人又勸他好好地看待子興，讓他出氣力，占地方，保疆土。成天有人在旁說好話，均用不由得不信，竟放子興帶本部人馬到滁州。子興一到，元璋交出兵權，三萬多兵強馬壯的隊伍，旗積鮮明，軍容整肅，子興大喜。[22]
至正十四年十一月，元丞相脫脫統兵大敗張士誠於高郵，分兵圍六合。
張士誠原名九四，淮南泰州（今江蘇泰縣）白駒場人。泰州在海邊，居民都靠曬鹽過活，苦於官役過重，度日艱難，怨恨官府。士誠從小潑皮講義氣，有膂力，會武藝，和兄弟士義、士德、士信一家子都靠撐船販私鹽過日子，販私鹽利大，士誠輕財好賙濟窮困，很得人心，私鹽販子推他做頭目。當地地主揀便宜買私鹽，又欺侮他們，有時賴賬不給錢，也告不得狀。弓兵丘義專和私鹽販子作對，受了士誠的賄賂，還不時尋事，三天兩頭攔截鹽船。士誠氣憤不過，趁各處兵起，帶著兄弟和李伯升、潘原明、呂珍等十八壯士，殺了丘義和仇家地主們，一把火燒了房子。事情鬧大了，索性招兵買馬，鹽丁們和無業遊民、貧苦農民都來跟從，攻下泰州、高郵，占了三十六鹽場，自稱誠王，國號大周，改年號為天祐。這是至正十四年正月間的事。[23]
元兵圍六合，六合守將派人到郭子興處求救。六合在滁州東麵，是滁州屏障，要保滁州，就非守住六合不可。郭子興和六合守將有嫌怨，不肯出兵，元璋費盡唇舌才說服了。元兵號稱百萬，諸將不敢去，推托求神不吉。子興派元璋領兵出救。元兵排山倒海似地來攻，六合城防工事全被摧毀，守兵拚死抵住，趕修了堡壘，又給打平了。眼看抵擋不住，隻好把老弱婦孺掩護撤退到滁州，元璋在中途設下埋伏，令耿再成佯裝敗陣逃走，元兵追擊遇伏，滁州守軍鼓噪迎擊，元兵大敗。元璋得了好多馬匹，卻顧慮到滁州孤城無援，恐元兵增兵圍困，忍氣打點牛酒，派地方父老把馬匹送還，推說全是良民，團結守護，是為了防禦寇盜，情願供給大軍軍需給養，請並力去打高郵，饒了這一方老百姓吧。元兵打了敗仗，丟失馬匹，正沒主張，怕受上官責備。一見來人說好話求情，馬也送回來了，正好下場，就引兵他去，滁州算是保全了。[24]
元兵一退，郭子興喜歡極了，打算在滁州稱王。元璋勸他：滁州是山城，不通船隻商賈，也沒有險要地形可守。一稱王目標大了，元兵再來怕保不住。子興才放棄了做王爺的念頭。[25]
脫脫大軍用全力攻高郵，外城已被攻破，城中支持不住，想投降又怕不肯赦罪，正在兩難間，張士誠急得唉聲歎氣，準備突圍下海。突然間元順帝頒下詔旨，責備脫脫，說他：“往年征滁州，僅複一城，不久又丟掉了。這回再當統帥，勞師費財，已經過了三個月，還無功效。可削去兵權，安置淮安路。弟禦史大夫也先帖木兒安置寧夏路。如膽敢抗拒，即時處死。”宣讀後全軍憤恨大哭，即時四散，一部分投入紅軍，紅軍越發強大。張士誠趁機出擊，不但轉危為安，而且從此基礎鞏固，地盤日漸擴大。
脫脫交出兵權，被押解西行，鴆死於吐蕃境上。[26]
這一變化，是蒙古統治階級內部矛盾尖銳化的必然結果。脫脫是蒙古貴族世臣，有能力，有辦法，元順帝極為信任，付以軍政大權。從徐州攻下後，元順帝就以為天下太平了，該好好享樂一番。寵臣哈麻背著人引進了會房中運氣之術的西天僧，他能使人身之氣，或消或脹，或伸或繃，號“演揲兒法”，也叫秘密佛法，多修法。順帝大喜，封西天僧為司徒，大元國師。國師又薦了十個皇親貴族會這佛法的，叫作十倚納，內中有個叫老的沙的是順帝的母舅。上都穆清閣修成，一溜兒幾百間房子，千門萬戶，朝朝宴會，夜夜笙歌，君臣都玩昏了。哈麻的母親是元寧宗的乳母。他出身宮廷禁衛，深得元順帝寵愛，初時依附脫脫兄弟，做到中書右垂，有地位了，和脫脫的親信鬧意見，被調官為宣政院使，位居第三。哈麻恨極，向奇皇後和皇太子愛猷識裏達臘挑撥，說立皇太子後好久沒有行冊命和告廟之禮，都是脫脫兄弟在阻撓，又誣告脫脫師老無功。脫脫出師在外，失去宮廷的支持，被貶毒死，哈麻代為丞相。
脫脫使計謀排斥伯父伯顏，取得相位，在對漢南人的政策上，卻和伯顏一致。當紅軍初起時，凡議軍事，不許漢南人參預。有一天，脫脫進宮報告軍事，中書官（中書省的屬官，機要秘書一類的官職）兩人照例隨後跟著，因為這兩人是漢人，脫脫忙叫禁衛喝住，不許入內。又上奏本說，如今河南漢人造反，該出布告，一概剿捕漢人；諸蒙古色目犯罪貶謫在外的，都召回來，免得被漢人殺害。這榜文一出，不但河南，連河北漢人也不能不參加紅軍了，紅軍聲勢因之日益浩大。[27]
脫脫死後，元順帝越發無所忌憚了，為所欲為。這時東南產米區常州、平江、湖州（今浙江吳興）一帶都被張士誠占領，浙江沿海地區被方國珍占領，往北運河沿線被紅軍控製，陸運和內河運輸線全被切斷了。另一糧食補給區湖廣（湖南、湖北）也早已失去。南方的糧食不能北運，大都過百萬軍民立刻缺糧，鬧糧荒，加上中原地區連年鬧蝗災、旱災、兵災，老百姓餓極隻好吃蝗蟲，大都的軍民則連蝗蟲也吃不上，餓死的不計其數，又鬧瘟疫，慘到人吃人的地步。[28]在這樣嚴重的境況中，元順帝卻毫不在意，在內苑造龍舟，親自打圖樣，龍舟長一百二十尺，寬二十尺，駛動時龍的頭眼口尾都跟著動，內有機括，龍爪自會撥水。元順帝每登龍舟，還命盛妝彩女，兩岸牽挽。[29]又自製宮漏，高約六七尺，寬三四尺，造木為櫃，暗藏諸壺其中，運水上下。櫃上設西方三聖殿，櫃腰立玉女捧時刻籌，到時候自然浮水而上。左右站兩金甲神，一懸鍾，一懸鉦，到夜裏金甲神會按時敲打，不差分毫。當鍾鉦打響時，兩旁的鳳凰、獅子也會飛舞應和。櫃的東西麵有日月宮，飛仙六人立於宮前，到子、午時飛仙排隊度仙橋到三聖殿，又退回原處。精巧準確，是空前的科學製品。[30]又喜歡搞建築，自畫屋樣。愛造宮殿模型，高尺餘，棟梁楹檻，樣樣具備，匠人按式製造，京師人叫他作魯班天子。內侍們想得到新殿的金珠裝飾，一造好就批評不夠漂亮，說比某家的不如，他就馬上拆毀重造，內侍們都發了財。[31]他愛好機械製造，愛好建築藝術，愛好音樂歌舞，成天搞這祥，修那祥，就是懶得管政事，每日遊船飲宴，打仗的事也不在意了。老百姓成批餓死，更是漠不關心。有限的一點存糧全運到女寵家裏，百官俸祿隻好折支茶紙雜物。宮廷裏充滿了腐臭淫亂的生活，表麵上裝點出一片繁麗升平的氣氛。[32]
滁州在戰亂後，突然增加幾萬大軍，糧食不夠吃，軍心不安。元璋建議南取和州，移兵就食。虹縣人胡大海生得高個子，黑臉膛，智力過人，帶全家來歸附。元璋就用他為前鋒，一鼓攻克和州。至正十五年正月，子興得到占領和州的捷報，派元璋做總兵官鎮守。
元璋在子興諸將中，名位不高，年紀又輕，奉命總兵，怕諸將不服。尋思了半天，想出主意。他叫人撤去大廳上主將的公座，隻擺一條木凳子。次日五鼓，諸將先到，當時座位高低按蒙古習俗以右首為尊，元璋故意遲到，一看隻留下左末一席，不作聲就坐下了。到談論公事時，諸將隻會衝鋒陷陣，要判斷敵情，決定大事，卻什麽也說不出來，麵麵相覷。元璋隨事提出辦法，合情合理，有分寸，有決斷，諸將才稍稍心服。末後議定為了更好地防禦敵人進攻，要分工修理城池，各人認定地段長度，限三天完工。到期會同諸將查驗工程，隻有元璋認定的一段做完了，其餘的全未修好。元璋沉下臉，擺公座朝南坐下，拿出子興命令，對諸將說：“奉主帥令總兵，責任重大。修城要事，原先各人分別認定，就該如期完工。如今都延誤了，一有敵情，這仗怎麽打？軍務緊急，竟這般不齊心，還有什麽紀律？現在說明白，既往不咎，今後如再有不遵軍令的，就要嚴格執行軍法，可顧不得弟兄情分了！”一來確是子興的令牌，元璋是和州的主將，違拗不得；二來諸將誤了軍機，理虧，作聲不得。大家隻好謝罪求饒。盡管如此，諸將還仗著是子興老部下，麵子上認輸，心裏仍然不服氣。隻有湯和小心謹慎，最聽話，也最守紀律，做出一個榜樣。李善長左右溝通，盡心調護，元璋的主將地位才逐漸鞏固下來。從此，元璋又從總管升成總兵官，從帶領幾千人的小軍官成為鎮守一方的大將了。[33]
一天，元璋出外，有一小兒在門外啼哭。元璋問他為什麽哭，說是等他父親。問父在何處，說在官養馬。母親呢？說也在軍營裏，和父親不敢相認，但以兄妹相呼。他不敢進去，隻好在門外等著。原來子興的部隊數量發展大了，“民兵”“義兵”都成批地大量地摻雜進來。這些地主的武裝隊伍，成分複雜，流氓、地痞，什麽樣人都有。他們在攻破城池以後，就亂殺人，亂搶東西，俘虜壯丁，霸占婦女，鬧得老百姓妻離子散，家破人亡。元璋認為情勢嚴重，再這徉胡搞下去，軍隊是站不住腳的。立刻召集諸將，申明約束：“大軍從滁州來此，人皆隻身，並無妻小。入城後亂搞一起，虜人妻女，使老百姓夫婦離散。軍隊沒有紀律，怎麽能夠安定地方？以後取城子，凡有所得婦人女子，唯無夫未嫁者許之，有夫的婦人不許擅有。”第二天召集全城男子婦女在衙前集會，讓男子分列門外大街兩旁，所虜婦女從門內一個接一個走出，下令是夫婦即便相認。一時夫妻父子紛紛互相叫喚，鬧哄哄擠成一團，有哭的，有笑的，有先哭後笑的，也有又哭又笑的，一霎時有多少家庭團圓，也有不少孤兒寡婦在啜泣。原來慘慘淒淒路上斷人行，商賈罷業的景象，登時改變了，和州城稍稍有了生氣，不光是一座有駐軍的城子，也是一座有人民的城子了。[34]
孫德崖因濠州缺糧，一徑率領部隊到和州就食。將領兵士攜妻挈子，不由分說，占住和州四鄉民家。德崖帶了親兵，進駐州衙。元璋無法阻攔，正在叫苦。郭子興得了消息，也從滁州趕來，兩個死對頭擠在一處，多時積聚的怨恨集中爆發了。
子興性情暴躁，耳朵軟，容易聽人閑話。開頭有人說元璋多取婦女，強要三軍財物，已是冒火。接著又聽說孫德崖和元璋合夥去了，越發怒氣衝天，也不預先通知，黑夜裏突然來到。一進門，子興滿麵怒容，好半晌不說話。元璋跪在下麵，也不敢說話。突然子興問你是誰，答說總兵朱元璋。子興大喊：“你知罪嗎？你逃得到哪裏去！”元璋放低了聲氣說：“兒女有罪，又逃得到哪裏去。家裏的事遲早好說，外麵的事要緊，得有個主張。”子興忙問是什麽事，元璋站起來，小聲說：“孫德崖在此地，上回的事結了深仇。目前他的人，城裏城外都擠滿了，怕會出事。大人得當心，安排一下。”子興一聽，才明白元璋不是和孫德崖結成一夥，氣就消了。
天還不亮，孫德崖派人來說：“你丈人來了，我得走了。”元璋知道不妙，連忙告訴郭子興。又去勸孫德崖：“何必這樣匆忙呢？”德崖說：“和你丈人相處不了。”元璋看德崖的神色，似乎不打算動武，就勸說兩軍同處一城，要走也得讓部隊先走，元帥殿後好鎮壓，免得臨時出事故，傷了和氣。德崖答應了。元璋放心不下，親自替孫軍送行，走了十多裏，正要回來，後軍傳過話來，說是城裏兩軍打起來了，死了許多人。元璋慌了，忙喊隨從壯士耿炳文、吳禎靠近，飛馬奔回。孫軍抽刀攔住去路，揪住馬韁繩，簇擁向前，見了許多將官，都是舊友，大家七嘴八舌，以為城內兩軍火並，元璋一定知情。元璋矢口分辯，邊說邊走，趁人不提防，勒馬就往回逃。孫軍的軍官幾十人策馬迫趕，槍箭齊下，僥幸衣內穿了連環甲，傷不甚重。逃了一陣，馬力乏了，追騎趕上，元璋中槍墮馬，被用鐵索鎖住脖子。有人就要舉刀砍殺，又有人勸住，說孫元帥現在城裏，如此時殺了朱元璋，孫元帥也活不了。不如派人進城看明白再作道理。立時有一軍官飛馬進城，見孫德崖正鎖著脖子，和郭子興對麵喝酒呢。郭子興聽說元璋被俘，也著慌了，情願走馬換將。可是兩家都不肯先放，末後有人出個主意：郭子興先派徐達到孫軍作抵押，換回元璋，元璋回到城裏再放孫德崖，孫德崖回去了，再放回徐達。元璋被孫軍拘囚了三天，幾次險遭毒手，虧得有熟人保護，才能平安脫身回來。[35]
元至正十五年（宋龍鳳元年）二月，紅軍統帥劉福通派人在碭山（今江蘇碭山）夾河訪得韓林兒，接到亳州，立為皇帝。又號小明王，臣民稱為主公。建國號為宋，年號龍鳳。拆鹿邑太清宮木材，建立宮殿。小明王尊母楊氏為皇太後，以杜遵道、盛文鬱為丞相，劉福通、羅文素為平章政事，福通弟劉六為知樞密院事。軍旗上寫著鮮明的聯語：“虎賁三千，直抵幽燕之地；龍飛九五，重開大宋之天。”上聯聲言要統一全國，下聯說明這個政權是繼承趙宋的。杜遵道的出身是元朝樞密院椽史，做了元相，得寵擅權。劉福通不服他，私下埋伏甲士，撾殺遵道，自為丞相。不久又改做太保。紅軍軍政大權全部掌握在他一人手裏。韓宋剛剛建立的新政權，還沒有完備、鞏固，內部就發生衝突，自相殘殺，削弱了自己的力量。[36]
郭子興恨死了孫德崖，逮住了正要殺害，出一口氣，為了交換元璋，隻好放走。心中怏怏不快，成天憂鬱發悶，得了重病，三月間不治身死，葬在滁州。軍中軍務由子興子天敘，婦弟張天祐和元璋共同掌管。正在發愁，主帥新死，萬一元軍來攻，孤軍無援，又怕孫德崖乘機來接管兵權，無法應付。正好杜遵道派人來計較立帥，軍中公推張天祐到亳都麵議，不久就帶回小明王命令，委任郭天敘為都元帥，張天祐為右副元帥，朱元璋為左副元帥，軍中文告都用龍鳳年號。[37]
徐達等人投效紅軍以後，來投軍的人便越發多了，不上十天工夫，招募了七百人，子興大喜。至正十三年六月，升元璋做鎮撫，從此，元璋就一躍成為帶兵官了。[10]一年以後，又以軍功升作總管。[11]
彭、趙二王的部隊缺乏訓練，紀律不好。元璋看出老是侷促待在濠州，不但不能發展力量，遲早還會鬧事，便把新兵交代了，稟準主將，帶領貼身夥伴徐達、費聚等二十四人，往南到定遠掠地，又招收了一些人馬。聽說張家堡驢牌寨有“民兵”三千人，孤軍無援，又斷了糧，處境很困難。決定親自去驢牌寨，那裏的主帥原是郭子興的相識，元璋告訴他，你孤軍缺糧，附近有一支軍隊要來打你，你是頂不住的。為今之計，要就跟我們走，保全力量，否則就趁早轉移，別的辦法是沒有的。那主帥答應了，說過幾天就來。元璋留下騎士費聚等候。不料過了三天，費聚來報，變了卦了，他們要轉移了。朱元璋立刻帶了三百人又去，左說右說，不得要領，隻好使計，派一個勇士去請那主帥議事。主帥剛一到，幾百人就把他重重圍住，邊嚷嚷邊走，走了十幾裏，再派人去傳主帥的命令，就說是移營了，三千人就都跟著來了。朱元璋得到這支軍隊，就指揮它向東襲擊橫澗山。
橫澗山有“民兵”二萬，主帥是定遠人繆大亨。他糾集了一大批地主武裝力量，進攻濠州沒有占到便宜，元兵潰走，他率眾二萬退守橫澗山，元朝封為義兵元帥，派軍官張知院監軍。元璋令勇將花雲帶了隊伍，趁黑夜敵人不防，四麵包圍，鼓聲、呐喊聲震天動地，張知院嚇慌了，隻身逃走。元璋部下有人和繆大亨交好，元璋派他勸繆大亨投降。繆大亨想想沒有出路，隻好答應。元璋得了當地七萬人口，選出精壯二萬，組成一支浩浩蕩蕩的大隊伍，用元璋自己的話來形容，真是：“赤幟蔽野而盈崗。”[12]
元璋得了這支生力軍，立刻重新編製，加緊訓練。他最看重紀律，在檢閱新軍時，特別指出這一點，懇切地訓誡將士說：“你們原來是很大的部隊，可是毫不費事就轉到我這邊來了。原因在哪裏呢？一是將官沒有紀律，二是士卒缺乏訓練。現在我們必須建立嚴格的紀律，做到嚴格的訓練，才能建功立業，大家都有好處。”三軍聽了，無不喜歡。[13]就這樣，元璋不但有數量眾多的驍將，也有了幾萬人的經過訓練的大部隊，為此後的軍事活動打下了堅強的基礎。
定遠人馮國用、馮國勝（後來改名勝，又名宗異）兩兄弟，家裏有幾百畝田地，幾十家佃戶，是個中小地主。兩兄弟都喜歡讀書，通兵法。國用深沉有計謀，國勝慓勇多智略。紅軍兵起，他們團結地方上的地主和鄉民，結寨自保。隻是力量單薄，怕被別的“民兵”大隊伍吃掉。繆大亨一投降，越發自危，多方打聽，知道元璋軍隊紀律好，便帶領部隊來投效，甚見親信。元璋問以攻敵方向，國用以為建康（元集慶路，今南京）形勢險要，古書上說是“龍盤虎踞”，是曆代帝王建都的地方。如今應該先取作根據地，以後逐步發展，擴充地盤。不貪子女玉帛，多做好事，取得人民的支持，建功立業不是難事。元璋大喜，任用為幕府參謀。[14]
在南下攻滁州（今安徽滁縣）的路上，定遠人李善長到軍門求見。善長是地方上有名人物，讀書有智謀，善於料事，治法家學問。從他的經曆，年輕時便能夠一意讀書，不必操心生活來看，出身於地主家庭是沒有問題的。他和元璋談得很投機。元璋問他四方兵起，什麽時候才能太平？善長勸他學漢高祖，說漢高祖也是平民出身的，為人氣量大，看得遠，也看得寬。善於用人，也不亂殺人，五年工夫，便平定了天下。元朝不得人心，上下不和，已到土崩瓦解地步。濠州和沛相去不遠，你如能學習這位同鄉的長處，天下太平也就快了。元璋連聲叫好，留下做幕府的掌書記（秘書長），囑咐他：“如今群雄四起，天下糜爛，仗要打好，最要緊的是要有好參謀人員。我看群雄中管文書和做參謀的幕僚，總愛說左右將士的壞話，文武不團結，將士施展不了才能，自然非失敗不可。將士垮了，好比鳥兒去了羽翼，主帥勢孤力單，也非滅亡不可。你要替我做一個橋梁，調和和幫助將士，不要學那些幕僚的壞樣子。”從這時候起，元璋心目中時時有個老百姓出身的皇帝同鄉在做榜樣，說話，辦事，打仗，事事都刻心刻意向他學習。[15]善長也一心一意當好幕僚長，溝通將士、幕僚和主帥，以及將士間的意見。建議提拔有功和有能力的，處分不稱職的將吏，使得部下都能人盡其才，安心做事。[16]但是，他也有致命的缺點，鄉裏觀念是他很重的包袱。在戰爭年代，這個缺點還不很明顯，到了南北統一以後，他對用人行政還是從淮西人的利害出發，朱元璋雖然倚靠淮西人的力量起家，卻比李善長看得寬些、大些，他要倚靠全國各個地方可以倚靠的力量，因此，他們兩人之間，在戰爭全局取得勝利之前，互相信任，利害是一致的，但在勝利以後，矛盾便逐步展開了，盡管關係很久很深，最後還是免不了徹底決裂。
滁州守軍力量單弱，元璋的前鋒長身黑麵綽號黑先鋒的花雲單騎衝破敵陣，在如雷的戰鼓聲中，全軍跟著進攻，把滁州占了。元璋親侄文正、姐夫李貞帶著外甥保兒（後起名文忠）得到消息，奔來投靠。說起家鄉情況，才知道二哥三哥都已去世了，免不得大家哭了一場。又傷心又歡喜，傷心的是偌大一家人隻剩了這幾口，歡喜的是處在這樣亂世，還能團聚。“一時會聚如再生，牽衣訴昔以難當。”[17]還有定遠人沐英，父母都已死去，孤苦可憐。元璋把三個孩子都收養作義子，改姓為朱。原來收養義子是當時軍隊中流行的風氣，帶兵的將領要培養心腹幹部人才，都喜歡收養俊秀勇猛的青年在身邊，不但打仗時肯拚死命，在緊要關頭，還可以用來監視諸將，起耳目心腹的作用。沐英在軍中稱為周舍，又叫沐舍，舍是舍人的簡稱（文武官員的兒子叫舍人）。元璋義子除朱文正、李文忠、沐英以外，還有二十幾個，後來所占城池，專用義子做監軍和將官同守：如得鎮江用周舍，得宣州用道舍，得徽州用王附馬，得嚴州用保兒，得婺州用馬兒，得處州用柴舍、真童，得衢州用金剛奴、也先。此外還有買驢、潑兒、朱文遜等人。柴舍即朱文剛，後來在處州死難；道舍即何文輝，馬兒即徐司馬，保兒即平安，朱文遜小名失傳，在太平陣亡，王駙馬、真童、金剛奴、也先、買驢、潑兒、老兒，複姓後的姓名也都失傳了。[18]至正十八年胡大海、李文忠占領嚴州後，兩人意見不和，元璋派帳前都指揮使首領郭彥仁告誡李文忠說：“保指揮（保兒）我之親男，胡大海我之心腹，前者曾聞二人不和。且保指揮我親身也，胡院判（大海官銜行樞密院判官的簡稱）即我心腹也，身包其心，心得其安，心若定，身自然而定。汝必於我男處丁寧說知，將胡院判以真心待之，節製以守之，使我所圖之易成。”李文忠代表元璋監視大將胡大海，並有節製之權。這一個例子說明了義子的作用，也說明了元璋駕馭將士的策略。[19]
除用義子監軍以外，另一辦法是規定將士家眷必須留在後方居住。這法子在剛渡江時便實行了。元璋統兵取集慶，馬夫人和諸將家屬留在和州（今安徽和縣）[20]。取集慶後，定下製度：“與我取城子的總兵官，妻子俱要在京住坐，不許搬取出外。”“將官正妻留於京城居住，聽於外處娶妾。”這樣，將官顧慮妻子安全，自然不敢投敵以至反叛，平時征調差遣，也方便得多了。可是，也有相反的情況，後來驍將邵榮的怨望以至圖謀暗殺朱元璋，正是因為常年征戰，不能和家人團聚的緣故。
此外，他還提防將官和讀書人勾結，規定：“所克城池，令將官守之，勿令儒者在左右議論古今，止設一吏，管辦文書，有差失，罪獨坐吏。”凡是元朝的官吏和儒士，都要由他自己選用，逃者處死，不許將官擅用。[21]
元璋進攻滁州時，彭大、趙均用率領濠州紅軍主力，攻下了盱眙泗州。兩人為郭子興的事結下怨恨，竟鬧決裂了。均用和孫德崖四帥合成一夥，彭大孤立，手下得力的人也逐漸被均用收買過去，氣悶不過，發病死了。他兒子早住接著也稱魯淮王，均用沒把他看在眼裏，倒也相安無事。郭子興原來倚仗彭大做靠山，彭大一死，孫德崖幾次尋題目要害子興，礙著元璋在滁州有幾萬部隊，投鼠忌器，不好下手，便攛掇均用下令牌調元璋來守盱眙，一箭雙雕，一窩子收拾掉。元璋知道這是陷阱，委婉推辭，說是元軍要來進攻，部隊移動不得。又使錢買通均用左右得力人物，勸均用不要聽小人挑撥是非，自剪羽翼，萬一火並了，他部下不服，也不得安穩。說話的人又勸他好好地看待子興，讓他出氣力，占地方，保疆土。成天有人在旁說好話，均用不由得不信，竟放子興帶本部人馬到滁州。子興一到，元璋交出兵權，三萬多兵強馬壯的隊伍，旗積鮮明，軍容整肅，子興大喜。[22]
至正十四年十一月，元丞相脫脫統兵大敗張士誠於高郵，分兵圍六合。
張士誠原名九四，淮南泰州（今江蘇泰縣）白駒場人。泰州在海邊，居民都靠曬鹽過活，苦於官役過重，度日艱難，怨恨官府。士誠從小潑皮講義氣，有膂力，會武藝，和兄弟士義、士德、士信一家子都靠撐船販私鹽過日子，販私鹽利大，士誠輕財好賙濟窮困，很得人心，私鹽販子推他做頭目。當地地主揀便宜買私鹽，又欺侮他們，有時賴賬不給錢，也告不得狀。弓兵丘義專和私鹽販子作對，受了士誠的賄賂，還不時尋事，三天兩頭攔截鹽船。士誠氣憤不過，趁各處兵起，帶著兄弟和李伯升、潘原明、呂珍等十八壯士，殺了丘義和仇家地主們，一把火燒了房子。事情鬧大了，索性招兵買馬，鹽丁們和無業遊民、貧苦農民都來跟從，攻下泰州、高郵，占了三十六鹽場，自稱誠王，國號大周，改年號為天祐。這是至正十四年正月間的事。[23]
元兵圍六合，六合守將派人到郭子興處求救。六合在滁州東麵，是滁州屏障，要保滁州，就非守住六合不可。郭子興和六合守將有嫌怨，不肯出兵，元璋費盡唇舌才說服了。元兵號稱百萬，諸將不敢去，推托求神不吉。子興派元璋領兵出救。元兵排山倒海似地來攻，六合城防工事全被摧毀，守兵拚死抵住，趕修了堡壘，又給打平了。眼看抵擋不住，隻好把老弱婦孺掩護撤退到滁州，元璋在中途設下埋伏，令耿再成佯裝敗陣逃走，元兵追擊遇伏，滁州守軍鼓噪迎擊，元兵大敗。元璋得了好多馬匹，卻顧慮到滁州孤城無援，恐元兵增兵圍困，忍氣打點牛酒，派地方父老把馬匹送還，推說全是良民，團結守護，是為了防禦寇盜，情願供給大軍軍需給養，請並力去打高郵，饒了這一方老百姓吧。元兵打了敗仗，丟失馬匹，正沒主張，怕受上官責備。一見來人說好話求情，馬也送回來了，正好下場，就引兵他去，滁州算是保全了。[24]
元兵一退，郭子興喜歡極了，打算在滁州稱王。元璋勸他：滁州是山城，不通船隻商賈，也沒有險要地形可守。一稱王目標大了，元兵再來怕保不住。子興才放棄了做王爺的念頭。[25]
脫脫大軍用全力攻高郵，外城已被攻破，城中支持不住，想投降又怕不肯赦罪，正在兩難間，張士誠急得唉聲歎氣，準備突圍下海。突然間元順帝頒下詔旨，責備脫脫，說他：“往年征滁州，僅複一城，不久又丟掉了。這回再當統帥，勞師費財，已經過了三個月，還無功效。可削去兵權，安置淮安路。弟禦史大夫也先帖木兒安置寧夏路。如膽敢抗拒，即時處死。”宣讀後全軍憤恨大哭，即時四散，一部分投入紅軍，紅軍越發強大。張士誠趁機出擊，不但轉危為安，而且從此基礎鞏固，地盤日漸擴大。
脫脫交出兵權，被押解西行，鴆死於吐蕃境上。[26]
這一變化，是蒙古統治階級內部矛盾尖銳化的必然結果。脫脫是蒙古貴族世臣，有能力，有辦法，元順帝極為信任，付以軍政大權。從徐州攻下後，元順帝就以為天下太平了，該好好享樂一番。寵臣哈麻背著人引進了會房中運氣之術的西天僧，他能使人身之氣，或消或脹，或伸或繃，號“演揲兒法”，也叫秘密佛法，多修法。順帝大喜，封西天僧為司徒，大元國師。國師又薦了十個皇親貴族會這佛法的，叫作十倚納，內中有個叫老的沙的是順帝的母舅。上都穆清閣修成，一溜兒幾百間房子，千門萬戶，朝朝宴會，夜夜笙歌，君臣都玩昏了。哈麻的母親是元寧宗的乳母。他出身宮廷禁衛，深得元順帝寵愛，初時依附脫脫兄弟，做到中書右垂，有地位了，和脫脫的親信鬧意見，被調官為宣政院使，位居第三。哈麻恨極，向奇皇後和皇太子愛猷識裏達臘挑撥，說立皇太子後好久沒有行冊命和告廟之禮，都是脫脫兄弟在阻撓，又誣告脫脫師老無功。脫脫出師在外，失去宮廷的支持，被貶毒死，哈麻代為丞相。
脫脫使計謀排斥伯父伯顏，取得相位，在對漢南人的政策上，卻和伯顏一致。當紅軍初起時，凡議軍事，不許漢南人參預。有一天，脫脫進宮報告軍事，中書官（中書省的屬官，機要秘書一類的官職）兩人照例隨後跟著，因為這兩人是漢人，脫脫忙叫禁衛喝住，不許入內。又上奏本說，如今河南漢人造反，該出布告，一概剿捕漢人；諸蒙古色目犯罪貶謫在外的，都召回來，免得被漢人殺害。這榜文一出，不但河南，連河北漢人也不能不參加紅軍了，紅軍聲勢因之日益浩大。[27]
脫脫死後，元順帝越發無所忌憚了，為所欲為。這時東南產米區常州、平江、湖州（今浙江吳興）一帶都被張士誠占領，浙江沿海地區被方國珍占領，往北運河沿線被紅軍控製，陸運和內河運輸線全被切斷了。另一糧食補給區湖廣（湖南、湖北）也早已失去。南方的糧食不能北運，大都過百萬軍民立刻缺糧，鬧糧荒，加上中原地區連年鬧蝗災、旱災、兵災，老百姓餓極隻好吃蝗蟲，大都的軍民則連蝗蟲也吃不上，餓死的不計其數，又鬧瘟疫，慘到人吃人的地步。[28]在這樣嚴重的境況中，元順帝卻毫不在意，在內苑造龍舟，親自打圖樣，龍舟長一百二十尺，寬二十尺，駛動時龍的頭眼口尾都跟著動，內有機括，龍爪自會撥水。元順帝每登龍舟，還命盛妝彩女，兩岸牽挽。[29]又自製宮漏，高約六七尺，寬三四尺，造木為櫃，暗藏諸壺其中，運水上下。櫃上設西方三聖殿，櫃腰立玉女捧時刻籌，到時候自然浮水而上。左右站兩金甲神，一懸鍾，一懸鉦，到夜裏金甲神會按時敲打，不差分毫。當鍾鉦打響時，兩旁的鳳凰、獅子也會飛舞應和。櫃的東西麵有日月宮，飛仙六人立於宮前，到子、午時飛仙排隊度仙橋到三聖殿，又退回原處。精巧準確，是空前的科學製品。[30]又喜歡搞建築，自畫屋樣。愛造宮殿模型，高尺餘，棟梁楹檻，樣樣具備，匠人按式製造，京師人叫他作魯班天子。內侍們想得到新殿的金珠裝飾，一造好就批評不夠漂亮，說比某家的不如，他就馬上拆毀重造，內侍們都發了財。[31]他愛好機械製造，愛好建築藝術，愛好音樂歌舞，成天搞這祥，修那祥，就是懶得管政事，每日遊船飲宴，打仗的事也不在意了。老百姓成批餓死，更是漠不關心。有限的一點存糧全運到女寵家裏，百官俸祿隻好折支茶紙雜物。宮廷裏充滿了腐臭淫亂的生活，表麵上裝點出一片繁麗升平的氣氛。[32]
滁州在戰亂後，突然增加幾萬大軍，糧食不夠吃，軍心不安。元璋建議南取和州，移兵就食。虹縣人胡大海生得高個子，黑臉膛，智力過人，帶全家來歸附。元璋就用他為前鋒，一鼓攻克和州。至正十五年正月，子興得到占領和州的捷報，派元璋做總兵官鎮守。
元璋在子興諸將中，名位不高，年紀又輕，奉命總兵，怕諸將不服。尋思了半天，想出主意。他叫人撤去大廳上主將的公座，隻擺一條木凳子。次日五鼓，諸將先到，當時座位高低按蒙古習俗以右首為尊，元璋故意遲到，一看隻留下左末一席，不作聲就坐下了。到談論公事時，諸將隻會衝鋒陷陣，要判斷敵情，決定大事，卻什麽也說不出來，麵麵相覷。元璋隨事提出辦法，合情合理，有分寸，有決斷，諸將才稍稍心服。末後議定為了更好地防禦敵人進攻，要分工修理城池，各人認定地段長度，限三天完工。到期會同諸將查驗工程，隻有元璋認定的一段做完了，其餘的全未修好。元璋沉下臉，擺公座朝南坐下，拿出子興命令，對諸將說：“奉主帥令總兵，責任重大。修城要事，原先各人分別認定，就該如期完工。如今都延誤了，一有敵情，這仗怎麽打？軍務緊急，竟這般不齊心，還有什麽紀律？現在說明白，既往不咎，今後如再有不遵軍令的，就要嚴格執行軍法，可顧不得弟兄情分了！”一來確是子興的令牌，元璋是和州的主將，違拗不得；二來諸將誤了軍機，理虧，作聲不得。大家隻好謝罪求饒。盡管如此，諸將還仗著是子興老部下，麵子上認輸，心裏仍然不服氣。隻有湯和小心謹慎，最聽話，也最守紀律，做出一個榜樣。李善長左右溝通，盡心調護，元璋的主將地位才逐漸鞏固下來。從此，元璋又從總管升成總兵官，從帶領幾千人的小軍官成為鎮守一方的大將了。[33]
一天，元璋出外，有一小兒在門外啼哭。元璋問他為什麽哭，說是等他父親。問父在何處，說在官養馬。母親呢？說也在軍營裏，和父親不敢相認，但以兄妹相呼。他不敢進去，隻好在門外等著。原來子興的部隊數量發展大了，“民兵”“義兵”都成批地大量地摻雜進來。這些地主的武裝隊伍，成分複雜，流氓、地痞，什麽樣人都有。他們在攻破城池以後，就亂殺人，亂搶東西，俘虜壯丁，霸占婦女，鬧得老百姓妻離子散，家破人亡。元璋認為情勢嚴重，再這徉胡搞下去，軍隊是站不住腳的。立刻召集諸將，申明約束：“大軍從滁州來此，人皆隻身，並無妻小。入城後亂搞一起，虜人妻女，使老百姓夫婦離散。軍隊沒有紀律，怎麽能夠安定地方？以後取城子，凡有所得婦人女子，唯無夫未嫁者許之，有夫的婦人不許擅有。”第二天召集全城男子婦女在衙前集會，讓男子分列門外大街兩旁，所虜婦女從門內一個接一個走出，下令是夫婦即便相認。一時夫妻父子紛紛互相叫喚，鬧哄哄擠成一團，有哭的，有笑的，有先哭後笑的，也有又哭又笑的，一霎時有多少家庭團圓，也有不少孤兒寡婦在啜泣。原來慘慘淒淒路上斷人行，商賈罷業的景象，登時改變了，和州城稍稍有了生氣，不光是一座有駐軍的城子，也是一座有人民的城子了。[34]
孫德崖因濠州缺糧，一徑率領部隊到和州就食。將領兵士攜妻挈子，不由分說，占住和州四鄉民家。德崖帶了親兵，進駐州衙。元璋無法阻攔，正在叫苦。郭子興得了消息，也從滁州趕來，兩個死對頭擠在一處，多時積聚的怨恨集中爆發了。
子興性情暴躁，耳朵軟，容易聽人閑話。開頭有人說元璋多取婦女，強要三軍財物，已是冒火。接著又聽說孫德崖和元璋合夥去了，越發怒氣衝天，也不預先通知，黑夜裏突然來到。一進門，子興滿麵怒容，好半晌不說話。元璋跪在下麵，也不敢說話。突然子興問你是誰，答說總兵朱元璋。子興大喊：“你知罪嗎？你逃得到哪裏去！”元璋放低了聲氣說：“兒女有罪，又逃得到哪裏去。家裏的事遲早好說，外麵的事要緊，得有個主張。”子興忙問是什麽事，元璋站起來，小聲說：“孫德崖在此地，上回的事結了深仇。目前他的人，城裏城外都擠滿了，怕會出事。大人得當心，安排一下。”子興一聽，才明白元璋不是和孫德崖結成一夥，氣就消了。
天還不亮，孫德崖派人來說：“你丈人來了，我得走了。”元璋知道不妙，連忙告訴郭子興。又去勸孫德崖：“何必這樣匆忙呢？”德崖說：“和你丈人相處不了。”元璋看德崖的神色，似乎不打算動武，就勸說兩軍同處一城，要走也得讓部隊先走，元帥殿後好鎮壓，免得臨時出事故，傷了和氣。德崖答應了。元璋放心不下，親自替孫軍送行，走了十多裏，正要回來，後軍傳過話來，說是城裏兩軍打起來了，死了許多人。元璋慌了，忙喊隨從壯士耿炳文、吳禎靠近，飛馬奔回。孫軍抽刀攔住去路，揪住馬韁繩，簇擁向前，見了許多將官，都是舊友，大家七嘴八舌，以為城內兩軍火並，元璋一定知情。元璋矢口分辯，邊說邊走，趁人不提防，勒馬就往回逃。孫軍的軍官幾十人策馬迫趕，槍箭齊下，僥幸衣內穿了連環甲，傷不甚重。逃了一陣，馬力乏了，追騎趕上，元璋中槍墮馬，被用鐵索鎖住脖子。有人就要舉刀砍殺，又有人勸住，說孫元帥現在城裏，如此時殺了朱元璋，孫元帥也活不了。不如派人進城看明白再作道理。立時有一軍官飛馬進城，見孫德崖正鎖著脖子，和郭子興對麵喝酒呢。郭子興聽說元璋被俘，也著慌了，情願走馬換將。可是兩家都不肯先放，末後有人出個主意：郭子興先派徐達到孫軍作抵押，換回元璋，元璋回到城裏再放孫德崖，孫德崖回去了，再放回徐達。元璋被孫軍拘囚了三天，幾次險遭毒手，虧得有熟人保護，才能平安脫身回來。[35]
元至正十五年（宋龍鳳元年）二月，紅軍統帥劉福通派人在碭山（今江蘇碭山）夾河訪得韓林兒，接到亳州，立為皇帝。又號小明王，臣民稱為主公。建國號為宋，年號龍鳳。拆鹿邑太清宮木材，建立宮殿。小明王尊母楊氏為皇太後，以杜遵道、盛文鬱為丞相，劉福通、羅文素為平章政事，福通弟劉六為知樞密院事。軍旗上寫著鮮明的聯語：“虎賁三千，直抵幽燕之地；龍飛九五，重開大宋之天。”上聯聲言要統一全國，下聯說明這個政權是繼承趙宋的。杜遵道的出身是元朝樞密院椽史，做了元相，得寵擅權。劉福通不服他，私下埋伏甲士，撾殺遵道，自為丞相。不久又改做太保。紅軍軍政大權全部掌握在他一人手裏。韓宋剛剛建立的新政權，還沒有完備、鞏固，內部就發生衝突，自相殘殺，削弱了自己的力量。[36]
郭子興恨死了孫德崖，逮住了正要殺害，出一口氣，為了交換元璋，隻好放走。心中怏怏不快，成天憂鬱發悶，得了重病，三月間不治身死，葬在滁州。軍中軍務由子興子天敘，婦弟張天祐和元璋共同掌管。正在發愁，主帥新死，萬一元軍來攻，孤軍無援，又怕孫德崖乘機來接管兵權，無法應付。正好杜遵道派人來計較立帥，軍中公推張天祐到亳都麵議，不久就帶回小明王命令，委任郭天敘為都元帥，張天祐為右副元帥，朱元璋為左副元帥，軍中文告都用龍鳳年號。[37]